bin/jalview/io/AlignFile.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");\r
   2 Clazz.load (["jalview.io.FileParse"], "jalview.io.AlignFile", ["jalview.datamodel.Sequence", "jalview.util.MessageManager", "java.io.IOException", "java.lang.Error", "java.util.ArrayList", "$.Hashtable", "$.Vector"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.noSeqs = 0;\r
   5 this.maxLength = 0;\r
   6 this.seqs = null;\r
   7 this.annotations = null;\r
   8 this.seqGroups = null;\r
   9 this.properties = null;\r
  10 this.start = 0;\r
  11 this.end = 0;\r
  12 this.jvSuffix = true;\r
  13 this.parseCalled = false;\r
  14 this.newickStrings = null;\r
  15 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  16 }, jalview.io, "AlignFile", jalview.io.FileParse);\r
  17 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  18 function () {\r
  19 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.AlignFile, []);\r
  20 this.initData ();\r
  21 });\r
  22 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  23 function (inFile, type) {\r
  24 this.construct (true, inFile, type);\r
  25 }, "~S,~S");\r
  26 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  27 function (parseImmediately, inFile, type) {\r
  28 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.AlignFile, [inFile, type]);\r
  29 this.initData ();\r
  30 if (parseImmediately) {\r
  31 this.doParse ();\r
  32 }}, "~B,~S,~S");\r
  33 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  34 function (source) {\r
  35 this.construct (true, source);\r
  36 }, "jalview.io.FileParse");\r
  37 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  38 function (parseImmediately, source) {\r
  39 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.AlignFile, [source]);\r
  40 this.initData ();\r
  41 if (parseImmediately) {\r
  42 this.doParse ();\r
  43 }}, "~B,jalview.io.FileParse");\r
  44 Clazz.defineMethod (c$, "doParse", \r
  45 function () {\r
  46 if (this.parseCalled) {\r
  47 throw  new java.io.IOException ("Implementation error: Parser called twice for same data.\nNeed to call initData() again before parsing can be reattempted.");\r
  48 }this.parseCalled = true;\r
  49 this.parse ();\r
  50 for (var i = 0, c = this.seqs.size (); i < c; i++) {\r
  51 this.seqs.get (i).setIndex (i);\r
  52 }\r
  53 });\r
  54 Clazz.defineMethod (c$, "getSeqs", \r
  55 function () {\r
  56 return this.seqs;\r
  57 });\r
  58 Clazz.defineMethod (c$, "getSeqGroups", \r
  59 function () {\r
  60 return this.seqGroups;\r
  61 });\r
  62 Clazz.defineMethod (c$, "getSeqsAsArray", \r
  63 function () {\r
  64 var s =  new Array (this.seqs.size ());\r
  65 for (var i = 0; i < this.seqs.size (); i++) {\r
  66 s[i] = this.seqs.elementAt (i);\r
  67 }\r
  68 return s;\r
  69 });\r
  70 Clazz.defineMethod (c$, "addAnnotations", \r
  71 function (al) {\r
  72 this.addProperties (al);\r
  73 for (var i = 0; i < this.annotations.size (); i++) {\r
  74 var an = this.annotations.elementAt (i);\r
  75 an.validateRangeAndDisplay ();\r
  76 al.addAnnotation (an);\r
  77 }\r
  78 }, "jalview.datamodel.AlignmentI");\r
  79 Clazz.defineMethod (c$, "addSeqGroups", \r
  80 function (al) {\r
  81 this.seqGroups = al.getGroups ();\r
  82 }, "jalview.datamodel.AlignmentI");\r
  83 Clazz.defineMethod (c$, "addProperties", \r
  84 function (al) {\r
  85 if (this.properties != null && this.properties.size () > 0) {\r
  86 var keys = this.properties.keys ();\r
  87 var vals = this.properties.elements ();\r
  88 while (keys.hasMoreElements ()) {\r
  89 al.setProperty (keys.nextElement (), vals.nextElement ());\r
  90 }\r
  91 }}, "jalview.datamodel.AlignmentI");\r
  92 Clazz.defineMethod (c$, "setAlignmentProperty", \r
  93 function (key, value) {\r
  94 if (key == null) {\r
  95 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_error_cannot_have_null_alignment"));\r
  96 }if (value == null) {\r
  97 return;\r
  98 }if (this.properties == null) {\r
  99 this.properties =  new java.util.Hashtable ();\r
 100 }this.properties.put (key, value);\r
 101 }, "~O,~O");\r
 102 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignmentProperty", \r
 103 function (key) {\r
 104 if (this.properties != null && key != null) {\r
 105 return this.properties.get (key);\r
 106 }return null;\r
 107 }, "~O");\r
 108 Clazz.defineMethod (c$, "initData", \r
 109 function () {\r
 110 this.seqs =  new java.util.Vector ();\r
 111 this.annotations =  new java.util.Vector ();\r
 112 this.seqGroups =  new java.util.ArrayList ();\r
 113 this.parseCalled = false;\r
 114 });\r
 115 Clazz.defineMethod (c$, "setSeqs", \r
 116 function (s) {\r
 117 this.seqs =  new java.util.Vector ();\r
 118 for (var i = 0; i < s.length; i++) {\r
 119 this.seqs.addElement (s[i]);\r
 120 }\r
 121 }, "~A");\r
 122 Clazz.defineMethod (c$, "addJVSuffix", \r
 123 function (b) {\r
 124 this.jvSuffix = b;\r
 125 }, "~B");\r
 126 Clazz.defineMethod (c$, "parseId", \r
 127 function (id) {\r
 128 var seq = null;\r
 129 id = id.trim ();\r
 130 var space = id.indexOf (" ");\r
 131 if (space > -1) {\r
 132 seq =  new jalview.datamodel.Sequence (id.substring (0, space), "");\r
 133 seq.setDescription (id.substring (space + 1));\r
 134 } else {\r
 135 seq =  new jalview.datamodel.Sequence (id, "");\r
 136 }return seq;\r
 137 }, "~S");\r
 138 Clazz.defineMethod (c$, "printId", \r
 139 function (seq) {\r
 140 return seq.getDisplayId (this.jvSuffix);\r
 141 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
 142 Clazz.defineMethod (c$, "addNewickTree", \r
 143 function (treeName, newickString) {\r
 144 if (this.newickStrings == null) {\r
 145 this.newickStrings =  new java.util.Vector ();\r
 146 }this.newickStrings.addElement ( Clazz.newArray (-1, [treeName, newickString]));\r
 147 }, "~S,~S");\r
 148 Clazz.defineMethod (c$, "getTreeCount", \r
 149 function () {\r
 150 return this.newickStrings == null ? 0 : this.newickStrings.size ();\r
 151 });\r
 152 Clazz.defineMethod (c$, "addGroups", \r
 153 function (al) {\r
 154 for (var sg, $sg = this.getSeqGroups ().iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {\r
 155 al.addGroup (sg);\r
 156 }\r
 157 }, "jalview.datamodel.AlignmentI");\r
 158 });\r