bin/jalview/io/AlignmentProperties.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.io.AlignmentProperties", ["java.lang.StringBuffer"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.alignment = null;\r
   5 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   6 }, jalview.io, "AlignmentProperties");\r
   7 Clazz.makeConstructor (c$, \r
   8 function (alignment) {\r
   9 this.alignment = alignment;\r
  10 }, "jalview.datamodel.AlignmentI");\r
  11 Clazz.defineMethod (c$, "writeProperties", \r
  12 function (sb, html) {\r
  13 var nl = html ? "<br>" : System.getProperty ("line.separator");\r
  14 var avg = 0;\r
  15 var min = 2147483647;\r
  16 var max = 0;\r
  17 for (var i = 0; i < this.alignment.getHeight (); i++) {\r
  18 var size = 1 + this.alignment.getSequenceAt (i).getEnd () - this.alignment.getSequenceAt (i).getStart ();\r
  19 avg += size;\r
  20 if (size > max) {\r
  21 max = size;\r
  22 }if (size < min) {\r
  23 min = size;\r
  24 }}\r
  25 avg = avg / this.alignment.getHeight ();\r
  26 sb.append (nl);\r
  27 sb.append ("Sequences: " + this.alignment.getHeight ());\r
  28 sb.append (nl);\r
  29 sb.append ("Minimum Sequence Length: " + min);\r
  30 sb.append (nl);\r
  31 sb.append ("Maximum Sequence Length: " + max);\r
  32 sb.append (nl);\r
  33 sb.append ("Average Length: " + Clazz.floatToInt (avg));\r
  34 if ((this.alignment).alignmentProperties != null) {\r
  35 sb.append (nl);\r
  36 sb.append (nl);\r
  37 if (html) {\r
  38 sb.append ("<table border=\"1\">");\r
  39 }var props = (this.alignment).alignmentProperties;\r
  40 var en = props.keys ();\r
  41 while (en.hasMoreElements ()) {\r
  42 var key = en.nextElement ().toString ();\r
  43 var vals = props.get (key).toString ();\r
  44 if (html) {\r
  45 var val =  new StringBuffer ();\r
  46 var pos = 0;\r
  47 var npos;\r
  48 do {\r
  49 npos = vals.indexOf ("\n", pos);\r
  50 if (npos == -1) {\r
  51 val.append (vals.substring (pos));\r
  52 } else {\r
  53 val.append (vals.substring (pos, npos));\r
  54 val.append ("<br>");\r
  55 }pos = npos + 1;\r
  56 } while (npos != -1);\r
  57 sb.append ("<tr><td>" + key + "</td><td>" + val + "</td></tr>");\r
  58 } else {\r
  59 sb.append (nl + key + "\t" + vals);\r
  60 }}\r
  61 if (html) {\r
  62 sb.append ("</table>");\r
  63 }}}, "StringBuffer,~B");\r
  64 Clazz.defineMethod (c$, "formatAsString", \r
  65 function () {\r
  66 return this.formatReport (false);\r
  67 });\r
  68 Clazz.defineMethod (c$, "formatReport", \r
  69 function (html) {\r
  70 var sb =  new StringBuffer ();\r
  71 this.writeProperties (sb, html);\r
  72 return sb;\r
  73 }, "~B");\r
  74 Clazz.defineMethod (c$, "formatAsHtml", \r
  75 function () {\r
  76 return this.formatReport (true);\r
  77 });\r
  78 });\r