bin/jalview/io/AlignmentProperties.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");
   2 Clazz.load (null, "jalview.io.AlignmentProperties", ["java.lang.StringBuffer"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.alignment = null;
   5 Clazz.instantialize (this, arguments);
   6 }, jalview.io, "AlignmentProperties");
   7 Clazz.makeConstructor (c$,
   8 function (alignment) {
   9 this.alignment = alignment;
  10 }, "jalview.datamodel.AlignmentI");
  11 Clazz.defineMethod (c$, "writeProperties",
  12 function (sb, html) {
  13 var nl = html ? "<br>" : System.getProperty ("line.separator");
  14 var avg = 0;
  15 var min = 2147483647;
  16 var max = 0;
  17 for (var i = 0; i < this.alignment.getHeight (); i++) {
  18 var size = 1 + this.alignment.getSequenceAt (i).getEnd () - this.alignment.getSequenceAt (i).getStart ();
  19 avg += size;
  20 if (size > max) {
  21 max = size;
  22 }if (size < min) {
  23 min = size;
  24 }}
  25 avg = avg / this.alignment.getHeight ();
  26 sb.append (nl);
  27 sb.append ("Sequences: " + this.alignment.getHeight ());
  28 sb.append (nl);
  29 sb.append ("Minimum Sequence Length: " + min);
  30 sb.append (nl);
  31 sb.append ("Maximum Sequence Length: " + max);
  32 sb.append (nl);
  33 sb.append ("Average Length: " + Clazz.floatToInt (avg));
  34 if ((this.alignment).alignmentProperties != null) {
  35 sb.append (nl);
  36 sb.append (nl);
  37 if (html) {
  38 sb.append ("<table border=\"1\">");
  39 }var props = (this.alignment).alignmentProperties;
  40 var en = props.keys ();
  41 while (en.hasMoreElements ()) {
  42 var key = en.nextElement ().toString ();
  43 var vals = props.get (key).toString ();
  44 if (html) {
  45 var val =  new StringBuffer ();
  46 var pos = 0;
  47 var npos;
  48 do {
  49 npos = vals.indexOf ("\n", pos);
  50 if (npos == -1) {
  51 val.append (vals.substring (pos));
  52 } else {
  53 val.append (vals.substring (pos, npos));
  54 val.append ("<br>");
  55 }pos = npos + 1;
  56 } while (npos != -1);
  57 sb.append ("<tr><td>" + key + "</td><td>" + val + "</td></tr>");
  58 } else {
  59 sb.append (nl + key + "\t" + vals);
  60 }}
  61 if (html) {
  62 sb.append ("</table>");
  63 }}}, "StringBuffer,~B");
  64 Clazz.defineMethod (c$, "formatAsString",
  65 function () {
  66 return this.formatReport (false);
  67 });
  68 Clazz.defineMethod (c$, "formatReport",
  69 function (html) {
  70 var sb =  new StringBuffer ();
  71 this.writeProperties (sb, html);
  72 return sb;
  73 }, "~B");
  74 Clazz.defineMethod (c$, "formatAsHtml",
  75 function () {
  76 return this.formatReport (true);
  77 });
  78 });