bin/jalview/io/AnnotationFile.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");
   2 Clazz.load (null, "jalview.io.AnnotationFile", ["jalview.analysis.Conservation", "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation", "$.Annotation", "$.ColumnSelection", "$.GraphLine", "$.SequenceGroup", "jalview.io.AppletFormatAdapter", "jalview.jsdev.GenericFileAdapter", "jalview.schemes.ColourSchemeProperty", "$.ResidueProperties", "$.UserColourScheme", "jalview.util.Comparison", "$.Format", "java.awt.Color", "java.io.BufferedReader", "$.InputStreamReader", "$.StringReader", "java.lang.Boolean", "$.Float", "$.StringBuffer", "java.util.ArrayList", "$.BitSet", "$.Date", "$.Hashtable", "$.StringTokenizer", "$.Vector"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.newline = null;
   5 this.text = null;
   6 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.io.AnnotationFile.ViewDef")) {
   7 jalview.io.AnnotationFile.$AnnotationFile$ViewDef$ ();
   8 }
   9 this.refSeq = null;
  10 this.refSeqId = null;
  11 this.nlinesread = 0;
  12 this.lastread = "";
  13 Clazz.instantialize (this, arguments);
  14 }, jalview.io, "AnnotationFile");
  15 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  16 this.newline = System.getProperty ("line.separator");
  17 });
  18 Clazz.makeConstructor (c$,
  19 function () {
  20 this.init ();
  21 });
  22 Clazz.defineMethod (c$, "setNewlineString",
  23 function (nl) {
  24 this.newline = nl;
  25 this.init ();
  26 }, "~S");
  27 Clazz.defineMethod (c$, "getNewlineString",
  28 function () {
  29 return this.newline;
  30 });
  31 Clazz.defineMethod (c$, "init",
  32 ($fz = function () {
  33 this.text =  new StringBuffer ("JALVIEW_ANNOTATION" + this.newline + "# Created: " +  new java.util.Date () + this.newline + this.newline);
  34 this.refSeq = null;
  35 this.refSeqId = null;
  36 }, $fz.isPrivate = true, $fz));
  37 Clazz.defineMethod (c$, "printAnnotations",
  38 function (annotations, list, properties) {
  39 return this.printAnnotations (annotations, list, properties, null, null, null);
  40 }, "~A,java.util.List,java.util.Hashtable");
  41 Clazz.defineMethod (c$, "printAnnotations",
  42 function (annotations, list, properties, cs, al, view) {
  43 if (view != null) {
  44 if (view.viewname != null) {
  45 this.text.append ("VIEW_DEF\t" + view.viewname + "\n");
  46 }if (list == null) {
  47 list = view.visibleGroups;
  48 }if (cs == null) {
  49 cs = view.hiddencols;
  50 }if (al == null) {
  51 }}if (al != null && al.hasSeqrep ()) {
  52 this.text.append ("VIEW_SETREF\t" + al.getSeqrep ().getName () + "\n");
  53 }if (cs != null && cs.hasHiddenColumns ()) {
  54 this.text.append ("VIEW_HIDECOLS\t");
  55 var hc = cs.getHiddenColumns ();
  56 var comma = false;
  57 for (var r, $r = hc.iterator (); $r.hasNext () && ((r = $r.next ()) || true);) {
  58 if (!comma) {
  59 comma = true;
  60 } else {
  61 this.text.append (",");
  62 }this.text.append ("" + r[0]);
  63 this.text.append ("-");
  64 this.text.append ("" + r[1]);
  65 }
  66 this.text.append ("\n");
  67 }if (annotations != null) {
  68 var oneColour = true;
  69 var row;
  70 var comma;
  71 var refSeq = null;
  72 var refGroup = null;
  73 var colours =  new StringBuffer ();
  74 var graphLine =  new StringBuffer ();
  75 var rowprops =  new StringBuffer ();
  76 var graphGroup =  new java.util.Hashtable ();
  77 var graphGroup_refs =  new java.util.Hashtable ();
  78 var graphGroupSeen =  new java.util.BitSet ();
  79 var color;
  80 for (var i = 0; i < annotations.length; i++) {
  81 row = annotations[i];
  82 if (!row.visible && !row.hasScore () && !(row.graphGroup > -1 && graphGroupSeen.get (row.graphGroup))) {
  83 continue;
  84 }color = null;
  85 oneColour = true;
  86 this.writeSequence_Ref (refSeq, row.sequenceRef);
  87 refSeq = row.sequenceRef;
  88 this.writeGroup_Ref (refGroup, row.groupRef);
  89 refGroup = row.groupRef;
  90 var hasGlyphs = row.hasIcons;
  91 var hasLabels = row.hasText;
  92 var hasValues = row.$hasScore;
  93 var hasText = false;
  94 for (var j = 0; row.annotations != null && j < row.annotations.length && (!hasGlyphs || !hasLabels || !hasValues); j++) {
  95 if (row.annotations[j] != null) {
  96 hasLabels = new Boolean (hasLabels | (row.annotations[j].displayCharacter != null && row.annotations[j].displayCharacter.length > 0 && !row.annotations[j].displayCharacter.equals (" "))).valueOf ();
  97 hasGlyphs = new Boolean (hasGlyphs | ((row.annotations[j].secondaryStructure).charCodeAt (0) != 0 && row.annotations[j].secondaryStructure != ' ')).valueOf ();
  98 hasValues = new Boolean (hasValues | (!Float.isNaN (row.annotations[j].value))).valueOf ();
  99 hasText = new Boolean (hasText | (row.annotations[j].description != null && row.annotations[j].description.length > 0)).valueOf ();
 100 }}
 101 if (row.graph == 0) {
 102 this.text.append ("NO_GRAPH\t");
 103 hasValues = false;
 104 } else {
 105 if (row.graph == 1) {
 106 this.text.append ("BAR_GRAPH\t");
 107 hasGlyphs = false;
 108 } else if (row.graph == 2) {
 109 hasGlyphs = false;
 110 this.text.append ("LINE_GRAPH\t");
 111 }if (row.getThreshold () != null) {
 112 graphLine.append ("GRAPHLINE\t");
 113 graphLine.append (row.label);
 114 graphLine.append ("\t");
 115 graphLine.append (row.getThreshold ().value);
 116 graphLine.append ("\t");
 117 graphLine.append (row.getThreshold ().label);
 118 graphLine.append ("\t");
 119 graphLine.append (jalview.util.Format.getHexString (row.getThreshold ().colour));
 120 graphLine.append (this.newline);
 121 }if (row.graphGroup > -1) {
 122 graphGroupSeen.set (row.graphGroup);
 123 var key =  new Integer (row.graphGroup);
 124 if (graphGroup.containsKey (key)) {
 125 graphGroup.put (key, graphGroup.get (key) + "\t" + row.label);
 126 } else {
 127 graphGroup_refs.put (key,  Clazz.newArray (-1, [refSeq, refGroup]));
 128 graphGroup.put (key, row.label);
 129 }}}this.text.append (row.label + "\t");
 130 if (row.description != null) {
 131 this.text.append (row.description + "\t");
 132 }for (var j = 0; row.annotations != null && j < row.annotations.length; j++) {
 133 if (refSeq != null && jalview.util.Comparison.isGap (refSeq.getCharAt (j))) {
 134 continue;
 135 }if (row.annotations[j] != null) {
 136 comma = "";
 137 if (hasGlyphs) {
 138 this.text.append (comma);
 139 if (row.annotations[j].secondaryStructure != ' ') {
 140 this.text.append (row.annotations[j].secondaryStructure);
 141 }comma = ",";
 142 }if (hasValues) {
 143 if (!Float.isNaN (row.annotations[j].value)) {
 144 this.text.append (comma + row.annotations[j].value);
 145 } else {
 146 System.err.println ("Skipping NaN - not valid value.");
 147 this.text.append (comma + 0);
 148 }comma = ",";
 149 }if (hasLabels) {
 150 if (row.annotations[j].displayCharacter != null && row.annotations[j].displayCharacter.length > 0 && !row.annotations[j].displayCharacter.equals (" ")) {
 151 this.text.append (comma + row.annotations[j].displayCharacter);
 152 comma = ",";
 153 }}if (hasText) {
 154 if (row.annotations[j].description != null && row.annotations[j].description.length > 0 && !row.annotations[j].description.equals (row.annotations[j].displayCharacter)) {
 155 this.text.append (comma + row.annotations[j].description);
 156 comma = ",";
 157 }}if (color != null && !color.equals (row.annotations[j].colour)) {
 158 oneColour = false;
 159 }color = row.annotations[j].colour;
 160 if (row.annotations[j].colour != null && row.annotations[j].colour !== java.awt.Color.black) {
 161 this.text.append (comma + "[" + jalview.util.Format.getHexString (row.annotations[j].colour) + "]");
 162 comma = ",";
 163 }}this.text.append ("|");
 164 }
 165 if (row.hasScore ()) {
 166 this.text.append ("\t" + row.score);
 167 }this.text.append (this.newline);
 168 if (color != null && color !== java.awt.Color.black && oneColour) {
 169 colours.append ("COLOUR\t");
 170 colours.append (row.label);
 171 colours.append ("\t");
 172 colours.append (jalview.util.Format.getHexString (color));
 173 colours.append (this.newline);
 174 }if (row.scaleColLabel || row.showAllColLabels || row.centreColLabels) {
 175 rowprops.append ("ROWPROPERTIES\t");
 176 rowprops.append (row.label);
 177 rowprops.append ("\tscaletofit=");
 178 rowprops.append (row.scaleColLabel);
 179 rowprops.append ("\tshowalllabs=");
 180 rowprops.append (row.showAllColLabels);
 181 rowprops.append ("\tcentrelabs=");
 182 rowprops.append (row.centreColLabels);
 183 rowprops.append (this.newline);
 184 }if (graphLine.length () > 0) {
 185 this.text.append (graphLine.toString ());
 186 graphLine.setLength (0);
 187 }}
 188 this.text.append (this.newline);
 189 this.text.append (colours.toString ());
 190 if (graphGroup.size () > 0) {
 191 var oldRefSeq = refSeq;
 192 var oldRefGroup = refGroup;
 193 for (var combine_statement, $combine_statement = graphGroup.entrySet ().iterator (); $combine_statement.hasNext () && ((combine_statement = $combine_statement.next ()) || true);) {
 194 var seqRefAndGroup = graphGroup_refs.get (combine_statement.getKey ());
 195 this.writeSequence_Ref (refSeq, seqRefAndGroup[0]);
 196 refSeq = seqRefAndGroup[0];
 197 this.writeGroup_Ref (refGroup, seqRefAndGroup[1]);
 198 refGroup = seqRefAndGroup[1];
 199 this.text.append ("COMBINE\t");
 200 this.text.append (combine_statement.getValue ());
 201 this.text.append (this.newline);
 202 }
 203 this.writeSequence_Ref (refSeq, oldRefSeq);
 204 refSeq = oldRefSeq;
 205 this.writeGroup_Ref (refGroup, oldRefGroup);
 206 refGroup = oldRefGroup;
 207 }this.text.append (rowprops.toString ());
 208 }if (list != null) {
 209 this.printGroups (list);
 210 }if (properties != null) {
 211 this.text.append (this.newline);
 212 this.text.append (this.newline);
 213 this.text.append ("ALIGNMENT");
 214 var en = properties.keys ();
 215 while (en.hasMoreElements ()) {
 216 var key = en.nextElement ().toString ();
 217 this.text.append ("\t");
 218 this.text.append (key);
 219 this.text.append ("=");
 220 this.text.append (properties.get (key));
 221 }
 222 }return this.text.toString ();
 223 }, "~A,java.util.List,java.util.Hashtable,jalview.datamodel.ColumnSelection,jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.io.AnnotationFile.ViewDef");
 224 Clazz.defineMethod (c$, "writeGroup_Ref",
 225 ($fz = function (refGroup, next_refGroup) {
 226 if (next_refGroup == null) {
 227 if (refGroup != null) {
 228 this.text.append (this.newline);
 229 this.text.append ("GROUP_REF\t");
 230 this.text.append ("ALIGNMENT");
 231 this.text.append (this.newline);
 232 }return true;
 233 } else {
 234 if (refGroup == null || refGroup !== next_refGroup) {
 235 this.text.append (this.newline);
 236 this.text.append ("GROUP_REF\t");
 237 this.text.append (next_refGroup.getName ());
 238 this.text.append (this.newline);
 239 return true;
 240 }}return false;
 241 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.datamodel.SequenceGroup,jalview.datamodel.SequenceGroup");
 242 Clazz.defineMethod (c$, "writeSequence_Ref",
 243 ($fz = function (refSeq, next_refSeq) {
 244 if (next_refSeq == null) {
 245 if (refSeq != null) {
 246 this.text.append (this.newline);
 247 this.text.append ("SEQUENCE_REF\t");
 248 this.text.append ("ALIGNMENT");
 249 this.text.append (this.newline);
 250 return true;
 251 }} else {
 252 if (refSeq == null || refSeq !== next_refSeq) {
 253 this.text.append (this.newline);
 254 this.text.append ("SEQUENCE_REF\t");
 255 this.text.append (next_refSeq.getName ());
 256 this.text.append (this.newline);
 257 return true;
 258 }}return false;
 259 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceI");
 260 Clazz.defineMethod (c$, "printGroups",
 261 function (list) {
 262 var seqrep = null;
 263 for (var sg, $sg = list.iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {
 264 if (!sg.hasSeqrep ()) {
 265 this.text.append ("SEQUENCE_GROUP\t" + sg.getName () + "\t" + (sg.getStartRes () + 1) + "\t" + (sg.getEndRes () + 1) + "\t" + "-1\t");
 266 seqrep = null;
 267 } else {
 268 seqrep = sg.getSeqrep ();
 269 this.text.append ("SEQUENCE_REF\t");
 270 this.text.append (seqrep.getName ());
 271 this.text.append (this.newline);
 272 this.text.append ("SEQUENCE_GROUP\t");
 273 this.text.append (sg.getName ());
 274 this.text.append ("\t");
 275 this.text.append ("" + (seqrep.findPosition (sg.getStartRes ())));
 276 this.text.append ("\t");
 277 this.text.append ((seqrep.findPosition (sg.getEndRes ())));
 278 this.text.append ("\t");
 279 this.text.append ("-1\t");
 280 }for (var s = 0; s < sg.getSize (); s++) {
 281 this.text.append (sg.getSequenceAt (s).getName ());
 282 this.text.append ("\t");
 283 }
 284 this.text.append (this.newline);
 285 this.text.append ("PROPERTIES\t");
 286 this.text.append (sg.getName ());
 287 this.text.append ("\t");
 288 if (sg.getDescription () != null) {
 289 this.text.append ("description=");
 290 this.text.append (sg.getDescription ());
 291 this.text.append ("\t");
 292 }if (sg.cs != null) {
 293 this.text.append ("colour=");
 294 this.text.append (jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColourName (sg.cs));
 295 this.text.append ("\t");
 296 if (sg.cs.getThreshold () != 0) {
 297 this.text.append ("pidThreshold=");
 298 this.text.append (sg.cs.getThreshold ());
 299 }if (sg.cs.conservationApplied ()) {
 300 this.text.append ("consThreshold=");
 301 this.text.append (sg.cs.getConservationInc ());
 302 this.text.append ("\t");
 303 }}this.text.append ("outlineColour=");
 304 this.text.append (jalview.util.Format.getHexString (sg.getOutlineColour ()));
 305 this.text.append ("\t");
 306 this.text.append ("displayBoxes=");
 307 this.text.append (sg.getDisplayBoxes ());
 308 this.text.append ("\t");
 309 this.text.append ("displayText=");
 310 this.text.append (sg.getDisplayText ());
 311 this.text.append ("\t");
 312 this.text.append ("colourText=");
 313 this.text.append (sg.getColourText ());
 314 this.text.append ("\t");
 315 this.text.append ("showUnconserved=");
 316 this.text.append (sg.getShowNonconserved ());
 317 this.text.append ("\t");
 318 if (sg.textColour !== java.awt.Color.black) {
 319 this.text.append ("textCol1=");
 320 this.text.append (jalview.util.Format.getHexString (sg.textColour));
 321 this.text.append ("\t");
 322 }if (sg.textColour2 !== java.awt.Color.white) {
 323 this.text.append ("textCol2=");
 324 this.text.append (jalview.util.Format.getHexString (sg.textColour2));
 325 this.text.append ("\t");
 326 }if (sg.thresholdTextColour != 0) {
 327 this.text.append ("textColThreshold=");
 328 this.text.append (sg.thresholdTextColour);
 329 this.text.append ("\t");
 330 }if (sg.idColour != null) {
 331 this.text.append ("idColour=");
 332 this.text.append (jalview.util.Format.getHexString (sg.idColour));
 333 this.text.append ("\t");
 334 }if (sg.isHidereps ()) {
 335 this.text.append ("hide=true\t");
 336 }if (sg.isHideCols ()) {
 337 this.text.append ("hidecols=true\t");
 338 }if (seqrep != null) {
 339 this.text.append (this.newline);
 340 this.text.append ("SEQUENCE_REF");
 341 }this.text.append (this.newline);
 342 this.text.append (this.newline);
 343 }
 344 }, "java.util.List");
 345 Clazz.defineMethod (c$, "annotateAlignmentView",
 346 function (viewport, file, protocol) {
 347 var colSel = viewport.getColumnSelection ();
 348 if (colSel == null) {
 349 colSel =  new jalview.datamodel.ColumnSelection ();
 350 }var rslt = this.readAnnotationFile (viewport.getAlignment (), colSel, file, protocol);
 351 if (rslt && (colSel.hasSelectedColumns () || colSel.hasHiddenColumns ())) {
 352 viewport.setColumnSelection (colSel);
 353 }return rslt;
 354 }, "jalview.api.AlignViewportI,~S,~S");
 355 Clazz.defineMethod (c$, "readAnnotationFile",
 356 function (al, file, protocol) {
 357 return this.readAnnotationFile (al, null, file, protocol);
 358 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,~S,~S");
 359 Clazz.defineMethod (c$, "readAnnotationFile",
 360 function (al, colSel, file, protocol) {
 361 var $in = null;
 362 try {
 363 if (protocol.equals (jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE)) {
 364 $in = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getReader (file, false);
 365 } else if (protocol.equals (jalview.io.AppletFormatAdapter.URL)) {
 366 $in = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getReader (file, true);
 367 } else if (protocol.equals (jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE)) {
 368 $in =  new java.io.BufferedReader ( new java.io.StringReader (file));
 369 } else if (protocol.equals (jalview.io.AppletFormatAdapter.CLASSLOADER)) {
 370 var is = this.getClass ().getResourceAsStream ("/" + file);
 371 if (is != null) {
 372 $in =  new java.io.BufferedReader ( new java.io.InputStreamReader (is));
 373 }}if ($in != null) {
 374 return this.parseAnnotationFrom (al, colSel, $in);
 375 }} catch (ex) {
 376 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
 377 ex.printStackTrace ();
 378 System.out.println ("Problem reading annotation file: " + ex);
 379 if (this.nlinesread > 0) {
 380 System.out.println ("Last read line " + this.nlinesread + ": '" + this.lastread + "' (first 80 chars) ...");
 381 }return false;
 382 } else {
 383 throw ex;
 384 }
 385 }
 386 return false;
 387 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.ColumnSelection,~S,~S");
 388 Clazz.defineMethod (c$, "parseAnnotationFrom",
 389 function (al, colSel, $in) {
 390 this.nlinesread = 0;
 391 var combineAnnotation_calls =  new java.util.ArrayList ();
 392 var deferredAnnotation_calls =  new java.util.ArrayList ();
 393 var modified = false;
 394 var groupRef = null;
 395 var groupRefRows =  new java.util.Hashtable ();
 396 var autoAnnots =  new java.util.Hashtable ();
 397 {
 398 var line;
 399 var label;
 400 var description;
 401 var token;
 402 var graphStyle;
 403 var index;
 404 var refSeqIndex = 1;
 405 var existingAnnotations = 0;
 406 var overrideAutoAnnot = false;
 407 if (al.getAlignmentAnnotation () != null) {
 408 existingAnnotations = al.getAlignmentAnnotation ().length;
 409 if (existingAnnotations > 0) {
 410 var aa = al.getAlignmentAnnotation ();
 411 for (var aai = 0; aai < aa.length; aai++) {
 412 if (aa[aai].autoCalculated) {
 413 autoAnnots.put (this.autoAnnotsKey (aa[aai], aa[aai].sequenceRef, (aa[aai].groupRef == null ? null : aa[aai].groupRef.getName ())),  new Integer (1));
 414 }}
 415 }}var alWidth = al.getWidth ();
 416 var st;
 417 var annotations;
 418 var annotation = null;
 419 var jvAnnotationFile = false;
 420 while ((line = $in.readLine ()) != null) {
 421 this.nlinesread++;
 422 this.lastread =  String.instantialize (line);
 423 if (line.indexOf ("#") == 0) {
 424 continue;
 425 }if (line.indexOf ("JALVIEW_ANNOTATION") > -1) {
 426 jvAnnotationFile = true;
 427 break;
 428 }}
 429 if (!jvAnnotationFile) {
 430 $in.close ();
 431 return false;
 432 }while ((line = $in.readLine ()) != null) {
 433 this.nlinesread++;
 434 this.lastread =  String.instantialize (line);
 435 if (line.indexOf ("#") == 0 || line.indexOf ("JALVIEW_ANNOTATION") > -1 || line.length == 0) {
 436 continue;
 437 }st =  new java.util.StringTokenizer (line, "\t");
 438 token = st.nextToken ();
 439 if (token.equalsIgnoreCase ("COLOUR")) {
 440 this.colourAnnotations (al, st.nextToken (), st.nextToken ());
 441 modified = true;
 442 continue;
 443 } else if (token.equalsIgnoreCase (jalview.io.AnnotationFile.COMBINE)) {
 444 combineAnnotation_calls.add ( Clazz.newArray (-1, [st, this.refSeq, groupRef]));
 445 modified = true;
 446 continue;
 447 } else if (token.equalsIgnoreCase ("ROWPROPERTIES")) {
 448 this.addRowProperties (al, st);
 449 modified = true;
 450 continue;
 451 } else if (token.equalsIgnoreCase (jalview.io.AnnotationFile.GRAPHLINE)) {
 452 deferredAnnotation_calls.add ( Clazz.newArray (-1, [jalview.io.AnnotationFile.GRAPHLINE, st, this.refSeq, groupRef]));
 453 modified = true;
 454 continue;
 455 } else if (token.equalsIgnoreCase ("SEQUENCE_REF")) {
 456 if (st.hasMoreTokens ()) {
 457 this.refSeq = al.findName (this.refSeqId = st.nextToken ());
 458 if (this.refSeq == null) {
 459 this.refSeqId = null;
 460 }try {
 461 refSeqIndex = Integer.parseInt (st.nextToken ());
 462 if (refSeqIndex < 1) {
 463 refSeqIndex = 1;
 464 System.out.println ("WARNING: SEQUENCE_REF index must be > 0 in AnnotationFile");
 465 }} catch (ex) {
 466 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
 467 refSeqIndex = 1;
 468 } else {
 469 throw ex;
 470 }
 471 }
 472 } else {
 473 this.refSeq = null;
 474 this.refSeqId = null;
 475 }continue;
 476 } else if (token.equalsIgnoreCase ("GROUP_REF")) {
 477 groupRef = null;
 478 if (st.hasMoreTokens ()) {
 479 groupRef = st.nextToken ();
 480 if (groupRef.length < 1) {
 481 groupRef = null;
 482 } else {
 483 if (groupRefRows.get (groupRef) == null) {
 484 groupRefRows.put (groupRef,  new java.util.Vector ());
 485 }}}continue;
 486 } else if (token.equalsIgnoreCase ("SEQUENCE_GROUP")) {
 487 this.addGroup (al, st);
 488 modified = true;
 489 continue;
 490 } else if (token.equalsIgnoreCase ("PROPERTIES")) {
 491 this.addProperties (al, st);
 492 modified = true;
 493 continue;
 494 } else if (token.equalsIgnoreCase ("BELOW_ALIGNMENT")) {
 495 this.setBelowAlignment (al, st);
 496 modified = true;
 497 continue;
 498 } else if (token.equalsIgnoreCase ("ALIGNMENT")) {
 499 this.addAlignmentDetails (al, st);
 500 modified = true;
 501 continue;
 502 } else if (token.equalsIgnoreCase ("VIEW_SETREF")) {
 503 if (this.refSeq != null) {
 504 al.setSeqrep (this.refSeq);
 505 }modified = true;
 506 continue;
 507 } else if (token.equalsIgnoreCase ("VIEW_HIDECOLS")) {
 508 if (st.hasMoreTokens ()) {
 509 if (colSel == null) {
 510 colSel =  new jalview.datamodel.ColumnSelection ();
 511 }this.parseHideCols (colSel, st.nextToken ());
 512 }modified = true;
 513 continue;
 514 } else if (token.equalsIgnoreCase ("HIDE_INSERTIONS")) {
 515 var sr = this.refSeq == null ? al.getSeqrep () : this.refSeq;
 516 if (sr == null) {
 517 sr = al.getSequenceAt (0);
 518 }if (sr != null) {
 519 if (colSel == null) {
 520 System.err.println ("Cannot process HIDE_INSERTIONS without an alignment view: Ignoring line: " + line);
 521 } else {
 522 colSel.hideInsertionsFor (sr);
 523 }}modified = true;
 524 continue;
 525 }graphStyle = jalview.datamodel.AlignmentAnnotation.getGraphValueFromString (token);
 526 label = st.nextToken ();
 527 index = 0;
 528 annotations =  new Array (alWidth);
 529 description = null;
 530 var score = NaN;
 531 if (st.hasMoreTokens ()) {
 532 line = st.nextToken ();
 533 if (line.indexOf ("|") == -1) {
 534 description = line;
 535 if (st.hasMoreTokens ()) {
 536 line = st.nextToken ();
 537 }}if (st.hasMoreTokens ()) {
 538 score = Float.$valueOf (st.nextToken ()).floatValue ();
 539 }st =  new java.util.StringTokenizer (line, "|", true);
 540 var emptyColumn = true;
 541 var onlyOneElement = (st.countTokens () == 1);
 542 while (st.hasMoreElements () && index < alWidth) {
 543 token = st.nextToken ().trim ();
 544 if (onlyOneElement) {
 545 try {
 546 score = Float.$valueOf (token).floatValue ();
 547 break;
 548 } catch (ex) {
 549 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {
 550 } else {
 551 throw ex;
 552 }
 553 }
 554 }if (token.equals ("|")) {
 555 if (emptyColumn) {
 556 index++;
 557 }emptyColumn = true;
 558 } else {
 559 annotations[index++] = this.parseAnnotation (token, graphStyle);
 560 emptyColumn = false;
 561 }}
 562 }annotation =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (label, description, (index == 0) ? null : annotations, 0, 0, graphStyle);
 563 annotation.score = score;
 564 if (!overrideAutoAnnot && autoAnnots.containsKey (this.autoAnnotsKey (annotation, this.refSeq, groupRef))) {
 565 continue;
 566 }if (this.refSeq != null) {
 567 annotation.belowAlignment = false;
 568 var referedSeq = this.refSeq;
 569 do {
 570 var ann =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (annotation);
 571 annotation.createSequenceMapping (referedSeq, refSeqIndex, false);
 572 annotation.adjustForAlignment ();
 573 referedSeq.addAlignmentAnnotation (annotation);
 574 al.addAnnotation (annotation);
 575 al.setAnnotationIndex (annotation, al.getAlignmentAnnotation ().length - existingAnnotations - 1);
 576 if (groupRef != null) {
 577 (groupRefRows.get (groupRef)).addElement (annotation);
 578 }annotation = ann;
 579 } while (this.refSeqId != null && (referedSeq = al.findName (referedSeq, this.refSeqId, true)) != null);
 580 } else {
 581 al.addAnnotation (annotation);
 582 al.setAnnotationIndex (annotation, al.getAlignmentAnnotation ().length - existingAnnotations - 1);
 583 if (groupRef != null) {
 584 (groupRefRows.get (groupRef)).addElement (annotation);
 585 }}modified = true;
 586 }
 587 var groupRefLookup =  new java.util.Hashtable ();
 588 var en = groupRefRows.keys ();
 589 while (en.hasMoreElements ()) {
 590 groupRef = en.nextElement ();
 591 var matched = false;
 592 for (var theGroup, $theGroup = al.getGroups ().iterator (); $theGroup.hasNext () && ((theGroup = $theGroup.next ()) || true);) {
 593 if (theGroup.getName ().equals (groupRef)) {
 594 if (matched) {
 595 System.err.println ("Ignoring 1:many group reference mappings for group name '" + groupRef + "'");
 596 } else {
 597 matched = true;
 598 var rowset = groupRefRows.get (groupRef);
 599 groupRefLookup.put (groupRef, theGroup);
 600 if (rowset != null && rowset.size () > 0) {
 601 var alan = null;
 602 for (var elm = 0, elmSize = rowset.size (); elm < elmSize; elm++) {
 603 alan = rowset.elementAt (elm);
 604 alan.groupRef = theGroup;
 605 }
 606 }}}}
 607 (groupRefRows.get (groupRef)).removeAllElements ();
 608 }
 609 for (var _deferred_args, $_deferred_args = deferredAnnotation_calls.iterator (); $_deferred_args.hasNext () && ((_deferred_args = $_deferred_args.next ()) || true);) {
 610 if (_deferred_args[0] === jalview.io.AnnotationFile.GRAPHLINE) {
 611 this.addLine (al, _deferred_args[1], _deferred_args[2], (_deferred_args[3] == null) ? null : groupRefLookup.get (_deferred_args[3]));
 612 }}
 613 var combinecount = 0;
 614 for (var _combine_args, $_combine_args = combineAnnotation_calls.iterator (); $_combine_args.hasNext () && ((_combine_args = $_combine_args.next ()) || true);) {
 615 this.combineAnnotations (al, ++combinecount, _combine_args[0], _combine_args[1], (_combine_args[2] == null) ? null : groupRefLookup.get (_combine_args[2]));
 616 }
 617 }return modified;
 618 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.ColumnSelection,java.io.BufferedReader");
 619 Clazz.defineMethod (c$, "parseHideCols",
 620 ($fz = function (colSel, nextToken) {
 621 var inval =  new java.util.StringTokenizer (nextToken, ",");
 622 while (inval.hasMoreTokens ()) {
 623 var range = inval.nextToken ().trim ();
 624 var from;
 625 var to = range.indexOf ("-");
 626 if (to == -1) {
 627 from = to = Integer.parseInt (range);
 628 if (from >= 0) {
 629 colSel.hideColumns (from, to);
 630 }} else {
 631 from = Integer.parseInt (range.substring (0, to));
 632 if (to < range.length - 1) {
 633 to = Integer.parseInt (range.substring (to + 1));
 634 } else {
 635 to = from;
 636 }if (from > 0 && to >= from) {
 637 colSel.hideColumns (from, to);
 638 }}}
 639 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.datamodel.ColumnSelection,~S");
 640 Clazz.defineMethod (c$, "autoAnnotsKey",
 641 ($fz = function (annotation, refSeq, groupRef) {
 642 return annotation.graph + "\t" + annotation.label + "\t" + annotation.description + "\t" + (refSeq != null ? refSeq.getDisplayId (true) : "");
 643 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,jalview.datamodel.SequenceI,~S");
 644 Clazz.defineMethod (c$, "parseAnnotation",
 645 function (string, graphStyle) {
 646 var hasSymbols = (graphStyle == 0);
 647 var desc = null;
 648 var displayChar = null;
 649 var ss = ' ';
 650 var value = 0;
 651 var parsedValue = false;
 652 var dcset = false;
 653 var colour = null;
 654 var i = string.indexOf ("[");
 655 var j = string.indexOf ("]");
 656 if (i > -1 && j > -1) {
 657 var ucs =  new jalview.schemes.UserColourScheme ();
 658 colour = ucs.getColourFromString (string.substring (i + 1, j));
 659 if (i > 0 && string.charAt (i - 1) == ',') {
 660 i--;
 661 }string = string.substring (0, i) + string.substring (j + 1);
 662 }var st =  new java.util.StringTokenizer (string, ",", true);
 663 var token;
 664 var seenContent = false;
 665 var pass = 0;
 666 while (st.hasMoreTokens ()) {
 667 pass++;
 668 token = st.nextToken ().trim ();
 669 if (token.equals (",")) {
 670 if (!seenContent && parsedValue && !dcset) {
 671 dcset = true;
 672 displayChar = " ";
 673 }seenContent = false;
 674 continue;
 675 } else {
 676 seenContent = true;
 677 }if (!parsedValue) {
 678 try {
 679 displayChar = token;
 680 value =  new Float (token).floatValue ();
 681 parsedValue = true;
 682 continue;
 683 } catch (ex) {
 684 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {
 685 } else {
 686 throw ex;
 687 }
 688 }
 689 } else {
 690 if (token.length == 1) {
 691 displayChar = token;
 692 }}if (hasSymbols && (token.equals ("H") || token.equals ("E") || token.equals ("S") || token.equals (" "))) {
 693 ss = token.charAt (0);
 694 if (displayChar.equals (token.substring (0, 1))) {
 695 displayChar = "";
 696 }} else if (desc == null || (parsedValue && pass > 2)) {
 697 desc = token;
 698 }}
 699 if (displayChar != null && desc != null && desc.length == 1) {
 700 if (displayChar.length > 1) {
 701 var tmp = displayChar;
 702 displayChar = desc;
 703 desc = tmp;
 704 } else {
 705 if (displayChar.equals (desc)) {
 706 desc = null;
 707 }}}var anot =  new jalview.datamodel.Annotation (displayChar, desc, ss, value);
 708 anot.colour = colour;
 709 return anot;
 710 }, "~S,~N");
 711 Clazz.defineMethod (c$, "colourAnnotations",
 712 function (al, label, colour) {
 713 var ucs =  new jalview.schemes.UserColourScheme (colour);
 714 var annotations;
 715 for (var i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation ().length; i++) {
 716 if (al.getAlignmentAnnotation ()[i].label.equalsIgnoreCase (label)) {
 717 annotations = al.getAlignmentAnnotation ()[i].annotations;
 718 for (var j = 0; j < annotations.length; j++) {
 719 if (annotations[j] != null) {
 720 annotations[j].colour = ucs.findColour ('A');
 721 }}
 722 }}
 723 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,~S,~S");
 724 Clazz.defineMethod (c$, "combineAnnotations",
 725 function (al, combineCount, st, seqRef, groupRef) {
 726 var group = st.nextToken ();
 727 var graphGroup = 0;
 728 if (al.getAlignmentAnnotation () != null) {
 729 for (var i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation ().length; i++) {
 730 var aa = al.getAlignmentAnnotation ()[i];
 731 if (aa.graphGroup > graphGroup) {
 732 graphGroup = aa.graphGroup + 1;
 733 }if (aa.sequenceRef === seqRef && aa.groupRef === groupRef && aa.label.equalsIgnoreCase (group)) {
 734 if (aa.graphGroup > -1) {
 735 graphGroup = aa.graphGroup;
 736 } else {
 737 if (graphGroup <= combineCount) {
 738 graphGroup = combineCount + 1;
 739 }aa.graphGroup = graphGroup;
 740 }break;
 741 }}
 742 while (st.hasMoreTokens ()) {
 743 group = st.nextToken ();
 744 for (var i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation ().length; i++) {
 745 var aa = al.getAlignmentAnnotation ()[i];
 746 if (aa.sequenceRef === seqRef && aa.groupRef === groupRef && aa.label.equalsIgnoreCase (group)) {
 747 aa.graphGroup = graphGroup;
 748 break;
 749 }}
 750 }
 751 } else {
 752 System.err.println ("Couldn't combine annotations. None are added to alignment yet!");
 753 }}, "jalview.datamodel.AlignmentI,~N,java.util.StringTokenizer,jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceGroup");
 754 Clazz.defineMethod (c$, "addLine",
 755 function (al, st, seqRef, groupRef) {
 756 var group = st.nextToken ();
 757 var annotation = null;
 758 var alannot = al.getAlignmentAnnotation ();
 759 var value =  new Float (st.nextToken ()).floatValue ();
 760 var label = st.hasMoreTokens () ? st.nextToken () : null;
 761 var colour = null;
 762 if (st.hasMoreTokens ()) {
 763 var ucs =  new jalview.schemes.UserColourScheme (st.nextToken ());
 764 colour = ucs.findColour ('A');
 765 }if (alannot != null) {
 766 for (var i = 0; i < alannot.length; i++) {
 767 if (alannot[i].label.equalsIgnoreCase (group) && (seqRef == null || alannot[i].sequenceRef === seqRef) && (groupRef == null || alannot[i].groupRef === groupRef)) {
 768 alannot[i].setThreshold ( new jalview.datamodel.GraphLine (value, label, colour));
 769 }}
 770 }if (annotation == null) {
 771 return;
 772 }}, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.StringTokenizer,jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceGroup");
 773 Clazz.defineMethod (c$, "addGroup",
 774 function (al, st) {
 775 var sg =  new jalview.datamodel.SequenceGroup ();
 776 sg.setName (st.nextToken ());
 777 var rng = "";
 778 try {
 779 rng = st.nextToken ();
 780 if (rng.length > 0 && !rng.startsWith ("*")) {
 781 sg.setStartRes (Integer.parseInt (rng) - 1);
 782 } else {
 783 sg.setStartRes (0);
 784 }rng = st.nextToken ();
 785 if (rng.length > 0 && !rng.startsWith ("*")) {
 786 sg.setEndRes (Integer.parseInt (rng) - 1);
 787 } else {
 788 sg.setEndRes (al.getWidth () - 1);
 789 }} catch (e) {
 790 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 791 System.err.println ("Couldn't parse Group Start or End Field as '*' or a valid column or sequence index: '" + rng + "' - assuming alignment width for group.");
 792 sg.setStartRes (0);
 793 sg.setEndRes (al.getWidth () - 1);
 794 } else {
 795 throw e;
 796 }
 797 }
 798 var index = st.nextToken ();
 799 if (index.equals ("-1")) {
 800 while (st.hasMoreElements ()) {
 801 sg.addSequence (al.findName (st.nextToken ()), false);
 802 }
 803 } else {
 804 var st2 =  new java.util.StringTokenizer (index, ",");
 805 while (st2.hasMoreTokens ()) {
 806 var tmp = st2.nextToken ();
 807 if (tmp.equals ("*")) {
 808 for (var i = 0; i < al.getHeight (); i++) {
 809 sg.addSequence (al.getSequenceAt (i), false);
 810 }
 811 } else if (tmp.indexOf ("-") >= 0) {
 812 var st3 =  new java.util.StringTokenizer (tmp, "-");
 813 var start = (Integer.parseInt (st3.nextToken ()));
 814 var end = (Integer.parseInt (st3.nextToken ()));
 815 if (end > start) {
 816 for (var i = start; i <= end; i++) {
 817 sg.addSequence (al.getSequenceAt (i - 1), false);
 818 }
 819 }} else {
 820 sg.addSequence (al.getSequenceAt (Integer.parseInt (tmp) - 1), false);
 821 }}
 822 }if (this.refSeq != null) {
 823 sg.setStartRes (this.refSeq.findIndex (sg.getStartRes () + 1) - 1);
 824 sg.setEndRes (this.refSeq.findIndex (sg.getEndRes () + 1) - 1);
 825 sg.setSeqrep (this.refSeq);
 826 }if (sg.getSize () > 0) {
 827 al.addGroup (sg);
 828 }}, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.StringTokenizer");
 829 Clazz.defineMethod (c$, "addRowProperties",
 830 function (al, st) {
 831 var label = st.nextToken ();
 832 var keyValue;
 833 var key;
 834 var value;
 835 var scaletofit = false;
 836 var centerlab = false;
 837 var showalllabs = false;
 838 while (st.hasMoreTokens ()) {
 839 keyValue = st.nextToken ();
 840 key = keyValue.substring (0, keyValue.indexOf ("="));
 841 value = keyValue.substring (keyValue.indexOf ("=") + 1);
 842 if (key.equalsIgnoreCase ("scaletofit")) {
 843 scaletofit = Boolean.$valueOf (value).booleanValue ();
 844 }if (key.equalsIgnoreCase ("showalllabs")) {
 845 showalllabs = Boolean.$valueOf (value).booleanValue ();
 846 }if (key.equalsIgnoreCase ("centrelabs")) {
 847 centerlab = Boolean.$valueOf (value).booleanValue ();
 848 }var alr = al.getAlignmentAnnotation ();
 849 if (alr != null) {
 850 for (var i = 0; i < alr.length; i++) {
 851 if (alr[i].label.equalsIgnoreCase (label)) {
 852 alr[i].centreColLabels = centerlab;
 853 alr[i].scaleColLabel = scaletofit;
 854 alr[i].showAllColLabels = showalllabs;
 855 }}
 856 }}
 857 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.StringTokenizer");
 858 Clazz.defineMethod (c$, "addProperties",
 859 function (al, st) {
 860 if (al.getGroups () == null) {
 861 return;
 862 }var name = st.nextToken ();
 863 var sg = null;
 864 for (var _sg, $_sg = al.getGroups ().iterator (); $_sg.hasNext () && ((_sg = $_sg.next ()) || true);) {
 865 if ((sg = _sg).getName ().equals (name)) {
 866 break;
 867 } else {
 868 sg = null;
 869 }}
 870 if (sg != null) {
 871 var keyValue;
 872 var key;
 873 var value;
 874 var def = sg.cs;
 875 sg.cs = null;
 876 while (st.hasMoreTokens ()) {
 877 keyValue = st.nextToken ();
 878 key = keyValue.substring (0, keyValue.indexOf ("="));
 879 value = keyValue.substring (keyValue.indexOf ("=") + 1);
 880 if (key.equalsIgnoreCase ("description")) {
 881 sg.setDescription (value);
 882 } else if (key.equalsIgnoreCase ("colour")) {
 883 sg.cs = jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColour (al, value);
 884 } else if (key.equalsIgnoreCase ("pidThreshold")) {
 885 sg.cs.setThreshold (Integer.parseInt (value), true);
 886 } else if (key.equalsIgnoreCase ("consThreshold")) {
 887 sg.cs.setConservationInc (Integer.parseInt (value));
 888 var c =  new jalview.analysis.Conservation ("Group", jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3, sg.getSequences (null), sg.getStartRes (), sg.getEndRes () + 1);
 889 c.calculate ();
 890 c.verdict (false, 25);
 891 sg.cs.setConservation (c);
 892 } else if (key.equalsIgnoreCase ("outlineColour")) {
 893 sg.setOutlineColour ( new jalview.schemes.UserColourScheme (value).findColour ('A'));
 894 } else if (key.equalsIgnoreCase ("displayBoxes")) {
 895 sg.setDisplayBoxes (Boolean.$valueOf (value).booleanValue ());
 896 } else if (key.equalsIgnoreCase ("showUnconserved")) {
 897 sg.setShowNonconserved (Boolean.$valueOf (value).booleanValue ());
 898 } else if (key.equalsIgnoreCase ("displayText")) {
 899 sg.setDisplayText (Boolean.$valueOf (value).booleanValue ());
 900 } else if (key.equalsIgnoreCase ("colourText")) {
 901 sg.setColourText (Boolean.$valueOf (value).booleanValue ());
 902 } else if (key.equalsIgnoreCase ("textCol1")) {
 903 sg.textColour =  new jalview.schemes.UserColourScheme (value).findColour ('A');
 904 } else if (key.equalsIgnoreCase ("textCol2")) {
 905 sg.textColour2 =  new jalview.schemes.UserColourScheme (value).findColour ('A');
 906 } else if (key.equalsIgnoreCase ("textColThreshold")) {
 907 sg.thresholdTextColour = Integer.parseInt (value);
 908 } else if (key.equalsIgnoreCase ("idColour")) {
 909 sg.setIdColour ((def =  new jalview.schemes.UserColourScheme (value)).findColour ('A'));
 910 } else if (key.equalsIgnoreCase ("hide")) {
 911 sg.setHidereps (true);
 912 } else if (key.equalsIgnoreCase ("hidecols")) {
 913 sg.setHideCols (true);
 914 }sg.recalcConservation ();
 915 }
 916 if (sg.cs == null) {
 917 sg.cs = def;
 918 }}}, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.StringTokenizer");
 919 Clazz.defineMethod (c$, "setBelowAlignment",
 920 function (al, st) {
 921 var token;
 922 var aa;
 923 var ala = al.getAlignmentAnnotation ();
 924 if (ala == null) {
 925 System.err.print ("Warning - no annotation to set below for sequence associated annotation:");
 926 }while (st.hasMoreTokens ()) {
 927 token = st.nextToken ();
 928 if (ala == null) {
 929 System.err.print (" " + token);
 930 } else {
 931 for (var i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation ().length; i++) {
 932 aa = al.getAlignmentAnnotation ()[i];
 933 if (aa.sequenceRef === this.refSeq && aa.label.equals (token)) {
 934 aa.belowAlignment = true;
 935 }}
 936 }}
 937 if (ala == null) {
 938 System.err.print ("\n");
 939 }}, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.StringTokenizer");
 940 Clazz.defineMethod (c$, "addAlignmentDetails",
 941 function (al, st) {
 942 var keyValue;
 943 var key;
 944 var value;
 945 while (st.hasMoreTokens ()) {
 946 keyValue = st.nextToken ();
 947 key = keyValue.substring (0, keyValue.indexOf ("="));
 948 value = keyValue.substring (keyValue.indexOf ("=") + 1);
 949 al.setProperty (key, value);
 950 }
 951 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.StringTokenizer");
 952 Clazz.defineMethod (c$, "printCSVAnnotations",
 953 function (annotations) {
 954 var sp =  new StringBuffer ();
 955 for (var i = 0; i < annotations.length; i++) {
 956 var atos = annotations[i].toString ();
 957 var p = 0;
 958 do {
 959 var cp = atos.indexOf ("\n", p);
 960 sp.append (annotations[i].label);
 961 sp.append (",");
 962 if (cp > p) {
 963 sp.append (atos.substring (p, cp + 1));
 964 } else {
 965 sp.append (atos.substring (p));
 966 sp.append (this.newline);
 967 }p = cp + 1;
 968 } while (p > 0);
 969 }
 970 return sp.toString ();
 971 }, "~A");
 972 Clazz.defineMethod (c$, "printAnnotationsForView",
 973 function (viewport) {
 974 return this.printAnnotations (viewport.isShowAnnotation () ? viewport.getAlignment ().getAlignmentAnnotation () : null, viewport.getAlignment ().getGroups (), viewport.getAlignment ().getProperties (), viewport.getColumnSelection (), viewport.getAlignment (), null);
 975 }, "jalview.api.AlignViewportI");
 976 Clazz.defineMethod (c$, "printAnnotationsForAlignment",
 977 function (al) {
 978 return this.printAnnotations (al.getAlignmentAnnotation (), al.getGroups (), al.getProperties (), null, al, null);
 979 }, "jalview.datamodel.AlignmentI");
 980 c$.$AnnotationFile$ViewDef$ = function () {
 981 Clazz.pu$h ();
 982 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
 983 Clazz.prepareCallback (this, arguments);
 984 this.viewname = null;
 985 this.hidseqs = null;
 986 this.hiddencols = null;
 987 this.visibleGroups = null;
 988 this.hiddenRepSeqs = null;
 989 Clazz.instantialize (this, arguments);
 990 }, jalview.io.AnnotationFile, "ViewDef");
 991 Clazz.makeConstructor (c$,
 992 function (a, b, c, d) {
 993 this.viewname = a;
 994 this.hidseqs = b;
 995 this.hiddencols = c;
 996 this.hiddenRepSeqs = d;
 997 }, "~S,jalview.datamodel.HiddenSequences,jalview.datamodel.ColumnSelection,java.util.Hashtable");
 998 c$ = Clazz.p0p ();
 999 };
1000 Clazz.defineStatics (c$,
1001 "GRAPHLINE", "GRAPHLINE",
1002 "COMBINE", "COMBINE");
1003 });