bin/jalview/io/IdentifyFile.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");
   2 Clazz.load (null, "jalview.io.IdentifyFile", ["jalview.io.FileParse"], function () {
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.io, "IdentifyFile");
   4 Clazz.defineMethod (c$, "Identify",
   5 function (file, protocol) {
   6 var emessage = "UNIDENTIFIED FILE PARSING ERROR";
   7 var parser = null;
   8 try {
   9 parser =  new jalview.io.FileParse (file, protocol);
  10 if (parser.isValid ()) {
  11 return this.Identify (parser);
  12 }} catch (e) {
  13 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
  14 System.err.println ("Error whilst identifying");
  15 e.printStackTrace (System.err);
  16 emessage = e.getMessage ();
  17 } else {
  18 throw e;
  19 }
  20 }
  21 if (parser != null) {
  22 return parser.errormessage;
  23 }return emessage;
  24 }, "~S,~S");
  25 Clazz.defineMethod (c$, "Identify",
  26 function (source) {
  27 return this.Identify (source, true);
  28 }, "jalview.io.FileParse");
  29 Clazz.defineMethod (c$, "Identify",
  30 function (source, closeSource) {
  31 var reply = "PFAM";
  32 var data;
  33 var length = 0;
  34 var lineswereskipped = false;
  35 var isBinary = false;
  36 try {
  37 if (!closeSource) {
  38 source.mark ();
  39 }while ((data = source.nextLine ()) != null) {
  40 length += data.trim ().length;
  41 if (!lineswereskipped) {
  42 for (var i = 0; !isBinary && i < data.length; i++) {
  43 var c = data.charAt (i);
  44 isBinary = (c.charCodeAt (0) < 32 && c != '\t' && c != '\n' && c != '\r' && c.charCodeAt (0) != 5 && c.charCodeAt (0) != 27);
  45 }
  46 }if (isBinary) {
  47 if (source.inFile != null) {
  48 var fileStr = source.inFile.getName ();
  49 if (fileStr.lastIndexOf (".jar") > -1 || fileStr.lastIndexOf (".zip") > -1) {
  50 reply = "Jalview";
  51 }}if (!lineswereskipped && data.startsWith ("PK")) {
  52 reply = "Jalview";
  53 break;
  54 }}data = data.toUpperCase ();
  55 if (data.startsWith ("##GFF-VERSION")) {
  56 reply = "GFF v2 or v3";
  57 break;
  58 }if (data.indexOf ("# STOCKHOLM") > -1) {
  59 reply = "STH";
  60 break;
  61 }if (data.matches ("<HTML(\"[^\"]*\"|'[^']*'|[^'\">])*>")) {
  62 reply = "HTML";
  63 break;
  64 }if (data.matches ("<RNAML (\"[^\"]*\"|'[^']*'|[^'\">])*>")) {
  65 reply = "RNAML";
  66 break;
  67 }if (data.indexOf ("{\"") > -1) {
  68 reply = "JSON";
  69 break;
  70 }if ((data.length < 1) || (data.indexOf ("#") == 0)) {
  71 lineswereskipped = true;
  72 continue;
  73 }if (data.indexOf ("PILEUP") > -1) {
  74 reply = "PileUp";
  75 break;
  76 }if ((data.indexOf ("//") == 0) || ((data.indexOf ("!!") > -1) && (data.indexOf ("!!") < data.indexOf ("_MULTIPLE_ALIGNMENT ")))) {
  77 reply = "MSF";
  78 break;
  79 } else if (data.indexOf ("CLUSTAL") > -1) {
  80 reply = "CLUSTAL";
  81 break;
  82 } else if (data.indexOf (">") > -1) {
  83 var checkPIR = false;
  84 var starterm = false;
  85 if ((data.indexOf (">P1;") > -1) || (data.indexOf (">DL;") > -1)) {
  86 checkPIR = true;
  87 reply = "PIR";
  88 }data = source.nextLine ();
  89 if (data.indexOf (">") > -1) {
  90 reply = "BLC";
  91 } else {
  92 var data1 = source.nextLine ();
  93 var data2 = source.nextLine ();
  94 var c1;
  95 if (checkPIR) {
  96 starterm = (data1 != null && data1.indexOf ("*") > -1) || (data2 != null && data2.indexOf ("*") > -1);
  97 }if (data2 != null && (c1 = data.indexOf ("*")) > -1) {
  98 if (c1 == 0 && c1 == data2.indexOf ("*")) {
  99 reply = "BLC";
 100 } else {
 101 reply = "FASTA";
 102 }} else {
 103 reply = "FASTA";
 104 if (!checkPIR) {
 105 break;
 106 }}}if (checkPIR) {
 107 var dta = null;
 108 if (!starterm) {
 109 do {
 110 try {
 111 dta = source.nextLine ();
 112 } catch (ex) {
 113 if (Clazz.exceptionOf (ex, java.io.IOException)) {
 114 } else {
 115 throw ex;
 116 }
 117 }
 118 ;if (dta != null && dta.indexOf ("*") > -1) {
 119 starterm = true;
 120 }} while (dta != null && !starterm);
 121 }if (starterm) {
 122 reply = "PIR";
 123 break;
 124 } else {
 125 reply = "FASTA";
 126 }}break;
 127 } else if (data.indexOf ("HEADER") == 0 || data.indexOf ("ATOM") == 0) {
 128 reply = "PDB";
 129 break;
 130 } else if (data.matches ("\\s*\\d+\\s+\\d+\\s*")) {
 131 reply = "PHYLIP";
 132 break;
 133 } else if (!lineswereskipped && data.charAt (0) != '*' && data.charAt (0) != ' ' && data.indexOf (":") < data.indexOf (",")) {
 134 reply = "JnetFile";
 135 break;
 136 }lineswereskipped = true;
 137 }
 138 if (closeSource) {
 139 source.close ();
 140 } else {
 141 source.reset ();
 142 }} catch (ex) {
 143 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
 144 System.err.println ("File Identification failed!\n" + ex);
 145 return source.errormessage;
 146 } else {
 147 throw ex;
 148 }
 149 }
 150 if (length == 0) {
 151 System.err.println ("File Identification failed! - Empty file was read.");
 152 return "EMPTY DATA FILE";
 153 }return reply;
 154 }, "jalview.io.FileParse,~B");
 155 Clazz.defineStatics (c$,
 156 "GFF3File", "GFF v2 or v3");
 157 });