bin/jalview/io/MSFfile.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");
   2 Clazz.load (["jalview.io.AlignFile"], "jalview.io.MSFfile", ["jalview.datamodel.Sequence", "jalview.util.Comparison", "$.Format", "java.lang.StringBuffer", "java.util.Hashtable", "$.StringTokenizer", "$.Vector"], function () {
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.io, "MSFfile", jalview.io.AlignFile);
   4 Clazz.makeConstructor (c$,
   5 function () {
   6 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.MSFfile, []);
   7 });
   8 Clazz.overrideMethod (c$, "parse",
   9 function () {
  10 var i = 0;
  11 var seqFlag = false;
  12 var key =  String.instantialize ();
  13 var headers =  new java.util.Vector ();
  14 var seqhash =  new java.util.Hashtable ();
  15 var line;
  16 try {
  17 while ((line = this.nextLine ()) != null) {
  18 var str =  new java.util.StringTokenizer (line);
  19 while (str.hasMoreTokens ()) {
  20 var inStr = str.nextToken ();
  21 if (inStr.indexOf ("Name:") != -1) {
  22 key = str.nextToken ();
  23 headers.addElement (key);
  24 }if (inStr.indexOf ("//") != -1) {
  25 seqFlag = true;
  26 }if ((inStr.indexOf ("//") == -1) && (seqFlag == true)) {
  27 key = inStr;
  28 var tempseq;
  29 if (seqhash.containsKey (key)) {
  30 tempseq = seqhash.get (key);
  31 } else {
  32 tempseq =  new StringBuffer ();
  33 seqhash.put (key, tempseq);
  34 }while (str.hasMoreTokens ()) {
  35 tempseq.append (str.nextToken ());
  36 }
  37 }}
  38 }
  39 } catch (e) {
  40 if (Clazz.exceptionOf (e, java.io.IOException)) {
  41 System.err.println ("Exception parsing MSFFile " + e);
  42 e.printStackTrace ();
  43 } else {
  44 throw e;
  45 }
  46 }
  47 this.noSeqs = headers.size ();
  48 for (i = 0; i < headers.size (); i++) {
  49 if (seqhash.get (headers.elementAt (i)) != null) {
  50 var head = headers.elementAt (i).toString ();
  51 var seq = seqhash.get (head).toString ();
  52 if (this.maxLength < head.length) {
  53 this.maxLength = head.length;
  54 }seq = seq.$replace ('~', '-');
  55 var newSeq = this.parseId (head);
  56 newSeq.setSequence (seq);
  57 this.seqs.addElement (newSeq);
  58 } else {
  59 System.err.println ("MSFFile Parser: Can't find sequence for " + headers.elementAt (i));
  60 }}
  61 });
  62 Clazz.defineMethod (c$, "checkSum",
  63 function (seq) {
  64 var check = 0;
  65 var sequence = seq.toUpperCase ();
  66 for (var i = 0; i < sequence.length; i++) {
  67 try {
  68 var value = sequence.charCodeAt (i);
  69 if (value != -1) {
  70 check += (i % 57 + 1) * value;
  71 }} catch (e) {
  72 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
  73 System.err.println ("Exception during MSF Checksum calculation");
  74 e.printStackTrace ();
  75 } else {
  76 throw e;
  77 }
  78 }
  79 }
  80 return check % 10000;
  81 }, "~S");
  82 Clazz.defineMethod (c$, "print",
  83 function (seqs) {
  84 var is_NA = jalview.util.Comparison.isNucleotide (seqs);
  85 var s =  new Array (seqs.length);
  86 var out =  new StringBuffer ("!!" + (is_NA ? "NA" : "AA") + "_MULTIPLE_ALIGNMENT 1.0");
  87 out.append (this.newline);
  88 out.append (this.newline);
  89 var max = 0;
  90 var maxid = 0;
  91 var i = 0;
  92 while ((i < seqs.length) && (seqs[i] != null)) {
  93 s[i] =  new jalview.datamodel.Sequence (seqs[i].getName (), seqs[i].getSequenceAsString ().$replace ('-', '.'), seqs[i].getStart (), seqs[i].getEnd ());
  94 var sb =  new StringBuffer ();
  95 sb.append (s[i].getSequence ());
  96 for (var ii = 0; ii < sb.length (); ii++) {
  97 if (sb.charAt (ii) == '.') {
  98 sb.setCharAt (ii, '~');
  99 } else {
 100 break;
 101 }}
 102 for (var ii = sb.length () - 1; ii > 0; ii--) {
 103 if (sb.charAt (ii) == '.') {
 104 sb.setCharAt (ii, '~');
 105 } else {
 106 break;
 107 }}
 108 s[i].setSequence (sb.toString ());
 109 if (s[i].getSequence ().length > max) {
 110 max = s[i].getSequence ().length;
 111 }i++;
 112 }
 113 var maxLenpad =  new jalview.util.Format ("%" + ( String.instantialize ("" + max)).length + "d");
 114 var maxChkpad =  new jalview.util.Format ("%" + ( String.instantialize ("1" + max)).length + "d");
 115 i = 0;
 116 var bigChecksum = 0;
 117 var checksums =  Clazz.newIntArray (s.length, 0);
 118 while (i < s.length) {
 119 checksums[i] = this.checkSum (s[i].getSequenceAsString ());
 120 bigChecksum += checksums[i];
 121 i++;
 122 }
 123 var maxNB = 0;
 124 out.append ("   MSF: " + s[0].getSequence ().length + "   Type: " + (is_NA ? "N" : "P") + "    Check:  " + (bigChecksum % 10000) + "   ..");
 125 out.append (this.newline);
 126 out.append (this.newline);
 127 out.append (this.newline);
 128 var nameBlock =  new Array (s.length);
 129 var idBlock =  new Array (s.length);
 130 i = 0;
 131 while ((i < s.length) && (s[i] != null)) {
 132 nameBlock[i] =  String.instantialize ("  Name: " + this.printId (s[i]) + " ");
 133 idBlock[i] =  String.instantialize ("Len: " + maxLenpad.formLong (s[i].getSequence ().length) + "  Check: " + maxChkpad.formLong (checksums[i]) + "  Weight: 1.00" + this.newline);
 134 if (s[i].getName ().length > maxid) {
 135 maxid = s[i].getName ().length;
 136 }if (nameBlock[i].length > maxNB) {
 137 maxNB = nameBlock[i].length;
 138 }i++;
 139 }
 140 if (maxid < 10) {
 141 maxid = 10;
 142 }if (maxNB < 15) {
 143 maxNB = 15;
 144 }var nbFormat =  new jalview.util.Format ("%-" + maxNB + "s");
 145 for (i = 0; (i < s.length) && (s[i] != null); i++) {
 146 out.append (nbFormat.form (nameBlock[i]) + idBlock[i]);
 147 }
 148 maxid++;
 149 out.append (this.newline);
 150 out.append (this.newline);
 151 out.append ("//");
 152 out.append (this.newline);
 153 out.append (this.newline);
 154 var len = 50;
 155 var nochunks = (Clazz.doubleToInt (max / len)) + 1;
 156 if ((max % len) == 0) {
 157 nochunks--;
 158 }for (i = 0; i < nochunks; i++) {
 159 var j = 0;
 160 while ((j < s.length) && (s[j] != null)) {
 161 var name = this.printId (s[j]);
 162 out.append ( new jalview.util.Format ("%-" + maxid + "s").form (name + " "));
 163 for (var k = 0; k < 5; k++) {
 164 var start = (i * 50) + (k * 10);
 165 var end = start + 10;
 166 if ((end < s[j].getSequence ().length) && (start < s[j].getSequence ().length)) {
 167 out.append (s[j].getSequence (start, end));
 168 if (k < 4) {
 169 out.append (" ");
 170 } else {
 171 out.append (this.newline);
 172 }} else {
 173 if (start < s[j].getSequence ().length) {
 174 out.append (s[j].getSequenceAsString ().substring (start));
 175 out.append (this.newline);
 176 } else {
 177 if (k == 0) {
 178 out.append (this.newline);
 179 }}}}
 180 j++;
 181 }
 182 out.append (this.newline);
 183 }
 184 return out.toString ();
 185 }, "~A");
 186 Clazz.defineMethod (c$, "print",
 187 function () {
 188 return this.print (this.getSeqsAsArray ());
 189 });
 190 });