bin/jalview/io/ModellerDescription.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");
   2 Clazz.load (["java.util.Hashtable"], "jalview.io.ModellerDescription", ["jalview.datamodel.DBRefSource", "jalview.jsdev.RegExp", "java.util.StringTokenizer"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.seqTypes = null;
   5 this.Fields = null;
   6 this.TYPE = 0;
   7 this.LOCALID = 1;
   8 this.START = 2;
   9 this.START_CHAIN = 3;
  10 this.END = 4;
  11 this.END_CHAIN = 5;
  12 this.DESCRIPTION1 = 6;
  13 this.DESCRIPTION2 = 7;
  14 this.RESOLUTION = 8;
  15 this.TAIL = 9;
  16 this.Types = null;
  17 this.Padding = null;
  18 this.fields = null;
  19 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.io.ModellerDescription.resCode")) {
  20 jalview.io.ModellerDescription.$ModellerDescription$resCode$ ();
  21 }
  22 Clazz.instantialize (this, arguments);
  23 }, jalview.io, "ModellerDescription");
  24 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  25 this.seqTypes =  Clazz.newArray (-1, ["sequence", "structure", "structureX", "structureN"]);
  26 this.Fields =  Clazz.newArray (-1, ["objectType", "objectId", "startField", "startCode", "endField", "endCode", "description1", "description2", "resolutionField", "tailField"]);
  27 this.Types =  Clazz.newIntArray (-1, [0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0]);
  28 this.Padding =  Clazz.newCharArray (-1, [' ', ' ', ' ', '.', ' ', '.', '.', '.', '.', '.']);
  29 this.fields =  new java.util.Hashtable ();
  30 });
  31 Clazz.makeConstructor (c$,
  32 function () {
  33 this.fields.put (this.Fields[9], "");
  34 });
  35 Clazz.defineMethod (c$, "validResidueCode",
  36 ($fz = function (field) {
  37 var val = null;
  38 var r = jalview.jsdev.RegExp.newRegex (["\\s*((([-0-9]+).?)|FIRST|LAST|@)"]);
  39 if (!r.search (field)) {
  40 return null;
  41 }var value = r.stringMatchedI (3);
  42 if (value == null) {
  43 value = r.stringMatchedI (1);
  44 }try {
  45 val = Integer.$valueOf (value);
  46 return Clazz.innerTypeInstance (jalview.io.ModellerDescription.resCode, this, null, field, val);
  47 } catch (e) {
  48 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
  49 } else {
  50 throw e;
  51 }
  52 }
  53 return Clazz.innerTypeInstance (jalview.io.ModellerDescription.resCode, this, null, field, null);
  54 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~S");
  55 Clazz.defineMethod (c$, "parseDescription",
  56 ($fz = function (desc) {
  57 var fields =  new java.util.Hashtable ();
  58 var st =  new java.util.StringTokenizer (desc, ":", true);
  59 var field;
  60 var type = -1;
  61 if (st.countTokens () > 0) {
  62 var i = 0;
  63 field = st.nextToken (":");
  64 do {
  65 if (this.seqTypes[i].equalsIgnoreCase (field)) {
  66 break;
  67 }} while (++i < this.seqTypes.length);
  68 if (i < this.seqTypes.length) {
  69 st.nextToken ();
  70 type = i;
  71 i = 1;
  72 while (i < 9 && st.hasMoreTokens ()) {
  73 if ((field = st.nextToken (":")) != null) {
  74 if (!field.equals (":")) {
  75 if (this.Types[i] == 1) {
  76 var val = this.validResidueCode (field);
  77 if (val != null) {
  78 fields.put ( String.instantialize (this.Fields[i] + "num"), val);
  79 } else {
  80 type = -1;
  81 };}fields.put (this.Fields[i++], field);
  82 if (st.hasMoreTokens ()) {
  83 st.nextToken ();
  84 }} else {
  85 i++;
  86 }}}
  87 if (i == 9) {
  88 while (st.hasMoreTokens ()) {
  89 var tl = st.nextToken (":");
  90 field += tl.equals (":") ? tl : (":" + tl);
  91 }
  92 fields.put (this.Fields[9], field);
  93 }}}if (type == -1) {
  94 fields =  new java.util.Hashtable ();
  95 fields.put (this.Fields[9],  String.instantialize (desc));
  96 } else {
  97 fields.put (this.Fields[0], this.seqTypes[type]);
  98 }return fields;
  99 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~S");
 100 Clazz.makeConstructor (c$,
 101 function (desc) {
 102 if (desc == null) {
 103 desc = "";
 104 }this.fields = this.parseDescription (desc);
 105 }, "~S");
 106 Clazz.defineMethod (c$, "setStartCode",
 107 function (v) {
 108 var r;
 109 this.fields.put (this.Fields[2] + "num", r = Clazz.innerTypeInstance (jalview.io.ModellerDescription.resCode, this, null, v));
 110 this.fields.put (this.Fields[2], r.field);
 111 }, "~N");
 112 Clazz.defineMethod (c$, "setEndCode",
 113 function (v) {
 114 var r;
 115 this.fields.put (this.Fields[4] + "num", r = Clazz.innerTypeInstance (jalview.io.ModellerDescription.resCode, this, null, v));
 116 this.fields.put (this.Fields[4], r.field);
 117 }, "~N");
 118 Clazz.makeConstructor (c$,
 119 function (seq) {
 120 if (seq.getDescription () != null) {
 121 this.fields = this.parseDescription (seq.getDescription ());
 122 }if (this.isModellerFieldset ()) {
 123 if (this.getStartCode () == null || (this.getStartNum () != seq.getStart () && this.getStartCode ().val != null)) {
 124 this.setStartCode (seq.getStart ());
 125 }if (this.getEndCode () == null || (this.getEndNum () != seq.getEnd () && this.getStartCode () != null && this.getStartCode ().val != null)) {
 126 this.setEndCode (seq.getEnd ());
 127 }} else {
 128 this.setStartCode (seq.getStart ());
 129 this.setEndCode (seq.getEnd ());
 130 this.fields.put (this.Fields[1], seq.getName ());
 131 var t = 0;
 132 if (seq.getDatasetSequence () != null && seq.getDatasetSequence ().getDBRef () != null) {
 133 var dbr = seq.getDatasetSequence ().getDBRef ();
 134 var i;
 135 var j;
 136 for (i = 0, j = dbr.length; i < j; i++) {
 137 if (dbr[i] != null) {
 138 if (dbr[i].getSource ().equals (jalview.datamodel.DBRefSource.PDB)) {
 139 this.fields.put (this.Fields[1], dbr[i].getAccessionId ());
 140 t = 2;
 141 break;
 142 }}}
 143 }this.fields.put (this.Fields[0], this.seqTypes[t]);
 144 }}, "jalview.datamodel.SequenceI");
 145 Clazz.defineMethod (c$, "isModellerFieldset",
 146 function () {
 147 return (this.fields.containsKey (this.Fields[0]));
 148 });
 149 Clazz.defineMethod (c$, "getDescriptionLine",
 150 function () {
 151 var desc = "";
 152 var lastfield = this.Fields.length - 1;
 153 if (this.isModellerFieldset ()) {
 154 var value;
 155 for (; lastfield > 6; lastfield--) {
 156 if (this.fields.containsKey (this.Fields[lastfield])) {
 157 break;
 158 }}
 159 for (var i = 0; i < lastfield; i++) {
 160 value = this.fields.get (this.Fields[i]);
 161 if (value != null && value.length > 0) {
 162 desc += (this.fields.get (this.Fields[i])) + ":";
 163 } else {
 164 desc += this.Padding[i] + ":";
 165 }}
 166 }if (this.fields.containsKey (this.Fields[lastfield])) {
 167 desc += this.fields.get (this.Fields[lastfield]);
 168 } else {
 169 desc += ".";
 170 }return desc;
 171 });
 172 Clazz.defineMethod (c$, "getStartNum",
 173 function () {
 174 var start = 0;
 175 var val = this.getStartCode ();
 176 if (val != null && val.val != null) {
 177 return val.val.intValue ();
 178 }return start;
 179 });
 180 Clazz.defineMethod (c$, "getStartCode",
 181 function () {
 182 if (this.isModellerFieldset () && this.fields.containsKey (this.Fields[2] + "num")) {
 183 return this.fields.get (this.Fields[2] + "num");
 184 }return null;
 185 });
 186 Clazz.defineMethod (c$, "getEndCode",
 187 function () {
 188 if (this.isModellerFieldset () && this.fields.containsKey (this.Fields[4] + "num")) {
 189 return this.fields.get (this.Fields[4] + "num");
 190 }return null;
 191 });
 192 Clazz.defineMethod (c$, "getEndNum",
 193 function () {
 194 var end = 0;
 195 var val = this.getEndCode ();
 196 if (val != null && val.val != null) {
 197 return val.val.intValue ();
 198 }return end;
 199 });
 200 Clazz.defineMethod (c$, "updateSequenceI",
 201 function (newSeq) {
 202 if (this.isModellerFieldset ()) {
 203 var rc = this.getStartCode ();
 204 if (rc != null && rc.val != null) {
 205 newSeq.setStart (this.getStartNum ());
 206 } else {
 207 newSeq.setStart (1);
 208 }rc = this.getEndCode ();
 209 if (rc != null && rc.val != null) {
 210 newSeq.setEnd (this.getEndNum ());
 211 } else {
 212 newSeq.setEnd (newSeq.getStart () + newSeq.getLength ());
 213 }return true;
 214 }return false;
 215 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
 216 c$.$ModellerDescription$resCode$ = function () {
 217 Clazz.pu$h ();
 218 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
 219 Clazz.prepareCallback (this, arguments);
 220 this.val = null;
 221 this.field = null;
 222 Clazz.instantialize (this, arguments);
 223 }, jalview.io.ModellerDescription, "resCode");
 224 Clazz.makeConstructor (c$,
 225 function (a, b) {
 226 this.val = b;
 227 this.field = a;
 228 }, "~S,Integer");
 229 Clazz.makeConstructor (c$,
 230 function (a) {
 231 this.val =  new Integer (a);
 232 this.field = this.val.toString ();
 233 }, "~N");
 234 c$ = Clazz.p0p ();
 235 };
 236 });