bin/jalview/io/NewickFile.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");
   2 Clazz.load (["jalview.io.FileParse", "jalview.jsdev.RegExp"], "jalview.io.NewickFile", ["jalview.datamodel.SequenceNode", "jalview.util.MessageManager", "java.io.BufferedReader", "$.IOException", "java.lang.Float", "$.StringBuffer", "java.util.StringTokenizer"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.root = null;
   5 this.$HasBootstrap = false;
   6 this.$HasDistances = false;
   7 this.RootHasDistance = false;
   8 this.ReplaceUnderscores = false;
   9 this.printRootInfo = true;
  10 this.NodeSafeName = null;
  11 this.QuoteChar = '\'';
  12 Clazz.instantialize (this, arguments);
  13 }, jalview.io, "NewickFile", jalview.io.FileParse);
  14 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  15 this.NodeSafeName =  Clazz.newArray (-1, [jalview.jsdev.RegExp.perlCode ("m/[\\[,:'()]/"), jalview.jsdev.RegExp.perlCode ("s/'/''/"), jalview.jsdev.RegExp.perlCode ("s/\\/w/_/")]);
  16 });
  17 Clazz.makeConstructor (c$,
  18 function (inStr) {
  19 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.NewickFile, [inStr, "Paste"]);
  20 }, "~S");
  21 Clazz.makeConstructor (c$,
  22 function (newtree) {
  23 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.NewickFile, []);
  24 this.root = newtree;
  25 }, "jalview.datamodel.SequenceNode");
  26 Clazz.makeConstructor (c$,
  27 function (newtree, bootstrap) {
  28 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.NewickFile, []);
  29 this.$HasBootstrap = bootstrap;
  30 this.root = newtree;
  31 }, "jalview.datamodel.SequenceNode,~B");
  32 Clazz.makeConstructor (c$,
  33 function (newtree, bootstrap, distances) {
  34 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.NewickFile, []);
  35 this.root = newtree;
  36 this.$HasBootstrap = bootstrap;
  37 this.$HasDistances = distances;
  38 }, "jalview.datamodel.SequenceNode,~B,~B");
  39 Clazz.makeConstructor (c$,
  40 function (newtree, bootstrap, distances, rootdistance) {
  41 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.NewickFile, []);
  42 this.root = newtree;
  43 this.$HasBootstrap = bootstrap;
  44 this.$HasDistances = distances;
  45 this.RootHasDistance = rootdistance;
  46 }, "jalview.datamodel.SequenceNode,~B,~B,~B");
  47 Clazz.defineMethod (c$, "ErrorStringrange",
  48 ($fz = function (Error, Er, r, p, s) {
  49 return ((Error == null) ? "" : Error) + Er + " at position " + p + " ( " + s.substring (((p - r) < 0) ? 0 : (p - r), ((p + r) > s.length) ? s.length : (p + r)) + " )\n";
  50 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~S,~S,~N,~N,~S");
  51 Clazz.defineMethod (c$, "HasBootstrap",
  52 function () {
  53 return this.$HasBootstrap;
  54 });
  55 Clazz.defineMethod (c$, "HasDistances",
  56 function () {
  57 return this.$HasDistances;
  58 });
  59 Clazz.defineMethod (c$, "HasRootDistance",
  60 function () {
  61 return this.RootHasDistance;
  62 });
  63 Clazz.defineMethod (c$, "parse",
  64 function () {
  65 var nf;
  66 {
  67 var file =  new StringBuffer ();
  68 while ((nf = this.nextLine ()) != null) {
  69 file.append (nf);
  70 }
  71 nf = file.toString ();
  72 }this.root =  new jalview.datamodel.SequenceNode ();
  73 var realroot = null;
  74 var c = this.root;
  75 var d = -1;
  76 var cp = 0;
  77 var Error = null;
  78 var nodename = null;
  79 var commentString2 = null;
  80 var DefDistance = 0.001;
  81 var DefBootstrap = -1;
  82 var distance = DefDistance;
  83 var bootstrap = DefBootstrap;
  84 var ascending = false;
  85 var majorsyms = jalview.jsdev.RegExp.newRegex (["[(\\['),;]"]);
  86 var nextcp = 0;
  87 var ncp = cp;
  88 var parsednodename = false;
  89 while (majorsyms.searchFrom (nf, cp) && (Error == null)) {
  90 var fcp = majorsyms.matchedFrom ();
  91 var schar;
  92 switch (schar = nf.charAt (fcp)) {
  93 case '(':
  94 if (ascending) {
  95 Error = this.ErrorStringrange (Error, "Unexpected '('", 7, fcp, nf);
  96 continue;
  97 };d++;
  98 if (c.right () == null) {
  99 c.setRight ( new jalview.datamodel.SequenceNode (null, c, null, DefDistance, DefBootstrap, false));
 100 c = c.right ();
 101 } else {
 102 if (c.left () != null) {
 103 var tmpn =  new jalview.datamodel.SequenceNode (null, c, null, 0, 0, true);
 104 tmpn.SetChildren (c.left (), c.right ());
 105 c.setRight (tmpn);
 106 }c.setLeft ( new jalview.datamodel.SequenceNode (null, c, null, DefDistance, DefBootstrap, false));
 107 c = c.left ();
 108 }if (realroot == null) {
 109 realroot = c;
 110 }nodename = null;
 111 distance = DefDistance;
 112 bootstrap = DefBootstrap;
 113 cp = fcp + 1;
 114 break;
 115 case '\'':
 116 var qnodename = jalview.jsdev.RegExp.newRegex (["'([^']|'')+'"]);
 117 if (qnodename.searchFrom (nf, fcp)) {
 118 var nl = qnodename.stringMatched ().length;
 119 nodename =  String.instantialize (qnodename.stringMatched ().substring (1, nl - 1));
 120 var xpandquotes = jalview.jsdev.RegExp.perlCode ("s/''/'/");
 121 var widernodename = xpandquotes.replaceAll (nodename);
 122 nodename = widernodename;
 123 nextcp = fcp + nl + 1;
 124 parsednodename = true;
 125 } else {
 126 Error = this.ErrorStringrange (Error, "Unterminated quotes for nodename", 7, fcp, nf);
 127 }break;
 128 default:
 129 if (schar == ';') {
 130 if (d != -1) {
 131 Error = this.ErrorStringrange (Error, "Wayward semicolon (depth=" + d + ")", 7, fcp, nf);
 132 }}if (schar == '[') {
 133 var comment = jalview.jsdev.RegExp.newRegex (["]"]);
 134 if (comment.searchFrom (nf, fcp)) {
 135 nextcp = comment.matchedFrom () + 1;
 136 this.warningMessage = "Tree file contained comments which may confuse input algorithm.";
 137 break;
 138 } else {
 139 Error = this.ErrorStringrange (Error, "Unterminated comment", 3, fcp, nf);
 140 };}var fstring = nf.substring (ncp, fcp);
 141 while (fstring.indexOf (']') > -1) {
 142 var cstart = fstring.indexOf ('[');
 143 var cend = fstring.indexOf (']');
 144 commentString2 = fstring.substring (cstart + 1, cend);
 145 fstring = fstring.substring (0, cstart) + fstring.substring (cend + 1);
 146 }
 147 var uqnodename = jalview.jsdev.RegExp.newRegex (["\\b([^' :;\\](),]+)"]);
 148 var nbootstrap = jalview.jsdev.RegExp.newRegex (["\\s*([0-9+]+)\\s*:"]);
 149 var ndist = jalview.jsdev.RegExp.newRegex ([":([-0-9Ee.+]+)"]);
 150 if (!parsednodename && uqnodename.search (fstring) && ((uqnodename.matchedFromI (1) == 0) || (fstring.charAt (uqnodename.matchedFromI (1) - 1) != ':'))) {
 151 if (nodename == null) {
 152 if (this.ReplaceUnderscores) {
 153 nodename = uqnodename.stringMatchedI (1).$replace ('_', ' ');
 154 } else {
 155 nodename = uqnodename.stringMatchedI (1);
 156 }} else {
 157 Error = this.ErrorStringrange (Error, "File has broken algorithm - overwritten nodename", 10, fcp, nf);
 158 }}if (nbootstrap.search (fstring)) {
 159 if (nbootstrap.stringMatchedI (1).equals (uqnodename.stringMatchedI (1))) {
 160 nodename = null;
 161 }if (nodename == null || nodename.length == 0 || nbootstrap.matchedFromI (1) > (uqnodename.matchedFromI (1) + uqnodename.stringMatched ().length)) {
 162 try {
 163 bootstrap = ( new Integer (nbootstrap.stringMatchedI (1))).intValue ();
 164 this.$HasBootstrap = true;
 165 } catch (e) {
 166 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 167 Error = this.ErrorStringrange (Error, "Can't parse bootstrap value", 4, ncp + nbootstrap.matchedFrom (), nf);
 168 } else {
 169 throw e;
 170 }
 171 }
 172 }}var nodehasdistance = false;
 173 if (ndist.search (fstring)) {
 174 try {
 175 distance = ( new Float (ndist.stringMatchedI (1))).floatValue ();
 176 this.$HasDistances = true;
 177 nodehasdistance = true;
 178 } catch (e) {
 179 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 180 Error = this.ErrorStringrange (Error, "Can't parse node distance value", 7, ncp + ndist.matchedFrom (), nf);
 181 } else {
 182 throw e;
 183 }
 184 }
 185 }if (ascending) {
 186 c.setName (nodename);
 187 c.dist = (this.$HasDistances) ? distance : DefDistance;
 188 c.setBootstrap ((this.$HasBootstrap) ? bootstrap : DefBootstrap);
 189 if (c === realroot) {
 190 this.RootHasDistance = nodehasdistance;
 191 }this.parseNHXNodeProps (c, commentString2);
 192 commentString2 = null;
 193 } else {
 194 var newnode =  new jalview.datamodel.SequenceNode (null, c, nodename, (this.$HasDistances) ? distance : DefDistance, (this.$HasBootstrap) ? bootstrap : DefBootstrap, false);
 195 this.parseNHXNodeProps (c, commentString2);
 196 commentString2 = null;
 197 if (c.right () == null) {
 198 c.setRight (newnode);
 199 } else {
 200 if (c.left () == null) {
 201 c.setLeft (newnode);
 202 } else {
 203 var newdummy =  new jalview.datamodel.SequenceNode (null, c, null, (this.$HasDistances ? 0 : DefDistance), 0, true);
 204 newdummy.SetChildren (c.left (), newnode);
 205 c.setLeft (newdummy);
 206 }}}if (ascending) {
 207 c = c.AscendTree ();
 208 if ((d > -1) && (c == null)) {
 209 Error = this.ErrorStringrange (Error, "File broke algorithm: Lost place in tree (is there an extra ')' ?)", 7, fcp, nf);
 210 }}if (nf.charAt (fcp) == ')') {
 211 d--;
 212 ascending = true;
 213 } else {
 214 if (nf.charAt (fcp) == ',') {
 215 if (ascending) {
 216 ascending = false;
 217 } else {
 218 if ((c.left () != null) && (!c.left ().isLeaf ())) {
 219 c = c.left ();
 220 }}}}nodename = null;
 221 distance = DefDistance;
 222 bootstrap = DefBootstrap;
 223 commentString2 = null;
 224 parsednodename = false;
 225 }
 226 if (nextcp == 0) {
 227 ncp = cp = fcp + 1;
 228 } else {
 229 cp = nextcp;
 230 nextcp = 0;
 231 }}
 232 if (Error != null) {
 233 throw ( new java.io.IOException (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("exception.newfile",  Clazz.newArray (-1, [Error.toString ()]))));
 234 }if (this.root == null) {
 235 throw ( new java.io.IOException (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("exception.newfile",  Clazz.newArray (-1, [jalview.util.MessageManager.getString ("label.no_tree_read_in")]))));
 236 }this.root = this.root.right ().detach ();
 237 if (!this.RootHasDistance) {
 238 this.root.dist = (this.$HasDistances) ? 0 : DefDistance;
 239 }});
 240 Clazz.defineMethod (c$, "parseNHXNodeProps",
 241 ($fz = function (c, commentString) {
 242 if (commentString != null && commentString.startsWith ("&&NHX")) {
 243 var st =  new java.util.StringTokenizer (commentString.substring (5), ":");
 244 while (st.hasMoreTokens ()) {
 245 var tok = st.nextToken ();
 246 var colpos = tok.indexOf ("=");
 247 if (colpos > -1) {
 248 var code = tok.substring (0, colpos);
 249 var value = tok.substring (colpos + 1);
 250 try {
 251 if (code.toLowerCase ().equals ("b")) {
 252 var v = -1;
 253 var iv =  new Float (value);
 254 v = iv.intValue ();
 255 c.setBootstrap (v);
 256 this.$HasBootstrap = true;
 257 }} catch (e) {
 258 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 259 System.err.println ("Couldn't parse code '" + code + "' = '" + value + "'");
 260 e.printStackTrace (System.err);
 261 } else {
 262 throw e;
 263 }
 264 }
 265 }}
 266 }}, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.datamodel.SequenceNode,~S");
 267 Clazz.defineMethod (c$, "getTree",
 268 function () {
 269 return this.root;
 270 });
 271 Clazz.defineMethod (c$, "print",
 272 function () {
 273 {
 274 var tf =  new StringBuffer ();
 275 this.print (tf, this.root);
 276 return (tf.append (";").toString ());
 277 }});
 278 Clazz.defineMethod (c$, "print",
 279 function (withbootstraps) {
 280 {
 281 var boots = this.$HasBootstrap;
 282 this.$HasBootstrap = withbootstraps;
 283 var rv = this.print ();
 284 this.$HasBootstrap = boots;
 285 return rv;
 286 }}, "~B");
 287 Clazz.defineMethod (c$, "print",
 288 function (withbootstraps, withdists) {
 289 {
 290 var dists = this.$HasDistances;
 291 this.$HasDistances = withdists;
 292 var rv = this.print (withbootstraps);
 293 this.$HasDistances = dists;
 294 return rv;
 295 }}, "~B,~B");
 296 Clazz.defineMethod (c$, "print",
 297 function (withbootstraps, withdists, printRootInfo) {
 298 {
 299 var rootinfo = printRootInfo;
 300 this.printRootInfo = printRootInfo;
 301 var rv = this.print (withbootstraps, withdists);
 302 this.printRootInfo = rootinfo;
 303 return rv;
 304 }}, "~B,~B,~B");
 305 Clazz.defineMethod (c$, "getQuoteChar",
 306 function () {
 307 return this.QuoteChar;
 308 });
 309 Clazz.defineMethod (c$, "setQuoteChar",
 310 function (c) {
 311 var old = this.QuoteChar;
 312 this.QuoteChar = c;
 313 return old;
 314 }, "~S");
 315 Clazz.defineMethod (c$, "nodeName",
 316 ($fz = function (name) {
 317 if (this.NodeSafeName[0].search (name)) {
 318 return this.QuoteChar + this.NodeSafeName[1].replaceAll (name) + this.QuoteChar;
 319 } else {
 320 return this.NodeSafeName[2].replaceAll (name);
 321 }}, $fz.isPrivate = true, $fz), "~S");
 322 Clazz.defineMethod (c$, "printNodeField",
 323 ($fz = function (c) {
 324 return ((c.getName () == null) ? "" : this.nodeName (c.getName ())) + ((this.$HasBootstrap) ? ((c.getBootstrap () > -1) ? ((c.getName () != null ? " " : "") + c.getBootstrap ()) : "") : "") + ((this.$HasDistances) ? (":" + c.dist) : "");
 325 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.datamodel.SequenceNode");
 326 Clazz.defineMethod (c$, "printRootField",
 327 ($fz = function (root) {
 328 return (this.printRootInfo) ? (((root.getName () == null) ? "" : this.nodeName (root.getName ())) + ((this.$HasBootstrap) ? ((root.getBootstrap () > -1) ? ((root.getName () != null ? " " : "") + +root.getBootstrap ()) : "") : "") + ((this.RootHasDistance) ? (":" + root.dist) : "")) : "";
 329 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.datamodel.SequenceNode");
 330 Clazz.defineMethod (c$, "print",
 331 function (tf, root) {
 332 if (root != null) {
 333 if (root.isLeaf () && this.printRootInfo) {
 334 tf.append (this.printRootField (root));
 335 } else {
 336 if (root.isDummy ()) {
 337 this._print (tf, root.right ());
 338 this._print (tf, root.left ());
 339 } else {
 340 tf.append ("(");
 341 this._print (tf, root.right ());
 342 if (root.left () != null) {
 343 tf.append (",");
 344 }this._print (tf, root.left ());
 345 tf.append (")" + this.printRootField (root));
 346 }}}}, "StringBuffer,jalview.datamodel.SequenceNode");
 347 Clazz.defineMethod (c$, "_print",
 348 function (tf, c) {
 349 if (c != null) {
 350 if (c.isLeaf ()) {
 351 tf.append (this.printNodeField (c));
 352 } else {
 353 if (c.isDummy ()) {
 354 this._print (tf, c.left ());
 355 if (c.left () != null) {
 356 tf.append (",");
 357 }this._print (tf, c.right ());
 358 } else {
 359 tf.append ("(");
 360 this._print (tf, c.right ());
 361 if (c.left () != null) {
 362 tf.append (",");
 363 }this._print (tf, c.left ());
 364 tf.append (")" + this.printNodeField (c));
 365 }}}}, "StringBuffer,jalview.datamodel.SequenceNode");
 366 c$.main = Clazz.defineMethod (c$, "main",
 367 function (args) {
 368 try {
 369 if (args == null || args.length != 1) {
 370 System.err.println ("Takes one argument - file name of a newick tree file.");
 371 System.exit (0);
 372 }var fn =  new java.io.File (args[0]);
 373 var newickfile =  new StringBuffer ();
 374 var treefile =  new java.io.BufferedReader ( new java.io.FileReader (fn));
 375 var l;
 376 while ((l = treefile.readLine ()) != null) {
 377 newickfile.append (l);
 378 }
 379 treefile.close ();
 380 System.out.println ("Read file :\n");
 381 var trf =  new jalview.io.NewickFile (args[0], "File");
 382 trf.parse ();
 383 System.out.println ("Original file :\n");
 384 var nonl = jalview.jsdev.RegExp.newRegex (["\n+", ""]);
 385 System.out.println (nonl.replaceAll (newickfile.toString ()) + "\n");
 386 System.out.println ("Parsed file.\n");
 387 System.out.println ("Default output type for original input.\n");
 388 System.out.println (trf.print ());
 389 System.out.println ("Without bootstraps.\n");
 390 System.out.println (trf.print (false));
 391 System.out.println ("Without distances.\n");
 392 System.out.println (trf.print (true, false));
 393 System.out.println ("Without bootstraps but with distanecs.\n");
 394 System.out.println (trf.print (false, true));
 395 System.out.println ("Without bootstraps or distanecs.\n");
 396 System.out.println (trf.print (false, false));
 397 System.out.println ("With bootstraps and with distances.\n");
 398 System.out.println (trf.print (true, true));
 399 } catch (e) {
 400 if (Clazz.exceptionOf (e, java.io.IOException)) {
 401 System.err.println ("Exception\n" + e);
 402 e.printStackTrace ();
 403 } else {
 404 throw e;
 405 }
 406 }
 407 }, "~A");
 408 });