bin/jalview/io/NewickFile.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");\r
   2 Clazz.load (["jalview.io.FileParse", "jalview.jsdev.RegExp"], "jalview.io.NewickFile", ["jalview.datamodel.SequenceNode", "jalview.util.MessageManager", "java.io.BufferedReader", "$.IOException", "java.lang.Float", "$.StringBuffer", "java.util.StringTokenizer"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.root = null;\r
   5 this.$HasBootstrap = false;\r
   6 this.$HasDistances = false;\r
   7 this.RootHasDistance = false;\r
   8 this.ReplaceUnderscores = false;\r
   9 this.printRootInfo = true;\r
  10 this.NodeSafeName = null;\r
  11 this.QuoteChar = '\'';\r
  12 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  13 }, jalview.io, "NewickFile", jalview.io.FileParse);\r
  14 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  15 this.NodeSafeName =  Clazz.newArray (-1, [jalview.jsdev.RegExp.perlCode ("m/[\\[,:'()]/"), jalview.jsdev.RegExp.perlCode ("s/'/''/"), jalview.jsdev.RegExp.perlCode ("s/\\/w/_/")]);\r
  16 });\r
  17 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  18 function (inStr) {\r
  19 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.NewickFile, [inStr, "Paste"]);\r
  20 }, "~S");\r
  21 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  22 function (newtree) {\r
  23 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.NewickFile, []);\r
  24 this.root = newtree;\r
  25 }, "jalview.datamodel.SequenceNode");\r
  26 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  27 function (newtree, bootstrap) {\r
  28 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.NewickFile, []);\r
  29 this.$HasBootstrap = bootstrap;\r
  30 this.root = newtree;\r
  31 }, "jalview.datamodel.SequenceNode,~B");\r
  32 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  33 function (newtree, bootstrap, distances) {\r
  34 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.NewickFile, []);\r
  35 this.root = newtree;\r
  36 this.$HasBootstrap = bootstrap;\r
  37 this.$HasDistances = distances;\r
  38 }, "jalview.datamodel.SequenceNode,~B,~B");\r
  39 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  40 function (newtree, bootstrap, distances, rootdistance) {\r
  41 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.NewickFile, []);\r
  42 this.root = newtree;\r
  43 this.$HasBootstrap = bootstrap;\r
  44 this.$HasDistances = distances;\r
  45 this.RootHasDistance = rootdistance;\r
  46 }, "jalview.datamodel.SequenceNode,~B,~B,~B");\r
  47 Clazz.defineMethod (c$, "ErrorStringrange", \r
  48 ($fz = function (Error, Er, r, p, s) {\r
  49 return ((Error == null) ? "" : Error) + Er + " at position " + p + " ( " + s.substring (((p - r) < 0) ? 0 : (p - r), ((p + r) > s.length) ? s.length : (p + r)) + " )\n";\r
  50 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~S,~S,~N,~N,~S");\r
  51 Clazz.defineMethod (c$, "HasBootstrap", \r
  52 function () {\r
  53 return this.$HasBootstrap;\r
  54 });\r
  55 Clazz.defineMethod (c$, "HasDistances", \r
  56 function () {\r
  57 return this.$HasDistances;\r
  58 });\r
  59 Clazz.defineMethod (c$, "HasRootDistance", \r
  60 function () {\r
  61 return this.RootHasDistance;\r
  62 });\r
  63 Clazz.defineMethod (c$, "parse", \r
  64 function () {\r
  65 var nf;\r
  66 {\r
  67 var file =  new StringBuffer ();\r
  68 while ((nf = this.nextLine ()) != null) {\r
  69 file.append (nf);\r
  70 }\r
  71 nf = file.toString ();\r
  72 }this.root =  new jalview.datamodel.SequenceNode ();\r
  73 var realroot = null;\r
  74 var c = this.root;\r
  75 var d = -1;\r
  76 var cp = 0;\r
  77 var Error = null;\r
  78 var nodename = null;\r
  79 var commentString2 = null;\r
  80 var DefDistance = 0.001;\r
  81 var DefBootstrap = -1;\r
  82 var distance = DefDistance;\r
  83 var bootstrap = DefBootstrap;\r
  84 var ascending = false;\r
  85 var majorsyms = jalview.jsdev.RegExp.newRegex (["[(\\['),;]"]);\r
  86 var nextcp = 0;\r
  87 var ncp = cp;\r
  88 var parsednodename = false;\r
  89 while (majorsyms.searchFrom (nf, cp) && (Error == null)) {\r
  90 var fcp = majorsyms.matchedFrom ();\r
  91 var schar;\r
  92 switch (schar = nf.charAt (fcp)) {\r
  93 case '(':\r
  94 if (ascending) {\r
  95 Error = this.ErrorStringrange (Error, "Unexpected '('", 7, fcp, nf);\r
  96 continue;\r
  97 };d++;\r
  98 if (c.right () == null) {\r
  99 c.setRight ( new jalview.datamodel.SequenceNode (null, c, null, DefDistance, DefBootstrap, false));\r
 100 c = c.right ();\r
 101 } else {\r
 102 if (c.left () != null) {\r
 103 var tmpn =  new jalview.datamodel.SequenceNode (null, c, null, 0, 0, true);\r
 104 tmpn.SetChildren (c.left (), c.right ());\r
 105 c.setRight (tmpn);\r
 106 }c.setLeft ( new jalview.datamodel.SequenceNode (null, c, null, DefDistance, DefBootstrap, false));\r
 107 c = c.left ();\r
 108 }if (realroot == null) {\r
 109 realroot = c;\r
 110 }nodename = null;\r
 111 distance = DefDistance;\r
 112 bootstrap = DefBootstrap;\r
 113 cp = fcp + 1;\r
 114 break;\r
 115 case '\'':\r
 116 var qnodename = jalview.jsdev.RegExp.newRegex (["'([^']|'')+'"]);\r
 117 if (qnodename.searchFrom (nf, fcp)) {\r
 118 var nl = qnodename.stringMatched ().length;\r
 119 nodename =  String.instantialize (qnodename.stringMatched ().substring (1, nl - 1));\r
 120 var xpandquotes = jalview.jsdev.RegExp.perlCode ("s/''/'/");\r
 121 var widernodename = xpandquotes.replaceAll (nodename);\r
 122 nodename = widernodename;\r
 123 nextcp = fcp + nl + 1;\r
 124 parsednodename = true;\r
 125 } else {\r
 126 Error = this.ErrorStringrange (Error, "Unterminated quotes for nodename", 7, fcp, nf);\r
 127 }break;\r
 128 default:\r
 129 if (schar == ';') {\r
 130 if (d != -1) {\r
 131 Error = this.ErrorStringrange (Error, "Wayward semicolon (depth=" + d + ")", 7, fcp, nf);\r
 132 }}if (schar == '[') {\r
 133 var comment = jalview.jsdev.RegExp.newRegex (["]"]);\r
 134 if (comment.searchFrom (nf, fcp)) {\r
 135 nextcp = comment.matchedFrom () + 1;\r
 136 this.warningMessage = "Tree file contained comments which may confuse input algorithm.";\r
 137 break;\r
 138 } else {\r
 139 Error = this.ErrorStringrange (Error, "Unterminated comment", 3, fcp, nf);\r
 140 };}var fstring = nf.substring (ncp, fcp);\r
 141 while (fstring.indexOf (']') > -1) {\r
 142 var cstart = fstring.indexOf ('[');\r
 143 var cend = fstring.indexOf (']');\r
 144 commentString2 = fstring.substring (cstart + 1, cend);\r
 145 fstring = fstring.substring (0, cstart) + fstring.substring (cend + 1);\r
 146 }\r
 147 var uqnodename = jalview.jsdev.RegExp.newRegex (["\\b([^' :;\\](),]+)"]);\r
 148 var nbootstrap = jalview.jsdev.RegExp.newRegex (["\\s*([0-9+]+)\\s*:"]);\r
 149 var ndist = jalview.jsdev.RegExp.newRegex ([":([-0-9Ee.+]+)"]);\r
 150 if (!parsednodename && uqnodename.search (fstring) && ((uqnodename.matchedFromI (1) == 0) || (fstring.charAt (uqnodename.matchedFromI (1) - 1) != ':'))) {\r
 151 if (nodename == null) {\r
 152 if (this.ReplaceUnderscores) {\r
 153 nodename = uqnodename.stringMatchedI (1).$replace ('_', ' ');\r
 154 } else {\r
 155 nodename = uqnodename.stringMatchedI (1);\r
 156 }} else {\r
 157 Error = this.ErrorStringrange (Error, "File has broken algorithm - overwritten nodename", 10, fcp, nf);\r
 158 }}if (nbootstrap.search (fstring)) {\r
 159 if (nbootstrap.stringMatchedI (1).equals (uqnodename.stringMatchedI (1))) {\r
 160 nodename = null;\r
 161 }if (nodename == null || nodename.length == 0 || nbootstrap.matchedFromI (1) > (uqnodename.matchedFromI (1) + uqnodename.stringMatched ().length)) {\r
 162 try {\r
 163 bootstrap = ( new Integer (nbootstrap.stringMatchedI (1))).intValue ();\r
 164 this.$HasBootstrap = true;\r
 165 } catch (e) {\r
 166 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 167 Error = this.ErrorStringrange (Error, "Can't parse bootstrap value", 4, ncp + nbootstrap.matchedFrom (), nf);\r
 168 } else {\r
 169 throw e;\r
 170 }\r
 171 }\r
 172 }}var nodehasdistance = false;\r
 173 if (ndist.search (fstring)) {\r
 174 try {\r
 175 distance = ( new Float (ndist.stringMatchedI (1))).floatValue ();\r
 176 this.$HasDistances = true;\r
 177 nodehasdistance = true;\r
 178 } catch (e) {\r
 179 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 180 Error = this.ErrorStringrange (Error, "Can't parse node distance value", 7, ncp + ndist.matchedFrom (), nf);\r
 181 } else {\r
 182 throw e;\r
 183 }\r
 184 }\r
 185 }if (ascending) {\r
 186 c.setName (nodename);\r
 187 c.dist = (this.$HasDistances) ? distance : DefDistance;\r
 188 c.setBootstrap ((this.$HasBootstrap) ? bootstrap : DefBootstrap);\r
 189 if (c === realroot) {\r
 190 this.RootHasDistance = nodehasdistance;\r
 191 }this.parseNHXNodeProps (c, commentString2);\r
 192 commentString2 = null;\r
 193 } else {\r
 194 var newnode =  new jalview.datamodel.SequenceNode (null, c, nodename, (this.$HasDistances) ? distance : DefDistance, (this.$HasBootstrap) ? bootstrap : DefBootstrap, false);\r
 195 this.parseNHXNodeProps (c, commentString2);\r
 196 commentString2 = null;\r
 197 if (c.right () == null) {\r
 198 c.setRight (newnode);\r
 199 } else {\r
 200 if (c.left () == null) {\r
 201 c.setLeft (newnode);\r
 202 } else {\r
 203 var newdummy =  new jalview.datamodel.SequenceNode (null, c, null, (this.$HasDistances ? 0 : DefDistance), 0, true);\r
 204 newdummy.SetChildren (c.left (), newnode);\r
 205 c.setLeft (newdummy);\r
 206 }}}if (ascending) {\r
 207 c = c.AscendTree ();\r
 208 if ((d > -1) && (c == null)) {\r
 209 Error = this.ErrorStringrange (Error, "File broke algorithm: Lost place in tree (is there an extra ')' ?)", 7, fcp, nf);\r
 210 }}if (nf.charAt (fcp) == ')') {\r
 211 d--;\r
 212 ascending = true;\r
 213 } else {\r
 214 if (nf.charAt (fcp) == ',') {\r
 215 if (ascending) {\r
 216 ascending = false;\r
 217 } else {\r
 218 if ((c.left () != null) && (!c.left ().isLeaf ())) {\r
 219 c = c.left ();\r
 220 }}}}nodename = null;\r
 221 distance = DefDistance;\r
 222 bootstrap = DefBootstrap;\r
 223 commentString2 = null;\r
 224 parsednodename = false;\r
 225 }\r
 226 if (nextcp == 0) {\r
 227 ncp = cp = fcp + 1;\r
 228 } else {\r
 229 cp = nextcp;\r
 230 nextcp = 0;\r
 231 }}\r
 232 if (Error != null) {\r
 233 throw ( new java.io.IOException (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("exception.newfile",  Clazz.newArray (-1, [Error.toString ()]))));\r
 234 }if (this.root == null) {\r
 235 throw ( new java.io.IOException (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("exception.newfile",  Clazz.newArray (-1, [jalview.util.MessageManager.getString ("label.no_tree_read_in")]))));\r
 236 }this.root = this.root.right ().detach ();\r
 237 if (!this.RootHasDistance) {\r
 238 this.root.dist = (this.$HasDistances) ? 0 : DefDistance;\r
 239 }});\r
 240 Clazz.defineMethod (c$, "parseNHXNodeProps", \r
 241 ($fz = function (c, commentString) {\r
 242 if (commentString != null && commentString.startsWith ("&&NHX")) {\r
 243 var st =  new java.util.StringTokenizer (commentString.substring (5), ":");\r
 244 while (st.hasMoreTokens ()) {\r
 245 var tok = st.nextToken ();\r
 246 var colpos = tok.indexOf ("=");\r
 247 if (colpos > -1) {\r
 248 var code = tok.substring (0, colpos);\r
 249 var value = tok.substring (colpos + 1);\r
 250 try {\r
 251 if (code.toLowerCase ().equals ("b")) {\r
 252 var v = -1;\r
 253 var iv =  new Float (value);\r
 254 v = iv.intValue ();\r
 255 c.setBootstrap (v);\r
 256 this.$HasBootstrap = true;\r
 257 }} catch (e) {\r
 258 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 259 System.err.println ("Couldn't parse code '" + code + "' = '" + value + "'");\r
 260 e.printStackTrace (System.err);\r
 261 } else {\r
 262 throw e;\r
 263 }\r
 264 }\r
 265 }}\r
 266 }}, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.datamodel.SequenceNode,~S");\r
 267 Clazz.defineMethod (c$, "getTree", \r
 268 function () {\r
 269 return this.root;\r
 270 });\r
 271 Clazz.defineMethod (c$, "print", \r
 272 function () {\r
 273 {\r
 274 var tf =  new StringBuffer ();\r
 275 this.print (tf, this.root);\r
 276 return (tf.append (";").toString ());\r
 277 }});\r
 278 Clazz.defineMethod (c$, "print", \r
 279 function (withbootstraps) {\r
 280 {\r
 281 var boots = this.$HasBootstrap;\r
 282 this.$HasBootstrap = withbootstraps;\r
 283 var rv = this.print ();\r
 284 this.$HasBootstrap = boots;\r
 285 return rv;\r
 286 }}, "~B");\r
 287 Clazz.defineMethod (c$, "print", \r
 288 function (withbootstraps, withdists) {\r
 289 {\r
 290 var dists = this.$HasDistances;\r
 291 this.$HasDistances = withdists;\r
 292 var rv = this.print (withbootstraps);\r
 293 this.$HasDistances = dists;\r
 294 return rv;\r
 295 }}, "~B,~B");\r
 296 Clazz.defineMethod (c$, "print", \r
 297 function (withbootstraps, withdists, printRootInfo) {\r
 298 {\r
 299 var rootinfo = printRootInfo;\r
 300 this.printRootInfo = printRootInfo;\r
 301 var rv = this.print (withbootstraps, withdists);\r
 302 this.printRootInfo = rootinfo;\r
 303 return rv;\r
 304 }}, "~B,~B,~B");\r
 305 Clazz.defineMethod (c$, "getQuoteChar", \r
 306 function () {\r
 307 return this.QuoteChar;\r
 308 });\r
 309 Clazz.defineMethod (c$, "setQuoteChar", \r
 310 function (c) {\r
 311 var old = this.QuoteChar;\r
 312 this.QuoteChar = c;\r
 313 return old;\r
 314 }, "~S");\r
 315 Clazz.defineMethod (c$, "nodeName", \r
 316 ($fz = function (name) {\r
 317 if (this.NodeSafeName[0].search (name)) {\r
 318 return this.QuoteChar + this.NodeSafeName[1].replaceAll (name) + this.QuoteChar;\r
 319 } else {\r
 320 return this.NodeSafeName[2].replaceAll (name);\r
 321 }}, $fz.isPrivate = true, $fz), "~S");\r
 322 Clazz.defineMethod (c$, "printNodeField", \r
 323 ($fz = function (c) {\r
 324 return ((c.getName () == null) ? "" : this.nodeName (c.getName ())) + ((this.$HasBootstrap) ? ((c.getBootstrap () > -1) ? ((c.getName () != null ? " " : "") + c.getBootstrap ()) : "") : "") + ((this.$HasDistances) ? (":" + c.dist) : "");\r
 325 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.datamodel.SequenceNode");\r
 326 Clazz.defineMethod (c$, "printRootField", \r
 327 ($fz = function (root) {\r
 328 return (this.printRootInfo) ? (((root.getName () == null) ? "" : this.nodeName (root.getName ())) + ((this.$HasBootstrap) ? ((root.getBootstrap () > -1) ? ((root.getName () != null ? " " : "") + +root.getBootstrap ()) : "") : "") + ((this.RootHasDistance) ? (":" + root.dist) : "")) : "";\r
 329 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.datamodel.SequenceNode");\r
 330 Clazz.defineMethod (c$, "print", \r
 331 function (tf, root) {\r
 332 if (root != null) {\r
 333 if (root.isLeaf () && this.printRootInfo) {\r
 334 tf.append (this.printRootField (root));\r
 335 } else {\r
 336 if (root.isDummy ()) {\r
 337 this._print (tf, root.right ());\r
 338 this._print (tf, root.left ());\r
 339 } else {\r
 340 tf.append ("(");\r
 341 this._print (tf, root.right ());\r
 342 if (root.left () != null) {\r
 343 tf.append (",");\r
 344 }this._print (tf, root.left ());\r
 345 tf.append (")" + this.printRootField (root));\r
 346 }}}}, "StringBuffer,jalview.datamodel.SequenceNode");\r
 347 Clazz.defineMethod (c$, "_print", \r
 348 function (tf, c) {\r
 349 if (c != null) {\r
 350 if (c.isLeaf ()) {\r
 351 tf.append (this.printNodeField (c));\r
 352 } else {\r
 353 if (c.isDummy ()) {\r
 354 this._print (tf, c.left ());\r
 355 if (c.left () != null) {\r
 356 tf.append (",");\r
 357 }this._print (tf, c.right ());\r
 358 } else {\r
 359 tf.append ("(");\r
 360 this._print (tf, c.right ());\r
 361 if (c.left () != null) {\r
 362 tf.append (",");\r
 363 }this._print (tf, c.left ());\r
 364 tf.append (")" + this.printNodeField (c));\r
 365 }}}}, "StringBuffer,jalview.datamodel.SequenceNode");\r
 366 c$.main = Clazz.defineMethod (c$, "main", \r
 367 function (args) {\r
 368 try {\r
 369 if (args == null || args.length != 1) {\r
 370 System.err.println ("Takes one argument - file name of a newick tree file.");\r
 371 System.exit (0);\r
 372 }var fn =  new java.io.File (args[0]);\r
 373 var newickfile =  new StringBuffer ();\r
 374 var treefile =  new java.io.BufferedReader ( new java.io.FileReader (fn));\r
 375 var l;\r
 376 while ((l = treefile.readLine ()) != null) {\r
 377 newickfile.append (l);\r
 378 }\r
 379 treefile.close ();\r
 380 System.out.println ("Read file :\n");\r
 381 var trf =  new jalview.io.NewickFile (args[0], "File");\r
 382 trf.parse ();\r
 383 System.out.println ("Original file :\n");\r
 384 var nonl = jalview.jsdev.RegExp.newRegex (["\n+", ""]);\r
 385 System.out.println (nonl.replaceAll (newickfile.toString ()) + "\n");\r
 386 System.out.println ("Parsed file.\n");\r
 387 System.out.println ("Default output type for original input.\n");\r
 388 System.out.println (trf.print ());\r
 389 System.out.println ("Without bootstraps.\n");\r
 390 System.out.println (trf.print (false));\r
 391 System.out.println ("Without distances.\n");\r
 392 System.out.println (trf.print (true, false));\r
 393 System.out.println ("Without bootstraps but with distanecs.\n");\r
 394 System.out.println (trf.print (false, true));\r
 395 System.out.println ("Without bootstraps or distanecs.\n");\r
 396 System.out.println (trf.print (false, false));\r
 397 System.out.println ("With bootstraps and with distances.\n");\r
 398 System.out.println (trf.print (true, true));\r
 399 } catch (e) {\r
 400 if (Clazz.exceptionOf (e, java.io.IOException)) {\r
 401 System.err.println ("Exception\n" + e);\r
 402 e.printStackTrace ();\r
 403 } else {\r
 404 throw e;\r
 405 }\r
 406 }\r
 407 }, "~A");\r
 408 });\r