bin/jalview/io/PhylipFile.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");
   2 Clazz.load (["jalview.io.AlignFile"], "jalview.io.PhylipFile", ["java.io.IOException", "java.lang.StringBuffer"], function () {
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.io, "PhylipFile", jalview.io.AlignFile);
   4 Clazz.overrideMethod (c$, "parse",
   5 function () {
   6 try {
   7 var line = this.nextLine ();
   8 var lineElements = line.trim ().$plit ("\\s+");
   9 if (lineElements.length < 2) {
  10 throw  new java.io.IOException ("First line must contain the number of specifies and number of characters");
  11 }var numberSpecies = Integer.parseInt (lineElements[0]);
  12 var numberCharacters = Integer.parseInt (lineElements[1]);
  13 if (numberSpecies <= 0) {
  14 return;
  15 }var sequenceElements =  new Array (numberSpecies);
  16 var sequences =  new Array (numberSpecies);
  17 for (var i = 0; i < numberSpecies; i++) {
  18 line = this.nextLine ();
  19 var potentialName = line.substring (0, 10);
  20 var tabIndex = potentialName.indexOf ('\t');
  21 if (tabIndex == -1) {
  22 sequenceElements[i] = this.parseId (this.validateName (potentialName));
  23 sequences[i] =  new StringBuffer (this.removeWhitespace (line.substring (10)));
  24 } else {
  25 sequenceElements[i] = this.parseId (this.validateName (potentialName.substring (0, tabIndex)));
  26 sequences[i] =  new StringBuffer (this.removeWhitespace (line.substring (tabIndex)));
  27 }}
  28 if ((sequences[0]).length () != numberCharacters) {
  29 var i = 0;
  30 for (line = this.nextLine (); line != null; line = this.nextLine ()) {
  31 if (line.length > 0) {
  32 sequences[i++].append (this.removeWhitespace (line));
  33 }if (i == sequences.length) {
  34 i = 0;
  35 }}
  36 }for (var i = 0; i < numberSpecies; i++) {
  37 if (sequences[i].length () != numberCharacters) {
  38 throw  new java.io.IOException (sequenceElements[i].getName () + " sequence is incorrect length - should be " + numberCharacters + " but is " + sequences[i].length ());
  39 }sequenceElements[i].setSequence (sequences[i].toString ());
  40 this.seqs.add (sequenceElements[i]);
  41 }
  42 } catch (e) {
  43 if (Clazz.exceptionOf (e, java.io.IOException)) {
  44 System.err.println ("Exception parsing PHYLIP file " + e);
  45 e.printStackTrace (System.err);
  46 throw e;
  47 } else {
  48 throw e;
  49 }
  50 }
  51 });
  52 Clazz.defineMethod (c$, "removeWhitespace",
  53 ($fz = function (txt) {
  54 return txt.replaceAll ("\\s*", "");
  55 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~S");
  56 Clazz.defineMethod (c$, "validateName",
  57 ($fz = function (name) {
  58 var invalidCharacters =  Clazz.newCharArray (-1, ['(', ')', '[', ']', ':', ';', ',']);
  59 for (var c, $c = 0, $$c = invalidCharacters; $c < $$c.length && ((c = $$c[$c]) || true); $c++) {
  60 if (name.indexOf (c) > -1) {
  61 throw  new java.io.IOException ("Species name contains illegal character " + c);
  62 }}
  63 return name;
  64 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~S");
  65 Clazz.overrideMethod (c$, "print",
  66 function () {
  67 var sb =  new StringBuffer (Integer.toString (this.seqs.size ()));
  68 sb.append (" ");
  69 sb.append ((this.seqs.size () > 0) ? Integer.toString (this.seqs.get (0).getSequence ().length) : "0").append (this.newline);
  70 var sequential = false;
  71 var numInterleavedColumns = 60;
  72 var sequenceLength = 0;
  73 for (var s, $s = this.seqs.iterator (); $s.hasNext () && ((s = $s.next ()) || true);) {
  74 var name = s.getName ();
  75 if (name.length > 10) {
  76 name = name.substring (0, 10);
  77 } else {
  78 name = String.format ("%1$-10s", [s.getName ()]);
  79 }sb.append (name);
  80 if (sequential) {
  81 sb.append (s.getSequence ());
  82 } else {
  83 sequenceLength = s.getSequence ().length;
  84 sb.append (s.getSequence (0, Math.min (numInterleavedColumns, sequenceLength)));
  85 }sb.append (this.newline);
  86 }
  87 if (!sequential && sequenceLength > numInterleavedColumns) {
  88 var numMatrics = Clazz.doubleToInt (sequenceLength / numInterleavedColumns);
  89 if ((sequenceLength % numInterleavedColumns) > 0) {
  90 numMatrics++;
  91 }for (var i = 1; i < numMatrics; i++) {
  92 sb.append (this.newline);
  93 var start = i * numInterleavedColumns;
  94 for (var s, $s = this.seqs.iterator (); $s.hasNext () && ((s = $s.next ()) || true);) {
  95 sb.append (s.getSequence (start, Math.min (start + numInterleavedColumns, sequenceLength))).append (this.newline);
  96 }
  97 }
  98 }return sb.toString ();
  99 });
 100 Clazz.defineStatics (c$,
 101 "FILE_EXT", "phy",
 102 "FILE_DESC", "PHYLIP");
 103 });