bin/jalview/jsdev/GenericFileAdapter.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.jsdev");
   2 Clazz.load (["jalview.io.AlignFile"], "jalview.jsdev.GenericFileAdapter", ["jalview.datamodel.AlignmentI", "jalview.io.FileParse", "java.io.BufferedReader", "$.InputStreamReader", "java.net.URL"], function () {
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.jsdev, "GenericFileAdapter", jalview.io.AlignFile);
   4 c$.getFile = Clazz.defineMethod (c$, "getFile",
   5 function (fileType, params) {
   6 var cl = null;
   7 try {
   8 cl = Class.forName ("jalview.io." + fileType);
   9 } catch (e) {
  10 if (Clazz.exceptionOf (e, ClassNotFoundException)) {
  11 System.err.println ("did not find file jalview.io." + fileType);
  12 return null;
  13 } else {
  14 throw e;
  15 }
  16 }
  17 var m;
  18 var ex = null;
  19 try {
  20 switch (params.length) {
  21 case 0:
  22 return cl.newInstance ();
  23 case 1:
  24 m = (Clazz.instanceOf (params[0], jalview.io.FileParse) ? cl.getConstructor ([jalview.io.FileParse]) : cl.getConstructor ([jalview.datamodel.AlignmentI]));
  25 break;
  26 case 2:
  27 m = cl.getConstructor ([String, String]);
  28 break;
  29 default:
  30 return null;
  31 }
  32 return m.newInstance (params);
  33 } catch (e$$) {
  34 if (Clazz.exceptionOf (e$$, InstantiationException)) {
  35 var e = e$$;
  36 {
  37 ex = e;
  38 }
  39 } else if (Clazz.exceptionOf (e$$, IllegalAccessException)) {
  40 var e = e$$;
  41 {
  42 ex = e;
  43 }
  44 } else if (Clazz.exceptionOf (e$$, NoSuchMethodException)) {
  45 var e = e$$;
  46 {
  47 ex = e;
  48 }
  49 } else if (Clazz.exceptionOf (e$$, SecurityException)) {
  50 var e = e$$;
  51 {
  52 ex = e;
  53 }
  54 } else if (Clazz.exceptionOf (e$$, IllegalArgumentException)) {
  55 var e = e$$;
  56 {
  57 ex = e;
  58 }
  59 } else if (Clazz.exceptionOf (e$$, java.lang.reflect.InvocationTargetException)) {
  60 var e = e$$;
  61 {
  62 ex = e;
  63 }
  64 } else {
  65 throw e$$;
  66 }
  67 }
  68 if (ex != null) {
  69 System.err.println ("Error in GenericFileAdapter: " + ex);
  70 {
  71 alert(ex)
  72 }}return null;
  73 }, "~S,~A");
  74 c$.isJS = Clazz.defineMethod (c$, "isJS",
  75 function () {
  76 {
  77 return true;
  78 }});
  79 c$.getReader = Clazz.defineMethod (c$, "getReader",
  80 function (fileName, forceURL) {
  81 if (!forceURL && !jalview.jsdev.GenericFileAdapter.isJS ()) return  new java.io.BufferedReader ( new java.io.FileReader (fileName));
  82 if (fileName.indexOf ("//") < 0) fileName = "file://" + fileName;
  83 return  new java.io.BufferedReader ( new java.io.InputStreamReader ( new java.net.URL (fileName).openStream ()));
  84 }, "~S,~B");
  85 });