bin/jalview/schemes/ClustalxColourScheme.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.schemes");
   2 Clazz.load (["jalview.schemes.ResidueColourScheme", "java.util.HashMap"], ["jalview.schemes.ConsensusColour", "$.ClustalxColourScheme"], ["jalview.schemes.Consensus", "$.ResidueProperties", "java.awt.Color"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.cons2 = null;
   5 this.colours = null;
   6 this.residueColour = null;
   7 this.size = 0;
   8 this.conses = null;
   9 this.includeGaps = true;
  10 Clazz.instantialize (this, arguments);
  11 }, jalview.schemes, "ClustalxColourScheme", jalview.schemes.ResidueColourScheme);
  12 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  13 this.conses =  new Array (32);
  14 });
  15 Clazz.makeConstructor (c$,
  16 function (alignment, hiddenReps) {
  17 Clazz.superConstructor (this, jalview.schemes.ClustalxColourScheme, []);
  18 this.alignmentChanged (alignment, hiddenReps);
  19 }, "jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI,java.util.Map");
  20 Clazz.overrideMethod (c$, "alignmentChanged",
  21 function (alignment, hiddenReps) {
  22 var maxWidth = alignment.getWidth ();
  23 var seqs = alignment.getSequences (hiddenReps);
  24 this.cons2 =  Clazz.newIntArray (maxWidth, 24, 0);
  25 this.includeGaps = this.isIncludeGaps ();
  26 var start = 0;
  27 for (var j = 0; j < 24; j++) {
  28 for (var i = 0; i < maxWidth; i++) {
  29 this.cons2[i][j] = 0;
  30 }
  31 }
  32 var res;
  33 var i;
  34 var j = 0;
  35 var seq;
  36 for (var sq, $sq = seqs.iterator (); $sq.hasNext () && ((sq = $sq.next ()) || true);) {
  37 seq = sq.getSequence ();
  38 var end_j = seq.length - 1;
  39 for (i = start; i <= end_j; i++) {
  40 if ((seq.length - 1) < i) {
  41 res = 23;
  42 } else {
  43 res = jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex[seq[i].charCodeAt (0)];
  44 }this.cons2[i][res]++;
  45 }
  46 j++;
  47 }
  48 this.size = seqs.size ();
  49 this.makeColours ();
  50 }, "jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI,java.util.Map");
  51 Clazz.defineMethod (c$, "makeColours",
  52 function () {
  53 this.conses[0] =  new jalview.schemes.Consensus ("WLVIMAFCYHP", 60);
  54 this.conses[1] =  new jalview.schemes.Consensus ("WLVIMAFCYHP", 80);
  55 this.conses[2] =  new jalview.schemes.Consensus ("ED", 50);
  56 this.conses[3] =  new jalview.schemes.Consensus ("KR", 60);
  57 this.conses[4] =  new jalview.schemes.Consensus ("G", 50);
  58 this.conses[5] =  new jalview.schemes.Consensus ("N", 50);
  59 this.conses[6] =  new jalview.schemes.Consensus ("QE", 50);
  60 this.conses[7] =  new jalview.schemes.Consensus ("P", 50);
  61 this.conses[8] =  new jalview.schemes.Consensus ("TS", 50);
  62 this.conses[26] =  new jalview.schemes.Consensus ("A", 85);
  63 this.conses[27] =  new jalview.schemes.Consensus ("C", 85);
  64 this.conses[10] =  new jalview.schemes.Consensus ("E", 85);
  65 this.conses[11] =  new jalview.schemes.Consensus ("F", 85);
  66 this.conses[12] =  new jalview.schemes.Consensus ("G", 85);
  67 this.conses[13] =  new jalview.schemes.Consensus ("H", 85);
  68 this.conses[14] =  new jalview.schemes.Consensus ("I", 85);
  69 this.conses[15] =  new jalview.schemes.Consensus ("L", 85);
  70 this.conses[16] =  new jalview.schemes.Consensus ("M", 85);
  71 this.conses[17] =  new jalview.schemes.Consensus ("N", 85);
  72 this.conses[18] =  new jalview.schemes.Consensus ("P", 85);
  73 this.conses[19] =  new jalview.schemes.Consensus ("Q", 85);
  74 this.conses[20] =  new jalview.schemes.Consensus ("R", 85);
  75 this.conses[21] =  new jalview.schemes.Consensus ("S", 85);
  76 this.conses[22] =  new jalview.schemes.Consensus ("T", 85);
  77 this.conses[23] =  new jalview.schemes.Consensus ("V", 85);
  78 this.conses[24] =  new jalview.schemes.Consensus ("W", 85);
  79 this.conses[25] =  new jalview.schemes.Consensus ("Y", 85);
  80 this.conses[28] =  new jalview.schemes.Consensus ("K", 85);
  81 this.conses[29] =  new jalview.schemes.Consensus ("D", 85);
  82 this.conses[30] =  new jalview.schemes.Consensus ("G", 0);
  83 this.conses[31] =  new jalview.schemes.Consensus ("P", 0);
  84 this.colours =  new Array (11);
  85 var tmp8 =  new Array (1);
  86 tmp8[0] = this.conses[30];
  87 this.colours[7] =  new jalview.schemes.ConsensusColour (jalview.schemes.ClustalxColourScheme.colhash.get (java.awt.Color.ORANGE), tmp8);
  88 var tmp9 =  new Array (1);
  89 tmp9[0] = this.conses[31];
  90 this.colours[8] =  new jalview.schemes.ConsensusColour (jalview.schemes.ClustalxColourScheme.colhash.get (java.awt.Color.YELLOW), tmp9);
  91 var tmp10 =  new Array (1);
  92 tmp10[0] = this.conses[27];
  93 this.colours[9] =  new jalview.schemes.ConsensusColour (jalview.schemes.ClustalxColourScheme.colhash.get (java.awt.Color.PINK), tmp8);
  94 var tmp1 =  new Array (14);
  95 tmp1[0] = this.conses[0];
  96 tmp1[1] = this.conses[1];
  97 tmp1[2] = this.conses[26];
  98 tmp1[3] = this.conses[27];
  99 tmp1[4] = this.conses[11];
 100 tmp1[5] = this.conses[13];
 101 tmp1[6] = this.conses[14];
 102 tmp1[7] = this.conses[15];
 103 tmp1[8] = this.conses[16];
 104 tmp1[9] = this.conses[23];
 105 tmp1[10] = this.conses[24];
 106 tmp1[11] = this.conses[25];
 107 tmp1[12] = this.conses[18];
 108 tmp1[13] = this.conses[19];
 109 this.colours[0] =  new jalview.schemes.ConsensusColour (jalview.schemes.ClustalxColourScheme.colhash.get (java.awt.Color.BLUE), tmp1);
 110 this.colours[10] =  new jalview.schemes.ConsensusColour (jalview.schemes.ClustalxColourScheme.colhash.get (java.awt.Color.CYAN), tmp1);
 111 var tmp2 =  new Array (5);
 112 tmp2[0] = this.conses[8];
 113 tmp2[1] = this.conses[21];
 114 tmp2[2] = this.conses[22];
 115 tmp2[3] = this.conses[0];
 116 tmp2[4] = this.conses[1];
 117 this.colours[1] =  new jalview.schemes.ConsensusColour (jalview.schemes.ClustalxColourScheme.colhash.get (java.awt.Color.GREEN), tmp2);
 118 var tmp3 =  new Array (3);
 119 tmp3[0] = this.conses[17];
 120 tmp3[1] = this.conses[29];
 121 tmp3[2] = this.conses[5];
 122 this.colours[2] =  new jalview.schemes.ConsensusColour (jalview.schemes.ClustalxColourScheme.colhash.get (java.awt.Color.GREEN), tmp3);
 123 var tmp4 =  new Array (6);
 124 tmp4[0] = this.conses[6];
 125 tmp4[1] = this.conses[19];
 126 tmp4[2] = this.conses[22];
 127 tmp4[3] = this.conses[3];
 128 tmp4[4] = this.conses[28];
 129 tmp4[5] = this.conses[20];
 130 this.colours[3] =  new jalview.schemes.ConsensusColour (jalview.schemes.ClustalxColourScheme.colhash.get (java.awt.Color.GREEN), tmp4);
 131 var tmp5 =  new Array (4);
 132 tmp5[0] = this.conses[3];
 133 tmp5[1] = this.conses[28];
 134 tmp5[2] = this.conses[20];
 135 tmp5[3] = this.conses[19];
 136 this.colours[4] =  new jalview.schemes.ConsensusColour (jalview.schemes.ClustalxColourScheme.colhash.get (java.awt.Color.RED), tmp5);
 137 var tmp6 =  new Array (6);
 138 tmp6[0] = this.conses[3];
 139 tmp6[1] = this.conses[29];
 140 tmp6[2] = this.conses[10];
 141 tmp6[3] = this.conses[6];
 142 tmp6[4] = this.conses[19];
 143 tmp6[5] = this.conses[2];
 144 this.colours[5] =  new jalview.schemes.ConsensusColour (jalview.schemes.ClustalxColourScheme.colhash.get (java.awt.Color.MAGENTA), tmp6);
 145 var tmp7 =  new Array (5);
 146 tmp7[0] = this.conses[3];
 147 tmp7[1] = this.conses[29];
 148 tmp7[2] = this.conses[10];
 149 tmp7[3] = this.conses[17];
 150 tmp7[4] = this.conses[2];
 151 this.colours[6] =  new jalview.schemes.ConsensusColour (jalview.schemes.ClustalxColourScheme.colhash.get (java.awt.Color.MAGENTA), tmp7);
 152 this.residueColour =  new Array (20);
 153 this.residueColour[0] = this.colours[0];
 154 this.residueColour[1] = this.colours[4];
 155 this.residueColour[2] = this.colours[2];
 156 this.residueColour[3] = this.colours[6];
 157 this.residueColour[4] = this.colours[0];
 158 this.residueColour[5] = this.colours[3];
 159 this.residueColour[6] = this.colours[5];
 160 this.residueColour[7] = this.colours[7];
 161 this.residueColour[8] = this.colours[10];
 162 this.residueColour[9] = this.colours[0];
 163 this.residueColour[10] = this.colours[0];
 164 this.residueColour[11] = this.colours[4];
 165 this.residueColour[12] = this.colours[0];
 166 this.residueColour[13] = this.colours[0];
 167 this.residueColour[14] = this.colours[8];
 168 this.residueColour[15] = this.colours[1];
 169 this.residueColour[16] = this.colours[1];
 170 this.residueColour[17] = this.colours[0];
 171 this.residueColour[18] = this.colours[10];
 172 this.residueColour[19] = this.colours[0];
 173 });
 174 Clazz.defineMethod (c$, "findColour",
 175 function (c) {
 176 return java.awt.Color.pink;
 177 }, "~S");
 178 Clazz.defineMethod (c$, "findColour",
 179 function (c, j, seq) {
 180 var currentColour;
 181 if (this.cons2.length <= j || (this.includeGaps && this.threshold != 0 && !this.aboveThreshold (c, j))) {
 182 return java.awt.Color.white;
 183 }var i = jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex[c.charCodeAt (0)];
 184 currentColour = java.awt.Color.white;
 185 if (i > 19) {
 186 return currentColour;
 187 }for (var k = 0; k < this.residueColour[i].conses.length; k++) {
 188 if (this.residueColour[i].conses[k].isConserved (this.cons2, j, this.size, this.includeGaps)) {
 189 currentColour = this.residueColour[i].c;
 190 }}
 191 if (i == 4) {
 192 if (this.conses[27].isConserved (this.cons2, j, this.size, this.includeGaps)) {
 193 currentColour = jalview.schemes.ClustalxColourScheme.colhash.get (java.awt.Color.PINK);
 194 }}if (this.conservationColouring) {
 195 currentColour = this.applyConservation (currentColour, j);
 196 }return currentColour;
 197 }, "~S,~N,jalview.datamodel.SequenceI");
 198 Clazz.defineMethod (c$, "isIncludeGaps",
 199 function () {
 200 return this.includeGaps;
 201 });
 202 Clazz.defineMethod (c$, "setIncludeGaps",
 203 function (includeGaps) {
 204 this.includeGaps = includeGaps;
 205 }, "~B");
 206 Clazz.overrideMethod (c$, "applyTo",
 207 function (sg, hiddenRepSequences) {
 208 var css =  new jalview.schemes.ClustalxColourScheme (sg, hiddenRepSequences);
 209 css.includeGaps = this.includeGaps;
 210 return css;
 211 }, "jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI,java.util.Map");
 212 Clazz.defineStatics (c$,
 213 "EIGHTY_FIVE", 85,
 214 "FIFTY", 50,
 215 "EIGHTY", 80,
 216 "SIXTY", 60);
 217 c$.colhash = c$.prototype.colhash =  new java.util.HashMap ();
 218 {
 219 jalview.schemes.ClustalxColourScheme.colhash.put (java.awt.Color.RED,  new java.awt.Color (0.9, 0.2, 0.1));
 220 jalview.schemes.ClustalxColourScheme.colhash.put (java.awt.Color.BLUE,  new java.awt.Color (0.5, 0.7, 0.9));
 221 jalview.schemes.ClustalxColourScheme.colhash.put (java.awt.Color.GREEN,  new java.awt.Color (0.1, 0.8, 0.1));
 222 jalview.schemes.ClustalxColourScheme.colhash.put (java.awt.Color.ORANGE,  new java.awt.Color (0.9, 0.6, 0.3));
 223 jalview.schemes.ClustalxColourScheme.colhash.put (java.awt.Color.CYAN,  new java.awt.Color (0.1, 0.7, 0.7));
 224 jalview.schemes.ClustalxColourScheme.colhash.put (java.awt.Color.PINK,  new java.awt.Color (0.9, 0.5, 0.5));
 225 jalview.schemes.ClustalxColourScheme.colhash.put (java.awt.Color.MAGENTA,  new java.awt.Color (0.8, 0.3, 0.8));
 226 jalview.schemes.ClustalxColourScheme.colhash.put (java.awt.Color.YELLOW,  new java.awt.Color (0.8, 0.8, 0.0));
 227 }c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
 228 this.conses = null;
 229 this.c = null;
 230 Clazz.instantialize (this, arguments);
 231 }, jalview.schemes, "ConsensusColour");
 232 Clazz.makeConstructor (c$,
 233 function (c, conses) {
 234 this.conses = conses;
 235 this.c = c;
 236 }, "java.awt.Color,~A");
 237 });