bin/jalview/schemes/Consensus.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.schemes");
   2 Clazz.load (null, "jalview.schemes.Consensus", ["jalview.schemes.ResidueProperties"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.mask = null;
   5 this.threshold = 0;
   6 this.maskstr = null;
   7 Clazz.instantialize (this, arguments);
   8 }, jalview.schemes, "Consensus");
   9 Clazz.makeConstructor (c$,
  10 function (mask, threshold) {
  11 this.maskstr = mask;
  12 this.setMask (mask);
  13 this.threshold = threshold;
  14 }, "~S,~N");
  15 Clazz.defineMethod (c$, "setMask",
  16 function (s) {
  17 this.mask = this.setNums (s);
  18 }, "~S");
  19 Clazz.defineMethod (c$, "isConserved",
  20 function (cons2, col, size) {
  21 return this.isConserved (cons2, col, size, true);
  22 }, "~A,~N,~N");
  23 Clazz.defineMethod (c$, "isConserved",
  24 function (cons2, col, size, includeGaps) {
  25 var tot = 0;
  26 if (!includeGaps) {
  27 size -= cons2[col][cons2[col].length - 1];
  28 }for (var i = 0; i < this.mask.length; i++) {
  29 tot += cons2[col][this.mask[i]];
  30 }
  31 if (tot > ((this.threshold * size) / 100)) {
  32 return true;
  33 }return false;
  34 }, "~A,~N,~N,~B");
  35 Clazz.defineMethod (c$, "setNums",
  36 function (s) {
  37 var out =  Clazz.newIntArray (s.length, 0);
  38 var i = 0;
  39 while (i < s.length) {
  40 out[i] = jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex[s.charCodeAt (i)];
  41 i++;
  42 }
  43 return out;
  44 }, "~S");
  45 });