bin/jalview/schemes/CovariationColourScheme.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.schemes");
   2 Clazz.load (["jalview.schemes.ResidueColourScheme", "java.util.Hashtable"], "jalview.schemes.CovariationColourScheme", ["jalview.schemes.ResidueProperties", "jalview.util.ColorUtils", "java.awt.Color"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.helixcolorhash = null;
   5 this.positionsToHelix = null;
   6 this.numHelix = 0;
   7 this.annotation = null;
   8 Clazz.instantialize (this, arguments);
   9 }, jalview.schemes, "CovariationColourScheme", jalview.schemes.ResidueColourScheme);
  10 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  11 this.helixcolorhash =  new java.util.Hashtable ();
  12 this.positionsToHelix =  new java.util.Hashtable ();
  13 });
  14 Clazz.makeConstructor (c$,
  15 function (annotation) {
  16 Clazz.superConstructor (this, jalview.schemes.CovariationColourScheme, []);
  17 this.annotation = annotation;
  18 for (var x = 0; x < this.annotation._rnasecstr.length; x++) {
  19 this.positionsToHelix.put (new Integer (this.annotation._rnasecstr[x].getBegin ()), this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup ());
  20 this.positionsToHelix.put (new Integer (this.annotation._rnasecstr[x].getEnd ()), this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup ());
  21 if (Integer.parseInt (this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup ()) > this.numHelix) {
  22 this.numHelix = Integer.parseInt (this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup ());
  23 }}
  24 for (var j = 0; j <= this.numHelix; j++) {
  25 this.helixcolorhash.put (Integer.toString (j), jalview.util.ColorUtils.generateRandomColor (java.awt.Color.white));
  26 }
  27 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");
  28 Clazz.defineMethod (c$, "findColour",
  29 function (c) {
  30 return jalview.schemes.ResidueProperties.purinepyrimidine[jalview.schemes.ResidueProperties.purinepyrimidineIndex[c.charCodeAt (0)]];
  31 }, "~S");
  32 Clazz.defineMethod (c$, "findColour",
  33 function (c, j) {
  34 var currentColour = java.awt.Color.white;
  35 var currentHelix = null;
  36 currentHelix = this.positionsToHelix.get (new Integer (j));
  37 if (currentHelix != null) {
  38 currentColour = this.helixcolorhash.get (currentHelix);
  39 }return currentColour;
  40 }, "~S,~N");
  41 });