bin/jalview/schemes/GraduatedColor.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.schemes");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.schemes.GraduatedColor", ["jalview.schemes.UserColourScheme", "java.awt.Color", "java.lang.Float"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.thresholdState = -1;\r
   5 this.lr = 0;\r
   6 this.lg = 0;\r
   7 this.lb = 0;\r
   8 this.dr = 0;\r
   9 this.dg = 0;\r
  10 this.db = 0;\r
  11 this.base = 0;\r
  12 this.range = 0;\r
  13 this.thrsh = 0;\r
  14 this.tolow = false;\r
  15 this.autoScale = true;\r
  16 this.ucs = null;\r
  17 this.colourByLabel = false;\r
  18 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  19 }, jalview.schemes, "GraduatedColor");\r
  20 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  21 function (low, high, min, max) {\r
  22 this.thrsh = NaN;\r
  23 this.tolow = min >= max;\r
  24 this.lr = low.getRed () / 255;\r
  25 this.lg = low.getGreen () / 255;\r
  26 this.lb = low.getBlue () / 255;\r
  27 this.dr = (high.getRed () / 255) - this.lr;\r
  28 this.dg = (high.getGreen () / 255) - this.lg;\r
  29 this.db = (high.getBlue () / 255) - this.lb;\r
  30 if (this.tolow) {\r
  31 this.base = max;\r
  32 this.range = min - max;\r
  33 } else {\r
  34 this.base = min;\r
  35 this.range = max - min;\r
  36 }}, "java.awt.Color,java.awt.Color,~N,~N");\r
  37 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  38 function (oldcs) {\r
  39 this.lr = oldcs.lr;\r
  40 this.lg = oldcs.lg;\r
  41 this.lb = oldcs.lb;\r
  42 this.dr = oldcs.dr;\r
  43 this.dg = oldcs.dg;\r
  44 this.db = oldcs.db;\r
  45 this.base = oldcs.base;\r
  46 this.range = oldcs.range;\r
  47 this.tolow = oldcs.tolow;\r
  48 this.thresholdState = oldcs.thresholdState;\r
  49 this.thrsh = oldcs.thrsh;\r
  50 this.autoScale = oldcs.autoScale;\r
  51 this.colourByLabel = oldcs.colourByLabel;\r
  52 }, "jalview.schemes.GraduatedColor");\r
  53 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  54 function (oldcs, min, max) {\r
  55 this.construct (oldcs);\r
  56 this.updateBounds (min, max);\r
  57 }, "jalview.schemes.GraduatedColor,~N,~N");\r
  58 Clazz.defineMethod (c$, "getMinColor", \r
  59 function () {\r
  60 return  new java.awt.Color (this.lr, this.lg, this.lb);\r
  61 });\r
  62 Clazz.defineMethod (c$, "getMaxColor", \r
  63 function () {\r
  64 return  new java.awt.Color (this.lr + this.dr, this.lg + this.dg, this.lb + this.db);\r
  65 });\r
  66 Clazz.defineMethod (c$, "getTolow", \r
  67 function () {\r
  68 return this.tolow;\r
  69 });\r
  70 Clazz.defineMethod (c$, "setTolow", \r
  71 function (tolower) {\r
  72 this.tolow = tolower;\r
  73 }, "~B");\r
  74 Clazz.defineMethod (c$, "isColored", \r
  75 function (feature) {\r
  76 var val = feature.getScore ();\r
  77 if (Float.isNaN (val)) {\r
  78 return true;\r
  79 }if (this.thresholdState == -1) {\r
  80 return true;\r
  81 }if (Float.isNaN (this.thrsh)) {\r
  82 return true;\r
  83 }var rtn = this.thresholdState == 1;\r
  84 if (val <= this.thrsh) {\r
  85 return !rtn;\r
  86 } else {\r
  87 return rtn;\r
  88 }}, "jalview.datamodel.SequenceFeature");\r
  89 Clazz.defineMethod (c$, "isColourByLabel", \r
  90 function () {\r
  91 return this.colourByLabel;\r
  92 });\r
  93 Clazz.defineMethod (c$, "setColourByLabel", \r
  94 function (colourByLabel) {\r
  95 this.colourByLabel = colourByLabel;\r
  96 }, "~B");\r
  97 Clazz.defineMethod (c$, "findColor", \r
  98 function (feature) {\r
  99 if (this.colourByLabel) {\r
 100 if (this.ucs == null) {\r
 101 this.ucs =  new jalview.schemes.UserColourScheme ();\r
 102 }return this.ucs.createColourFromName (feature.getDescription ());\r
 103 }if (this.range == 0.0) {\r
 104 return this.getMaxColor ();\r
 105 }var scr = feature.getScore ();\r
 106 if (Float.isNaN (scr)) {\r
 107 return this.getMinColor ();\r
 108 }var scl = (scr - this.base) / this.range;\r
 109 if (this.tolow) {\r
 110 scl = -scl;\r
 111 }if (scl < 0) {\r
 112 scl = 0;\r
 113 }if (scl > 1) {\r
 114 scl = 1;\r
 115 }return  new java.awt.Color (this.lr + scl * this.dr, this.lg + scl * this.dg, this.lb + scl * this.db);\r
 116 }, "jalview.datamodel.SequenceFeature");\r
 117 Clazz.defineMethod (c$, "setThresh", \r
 118 function (value) {\r
 119 this.thrsh = value;\r
 120 }, "~N");\r
 121 Clazz.defineMethod (c$, "getThresh", \r
 122 function () {\r
 123 return this.thrsh;\r
 124 });\r
 125 Clazz.defineMethod (c$, "setThreshType", \r
 126 function (aboveThreshold) {\r
 127 this.thresholdState = aboveThreshold;\r
 128 }, "~N");\r
 129 Clazz.defineMethod (c$, "getThreshType", \r
 130 function () {\r
 131 return this.thresholdState;\r
 132 });\r
 133 Clazz.defineMethod (c$, "getMax", \r
 134 function () {\r
 135 return (this.tolow) ? this.base : (this.base + this.range);\r
 136 });\r
 137 Clazz.defineMethod (c$, "getMin", \r
 138 function () {\r
 139 return (this.tolow) ? (this.base + this.range) : this.base;\r
 140 });\r
 141 Clazz.defineMethod (c$, "isAutoScale", \r
 142 function () {\r
 143 return this.autoScale;\r
 144 });\r
 145 Clazz.defineMethod (c$, "setAutoScaled", \r
 146 function (autoscale) {\r
 147 this.autoScale = autoscale;\r
 148 }, "~B");\r
 149 Clazz.defineMethod (c$, "updateBounds", \r
 150 function (min, max) {\r
 151 if (max < min) {\r
 152 this.base = max;\r
 153 this.range = min - max;\r
 154 this.tolow = true;\r
 155 } else {\r
 156 this.base = min;\r
 157 this.range = max - min;\r
 158 this.tolow = false;\r
 159 }}, "~N,~N");\r
 160 });\r