bin/jalview/schemes/GraduatedColor.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.schemes");
   2 Clazz.load (null, "jalview.schemes.GraduatedColor", ["jalview.schemes.UserColourScheme", "java.awt.Color", "java.lang.Float"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.thresholdState = -1;
   5 this.lr = 0;
   6 this.lg = 0;
   7 this.lb = 0;
   8 this.dr = 0;
   9 this.dg = 0;
  10 this.db = 0;
  11 this.base = 0;
  12 this.range = 0;
  13 this.thrsh = 0;
  14 this.tolow = false;
  15 this.autoScale = true;
  16 this.ucs = null;
  17 this.colourByLabel = false;
  18 Clazz.instantialize (this, arguments);
  19 }, jalview.schemes, "GraduatedColor");
  20 Clazz.makeConstructor (c$,
  21 function (low, high, min, max) {
  22 this.thrsh = NaN;
  23 this.tolow = min >= max;
  24 this.lr = low.getRed () / 255;
  25 this.lg = low.getGreen () / 255;
  26 this.lb = low.getBlue () / 255;
  27 this.dr = (high.getRed () / 255) - this.lr;
  28 this.dg = (high.getGreen () / 255) - this.lg;
  29 this.db = (high.getBlue () / 255) - this.lb;
  30 if (this.tolow) {
  31 this.base = max;
  32 this.range = min - max;
  33 } else {
  34 this.base = min;
  35 this.range = max - min;
  36 }}, "java.awt.Color,java.awt.Color,~N,~N");
  37 Clazz.makeConstructor (c$,
  38 function (oldcs) {
  39 this.lr = oldcs.lr;
  40 this.lg = oldcs.lg;
  41 this.lb = oldcs.lb;
  42 this.dr = oldcs.dr;
  43 this.dg = oldcs.dg;
  44 this.db = oldcs.db;
  45 this.base = oldcs.base;
  46 this.range = oldcs.range;
  47 this.tolow = oldcs.tolow;
  48 this.thresholdState = oldcs.thresholdState;
  49 this.thrsh = oldcs.thrsh;
  50 this.autoScale = oldcs.autoScale;
  51 this.colourByLabel = oldcs.colourByLabel;
  52 }, "jalview.schemes.GraduatedColor");
  53 Clazz.makeConstructor (c$,
  54 function (oldcs, min, max) {
  55 this.construct (oldcs);
  56 this.updateBounds (min, max);
  57 }, "jalview.schemes.GraduatedColor,~N,~N");
  58 Clazz.defineMethod (c$, "getMinColor",
  59 function () {
  60 return  new java.awt.Color (this.lr, this.lg, this.lb);
  61 });
  62 Clazz.defineMethod (c$, "getMaxColor",
  63 function () {
  64 return  new java.awt.Color (this.lr + this.dr, this.lg + this.dg, this.lb + this.db);
  65 });
  66 Clazz.defineMethod (c$, "getTolow",
  67 function () {
  68 return this.tolow;
  69 });
  70 Clazz.defineMethod (c$, "setTolow",
  71 function (tolower) {
  72 this.tolow = tolower;
  73 }, "~B");
  74 Clazz.defineMethod (c$, "isColored",
  75 function (feature) {
  76 var val = feature.getScore ();
  77 if (Float.isNaN (val)) {
  78 return true;
  79 }if (this.thresholdState == -1) {
  80 return true;
  81 }if (Float.isNaN (this.thrsh)) {
  82 return true;
  83 }var rtn = this.thresholdState == 1;
  84 if (val <= this.thrsh) {
  85 return !rtn;
  86 } else {
  87 return rtn;
  88 }}, "jalview.datamodel.SequenceFeature");
  89 Clazz.defineMethod (c$, "isColourByLabel",
  90 function () {
  91 return this.colourByLabel;
  92 });
  93 Clazz.defineMethod (c$, "setColourByLabel",
  94 function (colourByLabel) {
  95 this.colourByLabel = colourByLabel;
  96 }, "~B");
  97 Clazz.defineMethod (c$, "findColor",
  98 function (feature) {
  99 if (this.colourByLabel) {
 100 if (this.ucs == null) {
 101 this.ucs =  new jalview.schemes.UserColourScheme ();
 102 }return this.ucs.createColourFromName (feature.getDescription ());
 103 }if (this.range == 0.0) {
 104 return this.getMaxColor ();
 105 }var scr = feature.getScore ();
 106 if (Float.isNaN (scr)) {
 107 return this.getMinColor ();
 108 }var scl = (scr - this.base) / this.range;
 109 if (this.tolow) {
 110 scl = -scl;
 111 }if (scl < 0) {
 112 scl = 0;
 113 }if (scl > 1) {
 114 scl = 1;
 115 }return  new java.awt.Color (this.lr + scl * this.dr, this.lg + scl * this.dg, this.lb + scl * this.db);
 116 }, "jalview.datamodel.SequenceFeature");
 117 Clazz.defineMethod (c$, "setThresh",
 118 function (value) {
 119 this.thrsh = value;
 120 }, "~N");
 121 Clazz.defineMethod (c$, "getThresh",
 122 function () {
 123 return this.thrsh;
 124 });
 125 Clazz.defineMethod (c$, "setThreshType",
 126 function (aboveThreshold) {
 127 this.thresholdState = aboveThreshold;
 128 }, "~N");
 129 Clazz.defineMethod (c$, "getThreshType",
 130 function () {
 131 return this.thresholdState;
 132 });
 133 Clazz.defineMethod (c$, "getMax",
 134 function () {
 135 return (this.tolow) ? this.base : (this.base + this.range);
 136 });
 137 Clazz.defineMethod (c$, "getMin",
 138 function () {
 139 return (this.tolow) ? (this.base + this.range) : this.base;
 140 });
 141 Clazz.defineMethod (c$, "isAutoScale",
 142 function () {
 143 return this.autoScale;
 144 });
 145 Clazz.defineMethod (c$, "setAutoScaled",
 146 function (autoscale) {
 147 this.autoScale = autoscale;
 148 }, "~B");
 149 Clazz.defineMethod (c$, "updateBounds",
 150 function (min, max) {
 151 if (max < min) {
 152 this.base = max;
 153 this.range = min - max;
 154 this.tolow = true;
 155 } else {
 156 this.base = min;
 157 this.range = max - min;
 158 this.tolow = false;
 159 }}, "~N,~N");
 160 });