bin/jalview/schemes/PIDColourScheme.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.schemes");
   2 Clazz.load (["jalview.schemes.ResidueColourScheme"], "jalview.schemes.PIDColourScheme", ["jalview.schemes.ResidueProperties", "jalview.util.Comparison", "java.awt.Color"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.pidColours = null;
   5 this.thresholds = null;
   6 this.group = null;
   7 Clazz.instantialize (this, arguments);
   8 }, jalview.schemes, "PIDColourScheme", jalview.schemes.ResidueColourScheme);
   9 Clazz.makeConstructor (c$,
  10 function () {
  11 Clazz.superConstructor (this, jalview.schemes.PIDColourScheme, []);
  12 this.pidColours = jalview.schemes.ResidueProperties.pidColours;
  13 this.thresholds = jalview.schemes.ResidueProperties.pidThresholds;
  14 });
  15 Clazz.defineMethod (c$, "findColour",
  16 function (c, j, seq) {
  17 if ('a' <= c && c <= 'z') {
  18 c = String.fromCharCode (c.charCodeAt (0) - (32));
  19 }if (this.consensus == null || j >= this.consensus.length || this.consensus[j] == null) {
  20 return java.awt.Color.white;
  21 }if ((this.threshold != 0) && !this.aboveThreshold (c, j)) {
  22 return java.awt.Color.white;
  23 }var currentColour = java.awt.Color.white;
  24 var sc = 0;
  25 if (this.consensus.length <= j) {
  26 return java.awt.Color.white;
  27 }if ((Integer.parseInt (this.consensus[j].get ("C").toString ()) != -1) && this.consensus[j].contains (String.valueOf (c))) {
  28 sc = (this.consensus[j].get (this.ignoreGaps)).floatValue ();
  29 if (!jalview.util.Comparison.isGap (c)) {
  30 for (var i = 0; i < this.thresholds.length; i++) {
  31 if (sc > this.thresholds[i]) {
  32 currentColour = this.pidColours[i];
  33 break;
  34 }}
  35 }}if (this.conservationColouring) {
  36 currentColour = this.applyConservation (currentColour, j);
  37 }return currentColour;
  38 }, "~S,~N,jalview.datamodel.SequenceI");
  39 });