bin/jalview/schemes/RNAHelicesColour.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.schemes");
   2 Clazz.load (["jalview.schemes.ResidueColourScheme", "java.util.Hashtable"], "jalview.schemes.RNAHelicesColour", ["jalview.schemes.ResidueProperties", "jalview.util.ColorUtils", "java.awt.Color"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.helixcolorhash = null;
   5 this.positionsToHelix = null;
   6 this.numHelix = 0;
   7 this.annotation = null;
   8 this.lastrefresh = -1;
   9 Clazz.instantialize (this, arguments);
  10 }, jalview.schemes, "RNAHelicesColour", jalview.schemes.ResidueColourScheme);
  11 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  12 this.helixcolorhash =  new java.util.Hashtable ();
  13 this.positionsToHelix =  new java.util.Hashtable ();
  14 });
  15 Clazz.makeConstructor (c$,
  16 function (annotation) {
  17 Clazz.superConstructor (this, jalview.schemes.RNAHelicesColour, [jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotideIndex]);
  18 this.annotation = annotation;
  19 this.refresh ();
  20 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");
  21 Clazz.makeConstructor (c$,
  22 function (alignment) {
  23 Clazz.superConstructor (this, jalview.schemes.RNAHelicesColour, [jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotideIndex]);
  24 this.alignmentChanged (alignment, null);
  25 }, "jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI");
  26 Clazz.overrideMethod (c$, "alignmentChanged",
  27 function (alignment, hiddenReps) {
  28 var annotations = alignment.getAlignmentAnnotation ();
  29 for (var i = 0; i < annotations.length; i++) {
  30 if (annotations[i].getRNAStruc () != null) {
  31 this.annotation = annotations[i];
  32 break;
  33 }}
  34 this.refresh ();
  35 }, "jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI,java.util.Map");
  36 Clazz.defineMethod (c$, "refresh",
  37 function () {
  38 if (this.annotation != null && ((this.annotation._rnasecstr == null || this.lastrefresh != this.annotation._rnasecstr.hashCode ()) && this.annotation.isValidStruc ())) {
  39 this.annotation.getRNAStruc ();
  40 this.lastrefresh = this.annotation._rnasecstr.hashCode ();
  41 this.numHelix = 0;
  42 this.positionsToHelix =  new java.util.Hashtable ();
  43 for (var x = 0; x < this.annotation._rnasecstr.length; x++) {
  44 this.positionsToHelix.put (new Integer (this.annotation._rnasecstr[x].getBegin ()), this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup ());
  45 this.positionsToHelix.put (new Integer (this.annotation._rnasecstr[x].getEnd ()), this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup ());
  46 if (Integer.parseInt (this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup ()) > this.numHelix) {
  47 this.numHelix = Integer.parseInt (this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup ());
  48 }}
  49 for (var j = 0; j <= this.numHelix; j++) {
  50 if (!this.helixcolorhash.containsKey (Integer.toString (j))) {
  51 this.helixcolorhash.put (Integer.toString (j), jalview.util.ColorUtils.generateRandomColor (java.awt.Color.white));
  52 }}
  53 }});
  54 Clazz.defineMethod (c$, "findColour",
  55 function (c) {
  56 return jalview.schemes.ResidueProperties.purinepyrimidine[jalview.schemes.ResidueProperties.purinepyrimidineIndex[c.charCodeAt (0)]];
  57 }, "~S");
  58 Clazz.defineMethod (c$, "findColour",
  59 function (c, j, seq) {
  60 this.refresh ();
  61 var currentColour = java.awt.Color.white;
  62 var currentHelix = null;
  63 currentHelix = this.positionsToHelix.get (new Integer (j));
  64 if (currentHelix != null) {
  65 currentColour = this.helixcolorhash.get (currentHelix);
  66 }return currentColour;
  67 }, "~S,~N,jalview.datamodel.SequenceI");
  68 });