bin/jalview/schemes/ResidueColourScheme.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.schemes");
   2 Clazz.load (["jalview.schemes.ColourSchemeI"], "jalview.schemes.ResidueColourScheme", ["jalview.util.Comparison", "$.MessageManager", "java.awt.Color", "java.lang.Error"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.symbolIndex = null;
   5 this.conservationColouring = false;
   6 this.colors = null;
   7 this.threshold = 0;
   8 this.ignoreGaps = "G";
   9 this.consensus = null;
  10 this.conservation = null;
  11 this.conservationLength = 0;
  12 this.inc = 30;
  13 Clazz.instantialize (this, arguments);
  14 }, jalview.schemes, "ResidueColourScheme", null, jalview.schemes.ColourSchemeI);
  15 Clazz.makeConstructor (c$,
  16 function (aaOrnaIndex, colours, threshold) {
  17 this.symbolIndex = aaOrnaIndex;
  18 this.colors = colours;
  19 this.threshold = threshold;
  20 }, "~A,~A,~N");
  21 Clazz.makeConstructor (c$,
  22 function (aaOrNaIndex) {
  23 this.symbolIndex = aaOrNaIndex;
  24 }, "~A");
  25 Clazz.makeConstructor (c$,
  26 function () {
  27 this.symbolIndex = null;
  28 });
  29 Clazz.defineMethod (c$, "findColour",
  30 function (c) {
  31 return this.colors == null ? java.awt.Color.white : this.colors[this.symbolIndex[c.charCodeAt (0)]];
  32 }, "~S");
  33 Clazz.defineMethod (c$, "findColour",
  34 function (c, j, seq) {
  35 var currentColour;
  36 if (this.colors != null && this.symbolIndex != null && (this.threshold == 0) || this.aboveThreshold (c, j)) {
  37 currentColour = this.colors[this.symbolIndex[c.charCodeAt (0)]];
  38 } else {
  39 currentColour = java.awt.Color.white;
  40 }if (this.conservationColouring) {
  41 currentColour = this.applyConservation (currentColour, j);
  42 }return currentColour;
  43 }, "~S,~N,jalview.datamodel.SequenceI");
  44 Clazz.overrideMethod (c$, "getThreshold",
  45 function () {
  46 return this.threshold;
  47 });
  48 Clazz.overrideMethod (c$, "setThreshold",
  49 function (ct, ignoreGaps) {
  50 this.threshold = ct;
  51 if (ignoreGaps) {
  52 this.ignoreGaps = "N";
  53 } else {
  54 this.ignoreGaps = "G";
  55 }}, "~N,~B");
  56 Clazz.defineMethod (c$, "aboveThreshold",
  57 function (c, j) {
  58 if ('a' <= c && c <= 'z') {
  59 c = String.fromCharCode (c.charCodeAt (0) - (32));
  60 }if (this.consensus == null || this.consensus.length < j || this.consensus[j] == null) {
  61 return false;
  62 }if (((this.consensus[j].get ("C")).intValue () != -1) && this.consensus[j].contains (String.valueOf (c))) {
  63 if ((this.consensus[j].get (this.ignoreGaps)).floatValue () >= this.threshold) {
  64 return true;
  65 }}return false;
  66 }, "~S,~N");
  67 Clazz.overrideMethod (c$, "conservationApplied",
  68 function () {
  69 return this.conservationColouring;
  70 });
  71 Clazz.overrideMethod (c$, "setConservationApplied",
  72 function (conservationApplied) {
  73 this.conservationColouring = conservationApplied;
  74 }, "~B");
  75 Clazz.overrideMethod (c$, "setConservationInc",
  76 function (i) {
  77 this.inc = i;
  78 }, "~N");
  79 Clazz.overrideMethod (c$, "getConservationInc",
  80 function () {
  81 return this.inc;
  82 });
  83 Clazz.overrideMethod (c$, "setConsensus",
  84 function (consensus) {
  85 if (consensus == null) {
  86 return;
  87 }this.consensus = consensus;
  88 }, "~A");
  89 Clazz.overrideMethod (c$, "setConservation",
  90 function (cons) {
  91 if (cons == null) {
  92 this.conservationColouring = false;
  93 this.conservation = null;
  94 } else {
  95 this.conservationColouring = true;
  96 var i;
  97 var iSize = cons.getConsSequence ().getLength ();
  98 this.conservation =  Clazz.newCharArray (iSize, '\0');
  99 for (i = 0; i < iSize; i++) {
 100 this.conservation[i] = cons.getConsSequence ().getCharAt (i);
 101 }
 102 this.conservationLength = this.conservation.length;
 103 }}, "jalview.analysis.Conservation");
 104 Clazz.defineMethod (c$, "applyConservation",
 105 function (currentColour, i) {
 106 if ((this.conservationLength > i) && (this.conservation[i] != '*') && (this.conservation[i] != '+')) {
 107 if (jalview.util.Comparison.isGap (this.conservation[i])) {
 108 currentColour = java.awt.Color.white;
 109 } else {
 110 var t = 11 - ((this.conservation[i]).charCodeAt (0) - 48);
 111 if (t == 0) {
 112 return java.awt.Color.white;
 113 }var red = currentColour.getRed ();
 114 var green = currentColour.getGreen ();
 115 var blue = currentColour.getBlue ();
 116 var dr = 255 - red;
 117 var dg = 255 - green;
 118 var db = 255 - blue;
 119 dr *= t / 10;
 120 dg *= t / 10;
 121 db *= t / 10;
 122 red += (this.inc / 20) * dr;
 123 green += (this.inc / 20) * dg;
 124 blue += (this.inc / 20) * db;
 125 if (red > 255 || green > 255 || blue > 255) {
 126 currentColour = java.awt.Color.white;
 127 } else {
 128 currentColour =  new java.awt.Color (red, green, blue);
 129 }}}return currentColour;
 130 }, "java.awt.Color,~N");
 131 Clazz.overrideMethod (c$, "alignmentChanged",
 132 function (alignment, hiddenReps) {
 133 }, "jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI,java.util.Map");
 134 Clazz.overrideMethod (c$, "applyTo",
 135 function (sg, hiddenRepSequences) {
 136 try {
 137 return this.getClass ().newInstance ();
 138 } catch (q) {
 139 if (Clazz.exceptionOf (q, Exception)) {
 140 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("error.implementation_error_cannot_duplicate_colour_scheme",  Clazz.newArray (-1, [this.getClass ().getName ()])), q);
 141 } else {
 142 throw q;
 143 }
 144 }
 145 }, "jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI,java.util.Map");
 146 });