bin/jalview/schemes/ScoreMatrix.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.schemes");\r
   2 Clazz.load (["jalview.analysis.scoremodels.PairwiseSeqScoreModel", "jalview.api.analysis.ScoreModelI"], "jalview.schemes.ScoreMatrix", ["jalview.schemes.ResidueProperties", "java.lang.StringBuffer"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.name = null;\r
   5 this.matrix = null;\r
   6 this.type = 0;\r
   7 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   8 }, jalview.schemes, "ScoreMatrix", jalview.analysis.scoremodels.PairwiseSeqScoreModel, jalview.api.analysis.ScoreModelI);\r
   9 Clazz.overrideMethod (c$, "getName", \r
  10 function () {\r
  11 return this.name;\r
  12 });\r
  13 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  14 function (name, matrix, type) {\r
  15 Clazz.superConstructor (this, jalview.schemes.ScoreMatrix, []);\r
  16 this.matrix = matrix;\r
  17 this.type = type;\r
  18 this.name = name;\r
  19 }, "~S,~A,~N");\r
  20 Clazz.overrideMethod (c$, "isDNA", \r
  21 function () {\r
  22 return this.type == 1;\r
  23 });\r
  24 Clazz.overrideMethod (c$, "isProtein", \r
  25 function () {\r
  26 return this.type == 0;\r
  27 });\r
  28 Clazz.overrideMethod (c$, "getMatrix", \r
  29 function () {\r
  30 return this.matrix;\r
  31 });\r
  32 Clazz.defineMethod (c$, "getPairwiseScore", \r
  33 function (A1, A2) {\r
  34 return this.getPairwiseScore (A1.charAt (0), A2.charAt (0));\r
  35 }, "~S,~S");\r
  36 Clazz.defineMethod (c$, "getPairwiseScore", \r
  37 function (c, d) {\r
  38 var pog = 0;\r
  39 try {\r
  40 var a = (this.type == 0) ? jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex[c.charCodeAt (0)] : jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotideIndex[c.charCodeAt (0)];\r
  41 var b = (this.type == 0) ? jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex[d.charCodeAt (0)] : jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotideIndex[d.charCodeAt (0)];\r
  42 pog = this.matrix[a][b];\r
  43 } catch (e) {\r
  44 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
  45 } else {\r
  46 throw e;\r
  47 }\r
  48 }\r
  49 return pog;\r
  50 }, "~S,~S");\r
  51 Clazz.overrideMethod (c$, "toString", \r
  52 function () {\r
  53 return this.outputMatrix (false);\r
  54 });\r
  55 Clazz.defineMethod (c$, "outputMatrix", \r
  56 function (html) {\r
  57 var sb =  new StringBuffer ();\r
  58 var symbols = (this.type == 0) ? jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex : jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotideIndex;\r
  59 var symMax = (this.type == 0) ? 23 : 10;\r
  60 var header = true;\r
  61 if (html) {\r
  62 sb.append ("<table border=\"1\">");\r
  63 }for (var sym = 'A'; sym <= 'Z'; sym = String.fromCharCode (sym.charCodeAt (0) + 1)) {\r
  64 if (symbols[sym.charCodeAt (0)] >= 0 && symbols[sym.charCodeAt (0)] < symMax) {\r
  65 if (header) {\r
  66 sb.append (html ? "<tr><td></td>" : "");\r
  67 for (var sym2 = 'A'; sym2 <= 'Z'; sym2 = String.fromCharCode (sym2.charCodeAt (0) + 1)) {\r
  68 if (symbols[sym2.charCodeAt (0)] >= 0 && symbols[sym2.charCodeAt (0)] < symMax) {\r
  69 sb.append ((html ? "<td>&nbsp;" : "\t") + sym2 + (html ? "&nbsp;</td>" : ""));\r
  70 }}\r
  71 header = false;\r
  72 sb.append (html ? "</tr>\n" : "\n");\r
  73 }if (html) {\r
  74 sb.append ("<tr>");\r
  75 }sb.append ((html ? "<td>" : "") + sym + (html ? "</td>" : ""));\r
  76 for (var sym2 = 'A'; sym2 <= 'Z'; sym2 = String.fromCharCode (sym2.charCodeAt (0) + 1)) {\r
  77 if (symbols[sym2.charCodeAt (0)] >= 0 && symbols[sym2.charCodeAt (0)] < symMax) {\r
  78 sb.append ((html ? "<td>" : "\t") + this.matrix[symbols[sym.charCodeAt (0)]][symbols[sym2.charCodeAt (0)]] + (html ? "</td>" : ""));\r
  79 }}\r
  80 sb.append (html ? "</tr>\n" : "\n");\r
  81 }}\r
  82 if (html) {\r
  83 sb.append ("</table>");\r
  84 }return sb.toString ();\r
  85 }, "~B");\r
  86 });\r