bin/jalview/structure/StructureSelectionManager.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.structure");\r
   2 Clazz.load (["java.util.ArrayList", "$.HashMap", "$.LinkedHashSet", "$.Vector"], "jalview.structure.StructureSelectionManager", ["MCview.PDBfile", "jalview.analysis.AlignSeq", "jalview.commands.EditCommand", "$.OrderCommand", "jalview.datamodel.Mapping", "$.SearchResults", "jalview.io.AppletFormatAdapter", "jalview.structure.AtomSpec", "$.SecondaryStructureListener", "$.SequenceListener", "$.StructureListener", "$.StructureMapping", "$.VamsasListener", "jalview.util.MappingUtils", "$.MessageManager", "java.lang.Error", "$.NullPointerException", "$.StringBuilder", "java.util.Arrays", "$.Collections", "$.IdentityHashMap"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.mappings = null;\r
   5 this.processSecondaryStructure = false;\r
   6 this.secStructServices = false;\r
   7 this.addTempFacAnnot = false;\r
   8 this.seqmappings = null;\r
   9 this.seqMappingRefCounts = null;\r
  10 this.commandListeners = null;\r
  11 this.sel_listeners = null;\r
  12 this.pdbIdFileName = null;\r
  13 this.pdbFileNameId = null;\r
  14 this.relaySeqMappings = true;\r
  15 this.listeners = null;\r
  16 this.handlingVamsasMo = false;\r
  17 this.lastmsg = 0;\r
  18 this.view_listeners = null;\r
  19 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  20 }, jalview.structure, "StructureSelectionManager");\r
  21 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  22 this.mappings =  new java.util.ArrayList ();\r
  23 this.seqmappings =  new java.util.LinkedHashSet ();\r
  24 this.seqMappingRefCounts =  new java.util.HashMap ();\r
  25 this.commandListeners =  new java.util.ArrayList ();\r
  26 this.sel_listeners =  new java.util.ArrayList ();\r
  27 this.pdbIdFileName =  new java.util.HashMap ();\r
  28 this.pdbFileNameId =  new java.util.HashMap ();\r
  29 this.listeners =  new java.util.Vector ();\r
  30 this.view_listeners =  new java.util.Vector ();\r
  31 });\r
  32 Clazz.defineMethod (c$, "isSecStructServices", \r
  33 function () {\r
  34 return this.secStructServices;\r
  35 });\r
  36 Clazz.defineMethod (c$, "setSecStructServices", \r
  37 function (secStructServices) {\r
  38 this.secStructServices = secStructServices;\r
  39 }, "~B");\r
  40 Clazz.defineMethod (c$, "isAddTempFacAnnot", \r
  41 function () {\r
  42 return this.addTempFacAnnot;\r
  43 });\r
  44 Clazz.defineMethod (c$, "setAddTempFacAnnot", \r
  45 function (addTempFacAnnot) {\r
  46 this.addTempFacAnnot = addTempFacAnnot;\r
  47 }, "~B");\r
  48 Clazz.defineMethod (c$, "isProcessSecondaryStructure", \r
  49 function () {\r
  50 return this.processSecondaryStructure;\r
  51 });\r
  52 Clazz.defineMethod (c$, "setProcessSecondaryStructure", \r
  53 function (enable) {\r
  54 this.processSecondaryStructure = enable;\r
  55 }, "~B");\r
  56 Clazz.defineMethod (c$, "reportMapping", \r
  57 function () {\r
  58 if (this.mappings.isEmpty ()) {\r
  59 System.err.println ("reportMapping: No PDB/Sequence mappings.");\r
  60 } else {\r
  61 System.err.println ("reportMapping: There are " + this.mappings.size () + " mappings.");\r
  62 var i = 0;\r
  63 for (var sm, $sm = this.mappings.iterator (); $sm.hasNext () && ((sm = $sm.next ()) || true);) {\r
  64 System.err.println ("mapping " + i++ + " : " + sm.pdbfile);\r
  65 }\r
  66 }});\r
  67 Clazz.defineMethod (c$, "registerPDBFile", \r
  68 function (idForFile, absoluteFile) {\r
  69 this.pdbIdFileName.put (idForFile, absoluteFile);\r
  70 this.pdbFileNameId.put (absoluteFile, idForFile);\r
  71 }, "~S,~S");\r
  72 Clazz.defineMethod (c$, "findIdForPDBFile", \r
  73 function (idOrFile) {\r
  74 var id = this.pdbFileNameId.get (idOrFile);\r
  75 return id;\r
  76 }, "~S");\r
  77 Clazz.defineMethod (c$, "findFileForPDBId", \r
  78 function (idOrFile) {\r
  79 var id = this.pdbIdFileName.get (idOrFile);\r
  80 return id;\r
  81 }, "~S");\r
  82 Clazz.defineMethod (c$, "isPDBFileRegistered", \r
  83 function (idOrFile) {\r
  84 return this.pdbFileNameId.containsKey (idOrFile) || this.pdbIdFileName.containsKey (idOrFile);\r
  85 }, "~S");\r
  86 c$.getStructureSelectionManager = Clazz.defineMethod (c$, "getStructureSelectionManager", \r
  87 function (context) {\r
  88 if (context == null) {\r
  89 if (jalview.structure.StructureSelectionManager.nullProvider == null) {\r
  90 if (jalview.structure.StructureSelectionManager.instances != null) {\r
  91 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_error_structure_selection_manager_null"),  new NullPointerException (jalview.util.MessageManager.getString ("exception.ssm_context_is_null")));\r
  92 } else {\r
  93 jalview.structure.StructureSelectionManager.nullProvider =  new jalview.structure.StructureSelectionManager ();\r
  94 }return jalview.structure.StructureSelectionManager.nullProvider;\r
  95 }}if (jalview.structure.StructureSelectionManager.instances == null) {\r
  96 jalview.structure.StructureSelectionManager.instances =  new java.util.IdentityHashMap ();\r
  97 }var instance = jalview.structure.StructureSelectionManager.instances.get (context);\r
  98 if (instance == null) {\r
  99 if (jalview.structure.StructureSelectionManager.nullProvider != null) {\r
 100 instance = jalview.structure.StructureSelectionManager.nullProvider;\r
 101 } else {\r
 102 instance =  new jalview.structure.StructureSelectionManager ();\r
 103 }jalview.structure.StructureSelectionManager.instances.put (context, instance);\r
 104 }return instance;\r
 105 }, "jalview.api.StructureSelectionManagerProvider");\r
 106 Clazz.defineMethod (c$, "setRelaySeqMappings", \r
 107 function (relay) {\r
 108 this.relaySeqMappings = relay;\r
 109 }, "~B");\r
 110 Clazz.defineMethod (c$, "isRelaySeqMappingsEnabled", \r
 111 function () {\r
 112 return this.relaySeqMappings;\r
 113 });\r
 114 Clazz.defineMethod (c$, "addStructureViewerListener", \r
 115 function (svl) {\r
 116 if (!this.listeners.contains (svl)) {\r
 117 this.listeners.addElement (svl);\r
 118 }}, "~O");\r
 119 Clazz.defineMethod (c$, "alreadyMappedToFile", \r
 120 function (pdbid) {\r
 121 for (var sm, $sm = this.mappings.iterator (); $sm.hasNext () && ((sm = $sm.next ()) || true);) {\r
 122 if (sm.getPdbId ().equals (pdbid)) {\r
 123 return sm.pdbfile;\r
 124 }}\r
 125 return null;\r
 126 }, "~S");\r
 127 Clazz.defineMethod (c$, "setMapping", \r
 128 function (sequence, targetChains, pdbFile, protocol) {\r
 129 return this.setMapping (true, sequence, targetChains, pdbFile, protocol);\r
 130 }, "~A,~A,~S,~S");\r
 131 Clazz.defineMethod (c$, "setMapping", \r
 132 function (forStructureView, sequence, targetChains, pdbFile, protocol) {\r
 133 var parseSecStr = this.processSecondaryStructure;\r
 134 if (this.isPDBFileRegistered (pdbFile)) {\r
 135 for (var sq, $sq = 0, $$sq = sequence; $sq < $$sq.length && ((sq = $$sq[$sq]) || true); $sq++) {\r
 136 var ds = sq;\r
 137 while (ds.getDatasetSequence () != null) {\r
 138 ds = ds.getDatasetSequence ();\r
 139 }\r
 140 ;if (ds.getAnnotation () != null) {\r
 141 for (var ala, $ala = 0, $$ala = ds.getAnnotation (); $ala < $$ala.length && ((ala = $$ala[$ala]) || true); $ala++) {\r
 142 if (MCview.PDBfile.isCalcIdForFile (ala, this.findIdForPDBFile (pdbFile))) {\r
 143 parseSecStr = false;\r
 144 }}\r
 145 }}\r
 146 }var pdb = null;\r
 147 try {\r
 148 pdb =  new MCview.PDBfile (this.addTempFacAnnot, parseSecStr, this.secStructServices, pdbFile, protocol);\r
 149 if (pdb.id != null && pdb.id.trim ().length > 0 && jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE.equals (protocol)) {\r
 150 this.registerPDBFile (pdb.id.trim (), pdbFile);\r
 151 }} catch (ex) {\r
 152 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
 153 ex.printStackTrace ();\r
 154 return null;\r
 155 } else {\r
 156 throw ex;\r
 157 }\r
 158 }\r
 159 var targetChain;\r
 160 for (var s = 0; s < sequence.length; s++) {\r
 161 var infChain = true;\r
 162 var seq = sequence[s];\r
 163 if (targetChains != null && targetChains[s] != null) {\r
 164 infChain = false;\r
 165 targetChain = targetChains[s];\r
 166 } else if (seq.getName ().indexOf ("|") > -1) {\r
 167 targetChain = seq.getName ().substring (seq.getName ().lastIndexOf ("|") + 1);\r
 168 if (targetChain.length > 1) {\r
 169 if (targetChain.trim ().length == 0) {\r
 170 targetChain = " ";\r
 171 } else {\r
 172 targetChain = "";\r
 173 }}} else {\r
 174 targetChain = "";\r
 175 }var max = -10;\r
 176 var maxAlignseq = null;\r
 177 var maxChainId = " ";\r
 178 var maxChain = null;\r
 179 var first = true;\r
 180 for (var chain, $chain = pdb.chains.iterator (); $chain.hasNext () && ((chain = $chain.next ()) || true);) {\r
 181 if (targetChain.length > 0 && !targetChain.equals (chain.id) && !infChain) {\r
 182 continue;\r
 183 }var type = chain.isNa ? "dna" : "pep";\r
 184 var as = jalview.analysis.AlignSeq.doGlobalNWAlignment (seq, chain.sequence, type);\r
 185 if (first || as.maxscore > max || (as.maxscore == max && chain.id.equals (targetChain))) {\r
 186 first = false;\r
 187 maxChain = chain;\r
 188 max = as.maxscore;\r
 189 maxAlignseq = as;\r
 190 maxChainId = chain.id;\r
 191 }}\r
 192 if (maxChain == null) {\r
 193 continue;\r
 194 }var mappingDetails =  new StringBuilder (128);\r
 195 mappingDetails.append (jalview.structure.StructureSelectionManager.NEWLINE).append ("PDB Sequence is :").append (jalview.structure.StructureSelectionManager.NEWLINE).append ("Sequence = ").append (maxChain.sequence.getSequenceAsString ());\r
 196 mappingDetails.append (jalview.structure.StructureSelectionManager.NEWLINE).append ("No of residues = ").append (maxChain.residues.size ()).append (jalview.structure.StructureSelectionManager.NEWLINE).append (jalview.structure.StructureSelectionManager.NEWLINE);\r
 197 var ps = ((Clazz.isClassDefined ("jalview.structure.StructureSelectionManager$1") ? 0 : jalview.structure.StructureSelectionManager.$StructureSelectionManager$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.structure.StructureSelectionManager$1, this, Clazz.cloneFinals ("mappingDetails", mappingDetails), System.out));\r
 198 maxAlignseq.printAlignment (ps);\r
 199 mappingDetails.append (jalview.structure.StructureSelectionManager.NEWLINE).append ("PDB start/end ");\r
 200 mappingDetails.append (String.valueOf (maxAlignseq.seq2start)).append (" ");\r
 201 mappingDetails.append (String.valueOf (maxAlignseq.seq2end));\r
 202 mappingDetails.append (jalview.structure.StructureSelectionManager.NEWLINE).append ("SEQ start/end ");\r
 203 mappingDetails.append (String.valueOf (maxAlignseq.seq1start + seq.getStart () - 1)).append (" ");\r
 204 mappingDetails.append (String.valueOf (maxAlignseq.seq1end + seq.getEnd () - 1));\r
 205 maxChain.makeExactMapping (maxAlignseq, seq);\r
 206 var sqmpping = maxAlignseq.getMappingFromS1 (false);\r
 207 var omap =  new jalview.datamodel.Mapping (sqmpping.getMap ().getInverse ());\r
 208 maxChain.transferRESNUMFeatures (seq, null);\r
 209 var mapping =  Clazz.newIntArray (seq.findPosition (seq.getLength ()) + 2, 2, 0);\r
 210 var resNum = -10000;\r
 211 var index = 0;\r
 212 do {\r
 213 var tmp = maxChain.atoms.elementAt (index);\r
 214 if (resNum != tmp.resNumber && tmp.alignmentMapping != -1) {\r
 215 resNum = tmp.resNumber;\r
 216 mapping[tmp.alignmentMapping + 1][0] = tmp.resNumber;\r
 217 mapping[tmp.alignmentMapping + 1][1] = tmp.atomIndex;\r
 218 }index++;\r
 219 } while (index < maxChain.atoms.size ());\r
 220 if (protocol.equals (jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE)) {\r
 221 pdbFile = "INLINE" + pdb.id;\r
 222 }var newMapping =  new jalview.structure.StructureMapping (seq, pdbFile, pdb.id, maxChainId, mapping, mappingDetails.toString ());\r
 223 if (forStructureView) {\r
 224 this.mappings.add (newMapping);\r
 225 }maxChain.transferResidueAnnotation (newMapping, sqmpping);\r
 226 }\r
 227 return pdb;\r
 228 }, "~B,~A,~A,~S,~S");\r
 229 Clazz.defineMethod (c$, "removeStructureViewerListener", \r
 230 function (svl, pdbfiles) {\r
 231 this.listeners.removeElement (svl);\r
 232 if (Clazz.instanceOf (svl, jalview.structure.SequenceListener)) {\r
 233 for (var i = 0; i < this.listeners.size (); i++) {\r
 234 if (Clazz.instanceOf (this.listeners.elementAt (i), jalview.structure.StructureListener)) {\r
 235 (this.listeners.elementAt (i)).releaseReferences (svl);\r
 236 }}\r
 237 }if (pdbfiles == null) {\r
 238 return;\r
 239 }var pdbs =  new java.util.ArrayList (java.util.Arrays.asList (pdbfiles));\r
 240 var sl;\r
 241 for (var i = 0; i < this.listeners.size (); i++) {\r
 242 if (Clazz.instanceOf (this.listeners.elementAt (i), jalview.structure.StructureListener)) {\r
 243 sl = this.listeners.elementAt (i);\r
 244 for (var pdbfile, $pdbfile = 0, $$pdbfile = sl.getPdbFile (); $pdbfile < $$pdbfile.length && ((pdbfile = $$pdbfile[$pdbfile]) || true); $pdbfile++) {\r
 245 pdbs.remove (pdbfile);\r
 246 }\r
 247 }}\r
 248 if (pdbs.size () > 0) {\r
 249 var tmp =  new java.util.ArrayList ();\r
 250 for (var sm, $sm = this.mappings.iterator (); $sm.hasNext () && ((sm = $sm.next ()) || true);) {\r
 251 if (!pdbs.contains (sm.pdbfile)) {\r
 252 tmp.add (sm);\r
 253 }}\r
 254 this.mappings = tmp;\r
 255 }}, "~O,~A");\r
 256 Clazz.defineMethod (c$, "mouseOverStructure", \r
 257 function (pdbResNum, chain, pdbfile) {\r
 258 var atomSpec =  new jalview.structure.AtomSpec (pdbfile, chain, pdbResNum, 0);\r
 259 var atoms = java.util.Collections.singletonList (atomSpec);\r
 260 this.mouseOverStructure (atoms);\r
 261 }, "~N,~S,~S");\r
 262 Clazz.defineMethod (c$, "mouseOverStructure", \r
 263 function (atoms) {\r
 264 if (this.listeners == null) {\r
 265 return;\r
 266 }var hasSequenceListener = false;\r
 267 for (var i = 0; i < this.listeners.size (); i++) {\r
 268 if (Clazz.instanceOf (this.listeners.elementAt (i), jalview.structure.SequenceListener)) {\r
 269 hasSequenceListener = true;\r
 270 }}\r
 271 if (!hasSequenceListener) {\r
 272 return;\r
 273 }var results =  new jalview.datamodel.SearchResults ();\r
 274 for (var atom, $atom = atoms.iterator (); $atom.hasNext () && ((atom = $atom.next ()) || true);) {\r
 275 var lastseq = null;\r
 276 var lastipos = -1;\r
 277 for (var sm, $sm = this.mappings.iterator (); $sm.hasNext () && ((sm = $sm.next ()) || true);) {\r
 278 if (sm.pdbfile.equals (atom.getPdbFile ()) && sm.pdbchain.equals (atom.getChain ())) {\r
 279 var indexpos = sm.getSeqPos (atom.getPdbResNum ());\r
 280 if (lastipos != indexpos && lastseq !== sm.sequence) {\r
 281 results.addResult (sm.sequence, indexpos, indexpos);\r
 282 lastipos = indexpos;\r
 283 lastseq = sm.sequence;\r
 284 for (var acf, $acf = this.seqmappings.iterator (); $acf.hasNext () && ((acf = $acf.next ()) || true);) {\r
 285 acf.markMappedRegion (sm.sequence, indexpos, results);\r
 286 }\r
 287 }}}\r
 288 }\r
 289 for (var li, $li = this.listeners.iterator (); $li.hasNext () && ((li = $li.next ()) || true);) {\r
 290 if (Clazz.instanceOf (li, jalview.structure.SequenceListener)) {\r
 291 (li).highlightSequence (results);\r
 292 }}\r
 293 }, "java.util.List");\r
 294 Clazz.defineMethod (c$, "mouseOverSequence", \r
 295 function (seq, indexpos, index, source) {\r
 296 var hasSequenceListeners = this.handlingVamsasMo || !this.seqmappings.isEmpty ();\r
 297 var results = null;\r
 298 if (index == -1) {\r
 299 index = seq.findPosition (indexpos);\r
 300 }for (var i = 0; i < this.listeners.size (); i++) {\r
 301 var listener = this.listeners.elementAt (i);\r
 302 if (listener === source) {\r
 303 continue;\r
 304 }if (Clazz.instanceOf (listener, jalview.structure.StructureListener)) {\r
 305 this.highlightStructure (listener, seq, index);\r
 306 } else {\r
 307 if (Clazz.instanceOf (listener, jalview.structure.SequenceListener)) {\r
 308 var seqListener = listener;\r
 309 if (hasSequenceListeners && seqListener.getVamsasSource () !== source) {\r
 310 if (this.relaySeqMappings) {\r
 311 if (results == null) {\r
 312 results = jalview.util.MappingUtils.buildSearchResults (seq, index, this.seqmappings);\r
 313 }if (this.handlingVamsasMo) {\r
 314 results.addResult (seq, index, index);\r
 315 }seqListener.highlightSequence (results);\r
 316 }}} else if (Clazz.instanceOf (listener, jalview.structure.VamsasListener) && !this.handlingVamsasMo) {\r
 317 (listener).mouseOverSequence (seq, indexpos, source);\r
 318 } else if (Clazz.instanceOf (listener, jalview.structure.SecondaryStructureListener)) {\r
 319 (listener).mouseOverSequence (seq, indexpos, index);\r
 320 }}}\r
 321 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,~N,jalview.structure.VamsasSource");\r
 322 Clazz.defineMethod (c$, "highlightStructure", \r
 323 function (sl, seq, index) {\r
 324 if (!sl.isListeningFor (seq)) {\r
 325 return;\r
 326 }var atomNo;\r
 327 var atoms =  new java.util.ArrayList ();\r
 328 for (var sm, $sm = this.mappings.iterator (); $sm.hasNext () && ((sm = $sm.next ()) || true);) {\r
 329 if (sm.sequence === seq || sm.sequence === seq.getDatasetSequence ()) {\r
 330 atomNo = sm.getAtomNum (index);\r
 331 if (atomNo > 0) {\r
 332 atoms.add ( new jalview.structure.AtomSpec (sm.pdbfile, sm.pdbchain, sm.getPDBResNum (index), atomNo));\r
 333 }}}\r
 334 sl.highlightAtoms (atoms);\r
 335 }, "jalview.structure.StructureListener,jalview.datamodel.SequenceI,~N");\r
 336 Clazz.defineMethod (c$, "mouseOverVamsasSequence", \r
 337 function (sequenceI, position, source) {\r
 338 this.handlingVamsasMo = true;\r
 339 var msg = sequenceI.hashCode () * (1 + position);\r
 340 if (this.lastmsg != msg) {\r
 341 this.lastmsg = msg;\r
 342 this.mouseOverSequence (sequenceI, position, -1, source);\r
 343 }this.handlingVamsasMo = false;\r
 344 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,jalview.structure.VamsasSource");\r
 345 Clazz.defineMethod (c$, "colourSequenceFromStructure", \r
 346 function (seq, pdbid) {\r
 347 return null;\r
 348 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~S");\r
 349 Clazz.defineMethod (c$, "structureSelectionChanged", \r
 350 function () {\r
 351 });\r
 352 Clazz.defineMethod (c$, "sequenceSelectionChanged", \r
 353 function () {\r
 354 });\r
 355 Clazz.defineMethod (c$, "sequenceColoursChanged", \r
 356 function (source) {\r
 357 var sl;\r
 358 for (var i = 0; i < this.listeners.size (); i++) {\r
 359 if (Clazz.instanceOf (this.listeners.elementAt (i), jalview.structure.StructureListener)) {\r
 360 sl = this.listeners.elementAt (i);\r
 361 sl.updateColours (source);\r
 362 }}\r
 363 }, "~O");\r
 364 Clazz.defineMethod (c$, "getMapping", \r
 365 function (pdbfile) {\r
 366 var tmp =  new java.util.ArrayList ();\r
 367 for (var sm, $sm = this.mappings.iterator (); $sm.hasNext () && ((sm = $sm.next ()) || true);) {\r
 368 if (sm.pdbfile.equals (pdbfile)) {\r
 369 tmp.add (sm);\r
 370 }}\r
 371 return tmp.toArray ( new Array (tmp.size ()));\r
 372 }, "~S");\r
 373 Clazz.defineMethod (c$, "printMappings", \r
 374 function (pdbfile, seqs) {\r
 375 if (pdbfile == null || seqs == null || seqs.isEmpty ()) {\r
 376 return "";\r
 377 }var sb =  new StringBuilder (64);\r
 378 for (var sm, $sm = this.mappings.iterator (); $sm.hasNext () && ((sm = $sm.next ()) || true);) {\r
 379 if (sm.pdbfile.equals (pdbfile) && seqs.contains (sm.sequence)) {\r
 380 sb.append (sm.mappingDetails);\r
 381 sb.append (jalview.structure.StructureSelectionManager.NEWLINE);\r
 382 sb.append ("=====================");\r
 383 sb.append (jalview.structure.StructureSelectionManager.NEWLINE);\r
 384 }}\r
 385 sb.append (jalview.structure.StructureSelectionManager.NEWLINE);\r
 386 return sb.toString ();\r
 387 }, "~S,java.util.List");\r
 388 Clazz.defineMethod (c$, "removeMappings", \r
 389 function (set) {\r
 390 if (set != null) {\r
 391 for (var acf, $acf = set.iterator (); $acf.hasNext () && ((acf = $acf.next ()) || true);) {\r
 392 this.removeMapping (acf);\r
 393 }\r
 394 }}, "java.util.Set");\r
 395 Clazz.defineMethod (c$, "removeMapping", \r
 396 function (acf) {\r
 397 if (acf != null && this.seqmappings.contains (acf)) {\r
 398 var count = (this.seqMappingRefCounts.get (acf)).intValue ();\r
 399 count--;\r
 400 if (count > 0) {\r
 401 this.seqMappingRefCounts.put (acf, new Integer (count));\r
 402 } else {\r
 403 this.seqmappings.remove (acf);\r
 404 this.seqMappingRefCounts.remove (acf);\r
 405 }}}, "jalview.datamodel.AlignedCodonFrame");\r
 406 Clazz.defineMethod (c$, "addMappings", \r
 407 function (set) {\r
 408 if (set != null) {\r
 409 for (var acf, $acf = set.iterator (); $acf.hasNext () && ((acf = $acf.next ()) || true);) {\r
 410 this.addMapping (acf);\r
 411 }\r
 412 }}, "java.util.Set");\r
 413 Clazz.defineMethod (c$, "addMapping", \r
 414 function (acf) {\r
 415 if (acf != null) {\r
 416 if (this.seqmappings.contains (acf)) {\r
 417 this.seqMappingRefCounts.put (acf, new Integer ((this.seqMappingRefCounts.get (acf)).intValue () + 1));\r
 418 } else {\r
 419 this.seqmappings.add (acf);\r
 420 this.seqMappingRefCounts.put (acf, new Integer (1));\r
 421 }}}, "jalview.datamodel.AlignedCodonFrame");\r
 422 Clazz.defineMethod (c$, "addSelectionListener", \r
 423 function (selecter) {\r
 424 if (!this.sel_listeners.contains (selecter)) {\r
 425 this.sel_listeners.add (selecter);\r
 426 }}, "jalview.structure.SelectionListener");\r
 427 Clazz.defineMethod (c$, "removeSelectionListener", \r
 428 function (toremove) {\r
 429 if (this.sel_listeners.contains (toremove)) {\r
 430 this.sel_listeners.remove (toremove);\r
 431 }}, "jalview.structure.SelectionListener");\r
 432 Clazz.defineMethod (c$, "sendSelection", \r
 433 function (selection, colsel, source) {\r
 434 for (var slis, $slis = this.sel_listeners.iterator (); $slis.hasNext () && ((slis = $slis.next ()) || true);) {\r
 435 if (slis !== source) {\r
 436 slis.selection (selection, colsel, source);\r
 437 }}\r
 438 }, "jalview.datamodel.SequenceGroup,jalview.datamodel.ColumnSelection,jalview.structure.SelectionSource");\r
 439 Clazz.defineMethod (c$, "sendViewPosition", \r
 440 function (source, startRes, endRes, startSeq, endSeq) {\r
 441 if (this.view_listeners != null && this.view_listeners.size () > 0) {\r
 442 var listeners = this.view_listeners.elements ();\r
 443 while (listeners.hasMoreElements ()) {\r
 444 var slis = listeners.nextElement ();\r
 445 if (slis !== source) {\r
 446 slis.viewPosition (startRes, endRes, startSeq, endSeq, source);\r
 447 };}\r
 448 }}, "jalview.api.AlignmentViewPanel,~N,~N,~N,~N");\r
 449 c$.release = Clazz.defineMethod (c$, "release", \r
 450 function (jalviewLite) {\r
 451 {\r
 452 if (jalview.structure.StructureSelectionManager.instances == null) {\r
 453 return;\r
 454 }var mnger = (jalview.structure.StructureSelectionManager.instances.get (jalviewLite));\r
 455 if (mnger != null) {\r
 456 jalview.structure.StructureSelectionManager.instances.remove (jalviewLite);\r
 457 try {\r
 458 mnger.finalize ();\r
 459 } catch (x) {\r
 460 }\r
 461 }}}, "jalview.api.StructureSelectionManagerProvider");\r
 462 Clazz.defineMethod (c$, "registerPDBEntry", \r
 463 function (pdbentry) {\r
 464 if (pdbentry.getFile () != null && pdbentry.getFile ().trim ().length > 0) {\r
 465 this.registerPDBFile (pdbentry.getId (), pdbentry.getFile ());\r
 466 }}, "jalview.datamodel.PDBEntry");\r
 467 Clazz.defineMethod (c$, "addCommandListener", \r
 468 function (cl) {\r
 469 if (!this.commandListeners.contains (cl)) {\r
 470 this.commandListeners.add (cl);\r
 471 }}, "jalview.structure.CommandListener");\r
 472 Clazz.defineMethod (c$, "hasCommandListener", \r
 473 function (cl) {\r
 474 return this.commandListeners.contains (cl);\r
 475 }, "jalview.structure.CommandListener");\r
 476 Clazz.defineMethod (c$, "removeCommandListener", \r
 477 function (l) {\r
 478 return this.commandListeners.remove (l);\r
 479 }, "jalview.structure.CommandListener");\r
 480 Clazz.defineMethod (c$, "commandPerformed", \r
 481 function (command, undo, source) {\r
 482 for (var listener, $listener = this.commandListeners.iterator (); $listener.hasNext () && ((listener = $listener.next ()) || true);) {\r
 483 listener.mirrorCommand (command, undo, this, source);\r
 484 }\r
 485 }, "jalview.commands.CommandI,~B,jalview.structure.VamsasSource");\r
 486 Clazz.defineMethod (c$, "mapCommand", \r
 487 function (command, undo, mapTo, gapChar) {\r
 488 if (Clazz.instanceOf (command, jalview.commands.EditCommand)) {\r
 489 return jalview.util.MappingUtils.mapEditCommand (command, undo, mapTo, gapChar, this.seqmappings);\r
 490 } else if (Clazz.instanceOf (command, jalview.commands.OrderCommand)) {\r
 491 return jalview.util.MappingUtils.mapOrderCommand (command, undo, mapTo, this.seqmappings);\r
 492 }return null;\r
 493 }, "jalview.commands.CommandI,~B,jalview.datamodel.AlignmentI,~S");\r
 494 c$.$StructureSelectionManager$1$ = function () {\r
 495 Clazz.pu$h ();\r
 496 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.structure, "StructureSelectionManager$1", java.io.PrintStream);\r
 497 Clazz.defineMethod (c$, "print", \r
 498 function (x) {\r
 499 this.f$.mappingDetails.append (x);\r
 500 }, "~S");\r
 501 Clazz.defineMethod (c$, "println", \r
 502 function () {\r
 503 this.f$.mappingDetails.append (jalview.structure.StructureSelectionManager.NEWLINE);\r
 504 });\r
 505 c$ = Clazz.p0p ();\r
 506 };\r
 507 c$.NEWLINE = c$.prototype.NEWLINE = System.lineSeparator ();\r
 508 Clazz.defineStatics (c$,\r
 509 "instances", null,\r
 510 "nullProvider", null);\r
 511 });\r