bin/jalview/structure/StructureSelectionManager.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.structure");
   2 Clazz.load (["java.util.ArrayList", "$.HashMap", "$.LinkedHashSet", "$.Vector"], "jalview.structure.StructureSelectionManager", ["MCview.PDBfile", "jalview.analysis.AlignSeq", "jalview.commands.EditCommand", "$.OrderCommand", "jalview.datamodel.Mapping", "$.SearchResults", "jalview.io.AppletFormatAdapter", "jalview.structure.AtomSpec", "$.SecondaryStructureListener", "$.SequenceListener", "$.StructureListener", "$.StructureMapping", "$.VamsasListener", "jalview.util.MappingUtils", "$.MessageManager", "java.lang.Error", "$.NullPointerException", "$.StringBuilder", "java.util.Arrays", "$.Collections", "$.IdentityHashMap"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.mappings = null;
   5 this.processSecondaryStructure = false;
   6 this.secStructServices = false;
   7 this.addTempFacAnnot = false;
   8 this.seqmappings = null;
   9 this.seqMappingRefCounts = null;
  10 this.commandListeners = null;
  11 this.sel_listeners = null;
  12 this.pdbIdFileName = null;
  13 this.pdbFileNameId = null;
  14 this.relaySeqMappings = true;
  15 this.listeners = null;
  16 this.handlingVamsasMo = false;
  17 this.lastmsg = 0;
  18 this.view_listeners = null;
  19 Clazz.instantialize (this, arguments);
  20 }, jalview.structure, "StructureSelectionManager");
  21 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  22 this.mappings =  new java.util.ArrayList ();
  23 this.seqmappings =  new java.util.LinkedHashSet ();
  24 this.seqMappingRefCounts =  new java.util.HashMap ();
  25 this.commandListeners =  new java.util.ArrayList ();
  26 this.sel_listeners =  new java.util.ArrayList ();
  27 this.pdbIdFileName =  new java.util.HashMap ();
  28 this.pdbFileNameId =  new java.util.HashMap ();
  29 this.listeners =  new java.util.Vector ();
  30 this.view_listeners =  new java.util.Vector ();
  31 });
  32 Clazz.defineMethod (c$, "isSecStructServices",
  33 function () {
  34 return this.secStructServices;
  35 });
  36 Clazz.defineMethod (c$, "setSecStructServices",
  37 function (secStructServices) {
  38 this.secStructServices = secStructServices;
  39 }, "~B");
  40 Clazz.defineMethod (c$, "isAddTempFacAnnot",
  41 function () {
  42 return this.addTempFacAnnot;
  43 });
  44 Clazz.defineMethod (c$, "setAddTempFacAnnot",
  45 function (addTempFacAnnot) {
  46 this.addTempFacAnnot = addTempFacAnnot;
  47 }, "~B");
  48 Clazz.defineMethod (c$, "isProcessSecondaryStructure",
  49 function () {
  50 return this.processSecondaryStructure;
  51 });
  52 Clazz.defineMethod (c$, "setProcessSecondaryStructure",
  53 function (enable) {
  54 this.processSecondaryStructure = enable;
  55 }, "~B");
  56 Clazz.defineMethod (c$, "reportMapping",
  57 function () {
  58 if (this.mappings.isEmpty ()) {
  59 System.err.println ("reportMapping: No PDB/Sequence mappings.");
  60 } else {
  61 System.err.println ("reportMapping: There are " + this.mappings.size () + " mappings.");
  62 var i = 0;
  63 for (var sm, $sm = this.mappings.iterator (); $sm.hasNext () && ((sm = $sm.next ()) || true);) {
  64 System.err.println ("mapping " + i++ + " : " + sm.pdbfile);
  65 }
  66 }});
  67 Clazz.defineMethod (c$, "registerPDBFile",
  68 function (idForFile, absoluteFile) {
  69 this.pdbIdFileName.put (idForFile, absoluteFile);
  70 this.pdbFileNameId.put (absoluteFile, idForFile);
  71 }, "~S,~S");
  72 Clazz.defineMethod (c$, "findIdForPDBFile",
  73 function (idOrFile) {
  74 var id = this.pdbFileNameId.get (idOrFile);
  75 return id;
  76 }, "~S");
  77 Clazz.defineMethod (c$, "findFileForPDBId",
  78 function (idOrFile) {
  79 var id = this.pdbIdFileName.get (idOrFile);
  80 return id;
  81 }, "~S");
  82 Clazz.defineMethod (c$, "isPDBFileRegistered",
  83 function (idOrFile) {
  84 return this.pdbFileNameId.containsKey (idOrFile) || this.pdbIdFileName.containsKey (idOrFile);
  85 }, "~S");
  86 c$.getStructureSelectionManager = Clazz.defineMethod (c$, "getStructureSelectionManager",
  87 function (context) {
  88 if (context == null) {
  89 if (jalview.structure.StructureSelectionManager.nullProvider == null) {
  90 if (jalview.structure.StructureSelectionManager.instances != null) {
  91 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_error_structure_selection_manager_null"),  new NullPointerException (jalview.util.MessageManager.getString ("exception.ssm_context_is_null")));
  92 } else {
  93 jalview.structure.StructureSelectionManager.nullProvider =  new jalview.structure.StructureSelectionManager ();
  94 }return jalview.structure.StructureSelectionManager.nullProvider;
  95 }}if (jalview.structure.StructureSelectionManager.instances == null) {
  96 jalview.structure.StructureSelectionManager.instances =  new java.util.IdentityHashMap ();
  97 }var instance = jalview.structure.StructureSelectionManager.instances.get (context);
  98 if (instance == null) {
  99 if (jalview.structure.StructureSelectionManager.nullProvider != null) {
 100 instance = jalview.structure.StructureSelectionManager.nullProvider;
 101 } else {
 102 instance =  new jalview.structure.StructureSelectionManager ();
 103 }jalview.structure.StructureSelectionManager.instances.put (context, instance);
 104 }return instance;
 105 }, "jalview.api.StructureSelectionManagerProvider");
 106 Clazz.defineMethod (c$, "setRelaySeqMappings",
 107 function (relay) {
 108 this.relaySeqMappings = relay;
 109 }, "~B");
 110 Clazz.defineMethod (c$, "isRelaySeqMappingsEnabled",
 111 function () {
 112 return this.relaySeqMappings;
 113 });
 114 Clazz.defineMethod (c$, "addStructureViewerListener",
 115 function (svl) {
 116 if (!this.listeners.contains (svl)) {
 117 this.listeners.addElement (svl);
 118 }}, "~O");
 119 Clazz.defineMethod (c$, "alreadyMappedToFile",
 120 function (pdbid) {
 121 for (var sm, $sm = this.mappings.iterator (); $sm.hasNext () && ((sm = $sm.next ()) || true);) {
 122 if (sm.getPdbId ().equals (pdbid)) {
 123 return sm.pdbfile;
 124 }}
 125 return null;
 126 }, "~S");
 127 Clazz.defineMethod (c$, "setMapping",
 128 function (sequence, targetChains, pdbFile, protocol) {
 129 return this.setMapping (true, sequence, targetChains, pdbFile, protocol);
 130 }, "~A,~A,~S,~S");
 131 Clazz.defineMethod (c$, "setMapping",
 132 function (forStructureView, sequence, targetChains, pdbFile, protocol) {
 133 var parseSecStr = this.processSecondaryStructure;
 134 if (this.isPDBFileRegistered (pdbFile)) {
 135 for (var sq, $sq = 0, $$sq = sequence; $sq < $$sq.length && ((sq = $$sq[$sq]) || true); $sq++) {
 136 var ds = sq;
 137 while (ds.getDatasetSequence () != null) {
 138 ds = ds.getDatasetSequence ();
 139 }
 140 ;if (ds.getAnnotation () != null) {
 141 for (var ala, $ala = 0, $$ala = ds.getAnnotation (); $ala < $$ala.length && ((ala = $$ala[$ala]) || true); $ala++) {
 142 if (MCview.PDBfile.isCalcIdForFile (ala, this.findIdForPDBFile (pdbFile))) {
 143 parseSecStr = false;
 144 }}
 145 }}
 146 }var pdb = null;
 147 try {
 148 pdb =  new MCview.PDBfile (this.addTempFacAnnot, parseSecStr, this.secStructServices, pdbFile, protocol);
 149 if (pdb.id != null && pdb.id.trim ().length > 0 && jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE.equals (protocol)) {
 150 this.registerPDBFile (pdb.id.trim (), pdbFile);
 151 }} catch (ex) {
 152 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
 153 ex.printStackTrace ();
 154 return null;
 155 } else {
 156 throw ex;
 157 }
 158 }
 159 var targetChain;
 160 for (var s = 0; s < sequence.length; s++) {
 161 var infChain = true;
 162 var seq = sequence[s];
 163 if (targetChains != null && targetChains[s] != null) {
 164 infChain = false;
 165 targetChain = targetChains[s];
 166 } else if (seq.getName ().indexOf ("|") > -1) {
 167 targetChain = seq.getName ().substring (seq.getName ().lastIndexOf ("|") + 1);
 168 if (targetChain.length > 1) {
 169 if (targetChain.trim ().length == 0) {
 170 targetChain = " ";
 171 } else {
 172 targetChain = "";
 173 }}} else {
 174 targetChain = "";
 175 }var max = -10;
 176 var maxAlignseq = null;
 177 var maxChainId = " ";
 178 var maxChain = null;
 179 var first = true;
 180 for (var chain, $chain = pdb.chains.iterator (); $chain.hasNext () && ((chain = $chain.next ()) || true);) {
 181 if (targetChain.length > 0 && !targetChain.equals (chain.id) && !infChain) {
 182 continue;
 183 }var type = chain.isNa ? "dna" : "pep";
 184 var as = jalview.analysis.AlignSeq.doGlobalNWAlignment (seq, chain.sequence, type);
 185 if (first || as.maxscore > max || (as.maxscore == max && chain.id.equals (targetChain))) {
 186 first = false;
 187 maxChain = chain;
 188 max = as.maxscore;
 189 maxAlignseq = as;
 190 maxChainId = chain.id;
 191 }}
 192 if (maxChain == null) {
 193 continue;
 194 }var mappingDetails =  new StringBuilder (128);
 195 mappingDetails.append (jalview.structure.StructureSelectionManager.NEWLINE).append ("PDB Sequence is :").append (jalview.structure.StructureSelectionManager.NEWLINE).append ("Sequence = ").append (maxChain.sequence.getSequenceAsString ());
 196 mappingDetails.append (jalview.structure.StructureSelectionManager.NEWLINE).append ("No of residues = ").append (maxChain.residues.size ()).append (jalview.structure.StructureSelectionManager.NEWLINE).append (jalview.structure.StructureSelectionManager.NEWLINE);
 197 var ps = ((Clazz.isClassDefined ("jalview.structure.StructureSelectionManager$1") ? 0 : jalview.structure.StructureSelectionManager.$StructureSelectionManager$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.structure.StructureSelectionManager$1, this, Clazz.cloneFinals ("mappingDetails", mappingDetails), System.out));
 198 maxAlignseq.printAlignment (ps);
 199 mappingDetails.append (jalview.structure.StructureSelectionManager.NEWLINE).append ("PDB start/end ");
 200 mappingDetails.append (String.valueOf (maxAlignseq.seq2start)).append (" ");
 201 mappingDetails.append (String.valueOf (maxAlignseq.seq2end));
 202 mappingDetails.append (jalview.structure.StructureSelectionManager.NEWLINE).append ("SEQ start/end ");
 203 mappingDetails.append (String.valueOf (maxAlignseq.seq1start + seq.getStart () - 1)).append (" ");
 204 mappingDetails.append (String.valueOf (maxAlignseq.seq1end + seq.getEnd () - 1));
 205 maxChain.makeExactMapping (maxAlignseq, seq);
 206 var sqmpping = maxAlignseq.getMappingFromS1 (false);
 207 var omap =  new jalview.datamodel.Mapping (sqmpping.getMap ().getInverse ());
 208 maxChain.transferRESNUMFeatures (seq, null);
 209 var mapping =  Clazz.newIntArray (seq.findPosition (seq.getLength ()) + 2, 2, 0);
 210 var resNum = -10000;
 211 var index = 0;
 212 do {
 213 var tmp = maxChain.atoms.elementAt (index);
 214 if (resNum != tmp.resNumber && tmp.alignmentMapping != -1) {
 215 resNum = tmp.resNumber;
 216 mapping[tmp.alignmentMapping + 1][0] = tmp.resNumber;
 217 mapping[tmp.alignmentMapping + 1][1] = tmp.atomIndex;
 218 }index++;
 219 } while (index < maxChain.atoms.size ());
 220 if (protocol.equals (jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE)) {
 221 pdbFile = "INLINE" + pdb.id;
 222 }var newMapping =  new jalview.structure.StructureMapping (seq, pdbFile, pdb.id, maxChainId, mapping, mappingDetails.toString ());
 223 if (forStructureView) {
 224 this.mappings.add (newMapping);
 225 }maxChain.transferResidueAnnotation (newMapping, sqmpping);
 226 }
 227 return pdb;
 228 }, "~B,~A,~A,~S,~S");
 229 Clazz.defineMethod (c$, "removeStructureViewerListener",
 230 function (svl, pdbfiles) {
 231 this.listeners.removeElement (svl);
 232 if (Clazz.instanceOf (svl, jalview.structure.SequenceListener)) {
 233 for (var i = 0; i < this.listeners.size (); i++) {
 234 if (Clazz.instanceOf (this.listeners.elementAt (i), jalview.structure.StructureListener)) {
 235 (this.listeners.elementAt (i)).releaseReferences (svl);
 236 }}
 237 }if (pdbfiles == null) {
 238 return;
 239 }var pdbs =  new java.util.ArrayList (java.util.Arrays.asList (pdbfiles));
 240 var sl;
 241 for (var i = 0; i < this.listeners.size (); i++) {
 242 if (Clazz.instanceOf (this.listeners.elementAt (i), jalview.structure.StructureListener)) {
 243 sl = this.listeners.elementAt (i);
 244 for (var pdbfile, $pdbfile = 0, $$pdbfile = sl.getPdbFile (); $pdbfile < $$pdbfile.length && ((pdbfile = $$pdbfile[$pdbfile]) || true); $pdbfile++) {
 245 pdbs.remove (pdbfile);
 246 }
 247 }}
 248 if (pdbs.size () > 0) {
 249 var tmp =  new java.util.ArrayList ();
 250 for (var sm, $sm = this.mappings.iterator (); $sm.hasNext () && ((sm = $sm.next ()) || true);) {
 251 if (!pdbs.contains (sm.pdbfile)) {
 252 tmp.add (sm);
 253 }}
 254 this.mappings = tmp;
 255 }}, "~O,~A");
 256 Clazz.defineMethod (c$, "mouseOverStructure",
 257 function (pdbResNum, chain, pdbfile) {
 258 var atomSpec =  new jalview.structure.AtomSpec (pdbfile, chain, pdbResNum, 0);
 259 var atoms = java.util.Collections.singletonList (atomSpec);
 260 this.mouseOverStructure (atoms);
 261 }, "~N,~S,~S");
 262 Clazz.defineMethod (c$, "mouseOverStructure",
 263 function (atoms) {
 264 if (this.listeners == null) {
 265 return;
 266 }var hasSequenceListener = false;
 267 for (var i = 0; i < this.listeners.size (); i++) {
 268 if (Clazz.instanceOf (this.listeners.elementAt (i), jalview.structure.SequenceListener)) {
 269 hasSequenceListener = true;
 270 }}
 271 if (!hasSequenceListener) {
 272 return;
 273 }var results =  new jalview.datamodel.SearchResults ();
 274 for (var atom, $atom = atoms.iterator (); $atom.hasNext () && ((atom = $atom.next ()) || true);) {
 275 var lastseq = null;
 276 var lastipos = -1;
 277 for (var sm, $sm = this.mappings.iterator (); $sm.hasNext () && ((sm = $sm.next ()) || true);) {
 278 if (sm.pdbfile.equals (atom.getPdbFile ()) && sm.pdbchain.equals (atom.getChain ())) {
 279 var indexpos = sm.getSeqPos (atom.getPdbResNum ());
 280 if (lastipos != indexpos && lastseq !== sm.sequence) {
 281 results.addResult (sm.sequence, indexpos, indexpos);
 282 lastipos = indexpos;
 283 lastseq = sm.sequence;
 284 for (var acf, $acf = this.seqmappings.iterator (); $acf.hasNext () && ((acf = $acf.next ()) || true);) {
 285 acf.markMappedRegion (sm.sequence, indexpos, results);
 286 }
 287 }}}
 288 }
 289 for (var li, $li = this.listeners.iterator (); $li.hasNext () && ((li = $li.next ()) || true);) {
 290 if (Clazz.instanceOf (li, jalview.structure.SequenceListener)) {
 291 (li).highlightSequence (results);
 292 }}
 293 }, "java.util.List");
 294 Clazz.defineMethod (c$, "mouseOverSequence",
 295 function (seq, indexpos, index, source) {
 296 var hasSequenceListeners = this.handlingVamsasMo || !this.seqmappings.isEmpty ();
 297 var results = null;
 298 if (index == -1) {
 299 index = seq.findPosition (indexpos);
 300 }for (var i = 0; i < this.listeners.size (); i++) {
 301 var listener = this.listeners.elementAt (i);
 302 if (listener === source) {
 303 continue;
 304 }if (Clazz.instanceOf (listener, jalview.structure.StructureListener)) {
 305 this.highlightStructure (listener, seq, index);
 306 } else {
 307 if (Clazz.instanceOf (listener, jalview.structure.SequenceListener)) {
 308 var seqListener = listener;
 309 if (hasSequenceListeners && seqListener.getVamsasSource () !== source) {
 310 if (this.relaySeqMappings) {
 311 if (results == null) {
 312 results = jalview.util.MappingUtils.buildSearchResults (seq, index, this.seqmappings);
 313 }if (this.handlingVamsasMo) {
 314 results.addResult (seq, index, index);
 315 }seqListener.highlightSequence (results);
 316 }}} else if (Clazz.instanceOf (listener, jalview.structure.VamsasListener) && !this.handlingVamsasMo) {
 317 (listener).mouseOverSequence (seq, indexpos, source);
 318 } else if (Clazz.instanceOf (listener, jalview.structure.SecondaryStructureListener)) {
 319 (listener).mouseOverSequence (seq, indexpos, index);
 320 }}}
 321 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,~N,jalview.structure.VamsasSource");
 322 Clazz.defineMethod (c$, "highlightStructure",
 323 function (sl, seq, index) {
 324 if (!sl.isListeningFor (seq)) {
 325 return;
 326 }var atomNo;
 327 var atoms =  new java.util.ArrayList ();
 328 for (var sm, $sm = this.mappings.iterator (); $sm.hasNext () && ((sm = $sm.next ()) || true);) {
 329 if (sm.sequence === seq || sm.sequence === seq.getDatasetSequence ()) {
 330 atomNo = sm.getAtomNum (index);
 331 if (atomNo > 0) {
 332 atoms.add ( new jalview.structure.AtomSpec (sm.pdbfile, sm.pdbchain, sm.getPDBResNum (index), atomNo));
 333 }}}
 334 sl.highlightAtoms (atoms);
 335 }, "jalview.structure.StructureListener,jalview.datamodel.SequenceI,~N");
 336 Clazz.defineMethod (c$, "mouseOverVamsasSequence",
 337 function (sequenceI, position, source) {
 338 this.handlingVamsasMo = true;
 339 var msg = sequenceI.hashCode () * (1 + position);
 340 if (this.lastmsg != msg) {
 341 this.lastmsg = msg;
 342 this.mouseOverSequence (sequenceI, position, -1, source);
 343 }this.handlingVamsasMo = false;
 344 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,jalview.structure.VamsasSource");
 345 Clazz.defineMethod (c$, "colourSequenceFromStructure",
 346 function (seq, pdbid) {
 347 return null;
 348 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~S");
 349 Clazz.defineMethod (c$, "structureSelectionChanged",
 350 function () {
 351 });
 352 Clazz.defineMethod (c$, "sequenceSelectionChanged",
 353 function () {
 354 });
 355 Clazz.defineMethod (c$, "sequenceColoursChanged",
 356 function (source) {
 357 var sl;
 358 for (var i = 0; i < this.listeners.size (); i++) {
 359 if (Clazz.instanceOf (this.listeners.elementAt (i), jalview.structure.StructureListener)) {
 360 sl = this.listeners.elementAt (i);
 361 sl.updateColours (source);
 362 }}
 363 }, "~O");
 364 Clazz.defineMethod (c$, "getMapping",
 365 function (pdbfile) {
 366 var tmp =  new java.util.ArrayList ();
 367 for (var sm, $sm = this.mappings.iterator (); $sm.hasNext () && ((sm = $sm.next ()) || true);) {
 368 if (sm.pdbfile.equals (pdbfile)) {
 369 tmp.add (sm);
 370 }}
 371 return tmp.toArray ( new Array (tmp.size ()));
 372 }, "~S");
 373 Clazz.defineMethod (c$, "printMappings",
 374 function (pdbfile, seqs) {
 375 if (pdbfile == null || seqs == null || seqs.isEmpty ()) {
 376 return "";
 377 }var sb =  new StringBuilder (64);
 378 for (var sm, $sm = this.mappings.iterator (); $sm.hasNext () && ((sm = $sm.next ()) || true);) {
 379 if (sm.pdbfile.equals (pdbfile) && seqs.contains (sm.sequence)) {
 380 sb.append (sm.mappingDetails);
 381 sb.append (jalview.structure.StructureSelectionManager.NEWLINE);
 382 sb.append ("=====================");
 383 sb.append (jalview.structure.StructureSelectionManager.NEWLINE);
 384 }}
 385 sb.append (jalview.structure.StructureSelectionManager.NEWLINE);
 386 return sb.toString ();
 387 }, "~S,java.util.List");
 388 Clazz.defineMethod (c$, "removeMappings",
 389 function (set) {
 390 if (set != null) {
 391 for (var acf, $acf = set.iterator (); $acf.hasNext () && ((acf = $acf.next ()) || true);) {
 392 this.removeMapping (acf);
 393 }
 394 }}, "java.util.Set");
 395 Clazz.defineMethod (c$, "removeMapping",
 396 function (acf) {
 397 if (acf != null && this.seqmappings.contains (acf)) {
 398 var count = (this.seqMappingRefCounts.get (acf)).intValue ();
 399 count--;
 400 if (count > 0) {
 401 this.seqMappingRefCounts.put (acf, new Integer (count));
 402 } else {
 403 this.seqmappings.remove (acf);
 404 this.seqMappingRefCounts.remove (acf);
 405 }}}, "jalview.datamodel.AlignedCodonFrame");
 406 Clazz.defineMethod (c$, "addMappings",
 407 function (set) {
 408 if (set != null) {
 409 for (var acf, $acf = set.iterator (); $acf.hasNext () && ((acf = $acf.next ()) || true);) {
 410 this.addMapping (acf);
 411 }
 412 }}, "java.util.Set");
 413 Clazz.defineMethod (c$, "addMapping",
 414 function (acf) {
 415 if (acf != null) {
 416 if (this.seqmappings.contains (acf)) {
 417 this.seqMappingRefCounts.put (acf, new Integer ((this.seqMappingRefCounts.get (acf)).intValue () + 1));
 418 } else {
 419 this.seqmappings.add (acf);
 420 this.seqMappingRefCounts.put (acf, new Integer (1));
 421 }}}, "jalview.datamodel.AlignedCodonFrame");
 422 Clazz.defineMethod (c$, "addSelectionListener",
 423 function (selecter) {
 424 if (!this.sel_listeners.contains (selecter)) {
 425 this.sel_listeners.add (selecter);
 426 }}, "jalview.structure.SelectionListener");
 427 Clazz.defineMethod (c$, "removeSelectionListener",
 428 function (toremove) {
 429 if (this.sel_listeners.contains (toremove)) {
 430 this.sel_listeners.remove (toremove);
 431 }}, "jalview.structure.SelectionListener");
 432 Clazz.defineMethod (c$, "sendSelection",
 433 function (selection, colsel, source) {
 434 for (var slis, $slis = this.sel_listeners.iterator (); $slis.hasNext () && ((slis = $slis.next ()) || true);) {
 435 if (slis !== source) {
 436 slis.selection (selection, colsel, source);
 437 }}
 438 }, "jalview.datamodel.SequenceGroup,jalview.datamodel.ColumnSelection,jalview.structure.SelectionSource");
 439 Clazz.defineMethod (c$, "sendViewPosition",
 440 function (source, startRes, endRes, startSeq, endSeq) {
 441 if (this.view_listeners != null && this.view_listeners.size () > 0) {
 442 var listeners = this.view_listeners.elements ();
 443 while (listeners.hasMoreElements ()) {
 444 var slis = listeners.nextElement ();
 445 if (slis !== source) {
 446 slis.viewPosition (startRes, endRes, startSeq, endSeq, source);
 447 };}
 448 }}, "jalview.api.AlignmentViewPanel,~N,~N,~N,~N");
 449 c$.release = Clazz.defineMethod (c$, "release",
 450 function (jalviewLite) {
 451 {
 452 if (jalview.structure.StructureSelectionManager.instances == null) {
 453 return;
 454 }var mnger = (jalview.structure.StructureSelectionManager.instances.get (jalviewLite));
 455 if (mnger != null) {
 456 jalview.structure.StructureSelectionManager.instances.remove (jalviewLite);
 457 try {
 458 mnger.finalize ();
 459 } catch (x) {
 460 }
 461 }}}, "jalview.api.StructureSelectionManagerProvider");
 462 Clazz.defineMethod (c$, "registerPDBEntry",
 463 function (pdbentry) {
 464 if (pdbentry.getFile () != null && pdbentry.getFile ().trim ().length > 0) {
 465 this.registerPDBFile (pdbentry.getId (), pdbentry.getFile ());
 466 }}, "jalview.datamodel.PDBEntry");
 467 Clazz.defineMethod (c$, "addCommandListener",
 468 function (cl) {
 469 if (!this.commandListeners.contains (cl)) {
 470 this.commandListeners.add (cl);
 471 }}, "jalview.structure.CommandListener");
 472 Clazz.defineMethod (c$, "hasCommandListener",
 473 function (cl) {
 474 return this.commandListeners.contains (cl);
 475 }, "jalview.structure.CommandListener");
 476 Clazz.defineMethod (c$, "removeCommandListener",
 477 function (l) {
 478 return this.commandListeners.remove (l);
 479 }, "jalview.structure.CommandListener");
 480 Clazz.defineMethod (c$, "commandPerformed",
 481 function (command, undo, source) {
 482 for (var listener, $listener = this.commandListeners.iterator (); $listener.hasNext () && ((listener = $listener.next ()) || true);) {
 483 listener.mirrorCommand (command, undo, this, source);
 484 }
 485 }, "jalview.commands.CommandI,~B,jalview.structure.VamsasSource");
 486 Clazz.defineMethod (c$, "mapCommand",
 487 function (command, undo, mapTo, gapChar) {
 488 if (Clazz.instanceOf (command, jalview.commands.EditCommand)) {
 489 return jalview.util.MappingUtils.mapEditCommand (command, undo, mapTo, gapChar, this.seqmappings);
 490 } else if (Clazz.instanceOf (command, jalview.commands.OrderCommand)) {
 491 return jalview.util.MappingUtils.mapOrderCommand (command, undo, mapTo, this.seqmappings);
 492 }return null;
 493 }, "jalview.commands.CommandI,~B,jalview.datamodel.AlignmentI,~S");
 494 c$.$StructureSelectionManager$1$ = function () {
 495 Clazz.pu$h ();
 496 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.structure, "StructureSelectionManager$1", java.io.PrintStream);
 497 Clazz.defineMethod (c$, "print",
 498 function (x) {
 499 this.f$.mappingDetails.append (x);
 500 }, "~S");
 501 Clazz.defineMethod (c$, "println",
 502 function () {
 503 this.f$.mappingDetails.append (jalview.structure.StructureSelectionManager.NEWLINE);
 504 });
 505 c$ = Clazz.p0p ();
 506 };
 507 c$.NEWLINE = c$.prototype.NEWLINE = System.lineSeparator ();
 508 Clazz.defineStatics (c$,
 509 "instances", null,
 510 "nullProvider", null);
 511 });