bin/jalview/util/DBRefUtils.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.util");\r
   2 Clazz.load (["java.util.HashMap"], "jalview.util.DBRefUtils", ["jalview.datamodel.DBRefEntry", "$.DBRefSource", "$.PDBEntry", "jalview.jsdev.RegExp", "java.util.ArrayList", "$.Hashtable"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.util, "DBRefUtils");\r
   4 c$.selectRefs = Clazz.defineMethod (c$, "selectRefs", \r
   5 function (dbrefs, sources) {\r
   6 if (dbrefs == null) {\r
   7 return null;\r
   8 }if (sources == null) {\r
   9 return dbrefs;\r
  10 }var srcs =  new java.util.HashMap ();\r
  11 var res =  new java.util.ArrayList ();\r
  12 for (var i = 0; i < sources.length; i++) {\r
  13 srcs.put ( String.instantialize (sources[i]),  new Integer (i));\r
  14 }\r
  15 for (var i = 0, j = dbrefs.length; i < j; i++) {\r
  16 if (srcs.containsKey (dbrefs[i].getSource ())) {\r
  17 res.add (dbrefs[i]);\r
  18 }}\r
  19 if (res.size () > 0) {\r
  20 var reply =  new Array (res.size ());\r
  21 return res.toArray (reply);\r
  22 }res = null;\r
  23 return null;\r
  24 }, "~A,~A");\r
  25 c$.isDasCoordinateSystem = Clazz.defineMethod (c$, "isDasCoordinateSystem", \r
  26 function (string, dBRefEntry) {\r
  27 if (string == null || dBRefEntry == null) {\r
  28 return false;\r
  29 }var coordsys = jalview.util.DBRefUtils.dasCoordinateSystemsLookup.get (string.toLowerCase ());\r
  30 return coordsys == null ? false : coordsys.equals (dBRefEntry.getSource ());\r
  31 }, "~S,jalview.datamodel.DBRefEntry");\r
  32 c$.getCanonicalName = Clazz.defineMethod (c$, "getCanonicalName", \r
  33 function (source) {\r
  34 if (source == null) {\r
  35 return null;\r
  36 }var canonical = jalview.util.DBRefUtils.canonicalSourceNameLookup.get (source.toLowerCase ());\r
  37 return canonical == null ? source : canonical;\r
  38 }, "~S");\r
  39 c$.searchRefs = Clazz.defineMethod (c$, "searchRefs", \r
  40 function (ref, entry) {\r
  41 return jalview.util.DBRefUtils.searchRefs (ref, entry, jalview.util.DBRefUtils.matchDbAndIdAndEitherMapOrEquivalentMapList);\r
  42 }, "~A,jalview.datamodel.DBRefEntry");\r
  43 c$.searchRefs = Clazz.defineMethod (c$, "searchRefs", \r
  44 function (refs, entry, comparator) {\r
  45 if (refs == null || entry == null) {\r
  46 return null;\r
  47 }var rfs =  new java.util.ArrayList ();\r
  48 for (var i = 0; i < refs.length; i++) {\r
  49 if (comparator.matches (entry, refs[i])) {\r
  50 rfs.add (refs[i]);\r
  51 }}\r
  52 return rfs.size () == 0 ? null : rfs.toArray ( new Array (rfs.size ()));\r
  53 }, "~A,jalview.datamodel.DBRefEntry,jalview.util.DBRefUtils.DbRefComp");\r
  54 c$.parseToDbRef = Clazz.defineMethod (c$, "parseToDbRef", \r
  55 function (seq, dbname, version, acn) {\r
  56 var ref = null;\r
  57 if (dbname != null) {\r
  58 var locsrc = jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName (dbname);\r
  59 if (locsrc.equals (jalview.datamodel.DBRefSource.PDB)) {\r
  60 var r = jalview.jsdev.RegExp.newRegex (["([0-9][0-9A-Za-z]{3})\\s*(.?)\\s*;\\s*([0-9]+)-([0-9]+)"]);\r
  61 if (r.search (acn.trim ())) {\r
  62 var pdbid = r.stringMatchedI (1);\r
  63 var chaincode = r.stringMatchedI (2);\r
  64 if (chaincode == null) {\r
  65 chaincode = " ";\r
  66 }if (chaincode.equals (" ")) {\r
  67 chaincode = "_";\r
  68 }ref =  new jalview.datamodel.DBRefEntry (locsrc, version, pdbid + chaincode);\r
  69 var pdbr =  new jalview.datamodel.PDBEntry ();\r
  70 pdbr.setId (pdbid);\r
  71 pdbr.setType (jalview.datamodel.PDBEntry.Type.PDB);\r
  72 pdbr.setProperty ( new java.util.Hashtable ());\r
  73 pdbr.setChainCode (chaincode);\r
  74 seq.addPDBId (pdbr);\r
  75 } else {\r
  76 System.err.println ("Malformed PDB DR line:" + acn);\r
  77 }} else {\r
  78 ref =  new jalview.datamodel.DBRefEntry (locsrc, version, acn);\r
  79 }}if (ref != null) {\r
  80 seq.addDBRef (ref);\r
  81 }return ref;\r
  82 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~S,~S,~S");\r
  83 c$.$DBRefUtils$1$ = function () {\r
  84 Clazz.pu$h ();\r
  85 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.util, "DBRefUtils$1", null, jalview.util.DBRefUtils.DbRefComp);\r
  86 Clazz.defineMethod (c$, "matches", \r
  87 function (refa, refb) {\r
  88 if (refa.getSource () == null || refb.getSource ().equals (refa.getSource ())) {\r
  89 if (refa.getVersion () == null || refb.getVersion ().equals (refa.getVersion ())) {\r
  90 if (refa.getAccessionId () == null || refb.getAccessionId ().equals (refa.getAccessionId ())) {\r
  91 if (refa.getMap () == null || (refb.getMap () != null && refb.getMap ().equals (refa.getMap ()))) {\r
  92 return true;\r
  93 }}}}return false;\r
  94 }, "jalview.datamodel.DBRefEntry,jalview.datamodel.DBRefEntry");\r
  95 c$ = Clazz.p0p ();\r
  96 };\r
  97 c$.$DBRefUtils$2$ = function () {\r
  98 Clazz.pu$h ();\r
  99 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.util, "DBRefUtils$2", null, jalview.util.DBRefUtils.DbRefComp);\r
 100 Clazz.defineMethod (c$, "matches", \r
 101 function (refa, refb) {\r
 102 if ((refa.getSource () == null || refb.getSource () == null) || refb.getSource ().equals (refa.getSource ())) {\r
 103 if ((refa.getVersion () == null || refb.getVersion () == null) || refb.getVersion ().equals (refa.getVersion ())) {\r
 104 if ((refa.getAccessionId () == null || refb.getAccessionId () == null) || refb.getAccessionId ().equals (refa.getAccessionId ())) {\r
 105 if ((refa.getMap () == null || refb.getMap () == null) || (refb.getMap () != null && refb.getMap ().equals (refa.getMap ()))) {\r
 106 return true;\r
 107 }}}}return false;\r
 108 }, "jalview.datamodel.DBRefEntry,jalview.datamodel.DBRefEntry");\r
 109 c$ = Clazz.p0p ();\r
 110 };\r
 111 c$.$DBRefUtils$3$ = function () {\r
 112 Clazz.pu$h ();\r
 113 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.util, "DBRefUtils$3", null, jalview.util.DBRefUtils.DbRefComp);\r
 114 Clazz.defineMethod (c$, "matches", \r
 115 function (refa, refb) {\r
 116 if (refa.getSource () != null && refb.getSource () != null && refb.getSource ().equals (refa.getSource ())) {\r
 117 if (refa.getAccessionId () != null && refb.getAccessionId () != null || refb.getAccessionId ().equals (refa.getAccessionId ())) {\r
 118 if ((refa.getMap () == null || refb.getMap () == null) || (refa.getMap () != null && refb.getMap () != null && refb.getMap ().equals (refa.getMap ()))) {\r
 119 return true;\r
 120 }}}return false;\r
 121 }, "jalview.datamodel.DBRefEntry,jalview.datamodel.DBRefEntry");\r
 122 c$ = Clazz.p0p ();\r
 123 };\r
 124 c$.$DBRefUtils$4$ = function () {\r
 125 Clazz.pu$h ();\r
 126 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.util, "DBRefUtils$4", null, jalview.util.DBRefUtils.DbRefComp);\r
 127 Clazz.defineMethod (c$, "matches", \r
 128 function (refa, refb) {\r
 129 if (refa.getSource () != null && refb.getSource () != null && refb.getSource ().equals (refa.getSource ())) {\r
 130 if (refa.getAccessionId () != null && refb.getAccessionId () != null || refb.getAccessionId ().equals (refa.getAccessionId ())) {\r
 131 if ((refa.getMap () == null && refb.getMap () == null) || (refa.getMap () != null && refb.getMap () != null)) {\r
 132 if ((refb.getMap ().getMap () == null && refa.getMap ().getMap () == null) || (refb.getMap ().getMap () != null && refa.getMap ().getMap () != null && refb.getMap ().getMap ().getInverse ().equals (refa.getMap ().getMap ()))) {\r
 133 return true;\r
 134 }}}}return false;\r
 135 }, "jalview.datamodel.DBRefEntry,jalview.datamodel.DBRefEntry");\r
 136 c$ = Clazz.p0p ();\r
 137 };\r
 138 c$.$DBRefUtils$5$ = function () {\r
 139 Clazz.pu$h ();\r
 140 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.util, "DBRefUtils$5", null, jalview.util.DBRefUtils.DbRefComp);\r
 141 Clazz.defineMethod (c$, "matches", \r
 142 function (refa, refb) {\r
 143 if (refa.getSource () != null && refb.getSource () != null && refb.getSource ().equals (refa.getSource ())) {\r
 144 if (refa.getAccessionId () != null && refb.getAccessionId () != null || refb.getAccessionId ().equals (refa.getAccessionId ())) {\r
 145 if (refa.getMap () == null && refb.getMap () == null) {\r
 146 return true;\r
 147 }if (refa.getMap () != null && refb.getMap () != null && ((refb.getMap ().getMap () == null && refa.getMap ().getMap () == null) || (refb.getMap ().getMap () != null && refa.getMap ().getMap () != null && refb.getMap ().getMap ().equals (refa.getMap ().getMap ())))) {\r
 148 return true;\r
 149 }}}return false;\r
 150 }, "jalview.datamodel.DBRefEntry,jalview.datamodel.DBRefEntry");\r
 151 c$ = Clazz.p0p ();\r
 152 };\r
 153 c$.$DBRefUtils$6$ = function () {\r
 154 Clazz.pu$h ();\r
 155 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.util, "DBRefUtils$6", null, jalview.util.DBRefUtils.DbRefComp);\r
 156 Clazz.defineMethod (c$, "matches", \r
 157 function (refa, refb) {\r
 158 if (refa.getSource () != null && refb.getSource () != null && refb.getSource ().equals (refa.getSource ())) {\r
 159 if (refa.getAccessionId () != null && refb.getAccessionId () != null && refb.getAccessionId ().equals (refa.getAccessionId ())) {\r
 160 if (refa.getMap () == null || refb.getMap () == null) {\r
 161 return true;\r
 162 }if ((refa.getMap () != null && refb.getMap () != null) && (refb.getMap ().getMap () == null && refa.getMap ().getMap () == null) || (refb.getMap ().getMap () != null && refa.getMap ().getMap () != null && (refb.getMap ().getMap ().equals (refa.getMap ().getMap ())))) {\r
 163 return true;\r
 164 }}}return false;\r
 165 }, "jalview.datamodel.DBRefEntry,jalview.datamodel.DBRefEntry");\r
 166 c$ = Clazz.p0p ();\r
 167 };\r
 168 Clazz.declareInterface (jalview.util.DBRefUtils, "DbRefComp");\r
 169 c$.canonicalSourceNameLookup = c$.prototype.canonicalSourceNameLookup =  new java.util.HashMap ();\r
 170 c$.dasCoordinateSystemsLookup = c$.prototype.dasCoordinateSystemsLookup =  new java.util.HashMap ();\r
 171 {\r
 172 jalview.util.DBRefUtils.canonicalSourceNameLookup.put ("uniprotkb/swiss-prot", jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROT);\r
 173 jalview.util.DBRefUtils.canonicalSourceNameLookup.put ("uniprotkb/trembl", jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROT);\r
 174 jalview.util.DBRefUtils.canonicalSourceNameLookup.put ("pdb", jalview.datamodel.DBRefSource.PDB);\r
 175 jalview.util.DBRefUtils.dasCoordinateSystemsLookup.put ("pdbresnum", jalview.datamodel.DBRefSource.PDB);\r
 176 jalview.util.DBRefUtils.dasCoordinateSystemsLookup.put ("uniprot", jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROT);\r
 177 jalview.util.DBRefUtils.dasCoordinateSystemsLookup.put ("embl", jalview.datamodel.DBRefSource.EMBL);\r
 178 }c$.matchNonNullonA = c$.prototype.matchNonNullonA = ((Clazz.isClassDefined ("jalview.util.DBRefUtils$1") ? 0 : jalview.util.DBRefUtils.$DBRefUtils$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.util.DBRefUtils$1, this, null));\r
 179 c$.matchEitherNonNull = c$.prototype.matchEitherNonNull = ((Clazz.isClassDefined ("jalview.util.DBRefUtils$2") ? 0 : jalview.util.DBRefUtils.$DBRefUtils$2$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.util.DBRefUtils$2, this, null));\r
 180 c$.matchDbAndIdAndEitherMap = c$.prototype.matchDbAndIdAndEitherMap = ((Clazz.isClassDefined ("jalview.util.DBRefUtils$3") ? 0 : jalview.util.DBRefUtils.$DBRefUtils$3$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.util.DBRefUtils$3, this, null));\r
 181 c$.matchDbAndIdAndComplementaryMapList = c$.prototype.matchDbAndIdAndComplementaryMapList = ((Clazz.isClassDefined ("jalview.util.DBRefUtils$4") ? 0 : jalview.util.DBRefUtils.$DBRefUtils$4$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.util.DBRefUtils$4, this, null));\r
 182 c$.matchDbAndIdAndEquivalentMapList = c$.prototype.matchDbAndIdAndEquivalentMapList = ((Clazz.isClassDefined ("jalview.util.DBRefUtils$5") ? 0 : jalview.util.DBRefUtils.$DBRefUtils$5$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.util.DBRefUtils$5, this, null));\r
 183 c$.matchDbAndIdAndEitherMapOrEquivalentMapList = c$.prototype.matchDbAndIdAndEitherMapOrEquivalentMapList = ((Clazz.isClassDefined ("jalview.util.DBRefUtils$6") ? 0 : jalview.util.DBRefUtils.$DBRefUtils$6$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.util.DBRefUtils$6, this, null));\r
 184 });\r