bin/jalview/util/GroupUrlLink.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.util");
   2 Clazz.load (["java.lang.Exception"], "jalview.util.GroupUrlLink", ["jalview.jsdev.RegExp", "jalview.util.MessageManager", "$.Platform", "$.QuickSort", "java.lang.Error", "$.StringBuffer", "java.util.Hashtable"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.util.GroupUrlLink.UrlStringTooLongException")) {
   5 jalview.util.GroupUrlLink.$GroupUrlLink$UrlStringTooLongException$ ();
   6 }
   7 this.url_prefix = null;
   8 this.target = null;
   9 this.label = null;
  10 this.url_suffix = null;
  11 this.separators = null;
  12 this.regexReplace = null;
  13 this.invalidMessage = null;
  14 this.segs = null;
  15 this.mtch = null;
  16 Clazz.instantialize (this, arguments);
  17 }, jalview.util, "GroupUrlLink");
  18 Clazz.makeConstructor (c$,
  19 function (link) {
  20 var sep = link.indexOf ("|");
  21 this.segs =  Clazz.newIntArray (jalview.util.GroupUrlLink.tokens.length, 0);
  22 var ntoks = 0;
  23 for (var i = 0; i < this.segs.length; i++) {
  24 if ((this.segs[i] = link.indexOf ("$" + jalview.util.GroupUrlLink.tokens[i])) > -1) {
  25 ntoks++;
  26 }}
  27 if (ntoks == 0) {
  28 this.invalidMessage = "Group URL string must contain at least one of ";
  29 for (var i = 0; i < this.segs.length; i++) {
  30 this.invalidMessage += " '$" + jalview.util.GroupUrlLink.tokens[i] + "[=/regex=/]$'";
  31 }
  32 return;
  33 }var ptok =  Clazz.newIntArray (ntoks + 1, 0);
  34 var tmtch =  new Array (ntoks + 1);
  35 this.mtch =  new Array (ntoks);
  36 for (var i = 0, t = 0; i < this.segs.length; i++) {
  37 if (this.segs[i] > -1) {
  38 ptok[t] = this.segs[i];
  39 tmtch[t++] = jalview.util.GroupUrlLink.tokens[i];
  40 }}
  41 ptok[ntoks] = link.length;
  42 tmtch[ntoks] = "$$$$$$$$$";
  43 jalview.util.QuickSort.sortInt (ptok, tmtch);
  44 for (var i = 0; i < ntoks; i++) {
  45 this.mtch[i] = tmtch[i];
  46 }
  47 var p = sep;
  48 do {
  49 sep = p;
  50 p = link.indexOf ("|", sep + 1);
  51 } while (p > sep && p < ptok[0]);
  52 this.label = link.substring (0, sep);
  53 if (this.label.indexOf ("|") > -1) {
  54 this.target = this.label.substring (0, this.label.indexOf ("|"));
  55 } else if (this.label.indexOf (" ") > 2) {
  56 this.target = this.label.substring (0, this.label.indexOf (" "));
  57 } else {
  58 this.target = this.label;
  59 }this.url_prefix = link.substring (sep + 1, ptok[0]);
  60 this.url_suffix =  new Array (this.mtch.length);
  61 this.regexReplace =  new Array (this.mtch.length);
  62 for (var pass = 0; pass < this.mtch.length; pass++) {
  63 var mlength = 3 + this.mtch[pass].length;
  64 if (link.indexOf ("$" + this.mtch[pass] + "=/") == ptok[pass] && (p = link.indexOf ("/=$", ptok[pass] + mlength)) > ptok[pass] + mlength) {
  65 if (ptok[pass + 1] < p + 3) {
  66 this.invalidMessage = "Token regexes cannot contain other regexes (did you terminate the $" + this.mtch[pass] + " regex with a '/=$' ?";
  67 return;
  68 }this.url_suffix[pass] = link.substring (p + 3, ptok[pass + 1]);
  69 this.regexReplace[pass] = link.substring (ptok[pass] + mlength, p);
  70 try {
  71 var rg = jalview.jsdev.RegExp.perlCode ("/" + this.regexReplace[pass] + "/");
  72 if (rg == null) {
  73 this.invalidMessage = "Invalid Regular Expression : '" + this.regexReplace[pass] + "'\n";
  74 }} catch (e) {
  75 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
  76 this.invalidMessage = "Invalid Regular Expression : '" + this.regexReplace[pass] + "'\n";
  77 } else {
  78 throw e;
  79 }
  80 }
  81 } else {
  82 this.regexReplace[pass] = null;
  83 if ((p = link.indexOf ("$" + this.mtch[pass] + "$")) == ptok[pass]) {
  84 this.url_suffix[pass] = link.substring (p + this.mtch[pass].length + 2, ptok[pass + 1]);
  85 } else {
  86 this.invalidMessage = "Warning: invalid regex structure (after '" + this.mtch[0] + "') for URL link : " + link;
  87 }}}
  88 var pass = 0;
  89 this.separators =  new Array (this.url_suffix.length);
  90 var suffices = this.url_suffix[this.url_suffix.length - 1];
  91 var lastsep = ",";
  92 while ((p = suffices.indexOf ('|')) > -1) {
  93 this.separators[pass] = suffices.substring (p + 1);
  94 if (pass == 0) {
  95 this.url_suffix[this.url_suffix.length - 1] = suffices.substring (0, p);
  96 } else {
  97 lastsep = (this.separators[pass - 1] = this.separators[pass - 1].substring (0, p));
  98 }suffices = this.separators[pass];
  99 pass++;
 100 }
 101 if (pass > 0) {
 102 lastsep = this.separators[pass - 1];
 103 }while (pass < this.separators.length) {
 104 this.separators[pass++] = lastsep;
 105 }
 106 }, "~S");
 107 Clazz.defineMethod (c$, "getUrl_suffix",
 108 function () {
 109 return this.url_suffix[this.url_suffix.length - 1];
 110 });
 111 Clazz.defineMethod (c$, "getUrl_prefix",
 112 function () {
 113 return this.url_prefix;
 114 });
 115 Clazz.defineMethod (c$, "getTarget",
 116 function () {
 117 return this.target;
 118 });
 119 Clazz.defineMethod (c$, "getLabel",
 120 function () {
 121 return this.label;
 122 });
 123 Clazz.defineMethod (c$, "getIDRegexReplace",
 124 function () {
 125 return this._replaceFor (jalview.util.GroupUrlLink.tokens[0]);
 126 });
 127 Clazz.defineMethod (c$, "_replaceFor",
 128 ($fz = function (token) {
 129 for (var i = 0; i < this.mtch.length; i++) {
 130 if (this.segs[i] > -1 && this.mtch[i].equals (token)) {
 131 return this.regexReplace[i];
 132 }}
 133 return null;
 134 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~S");
 135 Clazz.defineMethod (c$, "getSeqRegexReplace",
 136 function () {
 137 return this._replaceFor (jalview.util.GroupUrlLink.tokens[1]);
 138 });
 139 Clazz.defineMethod (c$, "getInvalidMessage",
 140 function () {
 141 return this.invalidMessage;
 142 });
 143 Clazz.defineMethod (c$, "isValid",
 144 function () {
 145 return this.invalidMessage == null;
 146 });
 147 Clazz.defineMethod (c$, "makeUrls",
 148 function (idstrings, seqstrings, dsstring, onlyIfMatches) {
 149 var rstrings = this.replacementArgs (idstrings, seqstrings, dsstring);
 150 return this.makeUrls (rstrings, onlyIfMatches);
 151 }, "~A,~A,~S,~B");
 152 Clazz.defineMethod (c$, "replacementArgs",
 153 ($fz = function (idstrings, seqstrings, dsstring) {
 154 var rstrings =  new java.util.Hashtable ();
 155 rstrings.put (jalview.util.GroupUrlLink.tokens[0], idstrings);
 156 rstrings.put (jalview.util.GroupUrlLink.tokens[1], seqstrings);
 157 rstrings.put (jalview.util.GroupUrlLink.tokens[2],  Clazz.newArray (-1, [dsstring]));
 158 if (idstrings.length != seqstrings.length) {
 159 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.idstring_seqstrings_only_one_per_sequence"));
 160 }return rstrings;
 161 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~A,~A,~S");
 162 Clazz.defineMethod (c$, "makeUrls",
 163 function (repstrings, onlyIfMatches) {
 164 return this.makeUrlsIf (true, repstrings, onlyIfMatches);
 165 }, "java.util.Hashtable,~B");
 166 Clazz.defineMethod (c$, "makeUrlStubs",
 167 function (ids, seqstr, string, b) {
 168 var rstrings = this.replacementArgs (ids, seqstr, string);
 169 var stubs = this.makeUrlsIf (false, rstrings, b);
 170 if (stubs != null) {
 171 return  Clazz.newArray (-1, [stubs[0], stubs[1], rstrings,  Clazz.newBooleanArray (-1, [b])]);
 172 }return null;
 173 }, "~A,~A,~S,~B");
 174 Clazz.defineMethod (c$, "constructFrom",
 175 function (stubs) {
 176 var results = this.makeUrlsIf (true, stubs[2], (stubs[3])[0]);
 177 return (results[3])[0];
 178 }, "~A");
 179 Clazz.defineMethod (c$, "makeUrlsIf",
 180 function (createFullUrl, repstrings, onlyIfMatches) {
 181 var pass = 0;
 182 var idseq =  new Array (this.mtch.length);
 183 var mins = 0;
 184 var maxs = 0;
 185 for (var i = 0; i < this.mtch.length; i++) {
 186 idseq[i] = repstrings.get (this.mtch[i]);
 187 if (idseq[i].length >= 1) {
 188 if (mins == 0 && idseq[i].length == 1) {
 189 mins = 1;
 190 }if (maxs < 2) {
 191 maxs = idseq[i].length;
 192 } else {
 193 if (maxs != idseq[i].length) {
 194 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("error.cannot_have_mixed_length_replacement_vectors",  Clazz.newArray (-1, [(this.mtch[i]), Integer.$valueOf (idseq[i].length).toString (), Integer.$valueOf (maxs).toString ()])));
 195 }}} else {
 196 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.cannot_have_zero_length_vector_replacement_strings"));
 197 }}
 198 var matched =  new Array (idseq.length);
 199 var rgxs =  new Array (matched.length);
 200 for (pass = 0; pass < matched.length; pass++) {
 201 matched[pass] =  new StringBuffer ();
 202 if (this.regexReplace[pass] != null) {
 203 rgxs[pass] = jalview.jsdev.RegExp.perlCode ("/" + this.regexReplace[pass] + "/");
 204 } else {
 205 rgxs[pass] = null;
 206 }}
 207 var urllength = this.url_prefix.length;
 208 for (pass = 0; pass < matched.length; pass++) {
 209 urllength += this.url_suffix[pass].length;
 210 }
 211 var thismatched =  Clazz.newBooleanArray (maxs, false);
 212 var seqsmatched = 0;
 213 for (var sq = 0; sq < maxs; sq++) {
 214 thismatched[sq] = false;
 215 var thematches =  new Array (rgxs.length);
 216 for (pass = 0; pass < rgxs.length; pass++) {
 217 thematches[pass] =  new StringBuffer ();
 218 if (idseq[pass].length <= sq) {
 219 continue;
 220 }if (rgxs[pass] != null) {
 221 var rg = rgxs[pass];
 222 var rematchat = 0;
 223 while (rg.searchFrom (idseq[pass][sq], rematchat)) {
 224 rematchat = rg.matchedTo ();
 225 thismatched[sq] = new Boolean (thismatched[sq] | true).valueOf ();
 226 urllength += rg.charsMatched ();
 227 if ((urllength + 32) > jalview.util.Platform.getMaxCommandLineLength ()) {
 228 throw Clazz.innerTypeInstance (jalview.util.GroupUrlLink.UrlStringTooLongException, this, null, urllength);
 229 }if (!createFullUrl) {
 230 continue;
 231 }var ns = rg.numSubs ();
 232 if (ns == 0) {
 233 thematches[pass].append (rg.stringMatched ());
 234 } else {
 235 var subs =  new StringBuffer ();
 236 var s = 0;
 237 while (s <= ns) {
 238 if (s + 1 <= ns && rg.matchedToI (s) > -1 && rg.matchedToI (s + 1) > -1 && rg.matchedToI (s + 1) < rg.matchedToI (s)) {
 239 var r = s + 1;
 240 var rmtch =  new StringBuffer ();
 241 while (r <= ns && rg.matchedToI (r) <= rg.matchedToI (s)) {
 242 if (rg.matchedFromI (r) > -1) {
 243 rmtch.append (rg.stringMatchedI (r));
 244 }r++;
 245 }
 246 if (rmtch.length () > 0) {
 247 subs.append (rmtch);
 248 }s = r;
 249 } else {
 250 if (rg.matchedFromI (s) > -1) {
 251 subs.append (rg.stringMatchedI (s));
 252 }s++;
 253 }}
 254 thematches[pass].append (subs);
 255 }}
 256 } else {
 257 if (!onlyIfMatches) {
 258 thismatched[sq] = new Boolean (thismatched[sq] | true).valueOf ();
 259 urllength += idseq[pass][sq].length;
 260 if (createFullUrl) {
 261 thematches[pass] =  new StringBuffer (idseq[pass][sq]);
 262 }}}}
 263 if (thismatched[sq]) {
 264 if (createFullUrl) {
 265 for (pass = 0; pass < matched.length; pass++) {
 266 if (idseq[pass].length > 1 && matched[pass].length () > 0) {
 267 matched[pass].append (this.separators[pass]);
 268 }matched[pass].append (thematches[pass]);
 269 }
 270 }seqsmatched++;
 271 }}
 272 if (seqsmatched == 0 || (createFullUrl && matched[0].length () == 0)) {
 273 return null;
 274 }if ((urllength + 32) > jalview.util.Platform.getMaxCommandLineLength ()) {
 275 throw Clazz.innerTypeInstance (jalview.util.GroupUrlLink.UrlStringTooLongException, this, null, urllength);
 276 }if (!createFullUrl) {
 277 return  Clazz.newArray (-1, [ Clazz.newIntArray (-1, [seqsmatched]), thismatched]);
 278 }var submiturl =  new StringBuffer ();
 279 submiturl.append (this.url_prefix);
 280 for (pass = 0; pass < matched.length; pass++) {
 281 submiturl.append (matched[pass]);
 282 if (this.url_suffix[pass] != null) {
 283 submiturl.append (this.url_suffix[pass]);
 284 }}
 285 return  Clazz.newArray (-1, [ Clazz.newIntArray (-1, [seqsmatched]), thismatched, matched,  Clazz.newArray (-1, [submiturl.toString ()])]);
 286 }, "~B,java.util.Hashtable,~B");
 287 Clazz.defineMethod (c$, "getNumberInvolved",
 288 function (urlstub) {
 289 return (urlstub[0])[0];
 290 }, "~A");
 291 Clazz.defineMethod (c$, "getGroupURLType",
 292 function () {
 293 var r = 0;
 294 for (var pass = 0; pass < jalview.util.GroupUrlLink.tokens.length; pass++) {
 295 for (var i = 0; i < this.mtch.length; i++) {
 296 if (this.mtch[i].equals (jalview.util.GroupUrlLink.tokens[pass])) {
 297 r += 1 << pass;
 298 }}
 299 }
 300 return r;
 301 });
 302 Clazz.overrideMethod (c$, "toString",
 303 function () {
 304 var result =  new StringBuffer ();
 305 result.append (this.label + "|" + this.url_prefix);
 306 var r;
 307 for (r = 0; r < this.url_suffix.length; r++) {
 308 result.append ("$");
 309 result.append (this.mtch[r]);
 310 if (this.regexReplace[r] != null) {
 311 result.append ("=/");
 312 result.append (this.regexReplace[r]);
 313 result.append ("/=");
 314 }result.append ("$");
 315 result.append (this.url_suffix[r]);
 316 }
 317 for (r = 0; r < this.separators.length; r++) {
 318 result.append ("|");
 319 result.append (this.separators[r]);
 320 }
 321 return result.toString ();
 322 });
 323 c$.formStrings = Clazz.defineMethod (c$, "formStrings",
 324 function (seqs) {
 325 var idset =  Clazz.newArray (2, seqs.length, null);
 326 for (var i = 0; i < seqs.length; i++) {
 327 idset[0][i] = seqs[i].getName ();
 328 idset[1][i] = seqs[i].getSequenceAsString ();
 329 }
 330 return idset;
 331 }, "~A");
 332 Clazz.defineMethod (c$, "setLabel",
 333 function (newlabel) {
 334 this.label = newlabel;
 335 }, "~S");
 336 c$.$GroupUrlLink$UrlStringTooLongException$ = function () {
 337 Clazz.pu$h ();
 338 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
 339 Clazz.prepareCallback (this, arguments);
 340 this.urlLength = 0;
 341 Clazz.instantialize (this, arguments);
 342 }, jalview.util.GroupUrlLink, "UrlStringTooLongException", Exception);
 343 Clazz.makeConstructor (c$,
 344 function (a) {
 345 Clazz.superConstructor (this, jalview.util.GroupUrlLink.UrlStringTooLongException, []);
 346 this.urlLength = a;
 347 }, "~N");
 348 Clazz.overrideMethod (c$, "toString",
 349 function () {
 350 return "Generated url is estimated to be too long (" + this.urlLength + ")";
 351 });
 352 c$ = Clazz.p0p ();
 353 };
 354 Clazz.defineStatics (c$,
 355 "tokens", null);
 356 {
 357 if (jalview.util.GroupUrlLink.tokens == null) {
 358 jalview.util.GroupUrlLink.tokens =  Clazz.newArray (-1, ["SEQUENCEIDS", "SEQUENCES", "DATASETID"]);
 359 }}Clazz.defineStatics (c$,
 360 "SEQUENCEIDS", 1,
 361 "SEQUENCES", 2,
 362 "DATASETID", 4);
 363 });