bin/jalview/util/UrlLink.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.util");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.util.UrlLink", ["jalview.jsdev.RegExp", "java.util.Vector"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.url_suffix = null;\r
   5 this.url_prefix = null;\r
   6 this.target = null;\r
   7 this.label = null;\r
   8 this.regexReplace = null;\r
   9 this.dynamic = false;\r
  10 this.invalidMessage = null;\r
  11 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  12 }, jalview.util, "UrlLink");\r
  13 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  14 function (link) {\r
  15 var sep = link.indexOf ("|");\r
  16 var psqid = link.indexOf ("$SEQUENCE_ID");\r
  17 if (psqid > -1) {\r
  18 this.dynamic = true;\r
  19 var p = sep;\r
  20 do {\r
  21 sep = p;\r
  22 p = link.indexOf ("|", sep + 1);\r
  23 } while (p > sep && p < psqid);\r
  24 this.label = link.substring (0, sep);\r
  25 if (this.label.indexOf ("|") > -1) {\r
  26 this.target = this.label.substring (0, this.label.indexOf ("|"));\r
  27 } else if (this.label.indexOf (" ") > 2) {\r
  28 this.target = this.label.substring (0, this.label.indexOf (" "));\r
  29 } else {\r
  30 this.target = this.label;\r
  31 }this.url_prefix = link.substring (sep + 1, psqid);\r
  32 if (link.indexOf ("$SEQUENCE_ID=/") == psqid && (p = link.indexOf ("/=$", psqid + 14)) > psqid + 14) {\r
  33 this.url_suffix = link.substring (p + 3);\r
  34 this.regexReplace = link.substring (psqid + 14, p);\r
  35 try {\r
  36 var rg = jalview.jsdev.RegExp.perlCode ("/" + this.regexReplace + "/");\r
  37 if (rg == null) {\r
  38 this.invalidMessage = "Invalid Regular Expression : '" + this.regexReplace + "'\n";\r
  39 }} catch (e) {\r
  40 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
  41 this.invalidMessage = "Invalid Regular Expression : '" + this.regexReplace + "'\n";\r
  42 } else {\r
  43 throw e;\r
  44 }\r
  45 }\r
  46 } else {\r
  47 this.regexReplace = null;\r
  48 if (link.indexOf ("$SEQUENCE_ID$") == psqid) {\r
  49 this.url_suffix = link.substring (psqid + 13);\r
  50 this.regexReplace = null;\r
  51 } else {\r
  52 this.invalidMessage = "Warning: invalid regex structure for URL link : " + link;\r
  53 }}} else {\r
  54 this.target = link.substring (0, sep);\r
  55 this.label = link.substring (0, sep = link.lastIndexOf ("|"));\r
  56 this.url_prefix = link.substring (sep + 1);\r
  57 this.regexReplace = null;\r
  58 this.url_suffix = null;\r
  59 }}, "~S");\r
  60 Clazz.defineMethod (c$, "getUrl_suffix", \r
  61 function () {\r
  62 return this.url_suffix;\r
  63 });\r
  64 Clazz.defineMethod (c$, "getUrl_prefix", \r
  65 function () {\r
  66 return this.url_prefix;\r
  67 });\r
  68 Clazz.defineMethod (c$, "getTarget", \r
  69 function () {\r
  70 return this.target;\r
  71 });\r
  72 Clazz.defineMethod (c$, "getLabel", \r
  73 function () {\r
  74 return this.label;\r
  75 });\r
  76 Clazz.defineMethod (c$, "getRegexReplace", \r
  77 function () {\r
  78 return this.regexReplace;\r
  79 });\r
  80 Clazz.defineMethod (c$, "getInvalidMessage", \r
  81 function () {\r
  82 return this.invalidMessage;\r
  83 });\r
  84 Clazz.defineMethod (c$, "isValid", \r
  85 function () {\r
  86 return this.invalidMessage == null;\r
  87 });\r
  88 Clazz.defineMethod (c$, "makeUrls", \r
  89 function (idstring, onlyIfMatches) {\r
  90 if (this.dynamic) {\r
  91 if (this.regexReplace != null) {\r
  92 var rg = jalview.jsdev.RegExp.perlCode ("/" + this.regexReplace + "/");\r
  93 if (rg.search (idstring)) {\r
  94 var ns = rg.numSubs ();\r
  95 if (ns == 0) {\r
  96 return  Clazz.newArray (-1, [rg.stringMatchedI (ns), this.url_prefix + rg.stringMatched () + this.url_suffix]);\r
  97 } else {\r
  98 for (var s = 0; s <= rg.numSubs (); s++) {\r
  99 System.err.println ("Sub " + s + " : " + rg.matchedFromI (s) + " : " + rg.matchedToI (s) + " : '" + rg.stringMatchedI (s) + "'");\r
 100 }\r
 101 var subs =  new java.util.Vector ();\r
 102 var s = 0;\r
 103 while (s <= ns) {\r
 104 if (s + 1 <= ns && rg.matchedToI (s) > -1 && rg.matchedToI (s + 1) > -1 && rg.matchedToI (s + 1) < rg.matchedToI (s)) {\r
 105 var r = s + 1;\r
 106 var mtch = "";\r
 107 while (r <= ns && rg.matchedToI (r) <= rg.matchedToI (s)) {\r
 108 if (rg.matchedFromI (r) > -1) {\r
 109 mtch += rg.stringMatchedI (r);\r
 110 }r++;\r
 111 }\r
 112 if (mtch.length > 0) {\r
 113 subs.addElement (mtch);\r
 114 subs.addElement (this.url_prefix + mtch + this.url_suffix);\r
 115 }s = r;\r
 116 } else {\r
 117 if (rg.matchedFromI (s) > -1) {\r
 118 subs.addElement (rg.stringMatchedI (s));\r
 119 subs.addElement (this.url_prefix + rg.stringMatchedI (s) + this.url_suffix);\r
 120 }s++;\r
 121 }}\r
 122 var res =  new Array (subs.size ());\r
 123 for (var r = 0, rs = subs.size (); r < rs; r++) {\r
 124 res[r] = subs.elementAt (r);\r
 125 }\r
 126 subs.removeAllElements ();\r
 127 return res;\r
 128 }}if (onlyIfMatches) {\r
 129 return null;\r
 130 }}if (idstring.indexOf ("|") > -1) {\r
 131 idstring = idstring.substring (idstring.lastIndexOf ("|") + 1);\r
 132 }return  Clazz.newArray (-1, [idstring, this.url_prefix + idstring + this.url_suffix]);\r
 133 } else {\r
 134 return  Clazz.newArray (-1, ["", this.url_prefix]);\r
 135 }}, "~S,~B");\r
 136 Clazz.overrideMethod (c$, "toString", \r
 137 function () {\r
 138 return this.label + "|" + this.url_prefix + (this.dynamic ? ("$SEQUENCE_ID" + ((this.regexReplace != null) ? "=" + this.regexReplace + "=$" : "$")) : "") + ((this.url_suffix == null) ? "" : this.url_suffix);\r
 139 });\r
 140 Clazz.defineMethod (c$, "isDynamic", \r
 141 function () {\r
 142 return this.dynamic;\r
 143 });\r
 144 Clazz.defineMethod (c$, "setLabel", \r
 145 function (newlabel) {\r
 146 this.label = newlabel;\r
 147 }, "~S");\r
 148 });\r