bin/jalview/viewmodel/seqfeatures/FeatureRendererModel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.viewmodel.seqfeatures");
   2 Clazz.load (["jalview.api.FeatureRenderer", "java.beans.PropertyChangeSupport", "java.lang.Boolean", "java.util.Hashtable", "java.util.concurrent.ConcurrentHashMap"], "jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel", ["jalview.schemes.GraduatedColor", "$.UserColourScheme", "jalview.util.QuickSort", "jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererSettings", "$.FeaturesDisplayed", "java.awt.Color", "java.lang.Error", "$.Float", "java.util.ArrayList", "$.Arrays"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.transparency = 1.0;
   5 this.featureColours = null;
   6 this.featureGroups = null;
   7 this.currentColour = null;
   8 this.renderOrder = null;
   9 this.changeSupport = null;
  10 this.av = null;
  11 this.minmax = null;
  12 this.newFeatureAdded = false;
  13 this.findingFeatures = false;
  14 this.firing = null;
  15 this.featureOrder = null;
  16 Clazz.instantialize (this, arguments);
  17 }, jalview.viewmodel.seqfeatures, "FeatureRendererModel", null, jalview.api.FeatureRenderer);
  18 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  19 this.featureColours =  new java.util.concurrent.ConcurrentHashMap ();
  20 this.featureGroups =  new java.util.concurrent.ConcurrentHashMap ();
  21 this.changeSupport =  new java.beans.PropertyChangeSupport (this);
  22 this.minmax =  new java.util.Hashtable ();
  23 this.firing = Boolean.FALSE;
  24 });
  25 Clazz.overrideMethod (c$, "getViewport",
  26 function () {
  27 return this.av;
  28 });
  29 Clazz.defineMethod (c$, "getSettings",
  30 function () {
  31 return  new jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererSettings (this);
  32 });
  33 Clazz.defineMethod (c$, "transferSettings",
  34 function (fr) {
  35 this.renderOrder = fr.renderOrder;
  36 this.featureGroups = fr.featureGroups;
  37 this.featureColours = fr.featureColours;
  38 this.transparency = fr.transparency;
  39 this.featureOrder = fr.featureOrder;
  40 }, "jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererSettings");
  41 Clazz.defineMethod (c$, "transferSettings",
  42 function (_fr) {
  43 var fr = _fr;
  44 var frs =  new jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererSettings (fr);
  45 this.renderOrder = frs.renderOrder;
  46 this.featureGroups = frs.featureGroups;
  47 this.featureColours = frs.featureColours;
  48 this.transparency = frs.transparency;
  49 this.featureOrder = frs.featureOrder;
  50 if (this.av != null && this.av !== fr.getViewport ()) {
  51 if (_fr.getFeaturesDisplayed () != null) {
  52 var fd = this.getFeaturesDisplayed ();
  53 if (fd == null) {
  54 this.setFeaturesDisplayedFrom (_fr.getFeaturesDisplayed ());
  55 } else {
  56 {
  57 fd.clear ();
  58 var fdisp = _fr.getFeaturesDisplayed ().getVisibleFeatures ();
  59 while (fdisp.hasNext ()) {
  60 fd.setVisible (fdisp.next ());
  61 }
  62 }}}}}, "jalview.api.FeatureRenderer");
  63 Clazz.defineMethod (c$, "setFeaturesDisplayedFrom",
  64 function (featuresDisplayed) {
  65 this.av.setFeaturesDisplayed ( new jalview.viewmodel.seqfeatures.FeaturesDisplayed (featuresDisplayed));
  66 }, "jalview.api.FeaturesDisplayedI");
  67 Clazz.overrideMethod (c$, "setVisible",
  68 function (featureType) {
  69 var fdi = this.av.getFeaturesDisplayed ();
  70 if (fdi == null) {
  71 this.av.setFeaturesDisplayed (fdi =  new jalview.viewmodel.seqfeatures.FeaturesDisplayed ());
  72 }if (!fdi.isRegistered (featureType)) {
  73 this.pushFeatureType (java.util.Arrays.asList ( Clazz.newArray (-1, [featureType])));
  74 }fdi.setVisible (featureType);
  75 }, "~S");
  76 Clazz.overrideMethod (c$, "setAllVisible",
  77 function (featureTypes) {
  78 var fdi = this.av.getFeaturesDisplayed ();
  79 if (fdi == null) {
  80 this.av.setFeaturesDisplayed (fdi =  new jalview.viewmodel.seqfeatures.FeaturesDisplayed ());
  81 }var nft =  new java.util.ArrayList ();
  82 for (var featureType, $featureType = featureTypes.iterator (); $featureType.hasNext () && ((featureType = $featureType.next ()) || true);) {
  83 if (!fdi.isRegistered (featureType)) {
  84 nft.add (featureType);
  85 }}
  86 if (nft.size () > 0) {
  87 this.pushFeatureType (nft);
  88 }fdi.setAllVisible (featureTypes);
  89 }, "java.util.List");
  90 Clazz.defineMethod (c$, "pushFeatureType",
  91 ($fz = function (types) {
  92 var ts = types.size ();
  93 var neworder =  new Array ((this.renderOrder == null ? 0 : this.renderOrder.length) + ts);
  94 types.toArray (neworder);
  95 if (this.renderOrder != null) {
  96 System.arraycopy (neworder, 0, neworder, this.renderOrder.length, ts);
  97 System.arraycopy (this.renderOrder, 0, neworder, 0, this.renderOrder.length);
  98 }this.renderOrder = neworder;
  99 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "java.util.List");
 100 Clazz.defineMethod (c$, "getMinMax",
 101 function () {
 102 return this.minmax;
 103 });
 104 Clazz.defineMethod (c$, "normaliseScore",
 105 function (sequenceFeature) {
 106 var mm = (this.minmax.get (sequenceFeature.type))[0];
 107 var r =  Clazz.newByteArray (-1, [0, 255]);
 108 if (mm != null) {
 109 if (r[0] != 0 || mm[0] < 0.0) {
 110 r[0] = 1;
 111 r[1] = Clazz.doubleToByte (Clazz.doubleToInt (128.0) + 127.0 * (sequenceFeature.score / mm[1]));
 112 } else {
 113 r[1] = Clazz.floatToByte (Clazz.doubleToInt (255.0) * (sequenceFeature.score / mm[1]));
 114 }}return r;
 115 }, "jalview.datamodel.SequenceFeature");
 116 Clazz.defineMethod (c$, "updateFeatures",
 117 function () {
 118 if (this.av.getFeaturesDisplayed () == null || this.renderOrder == null || this.newFeatureAdded) {
 119 this.findAllFeatures ();
 120 if (this.av.getFeaturesDisplayed ().getVisibleFeatureCount () < 1) {
 121 return false;
 122 }}return true;
 123 });
 124 Clazz.defineMethod (c$, "findAllFeatures",
 125 function () {
 126 {
 127 if (this.firing.equals (Boolean.FALSE)) {
 128 this.firing = Boolean.TRUE;
 129 this.findAllFeatures (true);
 130 this.changeSupport.firePropertyChange ("changeSupport", null, null);
 131 this.firing = Boolean.FALSE;
 132 }}});
 133 Clazz.overrideMethod (c$, "findFeaturesAtRes",
 134 function (sequence, res) {
 135 var tmp =  new java.util.ArrayList ();
 136 var features = sequence.getSequenceFeatures ();
 137 if (features != null) {
 138 for (var i = 0; i < features.length; i++) {
 139 if (!this.av.areFeaturesDisplayed () || !this.av.getFeaturesDisplayed ().isVisible (features[i].getType ())) {
 140 continue;
 141 }if (features[i].featureGroup != null && this.featureGroups != null && this.featureGroups.containsKey (features[i].featureGroup) && !this.featureGroups.get (features[i].featureGroup).booleanValue ()) {
 142 continue;
 143 }if ((features[i].getBegin () <= res) && (features[i].getEnd () >= res)) {
 144 tmp.add (features[i]);
 145 }}
 146 }return tmp;
 147 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N");
 148 Clazz.defineMethod (c$, "findAllFeatures",
 149 function (newMadeVisible) {
 150 this.newFeatureAdded = false;
 151 if (this.findingFeatures) {
 152 this.newFeatureAdded = true;
 153 return;
 154 }this.findingFeatures = true;
 155 if (this.av.getFeaturesDisplayed () == null) {
 156 this.av.setFeaturesDisplayed ( new jalview.viewmodel.seqfeatures.FeaturesDisplayed ());
 157 }var featuresDisplayed = this.av.getFeaturesDisplayed ();
 158 var allfeatures =  new java.util.ArrayList ();
 159 var oldfeatures =  new java.util.ArrayList ();
 160 if (this.renderOrder != null) {
 161 for (var i = 0; i < this.renderOrder.length; i++) {
 162 if (this.renderOrder[i] != null) {
 163 oldfeatures.add (this.renderOrder[i]);
 164 }}
 165 }if (this.minmax == null) {
 166 this.minmax =  new java.util.Hashtable ();
 167 }var alignment = this.av.getAlignment ();
 168 for (var i = 0; i < alignment.getHeight (); i++) {
 169 var asq = alignment.getSequenceAt (i);
 170 var features = asq.getSequenceFeatures ();
 171 if (features == null) {
 172 continue;
 173 }var index = 0;
 174 while (index < features.length) {
 175 if (!featuresDisplayed.isRegistered (features[index].getType ())) {
 176 var fgrp = features[index].getFeatureGroup ();
 177 if (fgrp != null) {
 178 var groupDisplayed = this.featureGroups.get (fgrp);
 179 if (groupDisplayed == null) {
 180 groupDisplayed = Boolean.$valueOf (newMadeVisible);
 181 this.featureGroups.put (fgrp, groupDisplayed);
 182 }if (!groupDisplayed.booleanValue ()) {
 183 index++;
 184 continue;
 185 }}if (!(features[index].begin == 0 && features[index].end == 0)) {
 186 if (newMadeVisible && !oldfeatures.contains (features[index].getType ())) {
 187 featuresDisplayed.setVisible (features[index].getType ());
 188 this.setOrder (features[index].getType (), 0);
 189 }}}if (!allfeatures.contains (features[index].getType ())) {
 190 allfeatures.add (features[index].getType ());
 191 }if (!Float.isNaN (features[index].score)) {
 192 var nonpos = features[index].getBegin () >= 1 ? 0 : 1;
 193 var mm = this.minmax.get (features[index].getType ());
 194 if (mm == null) {
 195 mm =  Clazz.newArray (-1, [null, null]);
 196 this.minmax.put (features[index].getType (), mm);
 197 }if (mm[nonpos] == null) {
 198 mm[nonpos] =  Clazz.newFloatArray (-1, [features[index].score, features[index].score]);
 199 } else {
 200 if (mm[nonpos][0] > features[index].score) {
 201 mm[nonpos][0] = features[index].score;
 202 }if (mm[nonpos][1] < features[index].score) {
 203 mm[nonpos][1] = features[index].score;
 204 }}}index++;
 205 }
 206 }
 207 this.updateRenderOrder (allfeatures);
 208 this.findingFeatures = false;
 209 }, "~B");
 210 Clazz.defineMethod (c$, "updateRenderOrder",
 211 ($fz = function (allFeatures) {
 212 var allfeatures =  new java.util.ArrayList (allFeatures);
 213 var oldRender = this.renderOrder;
 214 this.renderOrder =  new Array (allfeatures.size ());
 215 var mmrange;
 216 var fc = null;
 217 var initOrders = (this.featureOrder == null);
 218 var opos = 0;
 219 if (oldRender != null && oldRender.length > 0) {
 220 for (var j = 0; j < oldRender.length; j++) {
 221 if (oldRender[j] != null) {
 222 if (initOrders) {
 223 this.setOrder (oldRender[j], (1 - (1 + j) / oldRender.length));
 224 }if (allfeatures.contains (oldRender[j])) {
 225 this.renderOrder[opos++] = oldRender[j];
 226 allfeatures.remove (oldRender[j]);
 227 if (this.minmax != null) {
 228 mmrange = this.minmax.get (oldRender[j]);
 229 if (mmrange != null) {
 230 fc = this.featureColours.get (oldRender[j]);
 231 if (fc != null && Clazz.instanceOf (fc, jalview.schemes.GraduatedColor) && (fc).isAutoScale ()) {
 232 (fc).updateBounds ((mmrange)[0][0], (mmrange)[0][1]);
 233 }}}}}}
 234 }if (allfeatures.size () == 0) {
 235 return;
 236 }var i = allfeatures.size () - 1;
 237 var iSize = i;
 238 var sort = false;
 239 var newf =  new Array (allfeatures.size ());
 240 var sortOrder =  Clazz.newFloatArray (allfeatures.size (), 0);
 241 for (var newfeat, $newfeat = allfeatures.iterator (); $newfeat.hasNext () && ((newfeat = $newfeat.next ()) || true);) {
 242 newf[i] = newfeat;
 243 if (this.minmax != null) {
 244 mmrange = this.minmax.get (newf[i]);
 245 if (mmrange != null) {
 246 fc = this.featureColours.get (newf[i]);
 247 if (fc != null && Clazz.instanceOf (fc, jalview.schemes.GraduatedColor) && (fc).isAutoScale ()) {
 248 (fc).updateBounds ((mmrange)[0][0], (mmrange)[0][1]);
 249 }}}if (initOrders || !this.featureOrder.containsKey (newf[i])) {
 250 var denom = initOrders ? allfeatures.size () : this.featureOrder.size ();
 251 this.setOrder (newf[i], i / denom);
 252 }sortOrder[i] = 2 - (this.featureOrder.get (newf[i])).floatValue ();
 253 if (i < iSize) {
 254 sort = sort || sortOrder[i] > sortOrder[i + 1];
 255 }i--;
 256 }
 257 if (iSize > 1 && sort) {
 258 jalview.util.QuickSort.sortFloatObject (sortOrder, newf);
 259 }sortOrder = null;
 260 System.arraycopy (newf, 0, this.renderOrder, opos, newf.length);
 261 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "java.util.List");
 262 Clazz.overrideMethod (c$, "getFeatureStyle",
 263 function (featureType) {
 264 var fc = this.featureColours.get (featureType);
 265 if (fc == null) {
 266 var ucs =  new jalview.schemes.UserColourScheme ();
 267 var col = ucs.createColourFromName (featureType);
 268 this.featureColours.put (featureType, fc = col);
 269 }return fc;
 270 }, "~S");
 271 Clazz.defineMethod (c$, "getColour",
 272 function (featureType) {
 273 var fc = this.getFeatureStyle (featureType);
 274 if (Clazz.instanceOf (fc, java.awt.Color)) {
 275 return fc;
 276 } else {
 277 if (Clazz.instanceOf (fc, jalview.schemes.GraduatedColor)) {
 278 return (fc).getMaxColor ();
 279 }}throw  new Error ("Implementation Error: Unrecognised render object " + fc.getClass () + " for features of type " + featureType);
 280 }, "~S");
 281 Clazz.defineMethod (c$, "getColour",
 282 function (feature) {
 283 var fc = this.getFeatureStyle (feature.getType ());
 284 if (Clazz.instanceOf (fc, java.awt.Color)) {
 285 return fc;
 286 } else {
 287 if (Clazz.instanceOf (fc, jalview.schemes.GraduatedColor)) {
 288 return (fc).findColor (feature);
 289 }}throw  new Error ("Implementation Error: Unrecognised render object " + fc.getClass () + " for features of type " + feature.getType ());
 290 }, "jalview.datamodel.SequenceFeature");
 291 Clazz.defineMethod (c$, "showFeature",
 292 function (sequenceFeature) {
 293 var fc = this.getFeatureStyle (sequenceFeature.type);
 294 if (Clazz.instanceOf (fc, jalview.schemes.GraduatedColor)) {
 295 return (fc).isColored (sequenceFeature);
 296 } else {
 297 return true;
 298 }}, "jalview.datamodel.SequenceFeature");
 299 Clazz.defineMethod (c$, "showFeatureOfType",
 300 function (type) {
 301 return this.av.getFeaturesDisplayed ().isVisible (type);
 302 }, "~S");
 303 Clazz.overrideMethod (c$, "setColour",
 304 function (featureType, col) {
 305 {
 306 this.featureColours.put (featureType, col);
 307 }}, "~S,~O");
 308 Clazz.defineMethod (c$, "setTransparency",
 309 function (value) {
 310 this.transparency = value;
 311 }, "~N");
 312 Clazz.defineMethod (c$, "getTransparency",
 313 function () {
 314 return this.transparency;
 315 });
 316 Clazz.defineMethod (c$, "setOrder",
 317 function (type, position) {
 318 if (this.featureOrder == null) {
 319 this.featureOrder =  new java.util.Hashtable ();
 320 }this.featureOrder.put (type,  new Float (position));
 321 return position;
 322 }, "~S,~N");
 323 Clazz.defineMethod (c$, "getOrder",
 324 function (type) {
 325 if (this.featureOrder != null) {
 326 if (this.featureOrder.containsKey (type)) {
 327 return (this.featureOrder.get (type)).floatValue ();
 328 }}return -1;
 329 }, "~S");
 330 Clazz.overrideMethod (c$, "getFeatureColours",
 331 function () {
 332 return  new java.util.concurrent.ConcurrentHashMap (this.featureColours);
 333 });
 334 Clazz.defineMethod (c$, "setFeaturePriority",
 335 function (data) {
 336 this.setFeaturePriority (data, true);
 337 }, "~A");
 338 Clazz.defineMethod (c$, "setFeaturePriority",
 339 function (data, visibleNew) {
 340 var av_featuresdisplayed = null;
 341 if (visibleNew) {
 342 if ((av_featuresdisplayed = this.av.getFeaturesDisplayed ()) != null) {
 343 this.av.getFeaturesDisplayed ().clear ();
 344 } else {
 345 this.av.setFeaturesDisplayed (av_featuresdisplayed =  new jalview.viewmodel.seqfeatures.FeaturesDisplayed ());
 346 }} else {
 347 av_featuresdisplayed = this.av.getFeaturesDisplayed ();
 348 }if (data == null) {
 349 return;
 350 }this.renderOrder =  new Array (data.length);
 351 if (data.length > 0) {
 352 for (var i = 0; i < data.length; i++) {
 353 var type = data[i][0].toString ();
 354 this.setColour (type, data[i][1]);
 355 if ((data[i][2]).booleanValue ()) {
 356 av_featuresdisplayed.setVisible (type);
 357 }this.renderOrder[data.length - i - 1] = type;
 358 }
 359 }}, "~A,~B");
 360 Clazz.defineMethod (c$, "addPropertyChangeListener",
 361 function (listener) {
 362 this.changeSupport.addPropertyChangeListener (listener);
 363 }, "java.beans.PropertyChangeListener");
 364 Clazz.defineMethod (c$, "removePropertyChangeListener",
 365 function (listener) {
 366 this.changeSupport.removePropertyChangeListener (listener);
 367 }, "java.beans.PropertyChangeListener");
 368 Clazz.defineMethod (c$, "getAllFeatureColours",
 369 function () {
 370 return this.featureColours.keySet ();
 371 });
 372 Clazz.defineMethod (c$, "clearRenderOrder",
 373 function () {
 374 this.renderOrder = null;
 375 });
 376 Clazz.defineMethod (c$, "hasRenderOrder",
 377 function () {
 378 return this.renderOrder != null;
 379 });
 380 Clazz.defineMethod (c$, "getRenderOrder",
 381 function () {
 382 if (this.renderOrder == null) {
 383 return java.util.Arrays.asList ( Clazz.newArray (-1, []));
 384 }return java.util.Arrays.asList (this.renderOrder);
 385 });
 386 Clazz.defineMethod (c$, "getFeatureGroupsSize",
 387 function () {
 388 return this.featureGroups != null ? 0 : this.featureGroups.size ();
 389 });
 390 Clazz.overrideMethod (c$, "getFeatureGroups",
 391 function () {
 392 return (this.featureGroups == null) ? java.util.Arrays.asList ( new Array (0)) : java.util.Arrays.asList (this.featureGroups.keySet ().toArray ( new Array (0)));
 393 });
 394 Clazz.defineMethod (c$, "checkGroupVisibility",
 395 function (group, newGroupsVisible) {
 396 if (this.featureGroups == null) {
 397 }if (this.featureGroups.containsKey (group)) {
 398 return this.featureGroups.get (group).booleanValue ();
 399 }if (newGroupsVisible) {
 400 this.featureGroups.put (group,  new Boolean (true));
 401 return true;
 402 }return false;
 403 }, "~S,~B");
 404 Clazz.overrideMethod (c$, "getGroups",
 405 function (visible) {
 406 if (this.featureGroups != null) {
 407 var gp =  new java.util.ArrayList ();
 408 for (var grp, $grp = this.featureGroups.keySet ().iterator (); $grp.hasNext () && ((grp = $grp.next ()) || true);) {
 409 var state = this.featureGroups.get (grp);
 410 if (state.booleanValue () == visible) {
 411 gp.add (grp);
 412 }}
 413 return gp;
 414 }return null;
 415 }, "~B");
 416 Clazz.defineMethod (c$, "setGroupVisibility",
 417 function (group, visible) {
 418 this.featureGroups.put (group,  new Boolean (visible));
 419 }, "~S,~B");
 420 Clazz.defineMethod (c$, "setGroupVisibility",
 421 function (toset, visible) {
 422 if (toset != null && toset.size () > 0 && this.featureGroups != null) {
 423 var rdrw = false;
 424 for (var gst, $gst = toset.iterator (); $gst.hasNext () && ((gst = $gst.next ()) || true);) {
 425 var st = this.featureGroups.get (gst);
 426 this.featureGroups.put (gst,  new Boolean (visible));
 427 if (st != null) {
 428 rdrw = rdrw || (visible != st.booleanValue ());
 429 }}
 430 if (rdrw) {
 431 }}}, "java.util.List,~B");
 432 Clazz.overrideMethod (c$, "getDisplayedFeatureCols",
 433 function () {
 434 var fcols =  new java.util.Hashtable ();
 435 if (this.getViewport ().getFeaturesDisplayed () == null) {
 436 return fcols;
 437 }var en = this.getViewport ().getFeaturesDisplayed ().getVisibleFeatures ();
 438 while (en.hasNext ()) {
 439 var col = en.next ();
 440 fcols.put (col, this.getColour (col));
 441 }
 442 return fcols;
 443 });
 444 Clazz.defineMethod (c$, "getFeaturesDisplayed",
 445 function () {
 446 return this.av.getFeaturesDisplayed ();
 447 });
 448 Clazz.overrideMethod (c$, "getDisplayedFeatureTypes",
 449 function () {
 450 var typ = null;
 451 typ = this.getRenderOrder ().toArray ( new Array (0));
 452 var feature_disp = this.av.getFeaturesDisplayed ();
 453 if (feature_disp != null) {
 454 {
 455 for (var i = 0; i < typ.length; i++) {
 456 if (!feature_disp.isVisible (typ[i])) {
 457 typ[i] = null;
 458 }}
 459 }}return typ;
 460 });
 461 Clazz.overrideMethod (c$, "getDisplayedFeatureGroups",
 462 function () {
 463 var gps = null;
 464 var _gps =  new java.util.ArrayList ();
 465 var en = this.getFeatureGroups ().iterator ();
 466 var g = 0;
 467 var valid = false;
 468 while (en.hasNext ()) {
 469 var gp = en.next ();
 470 if (this.checkGroupVisibility (gp, false)) {
 471 valid = true;
 472 _gps.add (gp);
 473 }if (!valid) {
 474 return null;
 475 } else {
 476 gps =  new Array (_gps.size ());
 477 _gps.toArray (gps);
 478 }}
 479 return gps;
 480 });
 481 });