bin/jalview/workers/AlignCalcManager.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.workers");
   2 Clazz.load (["jalview.api.AlignCalcManagerI", "java.util.ArrayList", "$.Collections", "$.HashSet", "$.Hashtable"], "jalview.workers.AlignCalcManager", null, function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.restartable = null;
   5 this.blackList = null;
   6 this.inProgress = null;
   7 this.updating = null;
   8 this.canUpdate = null;
   9 Clazz.instantialize (this, arguments);
  10 }, jalview.workers, "AlignCalcManager", null, jalview.api.AlignCalcManagerI);
  11 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  12 this.restartable = java.util.Collections.synchronizedList ( new java.util.ArrayList ());
  13 this.blackList = java.util.Collections.synchronizedList ( new java.util.ArrayList ());
  14 this.inProgress = java.util.Collections.synchronizedMap ( new java.util.Hashtable ());
  15 this.updating = java.util.Collections.synchronizedMap ( new java.util.Hashtable ());
  16 this.canUpdate =  new java.util.HashSet ();
  17 });
  18 Clazz.overrideMethod (c$, "notifyStart",
  19 function (worker) {
  20 {
  21 var upd = this.updating.get (worker.getClass ());
  22 if (upd == null) {
  23 this.updating.put (worker.getClass (), upd = java.util.Collections.synchronizedList ( new java.util.ArrayList ()));
  24 }{
  25 upd.add (worker);
  26 }}}, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");
  27 Clazz.overrideMethod (c$, "alreadyDoing",
  28 function (worker) {
  29 {
  30 return this.inProgress.containsKey (worker.getClass ());
  31 }}, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");
  32 Clazz.overrideMethod (c$, "isPending",
  33 function (workingClass) {
  34 var upd;
  35 {
  36 upd = this.updating.get (workingClass.getClass ());
  37 if (upd == null) {
  38 return false;
  39 }{
  40 if (upd.size () > 1) {
  41 return true;
  42 }}return false;
  43 }}, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");
  44 Clazz.defineMethod (c$, "numberLive",
  45 function (worker) {
  46 {
  47 var upd = this.updating.get (worker.getClass ());
  48 if (upd == null) {
  49 return 0;
  50 };return upd.size ();
  51 }}, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");
  52 Clazz.overrideMethod (c$, "notifyWorking",
  53 function (worker) {
  54 {
  55 if (this.inProgress.get (worker.getClass ()) != null) {
  56 if (false) {
  57 System.err.println ("Warning: Multiple workers are running of type " + worker.getClass ());
  58 }return false;
  59 }this.inProgress.put (worker.getClass (), worker);
  60 }return true;
  61 }, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");
  62 Clazz.overrideMethod (c$, "workerComplete",
  63 function (worker) {
  64 {
  65 this.inProgress.remove (worker.getClass ());
  66 var upd = this.updating.get (worker.getClass ());
  67 if (upd != null) {
  68 {
  69 upd.remove (worker);
  70 }this.canUpdate.add (worker);
  71 }}}, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");
  72 Clazz.overrideMethod (c$, "workerCannotRun",
  73 function (worker) {
  74 {
  75 this.blackList.add (worker.getClass ());
  76 }}, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");
  77 Clazz.defineMethod (c$, "isBlackListed",
  78 function (workerType) {
  79 {
  80 return this.blackList.contains (workerType);
  81 }}, "Class");
  82 Clazz.overrideMethod (c$, "startWorker",
  83 function (worker) {
  84 var workerAsThread = worker;
  85 if (workerAsThread.isAlive ()) {
  86 workerAsThread.interrupt ();
  87 worker = worker.getNewWorker ();
  88 }worker.setName (worker.getClass ().getName ());
  89 worker.start ();
  90 }, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");
  91 Clazz.defineMethod (c$, "isWorking",
  92 function (worker) {
  93 {
  94 return worker != null && this.inProgress.get (worker.getClass ()) === worker;
  95 }}, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");
  96 Clazz.defineMethod (c$, "isWorking",
  97 function () {
  98 {
  99 return this.inProgress.size () > 0;
 100 }});
 101 Clazz.overrideMethod (c$, "registerWorker",
 102 function (worker) {
 103 {
 104 if (!this.restartable.contains (worker)) {
 105 this.restartable.add (worker);
 106 }this.startWorker (worker);
 107 }}, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");
 108 Clazz.overrideMethod (c$, "restartWorkers",
 109 function () {
 110 {
 111 for (var worker, $worker = this.restartable.iterator (); $worker.hasNext () && ((worker = $worker.next ()) || true);) {
 112 this.startWorker (worker);
 113 }
 114 }});
 115 Clazz.overrideMethod (c$, "workingInvolvedWith",
 116 function (alignmentAnnotation) {
 117 {
 118 for (var worker, $worker = this.inProgress.values ().iterator (); $worker.hasNext () && ((worker = $worker.next ()) || true);) {
 119 if (worker.involves (alignmentAnnotation)) {
 120 return true;
 121 }}
 122 }{
 123 for (var workers, $workers = this.updating.values ().iterator (); $workers.hasNext () && ((workers = $workers.next ()) || true);) {
 124 for (var worker, $worker = workers.iterator (); $worker.hasNext () && ((worker = $worker.next ()) || true);) {
 125 if (worker.involves (alignmentAnnotation)) {
 126 return true;
 127 }}
 128 }
 129 }return false;
 130 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");
 131 Clazz.overrideMethod (c$, "updateAnnotationFor",
 132 function (workerClass) {
 133 var workers;
 134 {
 135 workers = this.canUpdate.toArray ( new Array (0));
 136 }for (var worker, $worker = 0, $$worker = workers; $worker < $$worker.length && ((worker = $$worker[$worker]) || true); $worker++) {
 137 if (workerClass.equals (worker.getClass ())) {
 138 worker.updateAnnotation ();
 139 }}
 140 }, "Class");
 141 Clazz.overrideMethod (c$, "getRegisteredWorkersOfClass",
 142 function (workerClass) {
 143 var workingClass =  new java.util.ArrayList ();
 144 var workers;
 145 {
 146 workers = this.canUpdate.toArray ( new Array (this.canUpdate.size ()));
 147 }for (var worker, $worker = 0, $$worker = workers; $worker < $$worker.length && ((worker = $$worker[$worker]) || true); $worker++) {
 148 if (workerClass.equals (worker.getClass ())) {
 149 workingClass.add (worker);
 150 }}
 151 return (workingClass.size () == 0) ? null : workingClass;
 152 }, "Class");
 153 Clazz.overrideMethod (c$, "startRegisteredWorkersOfClass",
 154 function (workerClass) {
 155 var workers = this.getRegisteredWorkersOfClass (workerClass);
 156 if (workers == null) {
 157 return false;
 158 }for (var worker, $worker = workers.iterator (); $worker.hasNext () && ((worker = $worker.next ()) || true);) {
 159 if (!this.isPending (worker)) {
 160 this.startWorker (worker);
 161 } else {
 162 System.err.println ("Pending exists for " + workerClass);
 163 }}
 164 return true;
 165 }, "Class");
 166 Clazz.overrideMethod (c$, "workerMayRun",
 167 function (worker) {
 168 {
 169 if (this.blackList.contains (worker.getClass ())) {
 170 this.blackList.remove (worker.getClass ());
 171 }}}, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");
 172 Clazz.overrideMethod (c$, "removeRegisteredWorkersOfClass",
 173 function (typeToRemove) {
 174 var workers = this.getRegisteredWorkersOfClass (typeToRemove);
 175 var removable =  new java.util.ArrayList ();
 176 var toremovannot =  new java.util.HashSet ();
 177 {
 178 for (var worker, $worker = this.restartable.iterator (); $worker.hasNext () && ((worker = $worker.next ()) || true);) {
 179 if (typeToRemove.equals (worker.getClass ())) {
 180 removable.add (worker);
 181 toremovannot.add (worker);
 182 }}
 183 this.restartable.removeAll (removable);
 184 }{
 185 for (var worker, $worker = this.canUpdate.iterator (); $worker.hasNext () && ((worker = $worker.next ()) || true);) {
 186 if (typeToRemove.equals (worker.getClass ())) {
 187 removable.add (worker);
 188 toremovannot.add (worker);
 189 }}
 190 this.canUpdate.removeAll (removable);
 191 }}, "Class");
 192 });