bin/jalview/workers/ConsensusThread.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.workers");\r
   2 Clazz.load (["jalview.api.AlignCalcWorkerI", "jalview.workers.AlignCalcWorker"], "jalview.workers.ConsensusThread", ["jalview.analysis.AAFrequency"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.hconsensus = null;\r
   5 this.aseqs = null;\r
   6 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   7 }, jalview.workers, "ConsensusThread", jalview.workers.AlignCalcWorker, jalview.api.AlignCalcWorkerI);\r
   8 Clazz.overrideMethod (c$, "getNewWorker", \r
   9 function () {\r
  10 return  new jalview.workers.ConsensusThread (this.alignViewport, this.ap);\r
  11 });\r
  12 Clazz.overrideMethod (c$, "run1", \r
  13 function (state) {\r
  14 while (!Thread.interrupted ()) {\r
  15 if (this.alignViewport.isClosed ()) {\r
  16 this.abortAndDestroy ();\r
  17 return;\r
  18 }try {\r
  19 switch (state) {\r
  20 case 0:\r
  21 if (this.calcMan.isPending (this)) return;\r
  22 this.calcMan.notifyStart (this);\r
  23 var consensus = this.getConsensusAnnotation ();\r
  24 if (consensus == null || this.calcMan.isPending (this)) {\r
  25 this.calcMan.workerComplete (this);\r
  26 return;\r
  27 }state = 3;\r
  28 break;\r
  29 case 3:\r
  30 while (!this.calcMan.notifyWorking (this)) {\r
  31 if (this.ap != null) {\r
  32 this.ap.paintAlignment (false);\r
  33 }try {\r
  34 if (this.sleepAndReturn (200, state)) return;\r
  35 } catch (e) {\r
  36 if (Clazz.exceptionOf (e, InterruptedException)) {\r
  37 state = 2;\r
  38 break;\r
  39 } else {\r
  40 throw e;\r
  41 }\r
  42 }\r
  43 }\r
  44 if (this.alignViewport.isClosed ()) {\r
  45 this.abortAndDestroy ();\r
  46 state = 2;\r
  47 break;\r
  48 }this.alignment = this.alignViewport.getAlignment ();\r
  49 this.aWidth = -1;\r
  50 if (this.alignment == null || (this.aWidth = this.alignment.getWidth ()) < 0) {\r
  51 state = 2;\r
  52 }this.eraseConsensus (this.aWidth);\r
  53 state = (this.initializeCalc () ? 4 : 2);\r
  54 break;\r
  55 case 4:\r
  56 this.iFirst = this.iLast;\r
  57 this.iLast = Math.min (this.iLast + this.nPer, this.aWidth);\r
  58 if (this.iLast == this.iFirst) {\r
  59 state = 2;\r
  60 } else {\r
  61 this.computeConsensus ();\r
  62 if (this.sleepAndReturn (0, state)) return;\r
  63 }break;\r
  64 case 2:\r
  65 this.finalizeCalc ();\r
  66 this.updateAlignment ();\r
  67 this.notifyDone ();\r
  68 return;\r
  69 }\r
  70 } catch (e$$) {\r
  71 if (Clazz.exceptionOf (e$$, OutOfMemoryError)) {\r
  72 var error = e$$;\r
  73 {\r
  74 this.calcMan.workerCannotRun (this);\r
  75 this.ap.raiseOOMWarning ("calculating consensus", error);\r
  76 }\r
  77 } else {\r
  78 var e = e$$;\r
  79 {\r
  80 System.out.println ("Error in ConsensusThread: " + e);\r
  81 e.printStackTrace ();\r
  82 this.calcMan.workerComplete (this);\r
  83 }\r
  84 }\r
  85 }\r
  86 }\r
  87 }, "~N");\r
  88 Clazz.defineMethod (c$, "initializeCalc", \r
  89 function () {\r
  90 this.iLast = 0;\r
  91 this.hconsensus =  new Array (this.aWidth);\r
  92 this.aseqs = this.getSequences ();\r
  93 return true;\r
  94 });\r
  95 Clazz.defineMethod (c$, "computeConsensus", \r
  96 function () {\r
  97 this.started = System.currentTimeMillis ();\r
  98 jalview.analysis.AAFrequency.calculate (this.aseqs, this.iFirst, this.iLast, this.hconsensus, true);\r
  99 if (System.currentTimeMillis () - this.started < 500) this.nPer *= 2;\r
 100 });\r
 101 Clazz.defineMethod (c$, "finalizeCalc", \r
 102 function () {\r
 103 this.alignViewport.setSequenceConsensusHash (this.hconsensus);\r
 104 });\r
 105 Clazz.defineMethod (c$, "updateAlignment", \r
 106 function () {\r
 107 this.setColourSchemeConsensus (this.hconsensus);\r
 108 this.updateResultAnnotation (true);\r
 109 });\r
 110 Clazz.defineMethod (c$, "eraseConsensus", \r
 111 function (aWidth) {\r
 112 var consensus = this.getConsensusAnnotation ();\r
 113 consensus.annotations =  new Array (aWidth);\r
 114 }, "~N");\r
 115 Clazz.defineMethod (c$, "getSequences", \r
 116 function () {\r
 117 return this.alignViewport.getAlignment ().getSequencesArray ();\r
 118 });\r
 119 Clazz.defineMethod (c$, "setColourSchemeConsensus", \r
 120 function (hconsensus) {\r
 121 var globalColourScheme = this.alignViewport.getGlobalColourScheme ();\r
 122 if (globalColourScheme != null) {\r
 123 globalColourScheme.setConsensus (hconsensus);\r
 124 }}, "~A");\r
 125 Clazz.defineMethod (c$, "getConsensusAnnotation", \r
 126 function () {\r
 127 return this.alignViewport.getAlignmentConsensusAnnotation ();\r
 128 });\r
 129 Clazz.overrideMethod (c$, "updateAnnotation", \r
 130 function () {\r
 131 this.updateResultAnnotation (false);\r
 132 });\r
 133 Clazz.defineMethod (c$, "updateResultAnnotation", \r
 134 function (immediate) {\r
 135 var consensus = this.getConsensusAnnotation ();\r
 136 var hconsensus = this.getViewportConsensus ();\r
 137 if (immediate || !this.calcMan.isWorking (this) && consensus != null && hconsensus != null) {\r
 138 this.deriveConsensus (consensus, hconsensus);\r
 139 }}, "~B");\r
 140 Clazz.defineMethod (c$, "deriveConsensus", \r
 141 function (consensusAnnotation, consensusData) {\r
 142 var nseq = this.getSequences ().length;\r
 143 jalview.analysis.AAFrequency.completeConsensus (consensusAnnotation, consensusData, 0, consensusData.length, this.alignViewport.isIgnoreGapsConsensus (), this.alignViewport.isShowSequenceLogo (), nseq);\r
 144 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,~A");\r
 145 Clazz.defineMethod (c$, "getViewportConsensus", \r
 146 function () {\r
 147 return this.alignViewport.getSequenceConsensusHash ();\r
 148 });\r
 149 });\r