bin/jalview/workers/ConservationThread.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.workers");
   2 Clazz.load (["jalview.api.AlignCalcWorkerI", "jalview.workers.AlignCalcWorker"], "jalview.workers.ConservationThread", ["jalview.analysis.Conservation", "jalview.schemes.ResidueProperties", "java.util.ArrayList"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.ConsPercGaps = 25;
   5 this.cons = null;
   6 this.conservation = null;
   7 this.quality = null;
   8 Clazz.instantialize (this, arguments);
   9 }, jalview.workers, "ConservationThread", jalview.workers.AlignCalcWorker, jalview.api.AlignCalcWorkerI);
  10 Clazz.overrideMethod (c$, "getNewWorker",
  11 function () {
  12 return  new jalview.workers.ConservationThread (this.alignViewport, this.ap);
  13 });
  14 Clazz.makeConstructor (c$,
  15 function (alignViewport, alignPanel) {
  16 Clazz.superConstructor (this, jalview.workers.ConservationThread, [alignViewport, alignPanel]);
  17 this.ConsPercGaps = alignViewport.getConsPercGaps ();
  18 }, "jalview.api.AlignViewportI,jalview.api.AlignmentViewPanel");
  19 Clazz.overrideMethod (c$, "run1",
  20 function (state) {
  21 while (!Thread.interrupted ()) {
  22 try {
  23 switch (state) {
  24 case 0:
  25 if (this.calcMan.isPending (this)) return;
  26 this.calcMan.notifyStart (this);
  27 state = 3;
  28 break;
  29 case 3:
  30 while (!this.calcMan.notifyWorking (this)) {
  31 if (this.ap != null) {
  32 this.ap.paintAlignment (false);
  33 }try {
  34 if (this.sleepAndReturn (200, state)) return;
  35 } catch (e) {
  36 if (Clazz.exceptionOf (e, InterruptedException)) {
  37 state = 2;
  38 break;
  39 } else {
  40 throw e;
  41 }
  42 }
  43 }
  44 if (this.alignViewport.isClosed ()) {
  45 this.abortAndDestroy ();
  46 state = 2;
  47 break;
  48 }var ourAnnot =  new java.util.ArrayList ();
  49 this.alignment = this.alignViewport.getAlignment ();
  50 this.conservation = this.alignViewport.getAlignmentConservationAnnotation ();
  51 this.quality = this.alignViewport.getAlignmentQualityAnnot ();
  52 ourAnnot.add (this.conservation);
  53 ourAnnot.add (this.quality);
  54 this.ourAnnots = ourAnnot;
  55 this.ConsPercGaps = this.alignViewport.getConsPercGaps ();
  56 if (this.alignment == null || (this.aWidth = this.alignment.getWidth ()) < 0) {
  57 this.calcMan.workerComplete (this);
  58 return;
  59 }state = 4;
  60 break;
  61 case 4:
  62 this.iFirst = this.iLast;
  63 this.nPer = this.aWidth + 1;
  64 this.iLast = Math.min (this.iLast + this.nPer, this.aWidth);
  65 if (this.iLast == this.iFirst) {
  66 state = 2;
  67 } else {
  68 this.computeConsensus ();
  69 if (this.sleepAndReturn (0, state)) return;
  70 }break;
  71 case 2:
  72 this.updateResultAnnotation (true);
  73 this.notifyDone ();
  74 return;
  75 }
  76 } catch (e$$) {
  77 if (Clazz.exceptionOf (e$$, OutOfMemoryError)) {
  78 var error = e$$;
  79 {
  80 this.calcMan.workerCannotRun (this);
  81 this.ap.raiseOOMWarning ("calculating conservation", error);
  82 }
  83 } else {
  84 var e = e$$;
  85 {
  86 System.out.println ("Error in ConsensusThread: " + e);
  87 e.printStackTrace ();
  88 this.calcMan.workerComplete (this);
  89 }
  90 }
  91 }
  92 }
  93 }, "~N");
  94 Clazz.defineMethod (c$, "computeConsensus",
  95 ($fz = function () {
  96 this.cons = jalview.analysis.Conservation.calculateConservation ("All", jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3, this.alignment.getSequences (), 0, this.aWidth - 1, false, this.ConsPercGaps, this.quality != null);
  97 }, $fz.isPrivate = true, $fz));
  98 Clazz.defineMethod (c$, "updateResultAnnotation",
  99 ($fz = function (b) {
 100 if (b || !this.calcMan.isWorking (this) && this.cons != null && this.conservation != null && this.quality != null) {
 101 this.alignViewport.setConservation (this.cons);
 102 this.cons.completeAnnotations (this.conservation, this.quality, 0, this.aWidth);
 103 }}, $fz.isPrivate = true, $fz), "~B");
 104 Clazz.overrideMethod (c$, "updateAnnotation",
 105 function () {
 106 this.updateResultAnnotation (false);
 107 });
 108 });