bin/jalview/workers/StrucConsensusThread.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.workers");\r
   2 Clazz.load (["jalview.api.AlignCalcWorkerI", "jalview.workers.AlignCalcWorker"], "jalview.workers.StrucConsensusThread", ["jalview.analysis.StructureFrequency", "java.lang.Thread"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.strucConsensus = null;\r
   5 this.hStrucConsensus = null;\r
   6 this.nseq = -1;\r
   7 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   8 }, jalview.workers, "StrucConsensusThread", jalview.workers.AlignCalcWorker, jalview.api.AlignCalcWorkerI);\r
   9 Clazz.overrideMethod (c$, "getNewWorker", \r
  10 function () {\r
  11 return  new jalview.workers.StrucConsensusThread (this.alignViewport, this.ap);\r
  12 });\r
  13 Clazz.overrideMethod (c$, "run", \r
  14 function () {\r
  15 try {\r
  16 if (this.calcMan.isPending (this)) {\r
  17 return;\r
  18 }this.calcMan.notifyStart (this);\r
  19 while (!this.calcMan.notifyWorking (this)) {\r
  20 try {\r
  21 if (this.ap != null) {\r
  22 }Thread.sleep (200);\r
  23 } catch (ex) {\r
  24 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
  25 ex.printStackTrace ();\r
  26 } else {\r
  27 throw ex;\r
  28 }\r
  29 }\r
  30 }\r
  31 if (this.alignViewport.isClosed ()) {\r
  32 this.abortAndDestroy ();\r
  33 return;\r
  34 }var alignment = this.alignViewport.getAlignment ();\r
  35 var aWidth = -1;\r
  36 if (alignment == null || (aWidth = alignment.getWidth ()) < 0) {\r
  37 this.calcMan.workerComplete (this);\r
  38 return;\r
  39 }this.strucConsensus = this.alignViewport.getAlignmentStrucConsensusAnnotation ();\r
  40 this.hStrucConsensus = this.alignViewport.getRnaStructureConsensusHash ();\r
  41 this.strucConsensus.annotations = null;\r
  42 this.strucConsensus.annotations =  new Array (aWidth);\r
  43 this.hStrucConsensus =  new Array (aWidth);\r
  44 var aa = this.alignViewport.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ();\r
  45 var rnaStruc = null;\r
  46 for (var i = 0; i < aa.length; i++) {\r
  47 if (aa[i].getRNAStruc () != null && aa[i].isValidStruc ()) {\r
  48 rnaStruc = aa[i];\r
  49 break;\r
  50 }}\r
  51 if (rnaStruc == null || !rnaStruc.isValidStruc ()) {\r
  52 this.calcMan.workerComplete (this);\r
  53 return;\r
  54 }try {\r
  55 var arr = alignment.getSequencesArray ();\r
  56 this.nseq = arr.length;\r
  57 jalview.analysis.StructureFrequency.calculate (arr, 0, alignment.getWidth (), this.hStrucConsensus, true, rnaStruc);\r
  58 } catch (x) {\r
  59 if (Clazz.exceptionOf (x, ArrayIndexOutOfBoundsException)) {\r
  60 this.calcMan.workerComplete (this);\r
  61 return;\r
  62 } else {\r
  63 throw x;\r
  64 }\r
  65 }\r
  66 this.alignViewport.setRnaStructureConsensusHash (this.hStrucConsensus);\r
  67 this.updateResultAnnotation (true);\r
  68 if (this.alignViewport.getGlobalColourScheme () != null) {\r
  69 this.alignViewport.getGlobalColourScheme ().setConsensus (this.hStrucConsensus);\r
  70 }} catch (error) {\r
  71 if (Clazz.exceptionOf (error, OutOfMemoryError)) {\r
  72 this.calcMan.workerCannotRun (this);\r
  73 this.ap.raiseOOMWarning ("calculating RNA structure consensus", error);\r
  74 } else {\r
  75 throw error;\r
  76 }\r
  77 } finally {\r
  78 this.calcMan.workerComplete (this);\r
  79 if (this.ap != null) {\r
  80 this.ap.paintAlignment (true);\r
  81 }}\r
  82 });\r
  83 Clazz.overrideMethod (c$, "updateAnnotation", \r
  84 function () {\r
  85 this.updateResultAnnotation (false);\r
  86 });\r
  87 Clazz.defineMethod (c$, "updateResultAnnotation", \r
  88 function (immediate) {\r
  89 if (immediate || !this.calcMan.isWorking (this) && this.strucConsensus != null && this.hStrucConsensus != null) {\r
  90 jalview.analysis.StructureFrequency.completeConsensus (this.strucConsensus, this.hStrucConsensus, 0, this.hStrucConsensus.length, this.alignViewport.isIgnoreGapsConsensus (), this.alignViewport.isShowSequenceLogo (), this.nseq);\r
  91 }}, "~B");\r
  92 Clazz.overrideMethod (c$, "run1", \r
  93 function (state) {\r
  94 }, "~N");\r
  95 });\r