site/j2s/JU/CifDataParser.js

   1 Clazz.declarePackage ("JU");\r
   2 Clazz.load (["javajs.api.GenericCifDataParser", "java.util.Hashtable", "JU.SB"], "JU.CifDataParser", ["JU.Lst", "$.PT"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.reader = null;\r
   5 this.br = null;\r
   6 this.line = null;\r
   7 this.str = null;\r
   8 this.ich = 0;\r
   9 this.cch = 0;\r
  10 this.wasUnQuoted = false;\r
  11 this.strPeeked = null;\r
  12 this.ichPeeked = 0;\r
  13 this.fieldCount = 0;\r
  14 this.loopData = null;\r
  15 this.fileHeader = null;\r
  16 this.isHeader = true;\r
  17 this.nullString = "\0";\r
  18 this.fields = null;\r
  19 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  20 }, JU, "CifDataParser", null, javajs.api.GenericCifDataParser);\r
  21 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  22 this.fileHeader =  new JU.SB ();\r
  23 });\r
  24 Clazz.defineMethod (c$, "setNullValue", \r
  25 function (nullString) {\r
  26 this.nullString = nullString;\r
  27 }, "~S");\r
  28 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  29 function () {\r
  30 });\r
  31 Clazz.overrideMethod (c$, "getLoopData", \r
  32 function (i) {\r
  33 return this.loopData[i];\r
  34 }, "~N");\r
  35 Clazz.overrideMethod (c$, "getFieldCount", \r
  36 function () {\r
  37 return this.fieldCount;\r
  38 });\r
  39 Clazz.overrideMethod (c$, "getField", \r
  40 function (i) {\r
  41 return this.fields[i];\r
  42 }, "~N");\r
  43 Clazz.overrideMethod (c$, "set", \r
  44 function (reader, br) {\r
  45 this.reader = reader;\r
  46 this.br = br;\r
  47 return this;\r
  48 }, "javajs.api.GenericLineReader,java.io.BufferedReader");\r
  49 Clazz.overrideMethod (c$, "getFileHeader", \r
  50 function () {\r
  51 return this.fileHeader.toString ();\r
  52 });\r
  53 Clazz.overrideMethod (c$, "getAllCifData", \r
  54 function () {\r
  55 this.line = "";\r
  56 var key;\r
  57 var data = null;\r
  58 var allData =  new java.util.Hashtable ();\r
  59 var models =  new JU.Lst ();\r
  60 allData.put ("models", models);\r
  61 try {\r
  62 while ((key = this.getNextToken ()) != null) {\r
  63 if (key.startsWith ("global_") || key.startsWith ("data_")) {\r
  64 models.addLast (data =  new java.util.Hashtable ());\r
  65 data.put ("name", key);\r
  66 continue;\r
  67 }if (key.startsWith ("loop_")) {\r
  68 this.getAllCifLoopData (data);\r
  69 continue;\r
  70 }if (key.charAt (0) != '_') {\r
  71 System.out.println ("CIF ERROR ? should be an underscore: " + key);\r
  72 } else {\r
  73 var value = this.getNextToken ();\r
  74 if (value == null) {\r
  75 System.out.println ("CIF ERROR ? end of file; data missing: " + key);\r
  76 } else {\r
  77 data.put (this.fixKey (key), value);\r
  78 }}}\r
  79 } catch (e) {\r
  80 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
  81 } else {\r
  82 throw e;\r
  83 }\r
  84 }\r
  85 try {\r
  86 if (this.br != null) this.br.close ();\r
  87 } catch (e) {\r
  88 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
  89 } else {\r
  90 throw e;\r
  91 }\r
  92 }\r
  93 return allData;\r
  94 });\r
  95 Clazz.defineMethod (c$, "getAllCifLoopData", \r
  96  function (data) {\r
  97 var key;\r
  98 var keyWords =  new JU.Lst ();\r
  99 while ((key = this.peekToken ()) != null && key.charAt (0) == '_') {\r
 100 key = this.fixKey (this.getTokenPeeked ());\r
 101 keyWords.addLast (key);\r
 102 data.put (key,  new JU.Lst ());\r
 103 }\r
 104 this.fieldCount = keyWords.size ();\r
 105 if (this.fieldCount == 0) return;\r
 106 this.loopData =  new Array (this.fieldCount);\r
 107 while (this.getData ()) for (var i = 0; i < this.fieldCount; i++) (data.get (keyWords.get (i))).addLast (this.loopData[i]);\r
 108 \r
 109 \r
 110 }, "java.util.Map");\r
 111 Clazz.overrideMethod (c$, "readLine", \r
 112 function () {\r
 113 try {\r
 114 this.line = (this.reader == null ? this.br.readLine () : this.reader.readNextLine ());\r
 115 if (this.line == null) return null;\r
 116 if (this.isHeader) {\r
 117 if (this.line.startsWith ("#")) this.fileHeader.append (this.line).appendC ('\n');\r
 118  else this.isHeader = false;\r
 119 }return this.line;\r
 120 } catch (e) {\r
 121 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 122 return null;\r
 123 } else {\r
 124 throw e;\r
 125 }\r
 126 }\r
 127 });\r
 128 Clazz.overrideMethod (c$, "getData", \r
 129 function () {\r
 130 for (var i = 0; i < this.fieldCount; ++i) if ((this.loopData[i] = this.getNextDataToken ()) == null) return false;\r
 131 \r
 132 return (this.fieldCount > 0);\r
 133 });\r
 134 Clazz.overrideMethod (c$, "skipLoop", \r
 135 function () {\r
 136 var str;\r
 137 while ((str = this.peekToken ()) != null && str.charAt (0) == '_') this.getTokenPeeked ();\r
 138 \r
 139 while (this.getNextDataToken () != null) {\r
 140 }\r
 141 });\r
 142 Clazz.overrideMethod (c$, "getNextToken", \r
 143 function () {\r
 144 while (!this.strHasMoreTokens ()) if (this.setStringNextLine () == null) return null;\r
 145 \r
 146 return this.nextStrToken ();\r
 147 });\r
 148 Clazz.overrideMethod (c$, "getNextDataToken", \r
 149 function () {\r
 150 var str = this.peekToken ();\r
 151 if (str == null) return null;\r
 152 if (this.wasUnQuoted) if (str.charAt (0) == '_' || str.startsWith ("loop_") || str.startsWith ("data_") || str.startsWith ("stop_") || str.startsWith ("global_")) return null;\r
 153 return this.getTokenPeeked ();\r
 154 });\r
 155 Clazz.overrideMethod (c$, "peekToken", \r
 156 function () {\r
 157 while (!this.strHasMoreTokens ()) if (this.setStringNextLine () == null) return null;\r
 158 \r
 159 var ich = this.ich;\r
 160 this.strPeeked = this.nextStrToken ();\r
 161 this.ichPeeked = this.ich;\r
 162 this.ich = ich;\r
 163 return this.strPeeked;\r
 164 });\r
 165 Clazz.overrideMethod (c$, "getTokenPeeked", \r
 166 function () {\r
 167 this.ich = this.ichPeeked;\r
 168 return this.strPeeked;\r
 169 });\r
 170 Clazz.overrideMethod (c$, "fullTrim", \r
 171 function (str) {\r
 172 var pt0 = -1;\r
 173 var pt1 = str.length;\r
 174 while (++pt0 < pt1 && JU.PT.isWhitespace (str.charAt (pt0))) {\r
 175 }\r
 176 while (--pt1 > pt0 && JU.PT.isWhitespace (str.charAt (pt1))) {\r
 177 }\r
 178 return str.substring (pt0, pt1 + 1);\r
 179 }, "~S");\r
 180 Clazz.overrideMethod (c$, "toUnicode", \r
 181 function (data) {\r
 182 var pt;\r
 183 try {\r
 184 while ((pt = data.indexOf ('\\')) >= 0) {\r
 185 var c = data.charCodeAt (pt + 1);\r
 186 var ch = (c >= 65 && c <= 90 ? "ABX\u0394E\u03a6\u0393HI_K\u039bMNO\u03a0\u0398P\u03a3TY_\u03a9\u039e\u03a5Z".substring (c - 65, c - 64) : c >= 97 && c <= 122 ? "\u03b1\u03b2\u03c7\u03a4\u03a5\u03c6\u03b3\u03b7\u03b9_\u03ba\u03bb\u03bc\u03bd\u03bf\u03c0\u03b8\u03c1\u03c3\u03c4\u03c5_\u03c9\u03be\u03c5\u03b6".substring (c - 97, c - 96) : "_");\r
 187 data = data.substring (0, pt) + ch + data.substring (pt + 2);\r
 188 }\r
 189 } catch (e) {\r
 190 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 191 } else {\r
 192 throw e;\r
 193 }\r
 194 }\r
 195 return data;\r
 196 }, "~S");\r
 197 Clazz.overrideMethod (c$, "parseLoopParameters", \r
 198 function (fields, fieldOf, propertyOf) {\r
 199 var propertyCount = 0;\r
 200 if (fields == null) {\r
 201 this.fields =  new Array (100);\r
 202 } else {\r
 203 if (!JU.CifDataParser.htFields.containsKey (fields[0])) for (var i = fields.length; --i >= 0; ) JU.CifDataParser.htFields.put (fields[i], Integer.$valueOf (i));\r
 204 \r
 205 for (var i = fields.length; --i >= 0; ) fieldOf[i] = -1;\r
 206 \r
 207 propertyCount = fields.length;\r
 208 }this.fieldCount = 0;\r
 209 while (true) {\r
 210 var str = this.peekToken ();\r
 211 if (str == null) {\r
 212 this.fieldCount = 0;\r
 213 break;\r
 214 }if (str.charAt (0) != '_') break;\r
 215 var pt = this.fieldCount++;\r
 216 str = this.fixKey (this.getTokenPeeked ());\r
 217 if (fields == null) {\r
 218 this.fields[propertyOf[pt] = fieldOf[pt] = pt] = str;\r
 219 continue;\r
 220 }var iField = JU.CifDataParser.htFields.get (str);\r
 221 var i = (iField == null ? -1 : iField.intValue ());\r
 222 if ((propertyOf[pt] = i) != -1) fieldOf[i] = pt;\r
 223 }\r
 224 if (this.fieldCount > 0) this.loopData =  new Array (this.fieldCount);\r
 225 return propertyCount;\r
 226 }, "~A,~A,~A");\r
 227 Clazz.overrideMethod (c$, "fixKey", \r
 228 function (key) {\r
 229 return (JU.PT.rep (key.startsWith ("_magnetic") ? key.substring (9) : key.startsWith ("_jana") ? key.substring (5) : key, ".", "_").toLowerCase ());\r
 230 }, "~S");\r
 231 Clazz.defineMethod (c$, "setString", \r
 232  function (str) {\r
 233 this.str = this.line = str;\r
 234 this.cch = (str == null ? 0 : str.length);\r
 235 this.ich = 0;\r
 236 }, "~S");\r
 237 Clazz.defineMethod (c$, "setStringNextLine", \r
 238  function () {\r
 239 this.setString (this.readLine ());\r
 240 if (this.line == null || this.line.length == 0) return this.line;\r
 241 if (this.line.charAt (0) != ';') {\r
 242 if (this.str.startsWith ("###non-st#")) this.ich = 10;\r
 243 return this.line;\r
 244 }this.ich = 1;\r
 245 var str = '\1' + this.line.substring (1) + '\n';\r
 246 while (this.readLine () != null) {\r
 247 if (this.line.startsWith (";")) {\r
 248 str = str.substring (0, str.length - 1) + '\1' + this.line.substring (1);\r
 249 break;\r
 250 }str += this.line + '\n';\r
 251 }\r
 252 this.setString (str);\r
 253 return str;\r
 254 });\r
 255 Clazz.defineMethod (c$, "strHasMoreTokens", \r
 256  function () {\r
 257 if (this.str == null) return false;\r
 258 var ch = '#';\r
 259 while (this.ich < this.cch && ((ch = this.str.charAt (this.ich)) == ' ' || ch == '\t')) ++this.ich;\r
 260 \r
 261 return (this.ich < this.cch && ch != '#');\r
 262 });\r
 263 Clazz.defineMethod (c$, "nextStrToken", \r
 264  function () {\r
 265 if (this.ich == this.cch) return null;\r
 266 var ichStart = this.ich;\r
 267 var ch = this.str.charAt (ichStart);\r
 268 if (ch != '\'' && ch != '"' && ch != '\1') {\r
 269 this.wasUnQuoted = true;\r
 270 while (this.ich < this.cch && (ch = this.str.charAt (this.ich)) != ' ' && ch != '\t') ++this.ich;\r
 271 \r
 272 if (this.ich == ichStart + 1) if (this.nullString != null && (this.str.charAt (ichStart) == '.' || this.str.charAt (ichStart) == '?')) return this.nullString;\r
 273 var s = this.str.substring (ichStart, this.ich);\r
 274 return s;\r
 275 }this.wasUnQuoted = false;\r
 276 var chOpeningQuote = ch;\r
 277 var previousCharacterWasQuote = false;\r
 278 while (++this.ich < this.cch) {\r
 279 ch = this.str.charAt (this.ich);\r
 280 if (previousCharacterWasQuote && (ch == ' ' || ch == '\t')) break;\r
 281 previousCharacterWasQuote = (ch == chOpeningQuote);\r
 282 }\r
 283 if (this.ich == this.cch) {\r
 284 if (previousCharacterWasQuote) return this.str.substring (ichStart + 1, this.ich - 1);\r
 285 return this.str.substring (ichStart, this.ich);\r
 286 }++this.ich;\r
 287 return this.str.substring (ichStart + 1, this.ich - 2);\r
 288 });\r
 289 c$.htFields = c$.prototype.htFields =  new java.util.Hashtable ();\r
 290 Clazz.defineStatics (c$,\r
 291 "grABC", "ABX\u0394E\u03a6\u0393HI_K\u039bMNO\u03a0\u0398P\u03a3TY_\u03a9\u039e\u03a5Z",\r
 292 "grabc", "\u03b1\u03b2\u03c7\u03a4\u03a5\u03c6\u03b3\u03b7\u03b9_\u03ba\u03bb\u03bc\u03bd\u03bf\u03c0\u03b8\u03c1\u03c3\u03c4\u03c5_\u03c9\u03be\u03c5\u03b6");\r
 293 });\r