site/j2s/JU/CifDataParser.js

   1 Clazz.declarePackage ("JU");
   2 Clazz.load (["javajs.api.GenericCifDataParser", "java.util.Hashtable", "JU.SB"], "JU.CifDataParser", ["JU.Lst", "$.PT"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.reader = null;
   5 this.br = null;
   6 this.line = null;
   7 this.str = null;
   8 this.ich = 0;
   9 this.cch = 0;
  10 this.wasUnQuoted = false;
  11 this.strPeeked = null;
  12 this.ichPeeked = 0;
  13 this.fieldCount = 0;
  14 this.loopData = null;
  15 this.fileHeader = null;
  16 this.isHeader = true;
  17 this.nullString = "\0";
  18 this.fields = null;
  19 Clazz.instantialize (this, arguments);
  20 }, JU, "CifDataParser", null, javajs.api.GenericCifDataParser);
  21 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  22 this.fileHeader =  new JU.SB ();
  23 });
  24 Clazz.defineMethod (c$, "setNullValue",
  25 function (nullString) {
  26 this.nullString = nullString;
  27 }, "~S");
  28 Clazz.makeConstructor (c$,
  29 function () {
  30 });
  31 Clazz.overrideMethod (c$, "getLoopData",
  32 function (i) {
  33 return this.loopData[i];
  34 }, "~N");
  35 Clazz.overrideMethod (c$, "getFieldCount",
  36 function () {
  37 return this.fieldCount;
  38 });
  39 Clazz.overrideMethod (c$, "getField",
  40 function (i) {
  41 return this.fields[i];
  42 }, "~N");
  43 Clazz.overrideMethod (c$, "set",
  44 function (reader, br) {
  45 this.reader = reader;
  46 this.br = br;
  47 return this;
  48 }, "javajs.api.GenericLineReader,java.io.BufferedReader");
  49 Clazz.overrideMethod (c$, "getFileHeader",
  50 function () {
  51 return this.fileHeader.toString ();
  52 });
  53 Clazz.overrideMethod (c$, "getAllCifData",
  54 function () {
  55 this.line = "";
  56 var key;
  57 var data = null;
  58 var allData =  new java.util.Hashtable ();
  59 var models =  new JU.Lst ();
  60 allData.put ("models", models);
  61 try {
  62 while ((key = this.getNextToken ()) != null) {
  63 if (key.startsWith ("global_") || key.startsWith ("data_")) {
  64 models.addLast (data =  new java.util.Hashtable ());
  65 data.put ("name", key);
  66 continue;
  67 }if (key.startsWith ("loop_")) {
  68 this.getAllCifLoopData (data);
  69 continue;
  70 }if (key.charAt (0) != '_') {
  71 System.out.println ("CIF ERROR ? should be an underscore: " + key);
  72 } else {
  73 var value = this.getNextToken ();
  74 if (value == null) {
  75 System.out.println ("CIF ERROR ? end of file; data missing: " + key);
  76 } else {
  77 data.put (this.fixKey (key), value);
  78 }}}
  79 } catch (e) {
  80 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
  81 } else {
  82 throw e;
  83 }
  84 }
  85 try {
  86 if (this.br != null) this.br.close ();
  87 } catch (e) {
  88 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
  89 } else {
  90 throw e;
  91 }
  92 }
  93 return allData;
  94 });
  95 Clazz.defineMethod (c$, "getAllCifLoopData",
  96  function (data) {
  97 var key;
  98 var keyWords =  new JU.Lst ();
  99 while ((key = this.peekToken ()) != null && key.charAt (0) == '_') {
 100 key = this.fixKey (this.getTokenPeeked ());
 101 keyWords.addLast (key);
 102 data.put (key,  new JU.Lst ());
 103 }
 104 this.fieldCount = keyWords.size ();
 105 if (this.fieldCount == 0) return;
 106 this.loopData =  new Array (this.fieldCount);
 107 while (this.getData ()) for (var i = 0; i < this.fieldCount; i++) (data.get (keyWords.get (i))).addLast (this.loopData[i]);
 108
 109
 110 }, "java.util.Map");
 111 Clazz.overrideMethod (c$, "readLine",
 112 function () {
 113 try {
 114 this.line = (this.reader == null ? this.br.readLine () : this.reader.readNextLine ());
 115 if (this.line == null) return null;
 116 if (this.isHeader) {
 117 if (this.line.startsWith ("#")) this.fileHeader.append (this.line).appendC ('\n');
 118  else this.isHeader = false;
 119 }return this.line;
 120 } catch (e) {
 121 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 122 return null;
 123 } else {
 124 throw e;
 125 }
 126 }
 127 });
 128 Clazz.overrideMethod (c$, "getData",
 129 function () {
 130 for (var i = 0; i < this.fieldCount; ++i) if ((this.loopData[i] = this.getNextDataToken ()) == null) return false;
 131
 132 return (this.fieldCount > 0);
 133 });
 134 Clazz.overrideMethod (c$, "skipLoop",
 135 function () {
 136 var str;
 137 while ((str = this.peekToken ()) != null && str.charAt (0) == '_') this.getTokenPeeked ();
 138
 139 while (this.getNextDataToken () != null) {
 140 }
 141 });
 142 Clazz.overrideMethod (c$, "getNextToken",
 143 function () {
 144 while (!this.strHasMoreTokens ()) if (this.setStringNextLine () == null) return null;
 145
 146 return this.nextStrToken ();
 147 });
 148 Clazz.overrideMethod (c$, "getNextDataToken",
 149 function () {
 150 var str = this.peekToken ();
 151 if (str == null) return null;
 152 if (this.wasUnQuoted) if (str.charAt (0) == '_' || str.startsWith ("loop_") || str.startsWith ("data_") || str.startsWith ("stop_") || str.startsWith ("global_")) return null;
 153 return this.getTokenPeeked ();
 154 });
 155 Clazz.overrideMethod (c$, "peekToken",
 156 function () {
 157 while (!this.strHasMoreTokens ()) if (this.setStringNextLine () == null) return null;
 158
 159 var ich = this.ich;
 160 this.strPeeked = this.nextStrToken ();
 161 this.ichPeeked = this.ich;
 162 this.ich = ich;
 163 return this.strPeeked;
 164 });
 165 Clazz.overrideMethod (c$, "getTokenPeeked",
 166 function () {
 167 this.ich = this.ichPeeked;
 168 return this.strPeeked;
 169 });
 170 Clazz.overrideMethod (c$, "fullTrim",
 171 function (str) {
 172 var pt0 = -1;
 173 var pt1 = str.length;
 174 while (++pt0 < pt1 && JU.PT.isWhitespace (str.charAt (pt0))) {
 175 }
 176 while (--pt1 > pt0 && JU.PT.isWhitespace (str.charAt (pt1))) {
 177 }
 178 return str.substring (pt0, pt1 + 1);
 179 }, "~S");
 180 Clazz.overrideMethod (c$, "toUnicode",
 181 function (data) {
 182 var pt;
 183 try {
 184 while ((pt = data.indexOf ('\\')) >= 0) {
 185 var c = data.charCodeAt (pt + 1);
 186 var ch = (c >= 65 && c <= 90 ? "ABX\u0394E\u03a6\u0393HI_K\u039bMNO\u03a0\u0398P\u03a3TY_\u03a9\u039e\u03a5Z".substring (c - 65, c - 64) : c >= 97 && c <= 122 ? "\u03b1\u03b2\u03c7\u03a4\u03a5\u03c6\u03b3\u03b7\u03b9_\u03ba\u03bb\u03bc\u03bd\u03bf\u03c0\u03b8\u03c1\u03c3\u03c4\u03c5_\u03c9\u03be\u03c5\u03b6".substring (c - 97, c - 96) : "_");
 187 data = data.substring (0, pt) + ch + data.substring (pt + 2);
 188 }
 189 } catch (e) {
 190 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 191 } else {
 192 throw e;
 193 }
 194 }
 195 return data;
 196 }, "~S");
 197 Clazz.overrideMethod (c$, "parseLoopParameters",
 198 function (fields, fieldOf, propertyOf) {
 199 var propertyCount = 0;
 200 if (fields == null) {
 201 this.fields =  new Array (100);
 202 } else {
 203 if (!JU.CifDataParser.htFields.containsKey (fields[0])) for (var i = fields.length; --i >= 0; ) JU.CifDataParser.htFields.put (fields[i], Integer.$valueOf (i));
 204
 205 for (var i = fields.length; --i >= 0; ) fieldOf[i] = -1;
 206
 207 propertyCount = fields.length;
 208 }this.fieldCount = 0;
 209 while (true) {
 210 var str = this.peekToken ();
 211 if (str == null) {
 212 this.fieldCount = 0;
 213 break;
 214 }if (str.charAt (0) != '_') break;
 215 var pt = this.fieldCount++;
 216 str = this.fixKey (this.getTokenPeeked ());
 217 if (fields == null) {
 218 this.fields[propertyOf[pt] = fieldOf[pt] = pt] = str;
 219 continue;
 220 }var iField = JU.CifDataParser.htFields.get (str);
 221 var i = (iField == null ? -1 : iField.intValue ());
 222 if ((propertyOf[pt] = i) != -1) fieldOf[i] = pt;
 223 }
 224 if (this.fieldCount > 0) this.loopData =  new Array (this.fieldCount);
 225 return propertyCount;
 226 }, "~A,~A,~A");
 227 Clazz.overrideMethod (c$, "fixKey",
 228 function (key) {
 229 return (JU.PT.rep (key.startsWith ("_magnetic") ? key.substring (9) : key.startsWith ("_jana") ? key.substring (5) : key, ".", "_").toLowerCase ());
 230 }, "~S");
 231 Clazz.defineMethod (c$, "setString",
 232  function (str) {
 233 this.str = this.line = str;
 234 this.cch = (str == null ? 0 : str.length);
 235 this.ich = 0;
 236 }, "~S");
 237 Clazz.defineMethod (c$, "setStringNextLine",
 238  function () {
 239 this.setString (this.readLine ());
 240 if (this.line == null || this.line.length == 0) return this.line;
 241 if (this.line.charAt (0) != ';') {
 242 if (this.str.startsWith ("###non-st#")) this.ich = 10;
 243 return this.line;
 244 }this.ich = 1;
 245 var str = '\1' + this.line.substring (1) + '\n';
 246 while (this.readLine () != null) {
 247 if (this.line.startsWith (";")) {
 248 str = str.substring (0, str.length - 1) + '\1' + this.line.substring (1);
 249 break;
 250 }str += this.line + '\n';
 251 }
 252 this.setString (str);
 253 return str;
 254 });
 255 Clazz.defineMethod (c$, "strHasMoreTokens",
 256  function () {
 257 if (this.str == null) return false;
 258 var ch = '#';
 259 while (this.ich < this.cch && ((ch = this.str.charAt (this.ich)) == ' ' || ch == '\t')) ++this.ich;
 260
 261 return (this.ich < this.cch && ch != '#');
 262 });
 263 Clazz.defineMethod (c$, "nextStrToken",
 264  function () {
 265 if (this.ich == this.cch) return null;
 266 var ichStart = this.ich;
 267 var ch = this.str.charAt (ichStart);
 268 if (ch != '\'' && ch != '"' && ch != '\1') {
 269 this.wasUnQuoted = true;
 270 while (this.ich < this.cch && (ch = this.str.charAt (this.ich)) != ' ' && ch != '\t') ++this.ich;
 271
 272 if (this.ich == ichStart + 1) if (this.nullString != null && (this.str.charAt (ichStart) == '.' || this.str.charAt (ichStart) == '?')) return this.nullString;
 273 var s = this.str.substring (ichStart, this.ich);
 274 return s;
 275 }this.wasUnQuoted = false;
 276 var chOpeningQuote = ch;
 277 var previousCharacterWasQuote = false;
 278 while (++this.ich < this.cch) {
 279 ch = this.str.charAt (this.ich);
 280 if (previousCharacterWasQuote && (ch == ' ' || ch == '\t')) break;
 281 previousCharacterWasQuote = (ch == chOpeningQuote);
 282 }
 283 if (this.ich == this.cch) {
 284 if (previousCharacterWasQuote) return this.str.substring (ichStart + 1, this.ich - 1);
 285 return this.str.substring (ichStart, this.ich);
 286 }++this.ich;
 287 return this.str.substring (ichStart + 1, this.ich - 2);
 288 });
 289 c$.htFields = c$.prototype.htFields =  new java.util.Hashtable ();
 290 Clazz.defineStatics (c$,
 291 "grABC", "ABX\u0394E\u03a6\u0393HI_K\u039bMNO\u03a0\u0398P\u03a3TY_\u03a9\u039e\u03a5Z",
 292 "grabc", "\u03b1\u03b2\u03c7\u03a4\u03a5\u03c6\u03b3\u03b7\u03b9_\u03ba\u03bb\u03bc\u03bd\u03bf\u03c0\u03b8\u03c1\u03c3\u03c4\u03c5_\u03c9\u03be\u03c5\u03b6");
 293 });