site/j2s/MCview/PDBChain.js

   1 Clazz.declarePackage ("MCview");
   2 Clazz.load (["java.util.Vector"], "MCview.PDBChain", ["MCview.Bond", "$.Residue", "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation", "$.Annotation", "$.Sequence", "$.SequenceFeature", "jalview.schemes.ResidueProperties", "java.awt.Color", "java.lang.StringBuilder"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.id = null;
   5 this.bonds = null;
   6 this.atoms = null;
   7 this.residues = null;
   8 this.offset = 0;
   9 this.sequence = null;
  10 this.shadow = null;
  11 this.isNa = false;
  12 this.isVisible = true;
  13 this.pdbstart = 0;
  14 this.pdbend = 0;
  15 this.seqstart = 0;
  16 this.seqend = 0;
  17 this.pdbid = "";
  18 this.newline = null;
  19 this.shadowMap = null;
  20 Clazz.instantialize (this, arguments);
  21 }, MCview, "PDBChain");
  22 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  23 this.bonds =  new java.util.Vector ();
  24 this.atoms =  new java.util.Vector ();
  25 this.residues =  new java.util.Vector ();
  26 this.newline = System.getProperty ("line.separator");
  27 });
  28 Clazz.makeConstructor (c$,
  29 function (pdbid, id) {
  30 this.pdbid = pdbid.toLowerCase ();
  31 this.id = id;
  32 }, "~S,~S");
  33 Clazz.defineMethod (c$, "setNewlineString",
  34 function (nl) {
  35 this.newline = nl;
  36 }, "~S");
  37 Clazz.defineMethod (c$, "getNewlineString",
  38 function () {
  39 return this.newline;
  40 });
  41 Clazz.defineMethod (c$, "print",
  42 function () {
  43 var tmp =  new StringBuilder (256);
  44 for (var b, $b = this.bonds.iterator (); $b.hasNext () && ((b = $b.next ()) || true);) {
  45 tmp.append (b.at1.resName).append (" ").append (b.at1.resNumber).append (" ").append (this.offset).append (this.newline);
  46 }
  47 return tmp.toString ();
  48 });
  49 Clazz.defineMethod (c$, "makeExactMapping",
  50 function (as, s1) {
  51 var pdbpos = as.getSeq2Start () - 2;
  52 var alignpos = s1.getStart () + as.getSeq1Start () - 3;
  53 for (var atom, $atom = this.atoms.iterator (); $atom.hasNext () && ((atom = $atom.next ()) || true);) {
  54 atom.alignmentMapping = -1;
  55 }
  56 for (var i = 0; i < as.astr1.length; i++) {
  57 if (as.astr1.charAt (i) != '-') {
  58 alignpos++;
  59 }if (as.astr2.charAt (i) != '-') {
  60 pdbpos++;
  61 }if (as.astr1.charAt (i) == as.astr2.charAt (i)) {
  62 var res = this.residues.elementAt (pdbpos);
  63 for (var atom, $atom = res.atoms.iterator (); $atom.hasNext () && ((atom = $atom.next ()) || true);) {
  64 atom.alignmentMapping = alignpos;
  65 }
  66 }}
  67 }, "jalview.analysis.AlignSeq,jalview.datamodel.SequenceI");
  68 Clazz.defineMethod (c$, "transferRESNUMFeatures",
  69 function (seq, status) {
  70 var sq = seq;
  71 while (sq != null && sq.getDatasetSequence () != null) {
  72 sq = sq.getDatasetSequence ();
  73 if (sq === this.sequence) {
  74 return null;
  75 }}
  76 if (status == null) {
  77 status = "IEA:jalview";
  78 }var features = this.sequence.getSequenceFeatures ();
  79 for (var i = 0; i < features.length; i++) {
  80 if (features[i].getFeatureGroup ().equals (this.pdbid)) {
  81 var tx =  new jalview.datamodel.SequenceFeature (features[i]);
  82 tx.setBegin (1 + this.residues.elementAt (tx.getBegin () - this.offset).atoms.elementAt (0).alignmentMapping);
  83 tx.setEnd (1 + this.residues.elementAt (tx.getEnd () - this.offset).atoms.elementAt (0).alignmentMapping);
  84 tx.setStatus (status + ((tx.getStatus () == null || tx.getStatus ().length == 0) ? "" : ":" + tx.getStatus ()));
  85 if (tx.begin != 0 && tx.end != 0) {
  86 sq.addSequenceFeature (tx);
  87 }}}
  88 return features;
  89 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~S");
  90 Clazz.defineMethod (c$, "makeCaBondList",
  91 function () {
  92 var na = false;
  93 var numNa = 0;
  94 for (var i = 0; i < (this.residues.size () - 1); i++) {
  95 var tmpres = this.residues.elementAt (i);
  96 var tmpres2 = this.residues.elementAt (i + 1);
  97 var at1 = tmpres.findAtom ("CA");
  98 var at2 = tmpres2.findAtom ("CA");
  99 na = false;
 100 if ((at1 == null) && (at2 == null)) {
 101 na = true;
 102 at1 = tmpres.findAtom ("P");
 103 at2 = tmpres2.findAtom ("P");
 104 }if ((at1 != null) && (at2 != null)) {
 105 if (at1.chain.equals (at2.chain)) {
 106 if (na) {
 107 numNa++;
 108 }this.makeBond (at1, at2);
 109 }} else {
 110 System.out.println ("not found " + i);
 111 }}
 112 if (this.residues.size () > 0 && (Clazz.doubleToInt (numNa / (this.residues.size () - 1)) > 0.99)) {
 113 this.isNa = true;
 114 }});
 115 Clazz.defineMethod (c$, "makeBond",
 116 function (at1, at2) {
 117 this.bonds.addElement ( new MCview.Bond (at1, at2));
 118 }, "MCview.Atom,MCview.Atom");
 119 Clazz.defineMethod (c$, "makeResidueList",
 120 function (visibleChainAnnotation) {
 121 var count = 0;
 122 var symbol;
 123 var deoxyn = false;
 124 var nucleotide = false;
 125 var seq =  new StringBuilder (256);
 126 var resFeatures =  new java.util.Vector ();
 127 var resAnnotation =  new java.util.Vector ();
 128 var i;
 129 var iSize = this.atoms.size () - 1;
 130 var resNumber = -1;
 131 for (i = 0; i <= iSize; i++) {
 132 var tmp = this.atoms.elementAt (i);
 133 resNumber = tmp.resNumber;
 134 var res = resNumber;
 135 if (i == 0) {
 136 this.offset = resNumber;
 137 }var resAtoms =  new java.util.Vector ();
 138 while ((resNumber == res) && (i < this.atoms.size ())) {
 139 resAtoms.add (this.atoms.elementAt (i));
 140 i++;
 141 if (i < this.atoms.size ()) {
 142 resNumber = this.atoms.elementAt (i).resNumber;
 143 } else {
 144 resNumber++;
 145 }}
 146 i--;
 147 this.residues.addElement ( new MCview.Residue (resAtoms, resNumber - 1, count));
 148 var tmpres = this.residues.lastElement ();
 149 var tmpat = tmpres.atoms.get (0);
 150 var sf =  new jalview.datamodel.SequenceFeature ("RESNUM", tmpat.resName + ":" + tmpat.resNumIns + " " + this.pdbid + this.id, "", this.offset + count, this.offset + count, this.pdbid);
 151 resFeatures.addElement (sf);
 152 resAnnotation.addElement ( new jalview.datamodel.Annotation (tmpat.tfactor));
 153 if ((symbol = jalview.schemes.ResidueProperties.getAA3Hash ().get (tmpat.resName)) == null) {
 154 var nucname = tmpat.resName.trim ();
 155 deoxyn = nucname.length == 2 && jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex[nucname.charCodeAt (0)] == jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex['D'.charCodeAt (0)];
 156 if (tmpat.name.equalsIgnoreCase ("CA") || jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotideIndex[nucname.charCodeAt ((deoxyn ? 1 : 0))] == -1) {
 157 seq.append ("X");
 158 } else {
 159 nucleotide = true;
 160 seq.append (nucname.charAt ((deoxyn ? 1 : 0)));
 161 }} else {
 162 if (nucleotide) {
 163 System.err.println ("Warning: mixed nucleotide and amino acid chain.. its gonna do bad things to you!");
 164 }seq.append (jalview.schemes.ResidueProperties.aa[(symbol).intValue ()]);
 165 }count++;
 166 }
 167 if (this.id.length < 1) {
 168 this.id = " ";
 169 }this.isNa = nucleotide;
 170 this.sequence =  new jalview.datamodel.Sequence (this.id, seq.toString (), this.offset, resNumber - 1);
 171 for (i = 0, iSize = resFeatures.size (); i < iSize; i++) {
 172 this.sequence.addSequenceFeature (resFeatures.elementAt (i));
 173 resFeatures.setElementAt (null, i);
 174 }
 175 if (visibleChainAnnotation) {
 176 var annots =  new Array (resAnnotation.size ());
 177 var max = 0;
 178 for (i = 0, iSize = annots.length; i < iSize; i++) {
 179 annots[i] = resAnnotation.elementAt (i);
 180 if (annots[i].value > max) {
 181 max = annots[i].value;
 182 }resAnnotation.setElementAt (null, i);
 183 }
 184 var tfactorann =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation ("Temperature Factor", "Temperature Factor for " + this.pdbid + this.id, annots, 0, max, 2);
 185 tfactorann.setSequenceRef (this.sequence);
 186 this.sequence.addAlignmentAnnotation (tfactorann);
 187 }}, "~B");
 188 Clazz.defineMethod (c$, "setChargeColours",
 189 function () {
 190 for (var b, $b = this.bonds.iterator (); $b.hasNext () && ((b = $b.next ()) || true);) {
 191 if (b.at1 != null && b.at2 != null) {
 192 b.startCol = MCview.PDBChain.getChargeColour (b.at1.resName);
 193 b.endCol = MCview.PDBChain.getChargeColour (b.at2.resName);
 194 } else {
 195 b.startCol = java.awt.Color.gray;
 196 b.endCol = java.awt.Color.gray;
 197 }}
 198 });
 199 c$.getChargeColour = Clazz.defineMethod (c$, "getChargeColour",
 200 function (resName) {
 201 var result = java.awt.Color.lightGray;
 202 if ("ASP".equals (resName) || "GLU".equals (resName)) {
 203 result = java.awt.Color.red;
 204 } else if ("LYS".equals (resName) || "ARG".equals (resName)) {
 205 result = java.awt.Color.blue;
 206 } else if ("CYS".equals (resName)) {
 207 result = java.awt.Color.yellow;
 208 }return result;
 209 }, "~S");
 210 Clazz.defineMethod (c$, "setChainColours",
 211 function (cs) {
 212 var index;
 213 for (var b, $b = this.bonds.iterator (); $b.hasNext () && ((b = $b.next ()) || true);) {
 214 try {
 215 index = jalview.schemes.ResidueProperties.aa3Hash.get (b.at1.resName).intValue ();
 216 b.startCol = cs.findColour (jalview.schemes.ResidueProperties.aa[index].charAt (0));
 217 index = jalview.schemes.ResidueProperties.aa3Hash.get (b.at2.resName).intValue ();
 218 b.endCol = cs.findColour (jalview.schemes.ResidueProperties.aa[index].charAt (0));
 219 } catch (e) {
 220 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 221 b.startCol = java.awt.Color.gray;
 222 b.endCol = java.awt.Color.gray;
 223 } else {
 224 throw e;
 225 }
 226 }
 227 }
 228 }, "jalview.schemes.ColourSchemeI");
 229 Clazz.defineMethod (c$, "setChainColours",
 230 function (col) {
 231 for (var b, $b = this.bonds.iterator (); $b.hasNext () && ((b = $b.next ()) || true);) {
 232 b.startCol = col;
 233 b.endCol = col;
 234 }
 235 }, "java.awt.Color");
 236 Clazz.defineMethod (c$, "transferResidueAnnotation",
 237 function (mapping, sqmpping) {
 238 var sq = mapping.getSequence ();
 239 var dsq = sq;
 240 if (sq != null) {
 241 while (dsq.getDatasetSequence () != null) {
 242 dsq = dsq.getDatasetSequence ();
 243 }
 244 if (this.shadow != null && this.shadow.getAnnotation () != null) {
 245 for (var ana, $ana = 0, $$ana = this.shadow.getAnnotation (); $ana < $$ana.length && ((ana = $$ana[$ana]) || true); $ana++) {
 246 var transfer = sq.getAlignmentAnnotations (ana.getCalcId (), ana.label);
 247 if (transfer == null || transfer.size () == 0) {
 248 ana =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (ana);
 249 ana.liftOver (this.sequence, this.shadowMap);
 250 ana.liftOver (dsq, sqmpping);
 251 dsq.addAlignmentAnnotation (ana);
 252 } else {
 253 continue;
 254 }}
 255 } else {
 256 if (this.sequence != null && this.sequence.getAnnotation () != null) {
 257 for (var ana, $ana = 0, $$ana = this.sequence.getAnnotation (); $ana < $$ana.length && ((ana = $$ana[$ana]) || true); $ana++) {
 258 var transfer = sq.getAlignmentAnnotations (ana.getCalcId (), ana.label);
 259 if (transfer == null || transfer.size () == 0) {
 260 ana =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (ana);
 261 ana.liftOver (dsq, sqmpping);
 262 } else {
 263 continue;
 264 }}
 265 }}if (false) {
 266 var min = -1;
 267 var max = 0;
 268 var an =  new Array (sq.getEnd () - sq.getStart () + 1);
 269 for (var i = sq.getStart (), j = sq.getEnd (), k = 0; i <= j; i++, k++) {
 270 var prn = mapping.getPDBResNum (k + 1);
 271 an[k] =  new jalview.datamodel.Annotation (prn);
 272 if (min == -1) {
 273 min = k;
 274 max = k;
 275 } else {
 276 if (min > k) {
 277 min = k;
 278 } else if (max < k) {
 279 max = k;
 280 }}}
 281 sq.addAlignmentAnnotation ( new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation ("PDB.RESNUM", "PDB Residue Numbering for " + this.pdbid + ":" + this.id, an, min, max, 2));
 282 }}}, "jalview.structure.StructureMapping,jalview.datamodel.Mapping");
 283 Clazz.defineStatics (c$,
 284 "PDBFILEFEATURE", "PDBFile",
 285 "IEASTATUS", "IEA:jalview");
 286 });