site/j2s/MCview/PDBfile.js

   1 Clazz.declarePackage ("MCview");\r
   2 Clazz.load (["jalview.io.AlignFile"], "MCview.PDBfile", ["MCview.Atom", "$.PDBChain", "jalview.analysis.AlignSeq", "jalview.datamodel.Alignment", "$.AlignmentI", "$.PDBEntry", "jalview.io.FileParse", "jalview.util.MessageManager", "java.awt.Color", "java.io.IOException", "java.util.ArrayList", "$.Hashtable", "$.Vector"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.chains = null;\r
   5 this.id = null;\r
   6 this.visibleChainAnnotation = false;\r
   7 this.$predictSecondaryStructure = true;\r
   8 this.externalSecondaryStructure = false;\r
   9 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  10 }, MCview, "PDBfile", jalview.io.AlignFile);\r
  11 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  12 function (addAlignmentAnnotations, predictSecondaryStructure, externalSecStr) {\r
  13 Clazz.superConstructor (this, MCview.PDBfile);\r
  14 this.visibleChainAnnotation = addAlignmentAnnotations;\r
  15 this.$predictSecondaryStructure = predictSecondaryStructure;\r
  16 this.externalSecondaryStructure = externalSecStr;\r
  17 }, "~B,~B,~B");\r
  18 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  19 function (addAlignmentAnnotations, predictSecondaryStructure, externalSecStr, file, protocol) {\r
  20 Clazz.superConstructor (this, MCview.PDBfile, [false, file, protocol]);\r
  21 this.visibleChainAnnotation = addAlignmentAnnotations;\r
  22 this.$predictSecondaryStructure = predictSecondaryStructure;\r
  23 this.externalSecondaryStructure = externalSecStr;\r
  24 this.doParse ();\r
  25 }, "~B,~B,~B,~S,~S");\r
  26 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  27 function (addAlignmentAnnotations, predictSecondaryStructure, externalSecStr, source) {\r
  28 Clazz.superConstructor (this, MCview.PDBfile, [false, source]);\r
  29 this.visibleChainAnnotation = addAlignmentAnnotations;\r
  30 this.$predictSecondaryStructure = predictSecondaryStructure;\r
  31 this.externalSecondaryStructure = externalSecStr;\r
  32 this.doParse ();\r
  33 }, "~B,~B,~B,jalview.io.FileParse");\r
  34 Clazz.overrideMethod (c$, "print", \r
  35 function () {\r
  36 return null;\r
  37 });\r
  38 Clazz.overrideMethod (c$, "parse", \r
  39 function () {\r
  40 this.id = this.safeName (this.getDataName ());\r
  41 this.chains =  new java.util.Vector ();\r
  42 var rna =  new java.util.ArrayList ();\r
  43 var prot =  new java.util.ArrayList ();\r
  44 var tmpchain;\r
  45 var line = null;\r
  46 var modelFlag = false;\r
  47 var terFlag = false;\r
  48 var lastID = "";\r
  49 var indexx = 0;\r
  50 var atomnam = null;\r
  51 try {\r
  52 while ((line = this.nextLine ()) != null) {\r
  53 if (line.indexOf ("HEADER") == 0) {\r
  54 if (line.length > 62) {\r
  55 var tid;\r
  56 if (line.length > 67) {\r
  57 tid = line.substring (62, 67).trim ();\r
  58 } else {\r
  59 tid = line.substring (62).trim ();\r
  60 }if (tid.length > 0) {\r
  61 this.id = tid;\r
  62 }continue;\r
  63 }}if (line.indexOf ("SEQRES") == 0) {\r
  64 }if (line.indexOf ("MODEL") == 0) {\r
  65 modelFlag = true;\r
  66 }if (line.indexOf ("TER") == 0) {\r
  67 terFlag = true;\r
  68 }if (modelFlag && line.indexOf ("ENDMDL") == 0) {\r
  69 break;\r
  70 }if (line.indexOf ("ATOM") == 0 || (line.indexOf ("HETATM") == 0 && !terFlag)) {\r
  71 terFlag = false;\r
  72 atomnam = line.substring (12, 15).trim ();\r
  73 if (!atomnam.equals ("CA") && !atomnam.equals ("P")) {\r
  74 continue;\r
  75 }var tmpatom =  new MCview.Atom (line);\r
  76 tmpchain = this.findChain (tmpatom.chain);\r
  77 if (tmpchain != null) {\r
  78 if (tmpatom.resNumIns.trim ().equals (lastID)) {\r
  79 continue;\r
  80 }tmpchain.atoms.addElement (tmpatom);\r
  81 } else {\r
  82 tmpchain =  new MCview.PDBChain (this.id, tmpatom.chain);\r
  83 this.chains.addElement (tmpchain);\r
  84 tmpchain.atoms.addElement (tmpatom);\r
  85 }lastID = tmpatom.resNumIns.trim ();\r
  86 }this.index++;\r
  87 }\r
  88 this.makeResidueList ();\r
  89 this.makeCaBondList ();\r
  90 if (this.id == null) {\r
  91 this.id = this.inFile.getName ();\r
  92 }for (var chain, $chain = this.chains.iterator (); $chain.hasNext () && ((chain = $chain.next ()) || true);) {\r
  93 var chainseq = this.postProcessChain (chain);\r
  94 if (MCview.PDBfile.isRNA (chainseq)) {\r
  95 rna.add (chainseq);\r
  96 } else {\r
  97 prot.add (chainseq);\r
  98 }}\r
  99 if (this.$predictSecondaryStructure) {\r
 100 this.predictSecondaryStructure (rna, prot);\r
 101 }} catch (e$$) {\r
 102 if (Clazz.exceptionOf (e$$, OutOfMemoryError)) {\r
 103 var er = e$$;\r
 104 {\r
 105 System.out.println ("OUT OF MEMORY LOADING PDB FILE");\r
 106 throw  new java.io.IOException (jalview.util.MessageManager.getString ("exception.outofmemory_loading_pdb_file"));\r
 107 }\r
 108 } else if (Clazz.exceptionOf (e$$, NumberFormatException)) {\r
 109 var ex = e$$;\r
 110 {\r
 111 if (line != null) {\r
 112 System.err.println ("Couldn't read number from line:");\r
 113 System.err.println (line);\r
 114 }}\r
 115 } else {\r
 116 throw e$$;\r
 117 }\r
 118 }\r
 119 this.markCalcIds ();\r
 120 });\r
 121 Clazz.defineMethod (c$, "predictSecondaryStructure", \r
 122 function (rnaSequences, proteinSequences) {\r
 123 if (this.externalSecondaryStructure && rnaSequences.size () > 0) {\r
 124 try {\r
 125 this.processPdbFileWithAnnotate3d (rnaSequences);\r
 126 } catch (x) {\r
 127 if (Clazz.exceptionOf (x, Exception)) {\r
 128 System.err.println ("Exceptions when dealing with RNA in pdb file");\r
 129 x.printStackTrace ();\r
 130 } else {\r
 131 throw x;\r
 132 }\r
 133 }\r
 134 }if (proteinSequences.size () > 0) {\r
 135 try {\r
 136 this.processPdbFileWithJmol (proteinSequences);\r
 137 } catch (x) {\r
 138 if (Clazz.exceptionOf (x, Exception)) {\r
 139 System.err.println ("Exceptions from Jmol when processing data in pdb file");\r
 140 x.printStackTrace ();\r
 141 } else {\r
 142 throw x;\r
 143 }\r
 144 }\r
 145 }}, "java.util.List,java.util.List");\r
 146 Clazz.defineMethod (c$, "postProcessChain", \r
 147 function (chain) {\r
 148 var dataset = chain.sequence;\r
 149 dataset.setName (this.id + "|" + dataset.getName ());\r
 150 var entry =  new jalview.datamodel.PDBEntry ();\r
 151 entry.setId (this.id);\r
 152 entry.setType (jalview.datamodel.PDBEntry.Type.PDB);\r
 153 entry.setProperty ( new java.util.Hashtable ());\r
 154 if (chain.id != null) {\r
 155 entry.setChainCode (String.valueOf (chain.id));\r
 156 }if (this.inFile != null) {\r
 157 entry.setFile (this.inFile.getAbsolutePath ());\r
 158 } else {\r
 159 entry.setFile (this.getDataName ());\r
 160 }dataset.addPDBId (entry);\r
 161 var chainseq = dataset.deriveSequence ();\r
 162 this.seqs.addElement (chainseq);\r
 163 var chainannot = chainseq.getAnnotation ();\r
 164 if (chainannot != null && this.visibleChainAnnotation) {\r
 165 for (var ai = 0; ai < chainannot.length; ai++) {\r
 166 chainannot[ai].visible = this.visibleChainAnnotation;\r
 167 this.annotations.addElement (chainannot[ai]);\r
 168 }\r
 169 }return chainseq;\r
 170 }, "MCview.PDBChain");\r
 171 c$.isCalcIdHandled = Clazz.defineMethod (c$, "isCalcIdHandled", \r
 172 function (calcId) {\r
 173 return calcId != null && (MCview.PDBfile.CALC_ID_PREFIX.equals (calcId));\r
 174 }, "~S");\r
 175 c$.isCalcIdForFile = Clazz.defineMethod (c$, "isCalcIdForFile", \r
 176 function (alan, pdbFile) {\r
 177 return alan.getCalcId () != null && MCview.PDBfile.CALC_ID_PREFIX.equals (alan.getCalcId ()) && pdbFile.equals (alan.getProperty ("PDBID"));\r
 178 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,~S");\r
 179 c$.relocateCalcId = Clazz.defineMethod (c$, "relocateCalcId", \r
 180 function (calcId, alreadyLoadedPDB) {\r
 181 var s = MCview.PDBfile.CALC_ID_PREFIX.length;\r
 182 var end = calcId.indexOf (MCview.PDBfile.CALC_ID_PREFIX, s);\r
 183 var between = calcId.substring (s, end - 1);\r
 184 return MCview.PDBfile.CALC_ID_PREFIX + alreadyLoadedPDB.get (between) + ":" + calcId.substring (end);\r
 185 }, "~S,java.util.Hashtable");\r
 186 Clazz.defineMethod (c$, "markCalcIds", \r
 187  function () {\r
 188 for (var sq, $sq = this.seqs.iterator (); $sq.hasNext () && ((sq = $sq.next ()) || true);) {\r
 189 if (sq.getAnnotation () != null) {\r
 190 for (var aa, $aa = 0, $$aa = sq.getAnnotation (); $aa < $$aa.length && ((aa = $$aa[$aa]) || true); $aa++) {\r
 191 var oldId = aa.getCalcId ();\r
 192 if (oldId == null) {\r
 193 oldId = "";\r
 194 }aa.setCalcId (MCview.PDBfile.CALC_ID_PREFIX);\r
 195 aa.setProperty ("PDBID", this.id);\r
 196 aa.setProperty ("oldCalcId", oldId);\r
 197 }\r
 198 }}\r
 199 });\r
 200 Clazz.defineMethod (c$, "processPdbFileWithJmol", \r
 201  function (prot) {\r
 202 try {\r
 203 var cl = Clazz._4Name ("jalview.ext.jmol.PDBFileWithJmol");\r
 204 if (cl != null) {\r
 205 var constructor = cl.getConstructor ( Clazz.newArray (-1, [jalview.io.FileParse]));\r
 206 var args =  Clazz.newArray (-1, [ new jalview.io.FileParse (this.getDataName (), this.type)]);\r
 207 var jmf = constructor.newInstance (args);\r
 208 var al =  new jalview.datamodel.Alignment (cl.getMethod ("getSeqsAsArray",  Clazz.newArray (-1, [])).invoke (jmf, []));\r
 209 cl.getMethod ("addAnnotations",  Clazz.newArray (-1, [jalview.datamodel.AlignmentI])).invoke (jmf, [al]);\r
 210 for (var sq, $sq = al.getSequences ().iterator (); $sq.hasNext () && ((sq = $sq.next ()) || true);) {\r
 211 if (sq.getDatasetSequence () != null) {\r
 212 sq.getDatasetSequence ().getPDBId ().clear ();\r
 213 } else {\r
 214 sq.getPDBId ().clear ();\r
 215 }}\r
 216 this.replaceAndUpdateChains (prot, al, "pep", false);\r
 217 }} catch (q) {\r
 218 if (Clazz.exceptionOf (q, ClassNotFoundException)) {\r
 219 } else {\r
 220 throw q;\r
 221 }\r
 222 }\r
 223 }, "java.util.List");\r
 224 Clazz.defineMethod (c$, "replaceAndUpdateChains", \r
 225  function (prot, al, pep, b) {\r
 226 var replaced = jalview.analysis.AlignSeq.replaceMatchingSeqsWith (this.seqs, this.annotations, prot, al, pep, false);\r
 227 for (var ch, $ch = this.chains.iterator (); $ch.hasNext () && ((ch = $ch.next ()) || true);) {\r
 228 var p = 0;\r
 229 for (var sq, $sq = replaced.get (0).iterator (); $sq.hasNext () && ((sq = $sq.next ()) || true);) {\r
 230 p++;\r
 231 if (sq === ch.sequence || sq.getDatasetSequence () === ch.sequence) {\r
 232 p = -p;\r
 233 break;\r
 234 }}\r
 235 if (p < 0) {\r
 236 p = -p - 1;\r
 237 ch.shadow = replaced.get (1).get (p);\r
 238 ch.shadowMap = (replaced.get (2).get (p)).getMappingFromS1 (false);\r
 239 }}\r
 240 }, "java.util.List,jalview.datamodel.AlignmentI,~S,~B");\r
 241 Clazz.defineMethod (c$, "processPdbFileWithAnnotate3d", \r
 242  function (rna) {\r
 243 try {\r
 244 var cl = Clazz._4Name ("jalview.ws.jws1.Annotate3D");\r
 245 if (cl != null) {\r
 246 var annotate3d = cl.getConstructor ( Clazz.newArray (-1, [])).newInstance ( Clazz.newArray (-1, []));\r
 247 var al = (cl.getMethod ("getRNAMLFor",  Clazz.newArray (-1, [jalview.io.FileParse])).invoke (annotate3d,  Clazz.newArray (-1, [ new jalview.io.FileParse (this.getDataName (), this.type)])));\r
 248 for (var sq, $sq = al.getSequences ().iterator (); $sq.hasNext () && ((sq = $sq.next ()) || true);) {\r
 249 if (sq.getDatasetSequence () != null) {\r
 250 if (sq.getDatasetSequence ().getPDBId () != null) {\r
 251 sq.getDatasetSequence ().getPDBId ().clear ();\r
 252 }} else {\r
 253 if (sq.getPDBId () != null) {\r
 254 sq.getPDBId ().clear ();\r
 255 }}}\r
 256 this.replaceAndUpdateChains (rna, al, "dna", false);\r
 257 }} catch (x) {\r
 258 if (Clazz.exceptionOf (x, ClassNotFoundException)) {\r
 259 } else {\r
 260 throw x;\r
 261 }\r
 262 }\r
 263 ;}, "java.util.List");\r
 264 Clazz.defineMethod (c$, "safeName", \r
 265  function (dataName) {\r
 266 var p = 0;\r
 267 while ((p = dataName.indexOf ("/")) > -1 && p < dataName.length) {\r
 268 dataName = dataName.substring (p + 1);\r
 269 }\r
 270 return dataName;\r
 271 }, "~S");\r
 272 Clazz.defineMethod (c$, "makeResidueList", \r
 273 function () {\r
 274 for (var i = 0; i < this.chains.size (); i++) {\r
 275 this.chains.elementAt (i).makeResidueList (this.visibleChainAnnotation);\r
 276 }\r
 277 });\r
 278 Clazz.defineMethod (c$, "makeCaBondList", \r
 279 function () {\r
 280 for (var i = 0; i < this.chains.size (); i++) {\r
 281 this.chains.elementAt (i).makeCaBondList ();\r
 282 }\r
 283 });\r
 284 Clazz.defineMethod (c$, "findChain", \r
 285 function (id) {\r
 286 for (var i = 0; i < this.chains.size (); i++) {\r
 287 if (this.chains.elementAt (i).id.equals (id)) {\r
 288 return this.chains.elementAt (i);\r
 289 }}\r
 290 return null;\r
 291 }, "~S");\r
 292 Clazz.defineMethod (c$, "setChargeColours", \r
 293 function () {\r
 294 for (var i = 0; i < this.chains.size (); i++) {\r
 295 this.chains.elementAt (i).setChargeColours ();\r
 296 }\r
 297 });\r
 298 Clazz.defineMethod (c$, "setColours", \r
 299 function (cs) {\r
 300 for (var i = 0; i < this.chains.size (); i++) {\r
 301 this.chains.elementAt (i).setChainColours (cs);\r
 302 }\r
 303 }, "jalview.schemes.ColourSchemeI");\r
 304 Clazz.defineMethod (c$, "setChainColours", \r
 305 function () {\r
 306 for (var i = 0; i < this.chains.size (); i++) {\r
 307 this.chains.elementAt (i).setChainColours (java.awt.Color.getHSBColor (1.0 / i, .4, 1.0));\r
 308 }\r
 309 });\r
 310 c$.isRNA = Clazz.defineMethod (c$, "isRNA", \r
 311 function (seq) {\r
 312 for (var c, $c = 0, $$c = seq.getSequence (); $c < $$c.length && ((c = $$c[$c]) || true); $c++) {\r
 313 if ((c != 'A') && (c != 'C') && (c != 'G') && (c != 'U')) {\r
 314 return false;\r
 315 }}\r
 316 return true;\r
 317 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
 318 Clazz.defineStatics (c$,\r
 319 "CALC_ID_PREFIX", "JalviewPDB");\r
 320 });\r