site/j2s/jalview/analysis/AlignSeq.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");\r
   2 Clazz.load (["jalview.schemes.ResidueProperties", "java.lang.StringBuffer"], "jalview.analysis.AlignSeq", ["jalview.datamodel.Mapping", "$.Sequence", "jalview.util.Comparison", "$.Format", "$.MapList", "$.MessageManager", "java.awt.Color", "java.lang.Error", "$.StringBuilder", "java.util.ArrayList", "$.Arrays", "$.StringTokenizer"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.score = null;\r
   5 this.E = null;\r
   6 this.F = null;\r
   7 this.traceback = null;\r
   8 this.seq1 = null;\r
   9 this.seq2 = null;\r
  10 this.s1 = null;\r
  11 this.s2 = null;\r
  12 this.s1str = null;\r
  13 this.s2str = null;\r
  14 this.maxi = 0;\r
  15 this.maxj = 0;\r
  16 this.aseq1 = null;\r
  17 this.aseq2 = null;\r
  18 this.astr1 = "";\r
  19 this.astr2 = "";\r
  20 this.seq1start = 0;\r
  21 this.seq1end = 0;\r
  22 this.seq2start = 0;\r
  23 this.seq2end = 0;\r
  24 this.count = 0;\r
  25 this.maxscore = 0;\r
  26 this.pid = 0;\r
  27 this.prev = 0;\r
  28 this.gapOpen = 120;\r
  29 this.gapExtend = 20;\r
  30 this.lookup = null;\r
  31 this.intToStr = null;\r
  32 this.defInt = 23;\r
  33 this.output = null;\r
  34 this.type = null;\r
  35 this.charToInt = null;\r
  36 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  37 }, jalview.analysis, "AlignSeq");\r
  38 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  39 this.lookup = jalview.schemes.ResidueProperties.getBLOSUM62 ();\r
  40 this.intToStr = jalview.analysis.AlignSeq.pep;\r
  41 this.output =  new StringBuffer ();\r
  42 });\r
  43 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  44 function (s1, s2, type) {\r
  45 this.SeqInit (s1, s1.getSequenceAsString (), s2, s2.getSequenceAsString (), type);\r
  46 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceI,~S");\r
  47 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  48 function (s1, string1, s2, string2, type) {\r
  49 this.SeqInit (s1, string1.toUpperCase (), s2, string2.toUpperCase (), type);\r
  50 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~S,jalview.datamodel.SequenceI,~S,~S");\r
  51 Clazz.defineMethod (c$, "getMaxScore", \r
  52 function () {\r
  53 return this.maxscore;\r
  54 });\r
  55 Clazz.defineMethod (c$, "getSeq2Start", \r
  56 function () {\r
  57 return this.seq2start;\r
  58 });\r
  59 Clazz.defineMethod (c$, "getSeq2End", \r
  60 function () {\r
  61 return this.seq2end;\r
  62 });\r
  63 Clazz.defineMethod (c$, "getSeq1Start", \r
  64 function () {\r
  65 return this.seq1start;\r
  66 });\r
  67 Clazz.defineMethod (c$, "getSeq1End", \r
  68 function () {\r
  69 return this.seq1end;\r
  70 });\r
  71 Clazz.defineMethod (c$, "getOutput", \r
  72 function () {\r
  73 return this.output.toString ();\r
  74 });\r
  75 Clazz.defineMethod (c$, "getAStr1", \r
  76 function () {\r
  77 return this.astr1;\r
  78 });\r
  79 Clazz.defineMethod (c$, "getAStr2", \r
  80 function () {\r
  81 return this.astr2;\r
  82 });\r
  83 Clazz.defineMethod (c$, "getASeq1", \r
  84 function () {\r
  85 return this.aseq1;\r
  86 });\r
  87 Clazz.defineMethod (c$, "getASeq2", \r
  88 function () {\r
  89 return this.aseq2;\r
  90 });\r
  91 Clazz.defineMethod (c$, "getS1", \r
  92 function () {\r
  93 return this.s1;\r
  94 });\r
  95 Clazz.defineMethod (c$, "getS2", \r
  96 function () {\r
  97 return this.s2;\r
  98 });\r
  99 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignedSeq1", \r
 100 function () {\r
 101 var alSeq1 =  new jalview.datamodel.Sequence (this.s1.getName (), this.getAStr1 ());\r
 102 alSeq1.setStart (this.s1.getStart () + this.getSeq1Start () - 1);\r
 103 alSeq1.setEnd (this.s1.getStart () + this.getSeq1End () - 1);\r
 104 alSeq1.setDatasetSequence (this.s1.getDatasetSequence () == null ? this.s1 : this.s1.getDatasetSequence ());\r
 105 return alSeq1;\r
 106 });\r
 107 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignedSeq2", \r
 108 function () {\r
 109 var alSeq2 =  new jalview.datamodel.Sequence (this.s2.getName (), this.getAStr2 ());\r
 110 alSeq2.setStart (this.s2.getStart () + this.getSeq2Start () - 1);\r
 111 alSeq2.setEnd (this.s2.getStart () + this.getSeq2End () - 1);\r
 112 alSeq2.setDatasetSequence (this.s2.getDatasetSequence () == null ? this.s2 : this.s2.getDatasetSequence ());\r
 113 return alSeq2;\r
 114 });\r
 115 Clazz.defineMethod (c$, "SeqInit", \r
 116 function (s1, string1, s2, string2, type) {\r
 117 this.s1 = s1;\r
 118 this.s2 = s2;\r
 119 this.setDefaultParams (type);\r
 120 this.SeqInit (string1, string2);\r
 121 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~S,jalview.datamodel.SequenceI,~S,~S");\r
 122 Clazz.defineMethod (c$, "SeqInit", \r
 123 function (s1, string1, s2, string2, scoreMatrix) {\r
 124 this.s1 = s1;\r
 125 this.s2 = s2;\r
 126 this.setType (scoreMatrix.isDNA () ? "dna" : "pep");\r
 127 this.lookup = scoreMatrix.getMatrix ();\r
 128 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~S,jalview.datamodel.SequenceI,~S,jalview.schemes.ScoreMatrix");\r
 129 Clazz.defineMethod (c$, "SeqInit", \r
 130  function (string1, string2) {\r
 131 this.s1str = jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps (jalview.util.Comparison.GapChars, string1);\r
 132 this.s2str = jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps (jalview.util.Comparison.GapChars, string2);\r
 133 if (this.s1str.length == 0 || this.s2str.length == 0) {\r
 134 this.output.append ("ALL GAPS: " + (this.s1str.length == 0 ? this.s1.getName () : " ") + (this.s2str.length == 0 ? this.s2.getName () : ""));\r
 135 return;\r
 136 }this.seq1 =  Clazz.newIntArray (this.s1str.length, 0);\r
 137 this.seq2 =  Clazz.newIntArray (this.s2str.length, 0);\r
 138 this.score =  Clazz.newIntArray (this.s1str.length, this.s2str.length, 0);\r
 139 this.E =  Clazz.newIntArray (this.s1str.length, this.s2str.length, 0);\r
 140 this.F =  Clazz.newIntArray (this.s1str.length, this.s2str.length, 0);\r
 141 this.traceback =  Clazz.newIntArray (this.s1str.length, this.s2str.length, 0);\r
 142 this.seq1 = this.stringToInt (this.s1str, this.type);\r
 143 this.seq2 = this.stringToInt (this.s2str, this.type);\r
 144 }, "~S,~S");\r
 145 Clazz.defineMethod (c$, "setDefaultParams", \r
 146  function (type) {\r
 147 this.setType (type);\r
 148 if (type.equals ("pep")) {\r
 149 this.lookup = jalview.schemes.ResidueProperties.getDefaultPeptideMatrix ();\r
 150 } else if (type.equals ("dna")) {\r
 151 this.lookup = jalview.schemes.ResidueProperties.getDefaultDnaMatrix ();\r
 152 }}, "~S");\r
 153 Clazz.defineMethod (c$, "setType", \r
 154  function (type2) {\r
 155 this.type = type2;\r
 156 if (this.type.equals ("pep")) {\r
 157 this.intToStr = jalview.analysis.AlignSeq.pep;\r
 158 this.charToInt = jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex;\r
 159 this.defInt = 23;\r
 160 } else if (this.type.equals ("dna")) {\r
 161 this.intToStr = jalview.analysis.AlignSeq.dna;\r
 162 this.charToInt = jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotideIndex;\r
 163 this.defInt = 10;\r
 164 } else {\r
 165 this.output.append ("Wrong type = dna or pep only");\r
 166 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("error.unknown_type_dna_or_pep",  Clazz.newArray (-1, [type2])));\r
 167 }}, "~S");\r
 168 Clazz.defineMethod (c$, "traceAlignment", \r
 169 function () {\r
 170 var max = -9999;\r
 171 for (var i = 0; i < this.seq1.length; i++) {\r
 172 if (this.score[i][this.seq2.length - 1] > max) {\r
 173 max = this.score[i][this.seq2.length - 1];\r
 174 this.maxi = i;\r
 175 this.maxj = this.seq2.length - 1;\r
 176 }}\r
 177 for (var j = 0; j < this.seq2.length; j++) {\r
 178 if (this.score[this.seq1.length - 1][j] > max) {\r
 179 max = this.score[this.seq1.length - 1][j];\r
 180 this.maxi = this.seq1.length - 1;\r
 181 this.maxj = j;\r
 182 }}\r
 183 var i = this.maxi;\r
 184 var j = this.maxj;\r
 185 var trace;\r
 186 this.maxscore = Clazz.doubleToInt (this.score[i][j] / 10);\r
 187 this.seq1end = this.maxi + 1;\r
 188 this.seq2end = this.maxj + 1;\r
 189 this.aseq1 =  Clazz.newIntArray (this.seq1.length + this.seq2.length, 0);\r
 190 this.aseq2 =  Clazz.newIntArray (this.seq1.length + this.seq2.length, 0);\r
 191 this.count = (this.seq1.length + this.seq2.length) - 1;\r
 192 while ((i > 0) && (j > 0)) {\r
 193 if ((this.aseq1[this.count] != this.defInt) && (i >= 0)) {\r
 194 this.aseq1[this.count] = this.seq1[i];\r
 195 this.astr1 = this.s1str.charAt (i) + this.astr1;\r
 196 }if ((this.aseq2[this.count] != this.defInt) && (j > 0)) {\r
 197 this.aseq2[this.count] = this.seq2[j];\r
 198 this.astr2 = this.s2str.charAt (j) + this.astr2;\r
 199 }trace = this.findTrace (i, j);\r
 200 if (trace == 0) {\r
 201 i--;\r
 202 j--;\r
 203 } else if (trace == 1) {\r
 204 j--;\r
 205 this.aseq1[this.count] = this.defInt;\r
 206 this.astr1 = "-" + this.astr1.substring (1);\r
 207 } else if (trace == -1) {\r
 208 i--;\r
 209 this.aseq2[this.count] = this.defInt;\r
 210 this.astr2 = "-" + this.astr2.substring (1);\r
 211 }this.count--;\r
 212 }\r
 213 this.seq1start = i + 1;\r
 214 this.seq2start = j + 1;\r
 215 if (this.aseq1[this.count] != this.defInt) {\r
 216 this.aseq1[this.count] = this.seq1[i];\r
 217 this.astr1 = this.s1str.charAt (i) + this.astr1;\r
 218 }if (this.aseq2[this.count] != this.defInt) {\r
 219 this.aseq2[this.count] = this.seq2[j];\r
 220 this.astr2 = this.s2str.charAt (j) + this.astr2;\r
 221 }});\r
 222 Clazz.defineMethod (c$, "printAlignment", \r
 223 function (os) {\r
 224 var s1id = this.s1.getName ();\r
 225 var s2id = this.s2.getName ();\r
 226 var maxid = this.s1.getName ().length;\r
 227 if (this.s2.getName ().length > maxid) {\r
 228 maxid = this.s2.getName ().length;\r
 229 }if (maxid > 30) {\r
 230 maxid = 30;\r
 231 if (this.s1.getName ().length > maxid) {\r
 232 s1id = this.s1.getName ().substring (0, 30);\r
 233 }if (this.s2.getName ().length > maxid) {\r
 234 s2id = this.s2.getName ().substring (0, 30);\r
 235 }}var len = 72 - maxid - 1;\r
 236 var nochunks = (Clazz.doubleToInt ((this.aseq1.length - this.count) / len)) + 1;\r
 237 this.pid = 0;\r
 238 this.output.append ("Score = ").append ("" + this.score[this.maxi][this.maxj]).append (jalview.analysis.AlignSeq.NEWLINE);\r
 239 this.output.append ("Length of alignment = ").append (String.valueOf (this.aseq1.length - this.count)).append (jalview.analysis.AlignSeq.NEWLINE);\r
 240 this.output.append ("Sequence ");\r
 241 this.output.append ( new jalview.util.Format ("%" + maxid + "s").form (this.s1.getName ()));\r
 242 this.output.append (" :  ").append (String.valueOf (this.s1.getStart ())).append (" - ").append (String.valueOf (this.s1.getEnd ()));\r
 243 this.output.append (" (Sequence length = ").append (String.valueOf (this.s1str.length)).append (")").append (jalview.analysis.AlignSeq.NEWLINE);\r
 244 this.output.append ("Sequence ");\r
 245 this.output.append ( new jalview.util.Format ("%" + maxid + "s").form (this.s2.getName ()));\r
 246 this.output.append (" :  ").append (String.valueOf (this.s2.getStart ())).append (" - ").append (String.valueOf (this.s2.getEnd ()));\r
 247 this.output.append (" (Sequence length = ").append (String.valueOf (this.s2str.length)).append (")").append (jalview.analysis.AlignSeq.NEWLINE).append (jalview.analysis.AlignSeq.NEWLINE);\r
 248 for (var j = 0; j < nochunks; j++) {\r
 249 this.output.append ( new jalview.util.Format ("%" + (maxid) + "s").form (s1id)).append (" ");\r
 250 for (var i = 0; i < len; i++) {\r
 251 if ((i + (j * len)) < this.astr1.length) {\r
 252 this.output.append (this.astr1.charAt (i + (j * len)));\r
 253 }}\r
 254 this.output.append (jalview.analysis.AlignSeq.NEWLINE);\r
 255 this.output.append ( new jalview.util.Format ("%" + (maxid) + "s").form (" ")).append (" ");\r
 256 for (var i = 0; i < len; i++) {\r
 257 if ((i + (j * len)) < this.astr1.length) {\r
 258 if (this.astr1.charAt (i + (j * len)) == this.astr2.charAt (i + (j * len)) && !jalview.util.Comparison.isGap (this.astr1.charAt (i + (j * len)))) {\r
 259 this.pid++;\r
 260 this.output.append ("|");\r
 261 } else if (this.type.equals ("pep")) {\r
 262 if (jalview.schemes.ResidueProperties.getPAM250 (this.astr1.charAt (i + (j * len)), this.astr2.charAt (i + (j * len))) > 0) {\r
 263 this.output.append (".");\r
 264 } else {\r
 265 this.output.append (" ");\r
 266 }} else {\r
 267 this.output.append (" ");\r
 268 }}}\r
 269 this.output = this.output.append (jalview.analysis.AlignSeq.NEWLINE);\r
 270 this.output = this.output.append ( new jalview.util.Format ("%" + (maxid) + "s").form (s2id)).append (" ");\r
 271 for (var i = 0; i < len; i++) {\r
 272 if ((i + (j * len)) < this.astr2.length) {\r
 273 this.output.append (this.astr2.charAt (i + (j * len)));\r
 274 }}\r
 275 this.output.append (jalview.analysis.AlignSeq.NEWLINE).append (jalview.analysis.AlignSeq.NEWLINE);\r
 276 }\r
 277 this.pid = this.pid / (this.aseq1.length - this.count) * 100;\r
 278 this.output = this.output.append ( new jalview.util.Format ("Percentage ID = %2.2f\n\n").formDouble (this.pid));\r
 279 try {\r
 280 os.print (this.output.toString ());\r
 281 } catch (ex) {\r
 282 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
 283 } else {\r
 284 throw ex;\r
 285 }\r
 286 }\r
 287 }, "java.io.PrintStream");\r
 288 Clazz.defineMethod (c$, "printScoreMatrix", \r
 289 function (mat) {\r
 290 var n = this.seq1.length;\r
 291 var m = this.seq2.length;\r
 292 for (var i = 0; i < n; i++) {\r
 293 if (i == 0) {\r
 294 jalview.util.Format.print (System.out, "%8s", this.s2str.substring (0, 1));\r
 295 for (var jj = 1; jj < m; jj++) {\r
 296 jalview.util.Format.print (System.out, "%5s", this.s2str.substring (jj, jj + 1));\r
 297 }\r
 298 System.out.println ();\r
 299 }for (var j = 0; j < m; j++) {\r
 300 if (j == 0) {\r
 301 jalview.util.Format.print (System.out, "%3s", this.s1str.substring (i, i + 1));\r
 302 }jalview.util.Format.printLong (System.out, "%3d ", Clazz.doubleToInt (mat[i][j] / 10));\r
 303 }\r
 304 System.out.println ();\r
 305 }\r
 306 }, "~A");\r
 307 Clazz.defineMethod (c$, "findTrace", \r
 308 function (i, j) {\r
 309 var t = 0;\r
 310 var max = this.score[i - 1][j - 1] + (this.lookup[this.seq1[i]][this.seq2[j]] * 10);\r
 311 if (this.F[i][j] > max) {\r
 312 max = this.F[i][j];\r
 313 t = -1;\r
 314 } else if (this.F[i][j] == max) {\r
 315 if (this.prev == -1) {\r
 316 max = this.F[i][j];\r
 317 t = -1;\r
 318 }}if (this.E[i][j] >= max) {\r
 319 max = this.E[i][j];\r
 320 t = 1;\r
 321 } else if (this.E[i][j] == max) {\r
 322 if (this.prev == 1) {\r
 323 max = this.E[i][j];\r
 324 t = 1;\r
 325 }}this.prev = t;\r
 326 return t;\r
 327 }, "~N,~N");\r
 328 Clazz.defineMethod (c$, "calcScoreMatrix", \r
 329 function () {\r
 330 var n = this.seq1.length;\r
 331 var m = this.seq2.length;\r
 332 this.score[0][0] = this.lookup[this.seq1[0]][this.seq2[0]] * 10;\r
 333 this.E[0][0] = -this.gapExtend;\r
 334 this.F[0][0] = 0;\r
 335 for (var j = 1; j < m; j++) {\r
 336 this.E[0][j] = this.max (this.score[0][j - 1] - this.gapOpen, this.E[0][j - 1] - this.gapExtend);\r
 337 this.F[0][j] = -this.gapExtend;\r
 338 this.score[0][j] = this.max (this.lookup[this.seq1[0]][this.seq2[j]] * 10, -this.gapOpen, -this.gapExtend);\r
 339 this.traceback[0][j] = 1;\r
 340 }\r
 341 for (var i = 1; i < n; i++) {\r
 342 this.E[i][0] = -this.gapOpen;\r
 343 this.F[i][0] = this.max (this.score[i - 1][0] - this.gapOpen, this.F[i - 1][0] - this.gapExtend);\r
 344 this.score[i][0] = this.max (this.lookup[this.seq1[i]][this.seq2[0]] * 10, this.E[i][0], this.F[i][0]);\r
 345 this.traceback[i][0] = -1;\r
 346 }\r
 347 for (var i = 1; i < n; i++) {\r
 348 for (var j = 1; j < m; j++) {\r
 349 this.E[i][j] = this.max (this.score[i][j - 1] - this.gapOpen, this.E[i][j - 1] - this.gapExtend);\r
 350 this.F[i][j] = this.max (this.score[i - 1][j] - this.gapOpen, this.F[i - 1][j] - this.gapExtend);\r
 351 this.score[i][j] = this.max (this.score[i - 1][j - 1] + (this.lookup[this.seq1[i]][this.seq2[j]] * 10), this.E[i][j], this.F[i][j]);\r
 352 this.traceback[i][j] = this.findTrace (i, j);\r
 353 }\r
 354 }\r
 355 });\r
 356 c$.extractGaps = Clazz.defineMethod (c$, "extractGaps", \r
 357 function (gapChars, seq) {\r
 358 if (gapChars == null || seq == null) {\r
 359 return null;\r
 360 }var str =  new java.util.StringTokenizer (seq, gapChars);\r
 361 var newString =  new StringBuilder (seq.length);\r
 362 while (str.hasMoreTokens ()) {\r
 363 newString.append (str.nextToken ());\r
 364 }\r
 365 return newString.toString ();\r
 366 }, "~S,~S");\r
 367 Clazz.defineMethod (c$, "max", \r
 368 function (i1, i2, i3) {\r
 369 var max = i1;\r
 370 if (i2 > i1) {\r
 371 max = i2;\r
 372 }if (i3 > max) {\r
 373 max = i3;\r
 374 }return max;\r
 375 }, "~N,~N,~N");\r
 376 Clazz.defineMethod (c$, "max", \r
 377 function (i1, i2) {\r
 378 var max = i1;\r
 379 if (i2 > i1) {\r
 380 max = i2;\r
 381 }return max;\r
 382 }, "~N,~N");\r
 383 Clazz.defineMethod (c$, "stringToInt", \r
 384 function (s, type) {\r
 385 var seq1 =  Clazz.newIntArray (s.length, 0);\r
 386 for (var i = 0; i < s.length; i++) {\r
 387 var c = s.charAt (i);\r
 388 if ('a' <= c && c <= 'z') {\r
 389 c = String.fromCharCode (c.charCodeAt (0) - (32));\r
 390 }try {\r
 391 seq1[i] = this.charToInt[c.charCodeAt (0)];\r
 392 if (seq1[i] < 0 || seq1[i] > this.defInt) {\r
 393 seq1[i] = this.defInt;\r
 394 }} catch (e) {\r
 395 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 396 seq1[i] = this.defInt;\r
 397 } else {\r
 398 throw e;\r
 399 }\r
 400 }\r
 401 }\r
 402 return seq1;\r
 403 }, "~S,~S");\r
 404 c$.displayMatrix = Clazz.defineMethod (c$, "displayMatrix", \r
 405 function (g, mat, n, m, psize) {\r
 406 var max = -1000;\r
 407 var min = 1000;\r
 408 for (var i = 0; i < n; i++) {\r
 409 for (var j = 0; j < m; j++) {\r
 410 if (mat[i][j] >= max) {\r
 411 max = mat[i][j];\r
 412 }if (mat[i][j] <= min) {\r
 413 min = mat[i][j];\r
 414 }}\r
 415 }\r
 416 System.out.println (max + " " + min);\r
 417 for (var i = 0; i < n; i++) {\r
 418 for (var j = 0; j < m; j++) {\r
 419 var x = psize * i;\r
 420 var y = psize * j;\r
 421 var score = (mat[i][j] - min) / (max - min);\r
 422 g.setColor ( new java.awt.Color (score, 0, 0));\r
 423 g.fillRect (x, y, psize, psize);\r
 424 }\r
 425 }\r
 426 }, "java.awt.Graphics,~A,~N,~N,~N");\r
 427 c$.doGlobalNWAlignment = Clazz.defineMethod (c$, "doGlobalNWAlignment", \r
 428 function (s1, s2, type) {\r
 429 var as =  new jalview.analysis.AlignSeq (s1, s2, type);\r
 430 as.calcScoreMatrix ();\r
 431 as.traceAlignment ();\r
 432 return as;\r
 433 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceI,~S");\r
 434 Clazz.defineMethod (c$, "getMappingFromS1", \r
 435 function (allowmismatch) {\r
 436 var as1 =  new java.util.ArrayList ();\r
 437 var as2 =  new java.util.ArrayList ();\r
 438 var pdbpos = this.s2.getStart () + this.getSeq2Start () - 2;\r
 439 var alignpos = this.s1.getStart () + this.getSeq1Start () - 2;\r
 440 var lp2 = pdbpos - 3;\r
 441 var lp1 = alignpos - 3;\r
 442 var lastmatch = false;\r
 443 for (var i = 0; i < this.astr1.length; i++) {\r
 444 var c1 = this.astr1.charAt (i);\r
 445 var c2 = this.astr2.charAt (i);\r
 446 if (c1 != '-') {\r
 447 alignpos++;\r
 448 }if (c2 != '-') {\r
 449 pdbpos++;\r
 450 }if (allowmismatch || c1 == c2) {\r
 451 if (lp1 + 1 != alignpos || lp2 + 1 != pdbpos) {\r
 452 as1.add (Integer.$valueOf (alignpos));\r
 453 as2.add (Integer.$valueOf (pdbpos));\r
 454 }lastmatch = true;\r
 455 lp1 = alignpos;\r
 456 lp2 = pdbpos;\r
 457 } else {\r
 458 if (lastmatch) {\r
 459 as1.add (Integer.$valueOf (lp1));\r
 460 as2.add (Integer.$valueOf (lp2));\r
 461 }lastmatch = false;\r
 462 }}\r
 463 var mapseq1 =  Clazz.newIntArray (as1.size () + (lastmatch ? 1 : 0), 0);\r
 464 var mapseq2 =  Clazz.newIntArray (as2.size () + (lastmatch ? 1 : 0), 0);\r
 465 var i = 0;\r
 466 for (var ip, $ip = as1.iterator (); $ip.hasNext () && ((ip = $ip.next ()) || true);) {\r
 467 mapseq1[i++] = (ip).intValue ();\r
 468 }\r
 469 ;i = 0;\r
 470 for (var ip, $ip = as2.iterator (); $ip.hasNext () && ((ip = $ip.next ()) || true);) {\r
 471 mapseq2[i++] = (ip).intValue ();\r
 472 }\r
 473 ;if (lastmatch) {\r
 474 mapseq1[mapseq1.length - 1] = alignpos;\r
 475 mapseq2[mapseq2.length - 1] = pdbpos;\r
 476 }var map =  new jalview.util.MapList (mapseq1, mapseq2, 1, 1);\r
 477 var mapping =  new jalview.datamodel.Mapping (map);\r
 478 mapping.setTo (this.s2);\r
 479 return mapping;\r
 480 }, "~B");\r
 481 c$.replaceMatchingSeqsWith = Clazz.defineMethod (c$, "replaceMatchingSeqsWith", \r
 482 function (seqs, annotations, ochains, al, dnaOrProtein, removeOldAnnots) {\r
 483 var orig =  new java.util.ArrayList ();\r
 484 var repl =  new java.util.ArrayList ();\r
 485 var aligs =  new java.util.ArrayList ();\r
 486 if (al != null && al.getHeight () > 0) {\r
 487 var matches =  new java.util.ArrayList ();\r
 488 var aligns =  new java.util.ArrayList ();\r
 489 for (var sq, $sq = ochains.iterator (); $sq.hasNext () && ((sq = $sq.next ()) || true);) {\r
 490 var bestm = null;\r
 491 var bestaseq = null;\r
 492 var bestscore = 0;\r
 493 for (var msq, $msq = al.getSequences ().iterator (); $msq.hasNext () && ((msq = $msq.next ()) || true);) {\r
 494 var aseq = jalview.analysis.AlignSeq.doGlobalNWAlignment (msq, sq, dnaOrProtein);\r
 495 if (bestm == null || aseq.getMaxScore () > bestscore) {\r
 496 bestscore = aseq.getMaxScore ();\r
 497 bestaseq = aseq;\r
 498 bestm = msq;\r
 499 }}\r
 500 System.out.println ("Best Score for " + (matches.size () + 1) + " :" + bestscore);\r
 501 matches.add (bestm);\r
 502 aligns.add (bestaseq);\r
 503 al.deleteSequence (bestm);\r
 504 }\r
 505 for (var p = 0, pSize = seqs.size (); p < pSize; p++) {\r
 506 var sq;\r
 507 var sp = seqs.get (p);\r
 508 var q;\r
 509 if ((q = ochains.indexOf (sp)) > -1) {\r
 510 seqs.set (p, sq = matches.get (q));\r
 511 orig.add (sp);\r
 512 repl.add (sq);\r
 513 sq.setName (sp.getName ());\r
 514 sq.setDescription (sp.getDescription ());\r
 515 var sp2sq;\r
 516 sq.transferAnnotation (sp, sp2sq = aligns.get (q).getMappingFromS1 (false));\r
 517 aligs.add (aligns.get (q));\r
 518 var inspos = -1;\r
 519 for (var ap = 0; ap < annotations.size (); ) {\r
 520 if (annotations.get (ap).sequenceRef === sp) {\r
 521 if (inspos == -1) {\r
 522 inspos = ap;\r
 523 }if (removeOldAnnots) {\r
 524 annotations.remove (ap);\r
 525 } else {\r
 526 var alan = annotations.remove (ap);\r
 527 alan.liftOver (sq, sp2sq);\r
 528 alan.setSequenceRef (sq);\r
 529 sq.addAlignmentAnnotation (alan);\r
 530 }} else {\r
 531 ap++;\r
 532 }}\r
 533 if (sq.getAnnotation () != null && sq.getAnnotation ().length > 0) {\r
 534 annotations.addAll (inspos == -1 ? annotations.size () : inspos, java.util.Arrays.asList (sq.getAnnotation ()));\r
 535 }}}\r
 536 }return java.util.Arrays.asList ([orig, repl, aligs]);\r
 537 }, "java.util.List,java.util.List,java.util.List,jalview.datamodel.AlignmentI,~S,~B");\r
 538 c$.computeRedundancyMatrix = Clazz.defineMethod (c$, "computeRedundancyMatrix", \r
 539 function (originalSequences, omitHidden, start, end, ungapped) {\r
 540 var height = originalSequences.length;\r
 541 var redundancy =  Clazz.newFloatArray (height, 0);\r
 542 var lngth =  Clazz.newIntArray (height, 0);\r
 543 for (var i = 0; i < height; i++) {\r
 544 redundancy[i] = 0;\r
 545 lngth[i] = -1;\r
 546 }\r
 547 var pid;\r
 548 var seqi;\r
 549 var seqj;\r
 550 for (var i = 0; i < height; i++) {\r
 551 for (var j = 0; j < i; j++) {\r
 552 if (i == j) {\r
 553 continue;\r
 554 }if (omitHidden == null) {\r
 555 seqi = originalSequences[i].getSequenceAsString (start, end);\r
 556 seqj = originalSequences[j].getSequenceAsString (start, end);\r
 557 } else {\r
 558 seqi = omitHidden[i];\r
 559 seqj = omitHidden[j];\r
 560 }if (lngth[i] == -1) {\r
 561 var ug = jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps (jalview.util.Comparison.GapChars, seqi);\r
 562 lngth[i] = ug.length;\r
 563 if (ungapped) {\r
 564 seqi = ug;\r
 565 }}if (lngth[j] == -1) {\r
 566 var ug = jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps (jalview.util.Comparison.GapChars, seqj);\r
 567 lngth[j] = ug.length;\r
 568 if (ungapped) {\r
 569 seqj = ug;\r
 570 }}pid = jalview.util.Comparison.PID (seqi, seqj);\r
 571 if (lngth[j] < lngth[i]) {\r
 572 redundancy[j] = Math.max (pid, redundancy[j]);\r
 573 } else {\r
 574 redundancy[i] = Math.max (pid, redundancy[i]);\r
 575 }}\r
 576 }\r
 577 return redundancy;\r
 578 }, "~A,~A,~N,~N,~B");\r
 579 Clazz.defineStatics (c$,\r
 580 "PEP", "pep",\r
 581 "DNA", "dna");\r
 582 c$.NEWLINE = c$.prototype.NEWLINE = System.lineSeparator ();\r
 583 Clazz.defineStatics (c$,\r
 584 "dna",  Clazz.newArray (-1, ["A", "C", "G", "T", "-"]),\r
 585 "pep",  Clazz.newArray (-1, ["A", "R", "N", "D", "C", "Q", "E", "G", "H", "I", "L", "K", "M", "F", "P", "S", "T", "W", "Y", "V", "B", "Z", "X", "-"]));\r
 586 });\r