site/j2s/jalview/analysis/AlignmentAnnotationUtils.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils", ["java.util.ArrayList", "$.Arrays", "$.BitSet", "$.Collections", "$.HashMap"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.analysis, "AlignmentAnnotationUtils");\r
   4 c$.getShownHiddenTypes = Clazz.defineMethod (c$, "getShownHiddenTypes", \r
   5 function (shownTypes, hiddenTypes, annotations, forSequences) {\r
   6 var visibleGraphGroups = jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils.getVisibleLineGraphGroups (annotations);\r
   7 var groupLabels =  new java.util.HashMap ();\r
   8 var addedToShown =  new java.util.ArrayList ();\r
   9 var addedToHidden =  new java.util.ArrayList ();\r
  10 for (var aa, $aa = annotations.iterator (); $aa.hasNext () && ((aa = $aa.next ()) || true);) {\r
  11 if (aa.annotations == null) {\r
  12 continue;\r
  13 }if (forSequences != null && (aa.sequenceRef != null && forSequences.contains (aa.sequenceRef))) {\r
  14 var calcId = aa.getCalcId ();\r
  15 var labelAsList =  new java.util.ArrayList ();\r
  16 var displayLabel = aa.label;\r
  17 labelAsList.add (displayLabel);\r
  18 if (aa.graph == 2 && aa.graphGroup > -1) {\r
  19 if (!groupLabels.containsKey (calcId)) {\r
  20 groupLabels.put (calcId,  new java.util.HashMap ());\r
  21 }var groupLabelsForCalcId = groupLabels.get (calcId);\r
  22 if (groupLabelsForCalcId.containsKey (new Integer (aa.graphGroup))) {\r
  23 if (!groupLabelsForCalcId.get (new Integer (aa.graphGroup)).contains (displayLabel)) {\r
  24 groupLabelsForCalcId.get (new Integer (aa.graphGroup)).add (displayLabel);\r
  25 }} else {\r
  26 groupLabelsForCalcId.put (new Integer (aa.graphGroup), labelAsList);\r
  27 }} else {\r
  28 var rememberAs = calcId + "!" + displayLabel;\r
  29 if (aa.visible && !addedToShown.contains (rememberAs)) {\r
  30 if (!shownTypes.containsKey (calcId)) {\r
  31 shownTypes.put (calcId,  new java.util.ArrayList ());\r
  32 }shownTypes.get (calcId).add (labelAsList);\r
  33 addedToShown.add (rememberAs);\r
  34 } else {\r
  35 if (!aa.visible && !addedToHidden.contains (rememberAs)) {\r
  36 if (!hiddenTypes.containsKey (calcId)) {\r
  37 hiddenTypes.put (calcId,  new java.util.ArrayList ());\r
  38 }hiddenTypes.get (calcId).add (labelAsList);\r
  39 addedToHidden.add (rememberAs);\r
  40 }}}}}\r
  41 for (var calcId, $calcId = groupLabels.keySet ().iterator (); $calcId.hasNext () && ((calcId = $calcId.next ()) || true);) {\r
  42 for (var group, $group = groupLabels.get (calcId).keySet ().iterator (); $group.hasNext () && ((group = $group.next ()) || true);) {\r
  43 var groupLabel = groupLabels.get (calcId).get (new Integer (group));\r
  44 java.util.Collections.sort (groupLabel);\r
  45 if (visibleGraphGroups.get (group)) {\r
  46 if (!shownTypes.containsKey (calcId)) {\r
  47 shownTypes.put (calcId,  new java.util.ArrayList ());\r
  48 }if (!shownTypes.get (calcId).contains (groupLabel)) {\r
  49 shownTypes.get (calcId).add (groupLabel);\r
  50 }} else {\r
  51 if (!hiddenTypes.containsKey (calcId)) {\r
  52 hiddenTypes.put (calcId,  new java.util.ArrayList ());\r
  53 }if (!hiddenTypes.get (calcId).contains (groupLabel)) {\r
  54 hiddenTypes.get (calcId).add (groupLabel);\r
  55 }}}\r
  56 }\r
  57 }, "java.util.Map,java.util.Map,java.util.List,java.util.List");\r
  58 c$.getVisibleLineGraphGroups = Clazz.defineMethod (c$, "getVisibleLineGraphGroups", \r
  59 function (annotations) {\r
  60 var result =  new java.util.BitSet ();\r
  61 for (var ann, $ann = annotations.iterator (); $ann.hasNext () && ((ann = $ann.next ()) || true);) {\r
  62 if (ann.graph == 2 && ann.visible) {\r
  63 var gg = ann.graphGroup;\r
  64 if (gg > -1) {\r
  65 result.set (gg);\r
  66 }}}\r
  67 return result;\r
  68 }, "java.util.List");\r
  69 c$.asList = Clazz.defineMethod (c$, "asList", \r
  70 function (anns) {\r
  71 return (anns == null ? java.util.Collections.emptyList () : java.util.Arrays.asList (anns));\r
  72 }, "~A");\r
  73 });\r