site/j2s/jalview/analysis/AnnotationSorter.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");\r
   2 Clazz.load (["java.lang.Enum", "java.util.HashMap"], "jalview.analysis.AnnotationSorter", ["jalview.analysis.AlignmentUtils", "java.lang.UnsupportedOperationException", "java.util.Arrays"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.alignment = null;\r
   5 this.showAutocalcAbove = false;\r
   6 this.sequenceIndices = null;\r
   7 this.bySequenceAndLabel = null;\r
   8 this.byLabelAndSequence = null;\r
   9 this.noSort = null;\r
  10 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  11 }, jalview.analysis, "AnnotationSorter");\r
  12 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  13 this.sequenceIndices =  new java.util.HashMap ();\r
  14 this.bySequenceAndLabel = ((Clazz.isClassDefined ("jalview.analysis.AnnotationSorter$1") ? 0 : jalview.analysis.AnnotationSorter.$AnnotationSorter$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.analysis.AnnotationSorter$1, this, null));\r
  15 this.byLabelAndSequence = ((Clazz.isClassDefined ("jalview.analysis.AnnotationSorter$2") ? 0 : jalview.analysis.AnnotationSorter.$AnnotationSorter$2$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.analysis.AnnotationSorter$2, this, null));\r
  16 this.noSort = ((Clazz.isClassDefined ("jalview.analysis.AnnotationSorter$3") ? 0 : jalview.analysis.AnnotationSorter.$AnnotationSorter$3$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.analysis.AnnotationSorter$3, this, null));\r
  17 });\r
  18 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  19 function (alignmentI, showAutocalculatedAbove) {\r
  20 this.alignment = alignmentI;\r
  21 this.showAutocalcAbove = showAutocalculatedAbove;\r
  22 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,~B");\r
  23 Clazz.defineMethod (c$, "sort", \r
  24 function (alignmentAnnotations, order) {\r
  25 if (alignmentAnnotations == null) {\r
  26 return;\r
  27 }this.saveSequenceIndices (alignmentAnnotations);\r
  28 var comparator = this.getComparator (order);\r
  29 if (alignmentAnnotations != null) {\r
  30 {\r
  31 java.util.Arrays.sort (alignmentAnnotations, comparator);\r
  32 }}}, "~A,jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder");\r
  33 Clazz.defineMethod (c$, "saveSequenceIndices", \r
  34  function (alignmentAnnotations) {\r
  35 this.sequenceIndices.clear ();\r
  36 for (var ann, $ann = 0, $$ann = alignmentAnnotations; $ann < $$ann.length && ((ann = $$ann[$ann]) || true); $ann++) {\r
  37 var seq = ann.sequenceRef;\r
  38 if (seq != null) {\r
  39 var index = jalview.analysis.AlignmentUtils.getSequenceIndex (this.alignment, seq);\r
  40 this.sequenceIndices.put (seq, new Integer (index));\r
  41 }}\r
  42 }, "~A");\r
  43 Clazz.defineMethod (c$, "getComparator", \r
  44  function (order) {\r
  45 if (order == null) {\r
  46 return this.noSort;\r
  47 }switch (order) {\r
  48 case jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder.NONE:\r
  49 return this.noSort;\r
  50 case jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder.SEQUENCE_AND_LABEL:\r
  51 return this.bySequenceAndLabel;\r
  52 case jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder.LABEL_AND_SEQUENCE:\r
  53 return this.byLabelAndSequence;\r
  54 default:\r
  55 throw  new UnsupportedOperationException (order.toString ());\r
  56 }\r
  57 }, "jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder");\r
  58 Clazz.defineMethod (c$, "compareLabels", \r
  59  function (o1, o2) {\r
  60 if (o1 == null || o2 == null) {\r
  61 return 0;\r
  62 }var label1 = o1.label;\r
  63 var label2 = o2.label;\r
  64 if (label1 == null && label2 == null) {\r
  65 return 0;\r
  66 }if (label1 == null) {\r
  67 return -1;\r
  68 }if (label2 == null) {\r
  69 return 1;\r
  70 }return label1.toUpperCase ().compareTo (label2.toUpperCase ());\r
  71 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");\r
  72 Clazz.defineMethod (c$, "compareSequences", \r
  73  function (o1, o2) {\r
  74 var seq1 = o1.sequenceRef;\r
  75 var seq2 = o2.sequenceRef;\r
  76 if (seq1 == null && seq2 == null) {\r
  77 return 0;\r
  78 }if (seq1 == null) {\r
  79 return this.showAutocalcAbove ? -1 : 1;\r
  80 }if (seq2 == null) {\r
  81 return this.showAutocalcAbove ? 1 : -1;\r
  82 }var index1 = (this.sequenceIndices.get (seq1)).intValue ();\r
  83 var index2 = (this.sequenceIndices.get (seq2)).intValue ();\r
  84 if (index1 == index2) {\r
  85 return 0;\r
  86 }if (index1 == -1) {\r
  87 return -1;\r
  88 }if (index2 == -1) {\r
  89 return 1;\r
  90 }return Integer.compare (index1, index2);\r
  91 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");\r
  92 c$.$AnnotationSorter$1$ = function () {\r
  93 Clazz.pu$h(self.c$);\r
  94 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.analysis, "AnnotationSorter$1", null, java.util.Comparator);\r
  95 Clazz.overrideMethod (c$, "compare", \r
  96 function (o1, o2) {\r
  97 if (o1 == null && o2 == null) {\r
  98 return 0;\r
  99 }if (o1 == null) {\r
 100 return -1;\r
 101 }if (o2 == null) {\r
 102 return 1;\r
 103 }if (o1.sequenceRef == null && o2.sequenceRef == null) {\r
 104 return 0;\r
 105 }var sequenceOrder = this.b$["jalview.analysis.AnnotationSorter"].compareSequences (o1, o2);\r
 106 return sequenceOrder == 0 ? this.b$["jalview.analysis.AnnotationSorter"].compareLabels (o1, o2) : sequenceOrder;\r
 107 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");\r
 108 c$ = Clazz.p0p ();\r
 109 };\r
 110 c$.$AnnotationSorter$2$ = function () {\r
 111 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 112 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.analysis, "AnnotationSorter$2", null, java.util.Comparator);\r
 113 Clazz.overrideMethod (c$, "compare", \r
 114 function (o1, o2) {\r
 115 if (o1 == null && o2 == null) {\r
 116 return 0;\r
 117 }if (o1 == null) {\r
 118 return -1;\r
 119 }if (o2 == null) {\r
 120 return 1;\r
 121 }if (o1.sequenceRef == null && o2.sequenceRef == null) {\r
 122 return 0;\r
 123 }if (o1.sequenceRef == null) {\r
 124 return this.b$["jalview.analysis.AnnotationSorter"].showAutocalcAbove ? -1 : 1;\r
 125 }if (o2.sequenceRef == null) {\r
 126 return this.b$["jalview.analysis.AnnotationSorter"].showAutocalcAbove ? 1 : -1;\r
 127 }var labelOrder = this.b$["jalview.analysis.AnnotationSorter"].compareLabels (o1, o2);\r
 128 return labelOrder == 0 ? this.b$["jalview.analysis.AnnotationSorter"].compareSequences (o1, o2) : labelOrder;\r
 129 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");\r
 130 c$ = Clazz.p0p ();\r
 131 };\r
 132 c$.$AnnotationSorter$3$ = function () {\r
 133 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 134 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.analysis, "AnnotationSorter$3", null, java.util.Comparator);\r
 135 Clazz.overrideMethod (c$, "compare", \r
 136 function (o1, o2) {\r
 137 if (o1 != null && o2 != null) {\r
 138 if (o1.sequenceRef == null && o2.sequenceRef != null) {\r
 139 return this.b$["jalview.analysis.AnnotationSorter"].showAutocalcAbove ? -1 : 1;\r
 140 }if (o1.sequenceRef != null && o2.sequenceRef == null) {\r
 141 return this.b$["jalview.analysis.AnnotationSorter"].showAutocalcAbove ? 1 : -1;\r
 142 }}return 0;\r
 143 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");\r
 144 c$ = Clazz.p0p ();\r
 145 };\r
 146 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 147 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
 148 this.description = null;\r
 149 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
 150 }, jalview.analysis.AnnotationSorter, "SequenceAnnotationOrder", Enum);\r
 151 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 152  function (a) {\r
 153 this.description = a;\r
 154 }, "~S");\r
 155 Clazz.overrideMethod (c$, "toString", \r
 156 function () {\r
 157 return this.description;\r
 158 });\r
 159 c$.forDescription = Clazz.defineMethod (c$, "forDescription", \r
 160 function (a) {\r
 161 for (var order, $order = 0, $$order = jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder.values (); $order < $$order.length && ((order = $$order[$order]) || true); $order++) {\r
 162 if (order.toString ().equals (a)) {\r
 163 return order;\r
 164 }}\r
 165 return null;\r
 166 }, "~S");\r
 167 Clazz.defineEnumConstant (c$, "SEQUENCE_AND_LABEL", 0, ["Sequence"]);\r
 168 Clazz.defineEnumConstant (c$, "LABEL_AND_SEQUENCE", 1, ["Label"]);\r
 169 Clazz.defineEnumConstant (c$, "NONE", 2, ["No sort"]);\r
 170 c$ = Clazz.p0p ();\r
 171 });\r