site/j2s/jalview/analysis/Conservation.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");
   2 Clazz.load (null, "jalview.analysis.Conservation", ["jalview.datamodel.Annotation", "$.Sequence", "jalview.schemes.ResidueProperties", "jalview.util.Comparison", "java.awt.Color", "java.lang.Character", "$.Double", "$.StringBuffer", "java.util.Hashtable", "$.Vector"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.sequences = null;
   5 this.start = 0;
   6 this.end = 0;
   7 this.seqNums = null;
   8 this.maxLength = 0;
   9 this.seqNumsChanged = false;
  10 this.total = null;
  11 this.canonicaliseAa = true;
  12 this.quality = null;
  13 this.qualityRange = null;
  14 this.consString = "";
  15 this.consSequence = null;
  16 this.propHash = null;
  17 this.threshold = 0;
  18 this.name = "";
  19 this.cons2 = null;
  20 this.consSymbs = null;
  21 Clazz.instantialize (this, arguments);
  22 }, jalview.analysis, "Conservation");
  23 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  24 this.qualityRange =  new Array (2);
  25 });
  26 Clazz.makeConstructor (c$,
  27 function (name, propHash, threshold, sequences, start, end) {
  28 this.name = name;
  29 this.propHash = propHash;
  30 this.threshold = threshold;
  31 this.start = start;
  32 this.end = end;
  33 this.maxLength = end - start + 1;
  34 var s;
  35 var sSize = sequences.size ();
  36 var sarray =  new Array (sSize);
  37 this.sequences = sarray;
  38 try {
  39 for (s = 0; s < sSize; s++) {
  40 sarray[s] = sequences.get (s);
  41 if (sarray[s].getLength () > this.maxLength) {
  42 this.maxLength = sarray[s].getLength ();
  43 }}
  44 } catch (ex) {
  45 if (Clazz.exceptionOf (ex, ArrayIndexOutOfBoundsException)) {
  46 this.sequences =  new Array (0);
  47 this.maxLength = 0;
  48 } else {
  49 throw ex;
  50 }
  51 }
  52 }, "~S,java.util.Hashtable,~N,java.util.List,~N,~N");
  53 Clazz.defineMethod (c$, "calcSeqNum",
  54  function (i) {
  55 var sq = null;
  56 var sqnum = null;
  57 var sSize = this.sequences.length;
  58 if ((i > -1) && (i < sSize)) {
  59 sq = this.sequences[i].getSequenceAsString ();
  60 if (this.seqNums.size () <= i) {
  61 this.seqNums.addElement ( Clazz.newIntArray (sq.length + 1, 0));
  62 }if (sq.hashCode () != (this.seqNums.elementAt (i))[0]) {
  63 var j;
  64 var len;
  65 this.seqNumsChanged = true;
  66 len = sq.length;
  67 if (this.maxLength < len) {
  68 this.maxLength = len;
  69 }sqnum =  Clazz.newIntArray (len + 1, 0);
  70 sqnum[0] = sq.hashCode ();
  71 for (j = 1; j <= len; j++) {
  72 sqnum[j] = jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex[sq.charCodeAt (j - 1)];
  73 }
  74 this.seqNums.setElementAt (sqnum, i);
  75 } else {
  76 System.out.println ("SEQUENCE HAS BEEN DELETED!!!");
  77 }} else {
  78 System.err.println ("ERROR: calcSeqNum called with out of range sequence index for Alignment\n");
  79 }}, "~N");
  80 Clazz.defineMethod (c$, "calculate",
  81 function () {
  82 var resultHash;
  83 var ht;
  84 var thresh;
  85 var j;
  86 var jSize = this.sequences.length;
  87 var values;
  88 var type;
  89 var res = null;
  90 var c;
  91 var enumeration2;
  92 this.total =  new Array (this.maxLength);
  93 for (var i = this.start; i <= this.end; i++) {
  94 values =  Clazz.newIntArray (255, 0);
  95 for (j = 0; j < jSize; j++) {
  96 if (this.sequences[j].getLength () > i) {
  97 c = this.sequences[j].getCharAt (i);
  98 if (this.canonicaliseAa) {
  99 c = String.fromCharCode (jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex[this.sequences[j].getCharAt (i).charCodeAt (0)]);
 100 if (c.charCodeAt (0) > 20) {
 101 c = '-';
 102 } else {
 103 c = jalview.schemes.ResidueProperties.aa[c.charCodeAt (0)].charAt (0);
 104 }} else {
 105 if (c == '.' || c == ' ') {
 106 c = '-';
 107 }if (!this.canonicaliseAa && 'a' <= c && c <= 'z') {
 108 c = String.fromCharCode (c.charCodeAt (0) - (32));
 109 }}values[c.charCodeAt (0)]++;
 110 } else {
 111 values['-'.charCodeAt (0)]++;
 112 }}
 113 thresh = Clazz.doubleToInt ((this.threshold * (jSize)) / 100);
 114 resultHash =  new java.util.Hashtable ();
 115 for (var v = '-'; v < 'Z'; v = String.fromCharCode (v.charCodeAt (0) + 1)) {
 116 if (values[v.charCodeAt (0)] > thresh) {
 117 res = String.valueOf (v);
 118 enumeration2 = this.propHash.keys ();
 119 while (enumeration2.hasMoreElements ()) {
 120 type = enumeration2.nextElement ();
 121 ht = this.propHash.get (type);
 122 if (!resultHash.containsKey (type)) {
 123 if (ht.containsKey (res)) {
 124 resultHash.put (type, ht.get (res));
 125 } else {
 126 resultHash.put (type, ht.get ("-"));
 127 }} else if ((resultHash.get (type)).equals (ht.get (res)) == false) {
 128 resultHash.put (type,  new Integer (-1));
 129 }}
 130 }}
 131 if (this.total.length > 0) {
 132 this.total[i - this.start] = resultHash;
 133 }}
 134 });
 135 Clazz.defineMethod (c$, "countConsNGaps",
 136 function (j) {
 137 var count = 0;
 138 var cons = 0;
 139 var nres = 0;
 140 var r =  Clazz.newIntArray (2, 0);
 141 var f = '$';
 142 var i;
 143 var iSize = this.sequences.length;
 144 var c;
 145 for (i = 0; i < iSize; i++) {
 146 if (j >= this.sequences[i].getLength ()) {
 147 count++;
 148 continue;
 149 }c = this.sequences[i].getCharAt (j);
 150 if (jalview.util.Comparison.isGap ((c))) {
 151 count++;
 152 } else {
 153 nres++;
 154 if (nres == 1) {
 155 f = c;
 156 cons++;
 157 } else if (f == c) {
 158 cons++;
 159 }}}
 160 r[0] = (nres == cons) ? 1 : 0;
 161 r[1] = count;
 162 return r;
 163 }, "~N");
 164 Clazz.defineMethod (c$, "verdict",
 165 function (consflag, percentageGaps) {
 166 var consString =  new StringBuffer ();
 167 var type;
 168 var result;
 169 var gapcons;
 170 var totGaps;
 171 var count;
 172 var pgaps;
 173 var resultHash;
 174 var enumeration;
 175 for (var i = 0; i < this.start; i++) {
 176 consString.append ('-');
 177 }
 178 this.consSymbs =  new Array (this.end - this.start + 1);
 179 for (var i = this.start; i <= this.end; i++) {
 180 gapcons = this.countConsNGaps (i);
 181 totGaps = gapcons[1];
 182 pgaps = (totGaps * 100) / this.sequences.length;
 183 this.consSymbs[i - this.start] =  String.instantialize ();
 184 if (percentageGaps > pgaps) {
 185 resultHash = this.total[i - this.start];
 186 count = 0;
 187 enumeration = resultHash.keys ();
 188 while (enumeration.hasMoreElements ()) {
 189 type = enumeration.nextElement ();
 190 result = resultHash.get (type);
 191 if (consflag) {
 192 if (result.intValue () == 1) {
 193 this.consSymbs[i - this.start] = type + " " + this.consSymbs[i - this.start];
 194 count++;
 195 }} else {
 196 if (result.intValue () != -1) {
 197 {
 198 if (result.intValue () == 0) {
 199 this.consSymbs[i - this.start] = this.consSymbs[i - this.start] + " !" + type;
 200 } else {
 201 this.consSymbs[i - this.start] = type + " " + this.consSymbs[i - this.start];
 202 }}count++;
 203 }}}
 204 if (count < 10) {
 205 consString.append ("" + count);
 206 } else {
 207 consString.append ((gapcons[0] == 1) ? "*" : "+");
 208 }} else {
 209 consString.append ('-');
 210 }}
 211 this.consSequence =  new jalview.datamodel.Sequence (this.name, consString.toString (), this.start, this.end);
 212 }, "~B,~N");
 213 Clazz.defineMethod (c$, "getConsSequence",
 214 function () {
 215 return this.consSequence;
 216 });
 217 Clazz.defineMethod (c$, "findQuality",
 218 function () {
 219 this.findQuality (0, this.maxLength - 1);
 220 });
 221 Clazz.defineMethod (c$, "percentIdentity2",
 222  function () {
 223 this.seqNums =  new java.util.Vector ();
 224 var i = 0;
 225 var iSize = this.sequences.length;
 226 for (i = 0; i < iSize; i++) {
 227 this.calcSeqNum (i);
 228 }
 229 if ((this.cons2 == null) || this.seqNumsChanged) {
 230 this.cons2 =  Clazz.newIntArray (this.maxLength, 24, 0);
 231 for (var j = 0; j < 24; j++) {
 232 for (i = 0; i < this.maxLength; i++) {
 233 this.cons2[i][j] = 0;
 234 }
 235 }
 236 var sqnum;
 237 var j = 0;
 238 while (j < this.sequences.length) {
 239 sqnum = this.seqNums.elementAt (j);
 240 for (i = 1; i < sqnum.length; i++) {
 241 this.cons2[i - 1][sqnum[i]]++;
 242 }
 243 for (i = sqnum.length - 1; i < this.maxLength; i++) {
 244 this.cons2[i][23]++;
 245 }
 246 j++;
 247 }
 248 }});
 249 Clazz.defineMethod (c$, "findQuality",
 250 function (start, end) {
 251 this.quality =  new java.util.Vector ();
 252 var max = -10000;
 253 var BLOSUM62 = jalview.schemes.ResidueProperties.getBLOSUM62 ();
 254 this.percentIdentity2 ();
 255 var size = this.seqNums.size ();
 256 var lengths =  Clazz.newIntArray (size, 0);
 257 var tot;
 258 var bigtot;
 259 var sr;
 260 var tmp;
 261 var x;
 262 var xx;
 263 var l;
 264 var j;
 265 var i;
 266 var ii;
 267 var i2;
 268 var k;
 269 var seqNum;
 270 for (l = 0; l < size; l++) {
 271 lengths[l] = (this.seqNums.elementAt (l)).length - 1;
 272 }
 273 for (j = start; j <= end; j++) {
 274 bigtot = 0;
 275 x =  Clazz.newDoubleArray (24, 0);
 276 for (ii = 0; ii < 24; ii++) {
 277 x[ii] = 0;
 278 for (i2 = 0; i2 < 24; i2++) {
 279 x[ii] += ((this.cons2[j][i2] * BLOSUM62[ii][i2]) + 4);
 280 }
 281 x[ii] /= size;
 282 }
 283 for (k = 0; k < size; k++) {
 284 tot = 0;
 285 xx =  Clazz.newDoubleArray (24, 0);
 286 seqNum = (j < lengths[k]) ? (this.seqNums.elementAt (k))[j + 1] : 23;
 287 for (i = 0; i < 23; i++) {
 288 sr = 0;
 289 sr = BLOSUM62[i][seqNum] + 4;
 290 xx[i] = x[i] - sr;
 291 tot += (xx[i] * xx[i]);
 292 }
 293 bigtot += Math.sqrt (tot);
 294 }
 295 if (max < bigtot) {
 296 max = bigtot;
 297 }this.quality.addElement ( new Double (bigtot));
 298 }
 299 var newmax = -10000;
 300 for (j = start; j <= end; j++) {
 301 tmp = (this.quality.elementAt (j)).doubleValue ();
 302 tmp = ((max - tmp) * (size - this.cons2[j][23])) / size;
 303 this.quality.setElementAt ( new Double (tmp), j);
 304 if (tmp > newmax) {
 305 newmax = tmp;
 306 }}
 307 this.qualityRange[0] =  new Double (0);
 308 this.qualityRange[1] =  new Double (newmax);
 309 }, "~N,~N");
 310 Clazz.defineMethod (c$, "completeAnnotations",
 311 function (conservation, quality2, istart, alWidth) {
 312 var sequence = this.getConsSequence ().getSequence ();
 313 var minR;
 314 var minG;
 315 var minB;
 316 var maxR;
 317 var maxG;
 318 var maxB;
 319 minR = 0.3;
 320 minG = 0.0;
 321 minB = 0;
 322 maxR = 1.0 - minR;
 323 maxG = 0.9 - minG;
 324 maxB = 0 - minB;
 325 var min = 0;
 326 var max = 11;
 327 var qmin = 0;
 328 var qmax = 0;
 329 var c;
 330 if (conservation.annotations != null && conservation.annotations.length < alWidth) {
 331 conservation.annotations =  new Array (alWidth);
 332 }if (quality2 != null) {
 333 quality2.graphMax = this.qualityRange[1].floatValue ();
 334 if (quality2.annotations != null && quality2.annotations.length < alWidth) {
 335 quality2.annotations =  new Array (alWidth);
 336 }qmin = this.qualityRange[0].floatValue ();
 337 qmax = this.qualityRange[1].floatValue ();
 338 }for (var i = 0; i < alWidth; i++) {
 339 var value = 0;
 340 c = sequence[i];
 341 if (Character.isDigit (c)) {
 342 value = c.charCodeAt (0) - 48;
 343 } else if (c == '*') {
 344 value = 11;
 345 } else if (c == '+') {
 346 value = 10;
 347 }var vprop = value - min;
 348 vprop /= max;
 349 conservation.annotations[i] =  new jalview.datamodel.Annotation (String.valueOf (c), this.consSymbs[i - this.start], ' ', value,  new java.awt.Color (minR + (maxR * vprop), minG + (maxG * vprop), minB + (maxB * vprop)));
 350 if (quality2 != null) {
 351 value = (this.quality.elementAt (i)).floatValue ();
 352 vprop = value - qmin;
 353 vprop /= qmax;
 354 quality2.annotations[i] =  new jalview.datamodel.Annotation (" ", String.valueOf (value), ' ', value,  new java.awt.Color (minR + (maxR * vprop), minG + (maxG * vprop), minB + (maxB * vprop)));
 355 }}
 356 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,~N,~N");
 357 c$.calculateConservation = Clazz.defineMethod (c$, "calculateConservation",
 358 function (name, consHash, threshold, seqs, start, end, posOrNeg, consPercGaps, calcQuality) {
 359 var cons =  new jalview.analysis.Conservation (name, consHash, threshold, seqs, start, end);
 360 return jalview.analysis.Conservation.calculateConservation (cons, posOrNeg, consPercGaps, calcQuality);
 361 }, "~S,java.util.Hashtable,~N,java.util.List,~N,~N,~B,~N,~B");
 362 c$.calculateConservation = Clazz.defineMethod (c$, "calculateConservation",
 363 function (cons, b, consPercGaps, calcQuality) {
 364 cons.calculate ();
 365 cons.verdict (b, consPercGaps);
 366 if (calcQuality) {
 367 cons.findQuality ();
 368 }return cons;
 369 }, "jalview.analysis.Conservation,~B,~N,~B");
 370 });