site/j2s/jalview/analysis/Finder.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");
   2 Clazz.load (null, "jalview.analysis.Finder", ["jalview.datamodel.SearchResults", "jalview.jsdev.RegExp", "jalview.util.Comparison", "java.lang.StringBuffer", "java.util.Vector"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.searchResults = null;
   5 this.alignment = null;
   6 this.selection = null;
   7 this.idMatch = null;
   8 this.caseSensitive = false;
   9 this.includeDescription = false;
  10 this.findAll = false;
  11 this.regex = null;
  12 this.seqIndex = 0;
  13 this.resIndex = -1;
  14 Clazz.instantialize (this, arguments);
  15 }, jalview.analysis, "Finder");
  16 Clazz.makeConstructor (c$,
  17 function (alignment, selection) {
  18 this.alignment = alignment;
  19 this.selection = selection;
  20 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.SequenceGroup");
  21 Clazz.makeConstructor (c$,
  22 function (alignment, selectionGroup, seqIndex, resIndex) {
  23 this.construct (alignment, selectionGroup);
  24 this.seqIndex = seqIndex;
  25 this.resIndex = resIndex;
  26 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.SequenceGroup,~N,~N");
  27 Clazz.defineMethod (c$, "find",
  28 function (searchString) {
  29 var hasResults = false;
  30 if (!this.caseSensitive) {
  31 searchString = searchString.toUpperCase ();
  32 }this.regex = jalview.jsdev.RegExp.newRegex ([searchString]);
  33 this.regex.setIgnoreCase (!this.caseSensitive);
  34 this.searchResults =  new jalview.datamodel.SearchResults ();
  35 this.idMatch =  new java.util.Vector ();
  36 var seq;
  37 var item = null;
  38 var found = false;
  39 var end = this.alignment.getHeight ();
  40 if (this.selection != null) {
  41 if ((this.selection.getSize () < 1) || ((this.selection.getEndRes () - this.selection.getStartRes ()) < 2)) {
  42 this.selection = null;
  43 }}while (!found && (this.seqIndex < end)) {
  44 seq = this.alignment.getSequenceAt (this.seqIndex);
  45 if ((this.selection != null && this.selection.getSize () > 0) && !this.selection.getSequences (null).contains (seq)) {
  46 this.seqIndex++;
  47 this.resIndex = -1;
  48 continue;
  49 }if (this.resIndex < 0) {
  50 this.resIndex = 0;
  51 try {
  52 var res = Integer.parseInt (searchString);
  53 if (seq.getEnd () >= res) {
  54 this.searchResults.addResult (seq, res, res);
  55 hasResults = true;
  56 if (!this.findAll) {
  57 found = true;
  58 break;
  59 }}} catch (ex) {
  60 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {
  61 } else {
  62 throw ex;
  63 }
  64 }
  65 if (this.regex.search (seq.getName ())) {
  66 this.idMatch.addElement (seq);
  67 hasResults = true;
  68 if (!this.findAll) {
  69 found = true;
  70 break;
  71 }}if (this.isIncludeDescription () && seq.getDescription () != null && this.regex.search (seq.getDescription ())) {
  72 this.idMatch.addElement (seq);
  73 hasResults = true;
  74 if (!this.findAll) {
  75 found = true;
  76 break;
  77 }}}item = seq.getSequenceAsString ();
  78 if ((this.selection != null) && (this.selection.getEndRes () < this.alignment.getWidth () - 1)) {
  79 item = item.substring (0, this.selection.getEndRes () + 1);
  80 }var noGapsSB =  new StringBuffer ();
  81 var insertCount = 0;
  82 var spaces =  new java.util.Vector ();
  83 for (var j = 0; j < item.length; j++) {
  84 if (!jalview.util.Comparison.isGap (item.charAt (j))) {
  85 noGapsSB.append (item.charAt (j));
  86 spaces.addElement ( new Integer (insertCount));
  87 } else {
  88 insertCount++;
  89 }}
  90 var noGaps = noGapsSB.toString ();
  91 for (var r = this.resIndex; r < noGaps.length; r++) {
  92 if (this.regex.searchFrom (noGaps, r)) {
  93 this.resIndex = this.regex.matchedFrom ();
  94 if ((this.selection != null && this.selection.getSize () > 0) && ((this.resIndex + Integer.parseInt (spaces.elementAt (this.resIndex).toString ())) < this.selection.getStartRes ())) {
  95 continue;
  96 }var sres = seq.findPosition (this.resIndex + Integer.parseInt (spaces.elementAt (this.resIndex).toString ()));
  97 var eres = seq.findPosition (this.regex.matchedTo () - 1 + Integer.parseInt (spaces.elementAt (this.regex.matchedTo () - 1).toString ()));
  98 this.searchResults.addResult (seq, sres, eres);
  99 hasResults = true;
 100 if (!this.findAll) {
 101 found = true;
 102 this.resIndex++;
 103 break;
 104 }r = this.resIndex;
 105 } else {
 106 break;
 107 }}
 108 if (!found) {
 109 this.seqIndex++;
 110 this.resIndex = -1;
 111 }}
 112 return hasResults;
 113 }, "~S");
 114 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignment",
 115 function () {
 116 return this.alignment;
 117 });
 118 Clazz.defineMethod (c$, "setAlignment",
 119 function (alignment) {
 120 this.alignment = alignment;
 121 }, "jalview.datamodel.AlignmentI");
 122 Clazz.defineMethod (c$, "isCaseSensitive",
 123 function () {
 124 return this.caseSensitive;
 125 });
 126 Clazz.defineMethod (c$, "setCaseSensitive",
 127 function (caseSensitive) {
 128 this.caseSensitive = caseSensitive;
 129 }, "~B");
 130 Clazz.defineMethod (c$, "isFindAll",
 131 function () {
 132 return this.findAll;
 133 });
 134 Clazz.defineMethod (c$, "setFindAll",
 135 function (findAll) {
 136 this.findAll = findAll;
 137 }, "~B");
 138 Clazz.defineMethod (c$, "getSelection",
 139 function () {
 140 return this.selection;
 141 });
 142 Clazz.defineMethod (c$, "setSelection",
 143 function (selection) {
 144 this.selection = selection;
 145 }, "jalview.datamodel.SequenceGroup");
 146 Clazz.defineMethod (c$, "getIdMatch",
 147 function () {
 148 return this.idMatch;
 149 });
 150 Clazz.defineMethod (c$, "getRegex",
 151 function () {
 152 return this.regex;
 153 });
 154 Clazz.defineMethod (c$, "getSearchResults",
 155 function () {
 156 return this.searchResults;
 157 });
 158 Clazz.defineMethod (c$, "getResIndex",
 159 function () {
 160 return this.resIndex;
 161 });
 162 Clazz.defineMethod (c$, "setResIndex",
 163 function (resIndex) {
 164 this.resIndex = resIndex;
 165 }, "~N");
 166 Clazz.defineMethod (c$, "getSeqIndex",
 167 function () {
 168 return this.seqIndex;
 169 });
 170 Clazz.defineMethod (c$, "setSeqIndex",
 171 function (seqIndex) {
 172 this.seqIndex = seqIndex;
 173 }, "~N");
 174 Clazz.defineMethod (c$, "isIncludeDescription",
 175 function () {
 176 return this.includeDescription;
 177 });
 178 Clazz.defineMethod (c$, "setIncludeDescription",
 179 function (includeDescription) {
 180 this.includeDescription = includeDescription;
 181 }, "~B");
 182 });