site/j2s/jalview/analysis/Finder.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.analysis.Finder", ["jalview.datamodel.SearchResults", "jalview.jsdev.RegExp", "jalview.util.Comparison", "java.lang.StringBuffer", "java.util.Vector"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.searchResults = null;\r
   5 this.alignment = null;\r
   6 this.selection = null;\r
   7 this.idMatch = null;\r
   8 this.caseSensitive = false;\r
   9 this.includeDescription = false;\r
  10 this.findAll = false;\r
  11 this.regex = null;\r
  12 this.seqIndex = 0;\r
  13 this.resIndex = -1;\r
  14 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  15 }, jalview.analysis, "Finder");\r
  16 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  17 function (alignment, selection) {\r
  18 this.alignment = alignment;\r
  19 this.selection = selection;\r
  20 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.SequenceGroup");\r
  21 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  22 function (alignment, selectionGroup, seqIndex, resIndex) {\r
  23 this.construct (alignment, selectionGroup);\r
  24 this.seqIndex = seqIndex;\r
  25 this.resIndex = resIndex;\r
  26 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.SequenceGroup,~N,~N");\r
  27 Clazz.defineMethod (c$, "find", \r
  28 function (searchString) {\r
  29 var hasResults = false;\r
  30 if (!this.caseSensitive) {\r
  31 searchString = searchString.toUpperCase ();\r
  32 }this.regex = jalview.jsdev.RegExp.newRegex ([searchString]);\r
  33 this.regex.setIgnoreCase (!this.caseSensitive);\r
  34 this.searchResults =  new jalview.datamodel.SearchResults ();\r
  35 this.idMatch =  new java.util.Vector ();\r
  36 var seq;\r
  37 var item = null;\r
  38 var found = false;\r
  39 var end = this.alignment.getHeight ();\r
  40 if (this.selection != null) {\r
  41 if ((this.selection.getSize () < 1) || ((this.selection.getEndRes () - this.selection.getStartRes ()) < 2)) {\r
  42 this.selection = null;\r
  43 }}while (!found && (this.seqIndex < end)) {\r
  44 seq = this.alignment.getSequenceAt (this.seqIndex);\r
  45 if ((this.selection != null && this.selection.getSize () > 0) && !this.selection.getSequences (null).contains (seq)) {\r
  46 this.seqIndex++;\r
  47 this.resIndex = -1;\r
  48 continue;\r
  49 }if (this.resIndex < 0) {\r
  50 this.resIndex = 0;\r
  51 try {\r
  52 var res = Integer.parseInt (searchString);\r
  53 if (seq.getEnd () >= res) {\r
  54 this.searchResults.addResult (seq, res, res);\r
  55 hasResults = true;\r
  56 if (!this.findAll) {\r
  57 found = true;\r
  58 break;\r
  59 }}} catch (ex) {\r
  60 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {\r
  61 } else {\r
  62 throw ex;\r
  63 }\r
  64 }\r
  65 if (this.regex.search (seq.getName ())) {\r
  66 this.idMatch.addElement (seq);\r
  67 hasResults = true;\r
  68 if (!this.findAll) {\r
  69 found = true;\r
  70 break;\r
  71 }}if (this.isIncludeDescription () && seq.getDescription () != null && this.regex.search (seq.getDescription ())) {\r
  72 this.idMatch.addElement (seq);\r
  73 hasResults = true;\r
  74 if (!this.findAll) {\r
  75 found = true;\r
  76 break;\r
  77 }}}item = seq.getSequenceAsString ();\r
  78 if ((this.selection != null) && (this.selection.getEndRes () < this.alignment.getWidth () - 1)) {\r
  79 item = item.substring (0, this.selection.getEndRes () + 1);\r
  80 }var noGapsSB =  new StringBuffer ();\r
  81 var insertCount = 0;\r
  82 var spaces =  new java.util.Vector ();\r
  83 for (var j = 0; j < item.length; j++) {\r
  84 if (!jalview.util.Comparison.isGap (item.charAt (j))) {\r
  85 noGapsSB.append (item.charAt (j));\r
  86 spaces.addElement ( new Integer (insertCount));\r
  87 } else {\r
  88 insertCount++;\r
  89 }}\r
  90 var noGaps = noGapsSB.toString ();\r
  91 for (var r = this.resIndex; r < noGaps.length; r++) {\r
  92 if (this.regex.searchFrom (noGaps, r)) {\r
  93 this.resIndex = this.regex.matchedFrom ();\r
  94 if ((this.selection != null && this.selection.getSize () > 0) && ((this.resIndex + Integer.parseInt (spaces.elementAt (this.resIndex).toString ())) < this.selection.getStartRes ())) {\r
  95 continue;\r
  96 }var sres = seq.findPosition (this.resIndex + Integer.parseInt (spaces.elementAt (this.resIndex).toString ()));\r
  97 var eres = seq.findPosition (this.regex.matchedTo () - 1 + Integer.parseInt (spaces.elementAt (this.regex.matchedTo () - 1).toString ()));\r
  98 this.searchResults.addResult (seq, sres, eres);\r
  99 hasResults = true;\r
 100 if (!this.findAll) {\r
 101 found = true;\r
 102 this.resIndex++;\r
 103 break;\r
 104 }r = this.resIndex;\r
 105 } else {\r
 106 break;\r
 107 }}\r
 108 if (!found) {\r
 109 this.seqIndex++;\r
 110 this.resIndex = -1;\r
 111 }}\r
 112 return hasResults;\r
 113 }, "~S");\r
 114 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignment", \r
 115 function () {\r
 116 return this.alignment;\r
 117 });\r
 118 Clazz.defineMethod (c$, "setAlignment", \r
 119 function (alignment) {\r
 120 this.alignment = alignment;\r
 121 }, "jalview.datamodel.AlignmentI");\r
 122 Clazz.defineMethod (c$, "isCaseSensitive", \r
 123 function () {\r
 124 return this.caseSensitive;\r
 125 });\r
 126 Clazz.defineMethod (c$, "setCaseSensitive", \r
 127 function (caseSensitive) {\r
 128 this.caseSensitive = caseSensitive;\r
 129 }, "~B");\r
 130 Clazz.defineMethod (c$, "isFindAll", \r
 131 function () {\r
 132 return this.findAll;\r
 133 });\r
 134 Clazz.defineMethod (c$, "setFindAll", \r
 135 function (findAll) {\r
 136 this.findAll = findAll;\r
 137 }, "~B");\r
 138 Clazz.defineMethod (c$, "getSelection", \r
 139 function () {\r
 140 return this.selection;\r
 141 });\r
 142 Clazz.defineMethod (c$, "setSelection", \r
 143 function (selection) {\r
 144 this.selection = selection;\r
 145 }, "jalview.datamodel.SequenceGroup");\r
 146 Clazz.defineMethod (c$, "getIdMatch", \r
 147 function () {\r
 148 return this.idMatch;\r
 149 });\r
 150 Clazz.defineMethod (c$, "getRegex", \r
 151 function () {\r
 152 return this.regex;\r
 153 });\r
 154 Clazz.defineMethod (c$, "getSearchResults", \r
 155 function () {\r
 156 return this.searchResults;\r
 157 });\r
 158 Clazz.defineMethod (c$, "getResIndex", \r
 159 function () {\r
 160 return this.resIndex;\r
 161 });\r
 162 Clazz.defineMethod (c$, "setResIndex", \r
 163 function (resIndex) {\r
 164 this.resIndex = resIndex;\r
 165 }, "~N");\r
 166 Clazz.defineMethod (c$, "getSeqIndex", \r
 167 function () {\r
 168 return this.seqIndex;\r
 169 });\r
 170 Clazz.defineMethod (c$, "setSeqIndex", \r
 171 function (seqIndex) {\r
 172 this.seqIndex = seqIndex;\r
 173 }, "~N");\r
 174 Clazz.defineMethod (c$, "isIncludeDescription", \r
 175 function () {\r
 176 return this.includeDescription;\r
 177 });\r
 178 Clazz.defineMethod (c$, "setIncludeDescription", \r
 179 function (includeDescription) {\r
 180 this.includeDescription = includeDescription;\r
 181 }, "~B");\r
 182 });\r