site/j2s/jalview/analysis/Grouping.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.analysis.Grouping", ["jalview.datamodel.SequenceGroup", "java.lang.StringBuilder", "java.util.ArrayList", "$.HashMap"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.analysis, "Grouping");\r
   4 c$.makeGroupsFrom = Clazz.defineMethod (c$, "makeGroupsFrom", \r
   5 function (sequences, selectedChars, list) {\r
   6 var gps =  new java.util.HashMap ();\r
   7 var width = 0;\r
   8 var i;\r
   9 var pgroup =  new java.util.HashMap ();\r
  10 if (list != null) {\r
  11 for (var sg, $sg = list.iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {\r
  12 for (var sq, $sq = sg.getSequences (null).iterator (); $sq.hasNext () && ((sq = $sq.next ()) || true);) {\r
  13 pgroup.put (sq.toString (), sg);\r
  14 }\r
  15 }\r
  16 }for (i = 0; i < sequences.length; i++) {\r
  17 var schar = selectedChars[i];\r
  18 var pgp = pgroup.get ((sequences[i]).toString ());\r
  19 if (pgp != null) {\r
  20 schar = pgp.getName () + ":" + schar;\r
  21 }var svec = gps.get (schar);\r
  22 if (svec == null) {\r
  23 svec =  new java.util.ArrayList ();\r
  24 gps.put (schar, svec);\r
  25 }if (width < sequences[i].getLength ()) {\r
  26 width = sequences[i].getLength ();\r
  27 }svec.add (sequences[i]);\r
  28 }\r
  29 var groups =  new Array (gps.size ());\r
  30 i = 0;\r
  31 for (var key, $key = gps.keySet ().iterator (); $key.hasNext () && ((key = $key.next ()) || true);) {\r
  32 var group =  new jalview.datamodel.SequenceGroup (gps.get (key), "Subseq: " + key, null, true, true, false, 0, width - 1);\r
  33 groups[i++] = group;\r
  34 }\r
  35 gps.clear ();\r
  36 pgroup.clear ();\r
  37 return groups;\r
  38 }, "~A,~A,java.util.List");\r
  39 c$.makeGroupsFromCols = Clazz.defineMethod (c$, "makeGroupsFromCols", \r
  40 function (sequences, cs, list) {\r
  41 var gps =  new java.util.HashMap ();\r
  42 var pgroup =  new java.util.HashMap ();\r
  43 if (list != null) {\r
  44 for (var sg, $sg = list.iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {\r
  45 for (var sq, $sq = sg.getSequences (null).iterator (); $sq.hasNext () && ((sq = $sq.next ()) || true);) {\r
  46 pgroup.put (sq.toString (), sg);\r
  47 }\r
  48 }\r
  49 }var spos =  Clazz.newIntArray (cs.getSelected ().size (), 0);\r
  50 var width = -1;\r
  51 var i = 0;\r
  52 for (var pos, $pos = cs.getSelected ().iterator (); $pos.hasNext () && ((pos = $pos.next ()) || true);) {\r
  53 spos[i++] = pos.intValue ();\r
  54 }\r
  55 ;for (i = 0; i < sequences.length; i++) {\r
  56 var slen = sequences[i].getLength ();\r
  57 if (width < slen) {\r
  58 width = slen;\r
  59 }var pgp = pgroup.get ((sequences[i]).toString ());\r
  60 var schar =  new StringBuilder ();\r
  61 if (pgp != null) {\r
  62 schar.append (pgp.getName () + ":");\r
  63 }for (var p, $p = 0, $$p = spos; $p < $$p.length && ((p = $$p[$p]) || true); $p++) {\r
  64 if (p >= slen) {\r
  65 schar.append ("~");\r
  66 } else {\r
  67 schar.append (sequences[i].getCharAt (p));\r
  68 }}\r
  69 var svec = gps.get (schar.toString ());\r
  70 if (svec == null) {\r
  71 svec =  new java.util.ArrayList ();\r
  72 gps.put (schar.toString (), svec);\r
  73 }svec.add (sequences[i]);\r
  74 }\r
  75 var groups =  new Array (gps.size ());\r
  76 i = 0;\r
  77 for (var key, $key = gps.keySet ().iterator (); $key.hasNext () && ((key = $key.next ()) || true);) {\r
  78 var group =  new jalview.datamodel.SequenceGroup (gps.get (key), "Subseq: " + key, null, true, true, false, 0, width - 1);\r
  79 groups[i++] = group;\r
  80 }\r
  81 gps.clear ();\r
  82 pgroup.clear ();\r
  83 return groups;\r
  84 }, "~A,jalview.datamodel.ColumnSelection,java.util.List");\r
  85 c$.divideByFeature = Clazz.defineMethod (c$, "divideByFeature", \r
  86 function (featureLabels, groupLabels, start, stop, sequences, exgroups, method) {\r
  87 }, "~A,~A,~N,~N,~A,java.util.Vector,~S");\r
  88 });\r