site/j2s/jalview/analysis/scoremodels/PairwiseSeqScoreModel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis.scoremodels");\r
   2 Clazz.load (["jalview.api.analysis.ScoreModelI"], "jalview.analysis.scoremodels.PairwiseSeqScoreModel", ["jalview.util.Comparison"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.analysis.scoremodels, "PairwiseSeqScoreModel", null, jalview.api.analysis.ScoreModelI);\r
   4 Clazz.overrideMethod (c$, "findDistances", \r
   5 function (seqData) {\r
   6 var sequenceString = seqData.getSequenceStrings (jalview.util.Comparison.GapChars.charAt (0));\r
   7 var noseqs = sequenceString.length;\r
   8 var distance =  Clazz.newFloatArray (noseqs, noseqs, 0);\r
   9 var maxscore = 0;\r
  10 var end = sequenceString[0].length;\r
  11 for (var i = 0; i < (noseqs - 1); i++) {\r
  12 for (var j = i; j < noseqs; j++) {\r
  13 var score = 0;\r
  14 for (var k = 0; k < end; k++) {\r
  15 try {\r
  16 score += this.getPairwiseScore (sequenceString[i].charAt (k), sequenceString[j].charAt (k));\r
  17 } catch (ex) {\r
  18 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
  19 System.err.println ("err creating " + this.getName () + " tree");\r
  20 ex.printStackTrace ();\r
  21 } else {\r
  22 throw ex;\r
  23 }\r
  24 }\r
  25 }\r
  26 distance[i][j] = score;\r
  27 if (score > maxscore) {\r
  28 maxscore = score;\r
  29 }}\r
  30 }\r
  31 for (var i = 0; i < (noseqs - 1); i++) {\r
  32 for (var j = i; j < noseqs; j++) {\r
  33 distance[i][j] = maxscore - distance[i][j];\r
  34 distance[j][i] = distance[i][j];\r
  35 }\r
  36 }\r
  37 return distance;\r
  38 }, "jalview.datamodel.AlignmentView");\r
  39 });\r