site/j2s/jalview/appletgui/AlignmentPanel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");\r
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "jalview.api.AlignmentViewPanel", "java.awt.event.AdjustmentListener", "awt2swing.Scrollbar"], "jalview.appletgui.AlignmentPanel", ["awt2swing.Frame", "jalview.analysis.AnnotationSorter", "jalview.appletgui.AnnotationLabels", "$.AnnotationPanel", "$.FeatureRenderer", "$.IdPanel", "$.IdwidthAdjuster", "$.PaintRefresher", "$.ScalePanel", "$.SeqPanel", "jalview.bin.JalviewLite", "jalview.structure.StructureSelectionManager", "java.awt.BorderLayout", "$.Color", "$.Dimension", "java.awt.event.ComponentAdapter", "java.beans.PropertyChangeListener"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.av = null;\r
   5 this.overviewPanel = null;\r
   6 this.seqPanel = null;\r
   7 this.idPanel = null;\r
   8 this.idwidthAdjuster = null;\r
   9 this.alignFrame = null;\r
  10 this.scalePanel = null;\r
  11 this.annotationPanel = null;\r
  12 this.alabels = null;\r
  13 this.fastPaint = true;\r
  14 this.hextent = 0;\r
  15 this.vextent = 0;\r
  16 this.sequenceHolderPanel = null;\r
  17 this.vscroll = null;\r
  18 this.hscroll = null;\r
  19 this.seqPanelHolder = null;\r
  20 this.scalePanelHolder = null;\r
  21 this.idPanelHolder = null;\r
  22 this.idSpaceFillerPanel1 = null;\r
  23 this.annotationSpaceFillerHolder = null;\r
  24 this.hscrollFillerPanel = null;\r
  25 this.annotationPanelHolder = null;\r
  26 this.apvscroll = null;\r
  27 this.followingComplementScroll = false;\r
  28 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  29 }, jalview.appletgui, "AlignmentPanel", awt2swing.Panel, [java.awt.event.AdjustmentListener, jalview.api.AlignmentViewPanel]);\r
  30 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  31 this.sequenceHolderPanel =  new awt2swing.Panel ();\r
  32 this.vscroll =  new awt2swing.Scrollbar ();\r
  33 this.hscroll =  new awt2swing.Scrollbar ();\r
  34 this.seqPanelHolder =  new awt2swing.Panel ();\r
  35 this.scalePanelHolder =  new awt2swing.Panel ();\r
  36 this.idPanelHolder =  new awt2swing.Panel ();\r
  37 this.idSpaceFillerPanel1 =  new awt2swing.Panel ();\r
  38 this.annotationSpaceFillerHolder =  new awt2swing.Panel ();\r
  39 this.hscrollFillerPanel =  new awt2swing.Panel ();\r
  40 this.annotationPanelHolder =  new awt2swing.Panel ();\r
  41 this.apvscroll =  new awt2swing.Scrollbar ();\r
  42 });\r
  43 Clazz.overrideMethod (c$, "finalize", \r
  44 function () {\r
  45 this.alignFrame = null;\r
  46 this.av = null;\r
  47 this.seqPanel = null;\r
  48 this.seqPanelHolder = null;\r
  49 this.sequenceHolderPanel = null;\r
  50 this.scalePanel = null;\r
  51 this.scalePanelHolder = null;\r
  52 this.annotationPanel = null;\r
  53 this.annotationPanelHolder = null;\r
  54 this.annotationSpaceFillerHolder = null;\r
  55 });\r
  56 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  57 function (af, av) {\r
  58 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.AlignmentPanel, []);\r
  59 this.setName ("alignmentPanel");\r
  60 try {\r
  61 this.jbInit ();\r
  62 } catch (e) {\r
  63 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
  64 e.printStackTrace ();\r
  65 } else {\r
  66 throw e;\r
  67 }\r
  68 }\r
  69 this.alignFrame = af;\r
  70 this.av = av;\r
  71 this.seqPanel =  new jalview.appletgui.SeqPanel (av, this);\r
  72 this.idPanel =  new jalview.appletgui.IdPanel (av, this);\r
  73 this.scalePanel =  new jalview.appletgui.ScalePanel (av, this);\r
  74 this.idwidthAdjuster =  new jalview.appletgui.IdwidthAdjuster (this);\r
  75 this.annotationPanel =  new jalview.appletgui.AnnotationPanel (this);\r
  76 this.annotationPanelHolder.add (this.annotationPanel, "Center");\r
  77 this.sequenceHolderPanel.add (this.annotationPanelHolder, "South");\r
  78 this.alabels =  new jalview.appletgui.AnnotationLabels (this);\r
  79 this.setAnnotationVisible (av.isShowAnnotation ());\r
  80 this.idPanelHolder.add (this.idPanel, "Center");\r
  81 this.idSpaceFillerPanel1.add (this.idwidthAdjuster, "Center");\r
  82 this.annotationSpaceFillerHolder.add (this.alabels, "Center");\r
  83 this.scalePanelHolder.add (this.scalePanel, "Center");\r
  84 this.seqPanelHolder.add (this.seqPanel, "Center");\r
  85 this.fontChanged ();\r
  86 this.setScrollValues (0, 0);\r
  87 this.apvscroll.addAdjustmentListener (this);\r
  88 this.hscroll.addAdjustmentListener (this);\r
  89 this.vscroll.addAdjustmentListener (this);\r
  90 this.addComponentListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.AlignmentPanel$1") ? 0 : jalview.appletgui.AlignmentPanel.$AlignmentPanel$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AlignmentPanel$1, this, Clazz.cloneFinals ("av", av))));\r
  91 var d = this.calculateIdWidth ();\r
  92 this.idPanel.idCanvas.setSize (d);\r
  93 this.hscrollFillerPanel.setSize (d.width, this.annotationPanel.getSize ().height);\r
  94 this.idPanel.idCanvas.setSize (d.width, this.seqPanel.seqCanvas.getSize ().height);\r
  95 this.annotationSpaceFillerHolder.setSize (d.width, this.annotationPanel.getSize ().height);\r
  96 this.alabels.setSize (d.width, this.annotationPanel.getSize ().height);\r
  97 var ap = this;\r
  98 av.addPropertyChangeListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.AlignmentPanel$2") ? 0 : jalview.appletgui.AlignmentPanel.$AlignmentPanel$2$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AlignmentPanel$2, this, Clazz.cloneFinals ("ap", ap, "av", av))));\r
  99 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,jalview.appletgui.AlignViewport");\r
 100 Clazz.overrideMethod (c$, "getAlignViewport", \r
 101 function () {\r
 102 return this.av;\r
 103 });\r
 104 Clazz.defineMethod (c$, "getSequenceRenderer", \r
 105 function () {\r
 106 return this.seqPanel.seqCanvas.sr;\r
 107 });\r
 108 Clazz.overrideMethod (c$, "getFeatureRenderer", \r
 109 function () {\r
 110 return this.seqPanel.seqCanvas.fr;\r
 111 });\r
 112 Clazz.overrideMethod (c$, "cloneFeatureRenderer", \r
 113 function () {\r
 114 var nfr =  new jalview.appletgui.FeatureRenderer (this.av);\r
 115 nfr.transferSettings (this.seqPanel.seqCanvas.fr);\r
 116 return nfr;\r
 117 });\r
 118 Clazz.defineMethod (c$, "alignmentChanged", \r
 119 function () {\r
 120 this.av.alignmentChanged (this);\r
 121 if (this.overviewPanel != null) {\r
 122 this.overviewPanel.updateOverviewImage ();\r
 123 }this.alignFrame.updateEditMenuBar ();\r
 124 this.repaint ();\r
 125 });\r
 126 Clazz.defineMethod (c$, "fontChanged", \r
 127 function () {\r
 128 this.idPanel.idCanvas.image = null;\r
 129 var fm = this.getFontMetrics (this.av.getFont ());\r
 130 this.scalePanel.setSize ( new java.awt.Dimension (10, this.av.getCharHeight () + fm.getDescent ()));\r
 131 this.idwidthAdjuster.setSize ( new java.awt.Dimension (10, this.av.getCharHeight () + fm.getDescent ()));\r
 132 this.av.updateSequenceIdColours ();\r
 133 this.annotationPanel.image = null;\r
 134 var ap = this.annotationPanel.adjustPanelHeight (false);\r
 135 var d = this.calculateIdWidth ();\r
 136 d.setSize (d.width + 4, this.seqPanel.seqCanvas.getSize ().height);\r
 137 this.alabels.setSize (d.width + 4, ap);\r
 138 this.idPanel.idCanvas.setSize (d);\r
 139 this.hscrollFillerPanel.setSize (d);\r
 140 this.validateAnnotationDimensions (false);\r
 141 this.annotationPanel.repaint ();\r
 142 this.validate ();\r
 143 this.repaint ();\r
 144 if (this.overviewPanel != null) {\r
 145 this.overviewPanel.updateOverviewImage ();\r
 146 }});\r
 147 Clazz.defineMethod (c$, "setIdWidth", \r
 148 function (w, h) {\r
 149 this.idPanel.idCanvas.setSize (w, h);\r
 150 this.idPanelHolder.setSize (w, this.idPanelHolder.getSize ().height);\r
 151 this.annotationSpaceFillerHolder.setSize (w, this.annotationSpaceFillerHolder.getSize ().height);\r
 152 this.alabels.setSize (w, this.alabels.getSize ().height);\r
 153 this.validate ();\r
 154 }, "~N,~N");\r
 155 Clazz.defineMethod (c$, "calculateIdWidth", \r
 156 function () {\r
 157 if (this.av.nullFrame == null) {\r
 158 this.av.nullFrame =  new awt2swing.Frame ();\r
 159 this.av.nullFrame.addNotify ();\r
 160 this.av.nullFrame.setFont (this.av.font);\r
 161 }var g = this.av.nullFrame.getGraphics ();\r
 162 var fm = g.getFontMetrics (this.av.font);\r
 163 var al = this.av.getAlignment ();\r
 164 var i = 0;\r
 165 var idWidth = 0;\r
 166 var id;\r
 167 while (i < al.getHeight () && al.getSequenceAt (i) != null) {\r
 168 var s = al.getSequenceAt (i);\r
 169 id = s.getDisplayId (this.av.getShowJVSuffix ());\r
 170 if (fm.stringWidth (id) > idWidth) {\r
 171 idWidth = fm.stringWidth (id);\r
 172 }i++;\r
 173 }\r
 174 i = 0;\r
 175 if (al.getAlignmentAnnotation () != null) {\r
 176 fm = g.getFontMetrics (this.av.nullFrame.getFont ());\r
 177 while (i < al.getAlignmentAnnotation ().length) {\r
 178 var label = al.getAlignmentAnnotation ()[i].label;\r
 179 if (fm.stringWidth (label) > idWidth) {\r
 180 idWidth = fm.stringWidth (label);\r
 181 }i++;\r
 182 }\r
 183 }return  new java.awt.Dimension (idWidth, this.idPanel.idCanvas.getSize ().height);\r
 184 });\r
 185 Clazz.defineMethod (c$, "highlightSearchResults", \r
 186 function (results) {\r
 187 this.scrollToPosition (results);\r
 188 this.seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults (results);\r
 189 }, "jalview.datamodel.SearchResults");\r
 190 Clazz.defineMethod (c$, "scrollToPosition", \r
 191 function (results) {\r
 192 return this.scrollToPosition (results, true);\r
 193 }, "jalview.datamodel.SearchResults");\r
 194 Clazz.defineMethod (c$, "scrollToPosition", \r
 195 function (results, redrawOverview) {\r
 196 return this.scrollToPosition (results, redrawOverview, false);\r
 197 }, "jalview.datamodel.SearchResults,~B");\r
 198 Clazz.defineMethod (c$, "scrollToPosition", \r
 199 function (results, redrawOverview, centre) {\r
 200 if (results != null && results.getSize () > 0) {\r
 201 var alignment = this.av.getAlignment ();\r
 202 var seqIndex = alignment.findIndex (results);\r
 203 if (seqIndex == -1) {\r
 204 return false;\r
 205 }var seq = alignment.getSequenceAt (seqIndex);\r
 206 var r = results.getResults (seq, 0, alignment.getWidth ());\r
 207 if (r == null) {\r
 208 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {\r
 209 System.out.println ("DEBUG: scroll didn't happen - results not within alignment : " + seq.getStart () + "," + seq.getEnd ());\r
 210 }return false;\r
 211 }if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {\r
 212 }var start = r[0];\r
 213 var end = r[1];\r
 214 if (centre) {\r
 215 var offset = Clazz.doubleToInt ((this.av.getEndRes () - this.av.getStartRes () + 1) / 2) - 1;\r
 216 start = Math.max (start - offset, 0);\r
 217 end = Math.min (end + offset, seq.getEnd () - 1);\r
 218 }if (start < 0) {\r
 219 return false;\r
 220 }if (end == seq.getEnd ()) {\r
 221 return false;\r
 222 }return this.scrollTo (start, end, seqIndex, false, redrawOverview);\r
 223 }return true;\r
 224 }, "jalview.datamodel.SearchResults,~B,~B");\r
 225 Clazz.defineMethod (c$, "scrollTo", \r
 226 function (ostart, end, seqIndex, scrollToNearest, redrawOverview) {\r
 227 var startv;\r
 228 var endv;\r
 229 var starts;\r
 230 var ends;\r
 231 var width;\r
 232 var start = -1;\r
 233 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {\r
 234 start = this.av.getColumnSelection ().findColumnPosition (ostart);\r
 235 end = this.av.getColumnSelection ().findColumnPosition (end);\r
 236 if (start == end) {\r
 237 if (!scrollToNearest && !this.av.getColumnSelection ().isVisible (ostart)) {\r
 238 return false;\r
 239 }}} else {\r
 240 start = ostart;\r
 241 }if (!this.av.getWrapAlignment ()) {\r
 242 if ((startv = this.av.getStartRes ()) >= start) {\r
 243 this.setScrollValues (start - 1, seqIndex);\r
 244 } else if ((endv = this.av.getEndRes ()) <= end) {\r
 245 this.setScrollValues (startv + 1 + end - endv, seqIndex);\r
 246 } else if ((starts = this.av.getStartSeq ()) > seqIndex) {\r
 247 this.setScrollValues (this.av.getStartRes (), seqIndex);\r
 248 } else if ((ends = this.av.getEndSeq ()) <= seqIndex) {\r
 249 this.setScrollValues (this.av.getStartRes (), starts + seqIndex - ends + 1);\r
 250 }} else {\r
 251 this.scrollToWrappedVisible (start);\r
 252 }if (redrawOverview && this.overviewPanel != null) {\r
 253 this.overviewPanel.setBoxPosition ();\r
 254 }this.paintAlignment (redrawOverview);\r
 255 return true;\r
 256 }, "~N,~N,~N,~B,~B");\r
 257 Clazz.defineMethod (c$, "scrollToWrappedVisible", \r
 258 function (res) {\r
 259 var cwidth = this.seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth (this.seqPanel.seqCanvas.getSize ().width);\r
 260 if (res <= this.av.getStartRes () || res >= (this.av.getStartRes () + cwidth)) {\r
 261 this.vscroll.setValue (Clazz.doubleToInt (res / cwidth));\r
 262 this.av.startRes = this.vscroll.getValue () * cwidth;\r
 263 }}, "~N");\r
 264 Clazz.defineMethod (c$, "getOverviewPanel", \r
 265 function () {\r
 266 return this.overviewPanel;\r
 267 });\r
 268 Clazz.defineMethod (c$, "setOverviewPanel", \r
 269 function (op) {\r
 270 this.overviewPanel = op;\r
 271 }, "jalview.appletgui.OverviewPanel");\r
 272 Clazz.defineMethod (c$, "setAnnotationVisible", \r
 273 function (b) {\r
 274 if (!this.av.getWrapAlignment ()) {\r
 275 this.annotationSpaceFillerHolder.setVisible (b);\r
 276 this.annotationPanelHolder.setVisible (b);\r
 277 } else {\r
 278 this.annotationSpaceFillerHolder.setVisible (false);\r
 279 this.annotationPanelHolder.setVisible (false);\r
 280 }this.validate ();\r
 281 this.repaint ();\r
 282 }, "~B");\r
 283 Clazz.overrideMethod (c$, "adjustAnnotationHeight", \r
 284 function () {\r
 285 if (this.alignFrame.getSize ().height == 0) {\r
 286 System.out.println ("adjustAnnotationHeight frame size zero NEEDS FIXING");\r
 287 }this.fontChanged ();\r
 288 this.validateAnnotationDimensions (true);\r
 289 this.apvscroll.addNotify ();\r
 290 this.hscroll.addNotify ();\r
 291 this.validate ();\r
 292 this.paintAlignment (true);\r
 293 });\r
 294 Clazz.defineMethod (c$, "validateAnnotationDimensions", \r
 295 function (adjustPanelHeight) {\r
 296 var rowHeight = this.av.getCharHeight ();\r
 297 var alignmentHeight = rowHeight * this.av.getAlignment ().getHeight ();\r
 298 var annotationHeight = this.av.calcPanelHeight ();\r
 299 var mheight = annotationHeight;\r
 300 var d = this.sequenceHolderPanel.getSize ();\r
 301 var availableHeight = d.height - this.scalePanelHolder.getHeight ();\r
 302 if (adjustPanelHeight) {\r
 303 if (annotationHeight + alignmentHeight > availableHeight) {\r
 304 annotationHeight = Math.min (annotationHeight, availableHeight - 2 * rowHeight);\r
 305 }} else {\r
 306 annotationHeight = this.annotationPanelHolder.getSize ().height;\r
 307 }if (availableHeight - annotationHeight < 5) {\r
 308 annotationHeight = availableHeight;\r
 309 }this.annotationPanel.setSize ( new java.awt.Dimension (d.width, annotationHeight));\r
 310 this.annotationPanelHolder.setSize ( new java.awt.Dimension (d.width, annotationHeight));\r
 311 this.seqPanel.seqCanvas.setSize (d.width, this.seqPanel.seqCanvas.getSize ().height);\r
 312 var e = this.idPanel.getSize ();\r
 313 this.alabels.setSize ( new java.awt.Dimension (e.width, annotationHeight));\r
 314 this.annotationSpaceFillerHolder.setSize ( new java.awt.Dimension (e.width, annotationHeight));\r
 315 var s = this.apvscroll.getValue ();\r
 316 if (s > mheight - annotationHeight) {\r
 317 s = 0;\r
 318 }this.apvscroll.setValues (s, annotationHeight, 0, mheight);\r
 319 this.annotationPanel.setScrollOffset (this.apvscroll.getValue (), false);\r
 320 this.alabels.setScrollOffset (this.apvscroll.getValue (), false);\r
 321 }, "~B");\r
 322 Clazz.defineMethod (c$, "setWrapAlignment", \r
 323 function (wrap) {\r
 324 this.av.startSeq = 0;\r
 325 this.av.startRes = 0;\r
 326 this.scalePanelHolder.setVisible (!wrap);\r
 327 this.hscroll.setVisible (!wrap);\r
 328 this.idwidthAdjuster.setVisible (!wrap);\r
 329 if (wrap) {\r
 330 this.annotationPanelHolder.setVisible (false);\r
 331 this.annotationSpaceFillerHolder.setVisible (false);\r
 332 } else if (this.av.isShowAnnotation ()) {\r
 333 this.annotationPanelHolder.setVisible (true);\r
 334 this.annotationSpaceFillerHolder.setVisible (true);\r
 335 }this.idSpaceFillerPanel1.setVisible (!wrap);\r
 336 this.fontChanged ();\r
 337 this.validate ();\r
 338 this.sequenceHolderPanel.validate ();\r
 339 this.repaint ();\r
 340 }, "~B");\r
 341 Clazz.defineMethod (c$, "scrollUp", \r
 342 function (up) {\r
 343 if (up) {\r
 344 if (this.vscroll.getValue () < 1) {\r
 345 return false;\r
 346 }this.setScrollValues (this.hscroll.getValue (), this.vscroll.getValue () - 1);\r
 347 } else {\r
 348 if (this.vextent + this.vscroll.getValue () >= this.av.getAlignment ().getHeight ()) {\r
 349 return false;\r
 350 }this.setScrollValues (this.hscroll.getValue (), this.vscroll.getValue () + 1);\r
 351 }this.repaint ();\r
 352 return true;\r
 353 }, "~B");\r
 354 Clazz.defineMethod (c$, "scrollRight", \r
 355 function (right) {\r
 356 if (!right) {\r
 357 if (this.hscroll.getValue () < 1) {\r
 358 return false;\r
 359 }this.setScrollValues (this.hscroll.getValue () - 1, this.vscroll.getValue ());\r
 360 } else {\r
 361 if (this.hextent + this.hscroll.getValue () >= this.av.getAlignment ().getWidth ()) {\r
 362 return false;\r
 363 }this.setScrollValues (this.hscroll.getValue () + 1, this.vscroll.getValue ());\r
 364 }this.repaint ();\r
 365 return true;\r
 366 }, "~B");\r
 367 Clazz.defineMethod (c$, "setScrollValues", \r
 368 function (x, y) {\r
 369 var width = this.av.getAlignment ().getWidth ();\r
 370 var height = this.av.getAlignment ().getHeight ();\r
 371 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {\r
 372 width = this.av.getColumnSelection ().findColumnPosition (width);\r
 373 }if (x < 0) {\r
 374 x = 0;\r
 375 };this.hextent = Clazz.doubleToInt (this.seqPanel.seqCanvas.getSize ().width / this.av.getCharWidth ());\r
 376 this.vextent = Clazz.doubleToInt (this.seqPanel.seqCanvas.getSize ().height / this.av.getCharHeight ());\r
 377 if (this.hextent > width) {\r
 378 this.hextent = width;\r
 379 }if (this.vextent > height) {\r
 380 this.vextent = height;\r
 381 }if ((this.hextent + x) > width) {\r
 382 System.err.println ("hextent was " + this.hextent + " and x was " + x);\r
 383 x = width - this.hextent;\r
 384 }if ((this.vextent + y) > height) {\r
 385 y = height - this.vextent;\r
 386 }if (y < 0) {\r
 387 y = 0;\r
 388 }if (x < 0) {\r
 389 System.err.println ("x was " + x);\r
 390 x = 0;\r
 391 }this.av.setStartSeq (y);\r
 392 var endSeq = y + this.vextent;\r
 393 if (endSeq > this.av.getAlignment ().getHeight ()) {\r
 394 endSeq = this.av.getAlignment ().getHeight ();\r
 395 }this.av.setEndSeq (endSeq);\r
 396 this.av.setStartRes (x);\r
 397 this.av.setEndRes ((x + (Clazz.doubleToInt (this.seqPanel.seqCanvas.getSize ().width / this.av.getCharWidth ()))) - 1);\r
 398 this.hscroll.setValues (x, this.hextent, 0, width);\r
 399 this.vscroll.setValues (y, this.vextent, 0, height);\r
 400 if (this.overviewPanel != null) {\r
 401 this.overviewPanel.setBoxPosition ();\r
 402 }this.sendViewPosition ();\r
 403 }, "~N,~N");\r
 404 Clazz.overrideMethod (c$, "adjustmentValueChanged", \r
 405 function (evt) {\r
 406 if (this.annotationPanel == null) return;\r
 407 var oldX = this.av.getStartRes ();\r
 408 var oldY = this.av.getStartSeq ();\r
 409 if (evt == null || evt.getSource () === this.apvscroll) {\r
 410 this.annotationPanel.setScrollOffset (this.apvscroll.getValue (), false);\r
 411 this.alabels.setScrollOffset (this.apvscroll.getValue (), false);\r
 412 }if (evt == null || evt.getSource () === this.hscroll) {\r
 413 var x = this.hscroll.getValue ();\r
 414 this.av.setStartRes (x);\r
 415 this.av.setEndRes (x + Clazz.doubleToInt (this.seqPanel.seqCanvas.getSize ().width / this.av.getCharWidth ()) - 1);\r
 416 }if (evt == null || evt.getSource () === this.vscroll) {\r
 417 var offy = this.vscroll.getValue ();\r
 418 if (this.av.getWrapAlignment ()) {\r
 419 var rowSize = this.seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth (this.seqPanel.seqCanvas.getSize ().width);\r
 420 this.av.setStartRes (this.vscroll.getValue () * rowSize);\r
 421 this.av.setEndRes ((this.vscroll.getValue () + 1) * rowSize);\r
 422 } else {\r
 423 this.av.setStartSeq (offy);\r
 424 this.av.setEndSeq (offy + Clazz.doubleToInt (this.seqPanel.seqCanvas.getSize ().height / this.av.getCharHeight ()));\r
 425 }}if (this.overviewPanel != null) {\r
 426 this.overviewPanel.setBoxPosition ();\r
 427 }var scrollX = this.av.startRes - oldX;\r
 428 var scrollY = this.av.startSeq - oldY;\r
 429 if (this.av.getWrapAlignment () || !this.fastPaint || this.av.MAC) {\r
 430 this.repaint ();\r
 431 } else {\r
 432 if (scrollX > this.av.endRes - this.av.startRes) {\r
 433 scrollX = this.av.endRes - this.av.startRes;\r
 434 } else if (scrollX < this.av.startRes - this.av.endRes) {\r
 435 scrollX = this.av.startRes - this.av.endRes;\r
 436 }this.idPanel.idCanvas.fastPaint (scrollY);\r
 437 this.seqPanel.seqCanvas.fastPaint (scrollX, scrollY);\r
 438 this.scalePanel.repaint ();\r
 439 if (this.av.isShowAnnotation ()) {\r
 440 this.annotationPanel.fastPaint (this.av.getStartRes () - oldX);\r
 441 }}this.sendViewPosition ();\r
 442 if (this.isFollowingComplementScroll ()) {\r
 443 this.setFollowingComplementScroll (false);\r
 444 } else {\r
 445 var ap = this.getComplementPanel ();\r
 446 this.av.scrollComplementaryAlignment (ap);\r
 447 }}, "java.awt.event.AdjustmentEvent");\r
 448 Clazz.defineMethod (c$, "getComplementPanel", \r
 449  function () {\r
 450 var ap = null;\r
 451 if (this.alignFrame != null) {\r
 452 var sf = this.alignFrame.getSplitFrame ();\r
 453 if (sf != null) {\r
 454 var other = sf.getComplement (this.alignFrame);\r
 455 if (other != null) {\r
 456 ap = other.alignPanel;\r
 457 }}}return ap;\r
 458 });\r
 459 Clazz.defineMethod (c$, "scrollToCentre", \r
 460 function (sr, seqOffset) {\r
 461 var mappedTo = sr.getResultSequence (0);\r
 462 var seqs = this.av.getAlignment ().getSequences ();\r
 463 var sequenceIndex = 0;\r
 464 var matched = false;\r
 465 for (var seq, $seq = seqs.iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {\r
 466 if (mappedTo === seq.getDatasetSequence ()) {\r
 467 matched = true;\r
 468 break;\r
 469 }sequenceIndex++;\r
 470 }\r
 471 if (!matched) {\r
 472 return;\r
 473 }sequenceIndex = Math.max (0, sequenceIndex - seqOffset);\r
 474 sr.getResults ().get (0).setSequence (this.av.getAlignment ().getSequenceAt (sequenceIndex));\r
 475 this.setFollowingComplementScroll (true);\r
 476 this.scrollToPosition (sr, true, true);\r
 477 }, "jalview.datamodel.SearchResults,~N");\r
 478 Clazz.defineMethod (c$, "sendViewPosition", \r
 479  function () {\r
 480 jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this.av.applet).sendViewPosition (this, this.av.startRes, this.av.endRes, this.av.startSeq, this.av.endSeq);\r
 481 });\r
 482 Clazz.overrideMethod (c$, "paintAlignment", \r
 483 function (updateOverview) {\r
 484 var sorter =  new jalview.analysis.AnnotationSorter (this.getAlignment (), this.av.isShowAutocalculatedAbove ());\r
 485 sorter.sort (this.getAlignment ().getAlignmentAnnotation (), this.av.getSortAnnotationsBy ());\r
 486 this.repaint ();\r
 487 if (updateOverview) {\r
 488 jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this.av.applet).sequenceColoursChanged (this);\r
 489 if (this.overviewPanel != null) {\r
 490 this.overviewPanel.updateOverviewImage ();\r
 491 }}}, "~B");\r
 492 Clazz.overrideMethod (c$, "paintComponent", \r
 493 function (g) {\r
 494 System.out.println ("alignframe paintcomp");\r
 495 this.invalidate ();\r
 496 var d = this.idPanel.idCanvas.getSize ();\r
 497 var canvasHeight = this.seqPanel.seqCanvas.getSize ().height;\r
 498 if (canvasHeight != d.height) {\r
 499 this.idPanel.idCanvas.setSize (d.width, canvasHeight);\r
 500 }if (this.av.getWrapAlignment ()) {\r
 501 var maxwidth = this.av.getAlignment ().getWidth ();\r
 502 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {\r
 503 maxwidth = this.av.getColumnSelection ().findColumnPosition (maxwidth) - 1;\r
 504 }var canvasWidth = this.seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth (this.seqPanel.seqCanvas.getSize ().width);\r
 505 if (canvasWidth > 0) {\r
 506 var max = Clazz.doubleToInt (maxwidth / canvasWidth);\r
 507 this.vscroll.setMaximum (1 + max);\r
 508 this.vscroll.setUnitIncrement (1);\r
 509 this.vscroll.setVisibleAmount (1);\r
 510 }} else {\r
 511 this.setScrollValues (this.av.getStartRes (), this.av.getStartSeq ());\r
 512 }}, "java.awt.Graphics");\r
 513 Clazz.defineMethod (c$, "jbInit", \r
 514  function () {\r
 515 this.setLayout ( new java.awt.BorderLayout ());\r
 516 this.sequenceHolderPanel.setLayout ( new java.awt.BorderLayout ());\r
 517 this.seqPanelHolder.setLayout ( new java.awt.BorderLayout ());\r
 518 this.scalePanelHolder.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 519 this.scalePanelHolder.setLayout ( new java.awt.BorderLayout ());\r
 520 this.idPanelHolder.setLayout ( new java.awt.BorderLayout ());\r
 521 this.idSpaceFillerPanel1.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 522 this.idSpaceFillerPanel1.setLayout ( new java.awt.BorderLayout ());\r
 523 this.annotationSpaceFillerHolder.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 524 this.annotationSpaceFillerHolder.setLayout ( new java.awt.BorderLayout ());\r
 525 this.hscroll.setOrientation (0);\r
 526 var hscrollHolder =  new awt2swing.Panel ();\r
 527 hscrollHolder.setLayout ( new java.awt.BorderLayout ());\r
 528 this.hscrollFillerPanel.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 529 this.apvscroll.setOrientation (1);\r
 530 this.apvscroll.setVisible (true);\r
 531 this.apvscroll.addAdjustmentListener (this);\r
 532 this.annotationPanelHolder.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 533 this.annotationPanelHolder.setLayout ( new java.awt.BorderLayout ());\r
 534 this.annotationPanelHolder.add (this.apvscroll, "East");\r
 535 hscrollHolder.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 536 this.seqPanelHolder.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 537 this.idPanelHolder.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 538 this.sequenceHolderPanel.add (this.scalePanelHolder, "North");\r
 539 this.sequenceHolderPanel.add (this.seqPanelHolder, "Center");\r
 540 this.seqPanelHolder.add (this.vscroll, "East");\r
 541 this.add (this.idPanelHolder, "West");\r
 542 this.idPanelHolder.add (this.idSpaceFillerPanel1, "North");\r
 543 this.idPanelHolder.add (this.annotationSpaceFillerHolder, "South");\r
 544 this.add (hscrollHolder, "South");\r
 545 hscrollHolder.add (this.hscroll, "Center");\r
 546 hscrollHolder.add (this.hscrollFillerPanel, "West");\r
 547 this.add (this.sequenceHolderPanel, "Center");\r
 548 });\r
 549 Clazz.defineMethod (c$, "updateAnnotation", \r
 550 function () {\r
 551 this.updateAnnotation (false);\r
 552 });\r
 553 Clazz.defineMethod (c$, "updateAnnotation", \r
 554 function (applyGlobalSettings) {\r
 555 this.updateAnnotation (applyGlobalSettings, false);\r
 556 }, "~B");\r
 557 Clazz.defineMethod (c$, "updateAnnotation", \r
 558 function (applyGlobalSettings, preserveNewGroupSettings) {\r
 559 this.av.updateGroupAnnotationSettings (applyGlobalSettings, preserveNewGroupSettings);\r
 560 this.adjustAnnotationHeight ();\r
 561 }, "~B,~B");\r
 562 Clazz.overrideMethod (c$, "getAlignment", \r
 563 function () {\r
 564 return this.av.getAlignment ();\r
 565 });\r
 566 Clazz.overrideMethod (c$, "getViewName", \r
 567 function () {\r
 568 return this.getName ();\r
 569 });\r
 570 Clazz.overrideMethod (c$, "getStructureSelectionManager", \r
 571 function () {\r
 572 return jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this.av.applet);\r
 573 });\r
 574 Clazz.overrideMethod (c$, "raiseOOMWarning", \r
 575 function (string, error) {\r
 576 System.err.println ("Out of memory whilst '" + string + "'");\r
 577 error.printStackTrace ();\r
 578 }, "~S,OutOfMemoryError");\r
 579 Clazz.defineMethod (c$, "setFollowingComplementScroll", \r
 580 function (b) {\r
 581 this.followingComplementScroll = b;\r
 582 }, "~B");\r
 583 Clazz.defineMethod (c$, "isFollowingComplementScroll", \r
 584 function () {\r
 585 return this.followingComplementScroll;\r
 586 });\r
 587 c$.$AlignmentPanel$1$ = function () {\r
 588 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 589 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "AlignmentPanel$1", java.awt.event.ComponentAdapter);\r
 590 Clazz.overrideMethod (c$, "componentResized", \r
 591 function (evt) {\r
 592 this.b$["jalview.appletgui.AlignmentPanel"].setScrollValues (this.f$.av.getStartRes (), this.f$.av.getStartSeq ());\r
 593 if (this.b$["jalview.appletgui.AlignmentPanel"].getSize ().height > 0 && this.b$["jalview.appletgui.AlignmentPanel"].annotationPanelHolder.getSize ().height > 0) {\r
 594 this.b$["jalview.appletgui.AlignmentPanel"].validateAnnotationDimensions (false);\r
 595 }this.b$["jalview.appletgui.AlignmentPanel"].repaint ();\r
 596 }, "java.awt.event.ComponentEvent");\r
 597 c$ = Clazz.p0p ();\r
 598 };\r
 599 c$.$AlignmentPanel$2$ = function () {\r
 600 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 601 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "AlignmentPanel$2", null, java.beans.PropertyChangeListener);\r
 602 Clazz.overrideMethod (c$, "propertyChange", \r
 603 function (evt) {\r
 604 if (evt.getPropertyName ().equals ("alignment")) {\r
 605 jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (this.f$.ap, this.f$.av.getSequenceSetId (), true, true);\r
 606 this.b$["jalview.appletgui.AlignmentPanel"].alignmentChanged ();\r
 607 }}, "java.beans.PropertyChangeEvent");\r
 608 c$ = Clazz.p0p ();\r
 609 };\r
 610 });\r