site/j2s/jalview/appletgui/AnnotationColumnChooser.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");\r
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "jalview.appletgui.AnnotationRowFilter", "$.TitledPanel", "java.awt.event.ActionListener", "$.AdjustmentListener", "$.ItemListener", "$.MouseListener", "awt2swing.Checkbox", "$.Choice", "$.TextField", "java.awt.BorderLayout", "$.CardLayout"], "jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser", ["awt2swing.Frame", "jalview.bin.JalviewLite", "jalview.datamodel.ColumnSelection", "$.GraphLine", "jalview.util.MessageManager", "jalview.viewmodel.annotationfilter.AnnotationFilterParameter", "java.awt.Color", "$.Dimension", "java.awt.event.MouseAdapter", "$.TextListener", "java.lang.Float", "java.util.Vector", "javax.swing.JPanel"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.annotations = null;\r
   5 this.actionPanel = null;\r
   6 this.thresholdPanel = null;\r
   7 this.switchableViewsPanel = null;\r
   8 this.switchableViewsLayout = null;\r
   9 this.noGraphFilterView = null;\r
  10 this.graphFilterView = null;\r
  11 this.annotationComboBoxPanel = null;\r
  12 this.borderLayout1 = null;\r
  13 this.gBorderLayout = null;\r
  14 this.ngBorderLayout = null;\r
  15 this.threshold = null;\r
  16 this.gStructureFilterPanel = null;\r
  17 this.ngStructureFilterPanel = null;\r
  18 this.currentStructureFilterPanel = null;\r
  19 this.currentSearchPanel = null;\r
  20 this.gSearchPanel = null;\r
  21 this.ngSearchPanel = null;\r
  22 this.currentFurtherActionPanel = null;\r
  23 this.gFurtherActionPanel = null;\r
  24 this.ngFurtherActionPanel = null;\r
  25 this.actionOption = 1;\r
  26 this.oldColumnSelection = null;\r
  27 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.FurtherActionPanel")) {\r
  28 jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.$AnnotationColumnChooser$FurtherActionPanel$ ();\r
  29 }\r
  30 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.StructureFilterPanel")) {\r
  31 jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.$AnnotationColumnChooser$StructureFilterPanel$ ();\r
  32 }\r
  33 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.SearchPanel")) {\r
  34 jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.$AnnotationColumnChooser$SearchPanel$ ();\r
  35 }\r
  36 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  37 }, jalview.appletgui, "AnnotationColumnChooser", jalview.appletgui.AnnotationRowFilter, [java.awt.event.ActionListener, java.awt.event.AdjustmentListener, java.awt.event.ItemListener, java.awt.event.MouseListener]);\r
  38 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  39 this.annotations =  new awt2swing.Choice ();\r
  40 this.actionPanel =  new awt2swing.Panel ();\r
  41 this.thresholdPanel =  new jalview.appletgui.TitledPanel ();\r
  42 this.switchableViewsPanel =  new awt2swing.Panel ( new java.awt.CardLayout ());\r
  43 this.switchableViewsLayout = (this.switchableViewsPanel.getLayout ());\r
  44 this.noGraphFilterView =  new awt2swing.Panel ();\r
  45 this.graphFilterView =  new awt2swing.Panel ();\r
  46 this.annotationComboBoxPanel =  new awt2swing.Panel ();\r
  47 this.borderLayout1 =  new java.awt.BorderLayout ();\r
  48 this.gBorderLayout =  new java.awt.BorderLayout ();\r
  49 this.ngBorderLayout =  new java.awt.BorderLayout ();\r
  50 this.threshold =  new awt2swing.Choice ();\r
  51 });\r
  52 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  53 function () {\r
  54 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser, []);\r
  55 try {\r
  56 this.jbInit ();\r
  57 } catch (ex) {\r
  58 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
  59 ex.printStackTrace ();\r
  60 } else {\r
  61 throw ex;\r
  62 }\r
  63 }\r
  64 });\r
  65 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  66 function (av, ap) {\r
  67 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser, [av, ap]);\r
  68 this.frame =  new awt2swing.Frame ();\r
  69 this.frame.add (this);\r
  70 jalview.bin.JalviewLite.addFrame (this.frame, jalview.util.MessageManager.getString ("label.select_by_annotation"), 520, 215);\r
  71 this.slider.addAdjustmentListener (this);\r
  72 this.slider.addMouseListener (this);\r
  73 if (av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation () == null) {\r
  74 return;\r
  75 }this.setOldColumnSelection (av.getColumnSelection ());\r
  76 this.adjusting = true;\r
  77 var list =  new java.util.Vector ();\r
  78 var index = 1;\r
  79 for (var i = 0; i < av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ().length; i++) {\r
  80 var label = av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ()[i].label;\r
  81 if (!list.contains (label)) {\r
  82 list.addElement (label);\r
  83 } else {\r
  84 list.addElement (label + "_" + (index++));\r
  85 }}\r
  86 for (var i = 0; i < list.size (); i++) {\r
  87 this.annotations.addItem (list.elementAt (i).toString ());\r
  88 }\r
  89 this.populateThresholdComboBox (this.threshold);\r
  90 if (av.getAnnotationColumnSelectionState () != null) {\r
  91 this.currentSearchPanel = av.getAnnotationColumnSelectionState ().getCurrentSearchPanel ();\r
  92 this.currentStructureFilterPanel = av.getAnnotationColumnSelectionState ().getCurrentStructureFilterPanel ();\r
  93 this.annotations.select (new Integer (av.getAnnotationColumnSelectionState ().getAnnotations ().getSelectedIndex ()));\r
  94 this.threshold.select (new Integer (av.getAnnotationColumnSelectionState ().getThreshold ().getSelectedIndex ()));\r
  95 this.actionOption = av.getAnnotationColumnSelectionState ().getActionOption ();\r
  96 }try {\r
  97 this.jbInit ();\r
  98 } catch (ex) {\r
  99 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
 100 } else {\r
 101 throw ex;\r
 102 }\r
 103 }\r
 104 this.adjusting = false;\r
 105 this.updateView ();\r
 106 this.frame.invalidate ();\r
 107 this.frame.pack ();\r
 108 }, "jalview.appletgui.AlignViewport,jalview.appletgui.AlignmentPanel");\r
 109 Clazz.defineMethod (c$, "jbInit", \r
 110  function () {\r
 111 this.ok.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.ok"));\r
 112 this.cancel.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.cancel"));\r
 113 this.thresholdValue.setEnabled (false);\r
 114 this.thresholdValue.setColumns (7);\r
 115 this.ok.addActionListener (this);\r
 116 this.cancel.addActionListener (this);\r
 117 this.annotations.addItemListener (this);\r
 118 this.thresholdValue.addActionListener (this);\r
 119 this.threshold.addItemListener (this);\r
 120 this.slider.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 121 this.slider.setEnabled (false);\r
 122 this.slider.setPreferredSize ( new java.awt.Dimension (100, 32));\r
 123 this.thresholdPanel.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 124 this.actionPanel.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 125 this.graphFilterView.setLayout (this.gBorderLayout);\r
 126 this.graphFilterView.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 127 this.noGraphFilterView.setLayout (this.ngBorderLayout);\r
 128 this.noGraphFilterView.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 129 this.annotationComboBoxPanel.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 130 this.gSearchPanel = Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.SearchPanel, this, null, this);\r
 131 this.ngSearchPanel = Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.SearchPanel, this, null, this);\r
 132 this.gFurtherActionPanel = Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.FurtherActionPanel, this, null, this);\r
 133 this.ngFurtherActionPanel = Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.FurtherActionPanel, this, null, this);\r
 134 this.gStructureFilterPanel = Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.StructureFilterPanel, this, null, this);\r
 135 this.ngStructureFilterPanel = Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.StructureFilterPanel, this, null, this);\r
 136 this.thresholdPanel.setTitle ("Threshold Filter");\r
 137 this.thresholdPanel.add (this.getThreshold ());\r
 138 this.thresholdPanel.add (this.slider);\r
 139 this.thresholdPanel.add (this.thresholdValue);\r
 140 this.actionPanel.add (this.ok);\r
 141 this.actionPanel.add (this.cancel);\r
 142 var staticPanel =  new javax.swing.JPanel ();\r
 143 staticPanel.setLayout ( new java.awt.BorderLayout ());\r
 144 staticPanel.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 145 staticPanel.add (this.gSearchPanel, "North");\r
 146 staticPanel.add (this.gStructureFilterPanel, "South");\r
 147 this.graphFilterView.add (staticPanel, "North");\r
 148 this.graphFilterView.add (this.thresholdPanel, "Center");\r
 149 this.graphFilterView.add (this.gFurtherActionPanel, "South");\r
 150 this.noGraphFilterView.add (this.ngSearchPanel, "First");\r
 151 this.noGraphFilterView.add (this.ngStructureFilterPanel, "Center");\r
 152 this.noGraphFilterView.add (this.ngFurtherActionPanel, "Center");\r
 153 this.annotationComboBoxPanel.add (this.getAnnotations ());\r
 154 this.switchableViewsPanel.add (this.noGraphFilterView, jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.NO_GRAPH_VIEW);\r
 155 this.switchableViewsPanel.add (this.graphFilterView, jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.GRAPH_VIEW);\r
 156 this.setLayout (this.borderLayout1);\r
 157 this.add (this.annotationComboBoxPanel, "First");\r
 158 this.add (this.switchableViewsPanel, "Center");\r
 159 this.add (this.actionPanel, "South");\r
 160 this.selectedAnnotationChanged ();\r
 161 this.validate ();\r
 162 });\r
 163 Clazz.overrideMethod (c$, "reset", \r
 164 function () {\r
 165 if (this.getOldColumnSelection () != null) {\r
 166 this.av.getColumnSelection ().clear ();\r
 167 if (this.av.getAnnotationColumnSelectionState () != null) {\r
 168 var oldSelection = this.av.getAnnotationColumnSelectionState ().getOldColumnSelection ();\r
 169 if (oldSelection != null && oldSelection.getHiddenColumns () != null && !oldSelection.getHiddenColumns ().isEmpty ()) {\r
 170 for (var itr = oldSelection.getHiddenColumns ().iterator (); itr.hasNext (); ) {\r
 171 var positions = itr.next ();\r
 172 this.av.hideColumns (positions[0], positions[1]);\r
 173 }\r
 174 }this.av.setColumnSelection (oldSelection);\r
 175 }this.ap.paintAlignment (true);\r
 176 }});\r
 177 Clazz.overrideMethod (c$, "adjustmentValueChanged", \r
 178 function (evt) {\r
 179 if (!this.adjusting) {\r
 180 this.thresholdValue.setText ((this.slider.getValue () / 1000) + "");\r
 181 this.valueChanged (!this.sliderDragging);\r
 182 }}, "java.awt.event.AdjustmentEvent");\r
 183 Clazz.defineMethod (c$, "addSliderMouseListeners", \r
 184 function () {\r
 185 this.slider.addMouseListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser$1") ? 0 : jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.$AnnotationColumnChooser$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser$1, this, null)));\r
 186 });\r
 187 Clazz.overrideMethod (c$, "valueChanged", \r
 188 function (updateAllAnnotation) {\r
 189 if (this.slider.isEnabled ()) {\r
 190 this.getCurrentAnnotation ().threshold.value = this.slider.getValue () / 1000;\r
 191 this.updateView ();\r
 192 this.ap.paintAlignment (false);\r
 193 }}, "~B");\r
 194 Clazz.defineMethod (c$, "getThreshold", \r
 195 function () {\r
 196 return this.threshold;\r
 197 });\r
 198 Clazz.defineMethod (c$, "setThreshold", \r
 199 function (threshold) {\r
 200 this.threshold = threshold;\r
 201 }, "awt2swing.Choice");\r
 202 Clazz.defineMethod (c$, "getAnnotations", \r
 203 function () {\r
 204 return this.annotations;\r
 205 });\r
 206 Clazz.defineMethod (c$, "setAnnotations", \r
 207 function (annotations) {\r
 208 this.annotations = annotations;\r
 209 }, "awt2swing.Choice");\r
 210 Clazz.overrideMethod (c$, "updateView", \r
 211 function () {\r
 212 if (this.adjusting) {\r
 213 return;\r
 214 }var filterParams =  new jalview.viewmodel.annotationfilter.AnnotationFilterParameter ();\r
 215 this.setCurrentAnnotation (this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ()[this.getAnnotations ().getSelectedIndex ()]);\r
 216 var selectedThresholdItem = this.getSelectedThresholdItem (this.getThreshold ().getSelectedIndex ());\r
 217 this.slider.setEnabled (true);\r
 218 this.thresholdValue.setEnabled (true);\r
 219 if (selectedThresholdItem == -1) {\r
 220 this.slider.setEnabled (false);\r
 221 this.thresholdValue.setEnabled (false);\r
 222 this.thresholdValue.setText ("");\r
 223 } else if (selectedThresholdItem != -1) {\r
 224 if (this.getCurrentAnnotation ().threshold == null) {\r
 225 this.getCurrentAnnotation ().setThreshold ( new jalview.datamodel.GraphLine ((this.getCurrentAnnotation ().graphMax - this.getCurrentAnnotation ().graphMin) / 2, "Threshold", java.awt.Color.black));\r
 226 }this.adjusting = true;\r
 227 var range = this.getCurrentAnnotation ().graphMax * 1000 - this.getCurrentAnnotation ().graphMin * 1000;\r
 228 this.slider.setMinimum (Clazz.floatToInt (this.getCurrentAnnotation ().graphMin * 1000));\r
 229 this.slider.setMaximum (Clazz.floatToInt (this.getCurrentAnnotation ().graphMax * 1000));\r
 230 this.slider.setValue (Clazz.floatToInt (this.getCurrentAnnotation ().threshold.value * 1000));\r
 231 this.thresholdValue.setText (this.getCurrentAnnotation ().threshold.value + "");\r
 232 this.slider.setEnabled (true);\r
 233 this.thresholdValue.setEnabled (true);\r
 234 this.adjusting = false;\r
 235 filterParams.setThresholdType (jalview.viewmodel.annotationfilter.AnnotationFilterParameter.ThresholdType.NO_THRESHOLD);\r
 236 if (this.getCurrentAnnotation ().graph != 0) {\r
 237 filterParams.setThresholdValue (this.getCurrentAnnotation ().threshold.value);\r
 238 if (selectedThresholdItem == 1) {\r
 239 filterParams.setThresholdType (jalview.viewmodel.annotationfilter.AnnotationFilterParameter.ThresholdType.ABOVE_THRESHOLD);\r
 240 } else if (selectedThresholdItem == 0) {\r
 241 filterParams.setThresholdType (jalview.viewmodel.annotationfilter.AnnotationFilterParameter.ThresholdType.BELOW_THRESHOLD);\r
 242 }}}if (this.currentStructureFilterPanel != null) {\r
 243 if (this.currentStructureFilterPanel.alphaHelix.getState ()) {\r
 244 filterParams.setFilterAlphaHelix (true);\r
 245 }if (this.currentStructureFilterPanel.betaStrand.getState ()) {\r
 246 filterParams.setFilterBetaSheet (true);\r
 247 }if (this.currentStructureFilterPanel.turn.getState ()) {\r
 248 filterParams.setFilterTurn (true);\r
 249 }}if (this.currentSearchPanel != null) {\r
 250 if (!this.currentSearchPanel.searchBox.getText ().isEmpty ()) {\r
 251 this.currentSearchPanel.description.setEnabled (true);\r
 252 this.currentSearchPanel.displayName.setEnabled (true);\r
 253 filterParams.setRegexString (this.currentSearchPanel.searchBox.getText ());\r
 254 if (this.currentSearchPanel.displayName.getState ()) {\r
 255 filterParams.addRegexSearchField (jalview.viewmodel.annotationfilter.AnnotationFilterParameter.SearchableAnnotationField.DISPLAY_STRING);\r
 256 }if (this.currentSearchPanel.description.getState ()) {\r
 257 filterParams.addRegexSearchField (jalview.viewmodel.annotationfilter.AnnotationFilterParameter.SearchableAnnotationField.DESCRIPTION);\r
 258 }} else {\r
 259 this.currentSearchPanel.description.setEnabled (false);\r
 260 this.currentSearchPanel.displayName.setEnabled (false);\r
 261 }}this.av.getColumnSelection ().filterAnnotations (this.getCurrentAnnotation ().annotations, filterParams);\r
 262 this.av.showAllHiddenColumns ();\r
 263 if (this.getActionOption () == jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.ACTION_OPTION_HIDE) {\r
 264 this.av.hideSelectedColumns ();\r
 265 }filterParams = null;\r
 266 this.av.setAnnotationColumnSelectionState (this);\r
 267 this.ap.paintAlignment (true);\r
 268 });\r
 269 Clazz.defineMethod (c$, "getOldColumnSelection", \r
 270 function () {\r
 271 return this.oldColumnSelection;\r
 272 });\r
 273 Clazz.defineMethod (c$, "setOldColumnSelection", \r
 274 function (currentColumnSelection) {\r
 275 if (currentColumnSelection != null) {\r
 276 this.oldColumnSelection =  new jalview.datamodel.ColumnSelection (currentColumnSelection);\r
 277 }}, "jalview.datamodel.ColumnSelection");\r
 278 Clazz.defineMethod (c$, "getCurrentFutherActionPanel", \r
 279 function () {\r
 280 return this.currentFurtherActionPanel;\r
 281 });\r
 282 Clazz.defineMethod (c$, "setCurrentFutherActionPanel", \r
 283 function (currentFutherActionPanel) {\r
 284 this.currentFurtherActionPanel = currentFutherActionPanel;\r
 285 }, "jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.FurtherActionPanel");\r
 286 Clazz.defineMethod (c$, "getCurrentSearchPanel", \r
 287 function () {\r
 288 return this.currentSearchPanel;\r
 289 });\r
 290 Clazz.defineMethod (c$, "setCurrentSearchPanel", \r
 291 function (currentSearchPanel) {\r
 292 this.currentSearchPanel = currentSearchPanel;\r
 293 }, "jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.SearchPanel");\r
 294 Clazz.defineMethod (c$, "getActionOption", \r
 295 function () {\r
 296 return this.actionOption;\r
 297 });\r
 298 Clazz.defineMethod (c$, "setActionOption", \r
 299 function (actionOption) {\r
 300 this.actionOption = actionOption;\r
 301 }, "~N");\r
 302 Clazz.defineMethod (c$, "getCurrentStructureFilterPanel", \r
 303 function () {\r
 304 return this.currentStructureFilterPanel;\r
 305 });\r
 306 Clazz.defineMethod (c$, "setCurrentStructureFilterPanel", \r
 307 function (currentStructureFilterPanel) {\r
 308 this.currentStructureFilterPanel = currentStructureFilterPanel;\r
 309 }, "jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.StructureFilterPanel");\r
 310 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged", \r
 311 function (e) {\r
 312 if (e.getSource () === this.annotations) {\r
 313 this.selectedAnnotationChanged ();\r
 314 } else if (e.getSource () === this.threshold) {\r
 315 this.threshold_actionPerformed (null);\r
 316 }}, "java.awt.event.ItemEvent");\r
 317 Clazz.defineMethod (c$, "selectedAnnotationChanged", \r
 318 function () {\r
 319 var currentView = jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.NO_GRAPH_VIEW;\r
 320 if (this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ()[this.getAnnotations ().getSelectedIndex ()].graph != 0) {\r
 321 currentView = jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.GRAPH_VIEW;\r
 322 }this.gSearchPanel.syncState ();\r
 323 this.gFurtherActionPanel.syncState ();\r
 324 this.gStructureFilterPanel.syncState ();\r
 325 this.ngSearchPanel.syncState ();\r
 326 this.ngFurtherActionPanel.syncState ();\r
 327 this.ngStructureFilterPanel.syncState ();\r
 328 this.switchableViewsLayout.show (this.switchableViewsPanel, currentView);\r
 329 this.updateView ();\r
 330 });\r
 331 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed", \r
 332 function (evt) {\r
 333 if (evt.getSource () === this.thresholdValue) {\r
 334 try {\r
 335 var f =  new Float (this.thresholdValue.getText ()).floatValue ();\r
 336 this.slider.setValue (Clazz.floatToInt (f * 1000));\r
 337 this.adjustmentValueChanged (null);\r
 338 } catch (ex) {\r
 339 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {\r
 340 } else {\r
 341 throw ex;\r
 342 }\r
 343 }\r
 344 } else if (evt.getSource () === this.ok) {\r
 345 this.ok_actionPerformed (null);\r
 346 } else if (evt.getSource () === this.cancel) {\r
 347 this.cancel_actionPerformed (null);\r
 348 } else if (evt.getSource () === this.thresholdValue) {\r
 349 this.thresholdValue_actionPerformed (null);\r
 350 } else {\r
 351 this.updateView ();\r
 352 }}, "java.awt.event.ActionEvent");\r
 353 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseClicked", \r
 354 function (e) {\r
 355 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 356 Clazz.overrideMethod (c$, "mousePressed", \r
 357 function (e) {\r
 358 if (e.getSource () === this.slider) {\r
 359 this.updateView ();\r
 360 }}, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 361 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseReleased", \r
 362 function (e) {\r
 363 if (e.getSource () === this.slider) {\r
 364 this.updateView ();\r
 365 }}, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 366 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseEntered", \r
 367 function (e) {\r
 368 if (e.getSource () === this.slider) {\r
 369 this.updateView ();\r
 370 }}, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 371 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseExited", \r
 372 function (e) {\r
 373 if (e.getSource () === this.slider) {\r
 374 this.updateView ();\r
 375 }}, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 376 c$.$AnnotationColumnChooser$FurtherActionPanel$ = function () {\r
 377 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 378 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
 379 Clazz.prepareCallback (this, arguments);\r
 380 this.aColChooser = null;\r
 381 this.furtherAction = null;\r
 382 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
 383 }, jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser, "FurtherActionPanel", awt2swing.Panel, java.awt.event.ItemListener);\r
 384 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
 385 this.furtherAction =  new awt2swing.Choice ();\r
 386 });\r
 387 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 388 function (a) {\r
 389 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.FurtherActionPanel, []);\r
 390 this.aColChooser = a;\r
 391 this.furtherAction.addItem ("Select");\r
 392 this.furtherAction.addItem ("Hide");\r
 393 this.furtherAction.addItemListener (this);\r
 394 this.syncState ();\r
 395 this.add (this.furtherAction);\r
 396 }, "jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser");\r
 397 Clazz.defineMethod (c$, "syncState", \r
 398 function () {\r
 399 if (this.aColChooser.getActionOption () == jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.ACTION_OPTION_HIDE) {\r
 400 this.furtherAction.select ("Hide");\r
 401 } else {\r
 402 this.furtherAction.select ("Select");\r
 403 }});\r
 404 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged", \r
 405 function (a) {\r
 406 this.aColChooser.setCurrentFutherActionPanel (this);\r
 407 if (this.furtherAction.getSelectedItem ().toString ().equalsIgnoreCase ("Select")) {\r
 408 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser"].setActionOption (1);\r
 409 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser"].updateView ();\r
 410 } else {\r
 411 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser"].setActionOption (jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.ACTION_OPTION_HIDE);\r
 412 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser"].updateView ();\r
 413 }}, "java.awt.event.ItemEvent");\r
 414 c$ = Clazz.p0p ();\r
 415 };\r
 416 c$.$AnnotationColumnChooser$StructureFilterPanel$ = function () {\r
 417 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 418 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
 419 Clazz.prepareCallback (this, arguments);\r
 420 this.aColChooser = null;\r
 421 this.alphaHelix = null;\r
 422 this.betaStrand = null;\r
 423 this.turn = null;\r
 424 this.all = null;\r
 425 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
 426 }, jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser, "StructureFilterPanel", jalview.appletgui.TitledPanel, java.awt.event.ItemListener);\r
 427 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
 428 this.alphaHelix =  new awt2swing.Checkbox ();\r
 429 this.betaStrand =  new awt2swing.Checkbox ();\r
 430 this.turn =  new awt2swing.Checkbox ();\r
 431 this.all =  new awt2swing.Checkbox ();\r
 432 });\r
 433 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 434 function (a) {\r
 435 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.StructureFilterPanel, []);\r
 436 this.aColChooser = a;\r
 437 this.alphaHelix.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.alpha_helix"));\r
 438 this.alphaHelix.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 439 this.alphaHelix.addItemListener (this);\r
 440 this.betaStrand.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.beta_strand"));\r
 441 this.betaStrand.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 442 this.betaStrand.addItemListener (this);\r
 443 this.turn.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.turn"));\r
 444 this.turn.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 445 this.turn.addItemListener (this);\r
 446 this.all.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.select_all"));\r
 447 this.all.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 448 this.all.addItemListener (this);\r
 449 this.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 450 this.setTitle ("Structure Filter");\r
 451 this.add (this.all);\r
 452 this.add (this.alphaHelix);\r
 453 this.add (this.betaStrand);\r
 454 this.add (this.turn);\r
 455 }, "jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser");\r
 456 Clazz.defineMethod (c$, "alphaHelix_actionPerformed", \r
 457 function () {\r
 458 this.updateSelectAllState ();\r
 459 this.aColChooser.setCurrentStructureFilterPanel (this);\r
 460 this.aColChooser.updateView ();\r
 461 });\r
 462 Clazz.defineMethod (c$, "betaStrand_actionPerformed", \r
 463 function () {\r
 464 this.updateSelectAllState ();\r
 465 this.aColChooser.setCurrentStructureFilterPanel (this);\r
 466 this.aColChooser.updateView ();\r
 467 });\r
 468 Clazz.defineMethod (c$, "turn_actionPerformed", \r
 469 function () {\r
 470 this.updateSelectAllState ();\r
 471 this.aColChooser.setCurrentStructureFilterPanel (this);\r
 472 this.aColChooser.updateView ();\r
 473 });\r
 474 Clazz.defineMethod (c$, "all_actionPerformed", \r
 475 function () {\r
 476 if (this.all.getState ()) {\r
 477 this.alphaHelix.setState (true);\r
 478 this.betaStrand.setState (true);\r
 479 this.turn.setState (true);\r
 480 } else {\r
 481 this.alphaHelix.setState (false);\r
 482 this.betaStrand.setState (false);\r
 483 this.turn.setState (false);\r
 484 }this.aColChooser.setCurrentStructureFilterPanel (this);\r
 485 this.aColChooser.updateView ();\r
 486 });\r
 487 Clazz.defineMethod (c$, "updateSelectAllState", \r
 488 function () {\r
 489 if (this.alphaHelix.getState () && this.betaStrand.getState () && this.turn.getState ()) {\r
 490 this.all.setState (true);\r
 491 } else {\r
 492 this.all.setState (false);\r
 493 }});\r
 494 Clazz.defineMethod (c$, "syncState", \r
 495 function () {\r
 496 var a = this.aColChooser.getCurrentStructureFilterPanel ();\r
 497 if (a != null) {\r
 498 this.alphaHelix.setState (a.alphaHelix.getState ());\r
 499 this.betaStrand.setState (a.betaStrand.getState ());\r
 500 this.turn.setState (a.turn.getState ());\r
 501 if (a.all.getState ()) {\r
 502 this.all.setState (true);\r
 503 this.alphaHelix.setState (true);\r
 504 this.betaStrand.setState (true);\r
 505 this.turn.setState (true);\r
 506 }}});\r
 507 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged", \r
 508 function (a) {\r
 509 if (a.getSource () === this.alphaHelix) {\r
 510 this.alphaHelix_actionPerformed ();\r
 511 } else if (a.getSource () === this.betaStrand) {\r
 512 this.betaStrand_actionPerformed ();\r
 513 } else if (a.getSource () === this.turn) {\r
 514 this.turn_actionPerformed ();\r
 515 } else if (a.getSource () === this.all) {\r
 516 this.all_actionPerformed ();\r
 517 }}, "java.awt.event.ItemEvent");\r
 518 c$ = Clazz.p0p ();\r
 519 };\r
 520 c$.$AnnotationColumnChooser$SearchPanel$ = function () {\r
 521 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 522 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
 523 Clazz.prepareCallback (this, arguments);\r
 524 this.aColChooser = null;\r
 525 this.displayName = null;\r
 526 this.description = null;\r
 527 this.searchBox = null;\r
 528 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
 529 }, jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser, "SearchPanel", jalview.appletgui.TitledPanel, java.awt.event.ItemListener);\r
 530 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
 531 this.displayName =  new awt2swing.Checkbox ();\r
 532 this.description =  new awt2swing.Checkbox ();\r
 533 this.searchBox =  new awt2swing.TextField (10);\r
 534 });\r
 535 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 536 function (a) {\r
 537 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.SearchPanel, []);\r
 538 this.aColChooser = a;\r
 539 this.searchBox.addTextListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser$SearchPanel$1") ? 0 : jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.SearchPanel.$AnnotationColumnChooser$SearchPanel$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser$SearchPanel$1, this, null)));\r
 540 this.displayName.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.display_name"));\r
 541 this.displayName.setEnabled (false);\r
 542 this.displayName.addItemListener (this);\r
 543 this.description.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.description"));\r
 544 this.description.setEnabled (false);\r
 545 this.description.addItemListener (this);\r
 546 this.setTitle ("Search Filter");\r
 547 this.syncState ();\r
 548 this.add (this.searchBox);\r
 549 this.add (this.displayName);\r
 550 this.add (this.description);\r
 551 }, "jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser");\r
 552 Clazz.defineMethod (c$, "displayNameCheckboxAction", \r
 553 function () {\r
 554 this.aColChooser.setCurrentSearchPanel (this);\r
 555 this.aColChooser.updateView ();\r
 556 });\r
 557 Clazz.defineMethod (c$, "discriptionCheckboxAction", \r
 558 function () {\r
 559 this.aColChooser.setCurrentSearchPanel (this);\r
 560 this.aColChooser.updateView ();\r
 561 });\r
 562 Clazz.defineMethod (c$, "searchStringAction", \r
 563 function () {\r
 564 this.aColChooser.setCurrentSearchPanel (this);\r
 565 this.aColChooser.updateView ();\r
 566 });\r
 567 Clazz.defineMethod (c$, "syncState", \r
 568 function () {\r
 569 var a = this.aColChooser.getCurrentSearchPanel ();\r
 570 if (a != null) {\r
 571 this.description.setEnabled (a.description.isEnabled ());\r
 572 this.description.setState (a.description.getState ());\r
 573 this.displayName.setEnabled (a.displayName.isEnabled ());\r
 574 this.displayName.setState (a.displayName.getState ());\r
 575 this.searchBox.setText (a.searchBox.getText ());\r
 576 }});\r
 577 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged", \r
 578 function (a) {\r
 579 if (a.getSource () === this.displayName) {\r
 580 this.displayNameCheckboxAction ();\r
 581 } else if (a.getSource () === this.description) {\r
 582 this.discriptionCheckboxAction ();\r
 583 }}, "java.awt.event.ItemEvent");\r
 584 c$.$AnnotationColumnChooser$SearchPanel$1$ = function () {\r
 585 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 586 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "AnnotationColumnChooser$SearchPanel$1", null, java.awt.event.TextListener);\r
 587 Clazz.overrideMethod (c$, "textValueChanged", \r
 588 function (a) {\r
 589 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser.SearchPanel"].searchStringAction ();\r
 590 }, "java.awt.event.TextEvent");\r
 591 c$ = Clazz.p0p ();\r
 592 };\r
 593 c$ = Clazz.p0p ();\r
 594 };\r
 595 c$.$AnnotationColumnChooser$1$ = function () {\r
 596 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 597 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "AnnotationColumnChooser$1", java.awt.event.MouseAdapter);\r
 598 Clazz.defineMethod (c$, "mousePressed", \r
 599 function (e) {\r
 600 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser"].sliderDragging = true;\r
 601 Clazz.superCall (this, jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser$1, "mousePressed", [e]);\r
 602 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 603 Clazz.defineMethod (c$, "mouseDragged", \r
 604 function (e) {\r
 605 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser"].sliderDragging = true;\r
 606 Clazz.superCall (this, jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser$1, "mouseDragged", [e]);\r
 607 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 608 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseReleased", \r
 609 function (evt) {\r
 610 if (this.b$["jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser"].sliderDragging) {\r
 611 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser"].sliderDragging = false;\r
 612 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser"].valueChanged (true);\r
 613 }this.b$["jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser"].ap.paintAlignment (true);\r
 614 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 615 c$ = Clazz.p0p ();\r
 616 };\r
 617 Clazz.defineStatics (c$,\r
 618 "ACTION_OPTION_SELECT", 1,\r
 619 "ACTION_OPTION_HIDE", 2,\r
 620 "NO_GRAPH_VIEW", "0",\r
 621 "GRAPH_VIEW", "1");\r
 622 });\r