site/j2s/jalview/appletgui/CutAndPasteTransfer.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "java.awt.event.ActionListener", "$.MouseListener", "awt2swing.Button", "$.TextArea", "java.awt.BorderLayout"], "jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer", ["awt2swing.Frame", "$.Label", "jalview.analysis.AlignmentUtils", "jalview.api.ComplexAlignFile", "jalview.appletgui.AlignFrame", "$.AppletJmol", "$.JVDialog", "$.SplitFrame", "jalview.datamodel.PDBEntry", "jalview.io.AnnotationFile", "$.AppletFormatAdapter", "$.IdentifyFile", "$.NewickFile", "jalview.jsdev.GenericFileAdapter", "jalview.schemes.TCoffeeColourScheme", "jalview.util.MessageManager", "java.awt.Font"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.pdbImport = false;
   5 this.treeImport = false;
   6 this.annotationImport = false;
   7 this.seq = null;
   8 this.alignFrame = null;
   9 this.source = null;
  10 this.textarea = null;
  11 this.accept = null;
  12 this.addSequences = null;
  13 this.$cancel = null;
  14 this.buttonPanel = null;
  15 this.borderLayout1 = null;
  16 Clazz.instantialize (this, arguments);
  17 }, jalview.appletgui, "CutAndPasteTransfer", awt2swing.Panel, [java.awt.event.ActionListener, java.awt.event.MouseListener]);
  18 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  19 this.textarea =  new awt2swing.TextArea ();
  20 this.accept =  new awt2swing.Button ("New Window");
  21 this.addSequences =  new awt2swing.Button ("Add to Current Alignment");
  22 this.$cancel =  new awt2swing.Button ("Close");
  23 this.buttonPanel =  new awt2swing.Panel ();
  24 this.borderLayout1 =  new java.awt.BorderLayout ();
  25 });
  26 Clazz.makeConstructor (c$,
  27 function (forImport, alignFrame) {
  28 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer, []);
  29 try {
  30 this.jbInit ();
  31 } catch (e) {
  32 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
  33 e.printStackTrace ();
  34 } else {
  35 throw e;
  36 }
  37 }
  38 this.alignFrame = alignFrame;
  39 if (!forImport) {
  40 this.buttonPanel.setVisible (false);
  41 }}, "~B,jalview.appletgui.AlignFrame");
  42 Clazz.defineMethod (c$, "getText",
  43 function () {
  44 return this.textarea.getText ();
  45 });
  46 Clazz.defineMethod (c$, "setText",
  47 function (text) {
  48 this.textarea.setText (text);
  49 }, "~S");
  50 Clazz.defineMethod (c$, "setPDBImport",
  51 function (seq) {
  52 this.seq = seq;
  53 this.accept.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.accept"));
  54 this.addSequences.setVisible (false);
  55 this.pdbImport = true;
  56 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
  57 Clazz.defineMethod (c$, "setTreeImport",
  58 function () {
  59 this.treeImport = true;
  60 this.accept.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.accept"));
  61 this.addSequences.setVisible (false);
  62 });
  63 Clazz.defineMethod (c$, "setAnnotationImport",
  64 function () {
  65 this.annotationImport = true;
  66 this.accept.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.accept"));
  67 this.addSequences.setVisible (false);
  68 });
  69 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed",
  70 function (evt) {
  71 if (evt.getSource () === this.accept) {
  72 this.ok (true);
  73 } else if (evt.getSource () === this.addSequences) {
  74 this.ok (false);
  75 } else if (evt.getSource () === this.$cancel) {
  76 this.cancel ();
  77 }}, "java.awt.event.ActionEvent");
  78 Clazz.defineMethod (c$, "ok",
  79 function (newWindow) {
  80 var text = this.getText ();
  81 var length = text.length;
  82 this.textarea.append ("\n");
  83 if (this.textarea.getText ().length == length) {
  84 var warning = "\n\n#################################################\nWARNING!! THIS IS THE MAXIMUM SIZE OF TEXTAREA!!\n\nCAN\'T INPUT FULL ALIGNMENT\n\nYOU MUST DELETE THIS WARNING TO CONTINUE\n\nMAKE SURE LAST SEQUENCE PASTED IS COMPLETE\n#################################################\n";
  85 this.textarea.setText (text.substring (0, text.length - warning.length) + warning);
  86 this.textarea.setCaretPosition (text.length);
  87 }if (this.pdbImport) {
  88 this.openPdbViewer (text);
  89 } else if (this.treeImport) {
  90 if (!this.loadTree ()) {
  91 return;
  92 }} else if (this.annotationImport) {
  93 this.loadAnnotations ();
  94 } else if (this.alignFrame != null) {
  95 this.loadAlignment (text, newWindow, this.alignFrame.getAlignViewport ());
  96 }if (Clazz.instanceOf (this.getParent (), awt2swing.Frame)) {
  97 (this.getParent ()).setVisible (false);
  98 } else {
  99 (this.getParent ()).setVisible (false);
 100 }}, "~B");
 101 Clazz.defineMethod (c$, "loadTree",
 102 function () {
 103 try {
 104 var fin =  new jalview.io.NewickFile (this.textarea.getText (), "Paste");
 105 fin.parse ();
 106 if (fin.getTree () != null) {
 107 this.alignFrame.loadTree (fin, "Pasted tree file");
 108 return true;
 109 }} catch (ex) {
 110 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
 111 this.textarea.setText (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.could_not_parse_newick_file",  Clazz.newArray (-1, [ex.getMessage ()])));
 112 return false;
 113 } else {
 114 throw ex;
 115 }
 116 }
 117 return false;
 118 });
 119 Clazz.defineMethod (c$, "loadAlignment",
 120 function (text, newWindow, viewport) {
 121 var al = null;
 122 var format =  new jalview.io.IdentifyFile ().Identify (text, jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);
 123 var afa =  new jalview.io.AppletFormatAdapter (this.alignFrame.alignPanel);
 124 try {
 125 al = afa.readFile (text, jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE, format);
 126 this.source = afa.getAlignFile ();
 127 } catch (ex) {
 128 if (Clazz.exceptionOf (ex, java.io.IOException)) {
 129 ex.printStackTrace ();
 130 } else {
 131 throw ex;
 132 }
 133 }
 134 if (al != null) {
 135 al.setDataset (null);
 136 var allowSplitFrame = this.alignFrame.viewport.applet.getDefaultParameter ("enableSplitFrame", false);
 137 if (allowSplitFrame && this.openSplitFrame (al, format)) {
 138 return;
 139 }if (newWindow) {
 140 var af;
 141 if (Clazz.instanceOf (this.source, jalview.api.ComplexAlignFile)) {
 142 var colSel = (this.source).getColumnSelection ();
 143 var hiddenSeqs = (this.source).getHiddenSequences ();
 144 var showSeqFeatures = (this.source).isShowSeqFeatures ();
 145 var cs = (this.source).getColourScheme ();
 146 af =  new jalview.appletgui.AlignFrame (al, hiddenSeqs, colSel, this.alignFrame.viewport.applet, "Cut & Paste input - " + format, false);
 147 af.getAlignViewport ().setShowSequenceFeatures (showSeqFeatures);
 148 af.changeColour (cs);
 149 } else {
 150 af =  new jalview.appletgui.AlignFrame (al, this.alignFrame.viewport.applet, "Cut & Paste input - " + format, false);
 151 }af.setStatus (jalview.util.MessageManager.getString ("label.successfully_pasted_annotation_to_alignment"));
 152 } else {
 153 this.alignFrame.addSequences (al.getSequencesArray ());
 154 this.alignFrame.setStatus (jalview.util.MessageManager.getString ("label.successfully_pasted_alignment_file"));
 155 }}}, "~S,~B,jalview.appletgui.AlignViewport");
 156 Clazz.defineMethod (c$, "openSplitFrame",
 157 function (al, format) {
 158 var thisAlignment = this.alignFrame.getAlignViewport ().getAlignment ();
 159 if (thisAlignment.isNucleotide () == al.isNucleotide ()) {
 160 return false;
 161 }var protein = thisAlignment.isNucleotide () ? al : thisAlignment;
 162 var dna = thisAlignment.isNucleotide () ? thisAlignment : al;
 163 var mapped = jalview.analysis.AlignmentUtils.mapProteinToCdna (protein, dna);
 164 if (!mapped) {
 165 return false;
 166 }var title = jalview.util.MessageManager.getString ("label.open_split_window");
 167 var dialog =  new jalview.appletgui.JVDialog (this.getParent (), title, true, 100, 400);
 168 dialog.ok.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.yes"));
 169 dialog.cancel.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.no"));
 170 var question =  new awt2swing.Panel ( new java.awt.BorderLayout ());
 171 var text = jalview.util.MessageManager.getString ("label.open_split_window?");
 172 question.add ( new awt2swing.Label (text, 0), "Center");
 173 dialog.setMainPanel (question);
 174 dialog.setVisible (true);
 175 dialog.toFront ();
 176 if (!dialog.accept) {
 177 return false;
 178 }var applet = this.alignFrame.viewport.applet;
 179 var copyFrame =  new jalview.appletgui.AlignFrame (this.alignFrame.viewport.getAlignment (), applet, this.alignFrame.getTitle (), false, false);
 180 var newFrame =  new jalview.appletgui.AlignFrame (al, this.alignFrame.viewport.applet, "Cut & Paste input - " + format, false, false);
 181 var dnaFrame = al.isNucleotide () ? newFrame : copyFrame;
 182 var proteinFrame = al.isNucleotide () ? copyFrame : newFrame;
 183 var sf =  new jalview.appletgui.SplitFrame (dnaFrame, proteinFrame);
 184 sf.addToDisplay (false, applet);
 185 return true;
 186 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,~S");
 187 Clazz.defineMethod (c$, "loadAnnotations",
 188 function () {
 189 var tcf = null;
 190 try {
 191 tcf = jalview.jsdev.GenericFileAdapter.getFile ("TCoffeeScoreFile", [this.textarea.getText (), jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE]);
 192 if (tcf.isValid ()) {
 193 if (tcf.annotateAlignment (this.alignFrame.viewport.getAlignment (), true)) {
 194 this.alignFrame.tcoffeeColour.setEnabled (true);
 195 this.alignFrame.alignPanel.fontChanged ();
 196 this.alignFrame.changeColour ( new jalview.schemes.TCoffeeColourScheme (this.alignFrame.viewport.getAlignment ()));
 197 this.alignFrame.setStatus (jalview.util.MessageManager.getString ("label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment"));
 198 } else {
 199 this.alignFrame.setStatus (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.failed_add_tcoffee_scores",  Clazz.newArray (-1, [(tcf.getWarningMessage () != null ? tcf.getWarningMessage () : "")])));
 200 }} else {
 201 tcf = null;
 202 }} catch (x) {
 203 if (Clazz.exceptionOf (x, Exception)) {
 204 tcf = null;
 205 } else {
 206 throw x;
 207 }
 208 }
 209 if (tcf == null) {
 210 if ( new jalview.io.AnnotationFile ().annotateAlignmentView (this.alignFrame.viewport, this.textarea.getText (), jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE)) {
 211 this.alignFrame.alignPanel.fontChanged ();
 212 this.alignFrame.alignPanel.setScrollValues (0, 0);
 213 this.alignFrame.setStatus (jalview.util.MessageManager.getString ("label.successfully_pasted_annotation_to_alignment"));
 214 } else {
 215 if (!this.alignFrame.parseFeaturesFile (this.textarea.getText (), jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE)) {
 216 this.alignFrame.setStatus (jalview.util.MessageManager.getString ("label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file"));
 217 }}}});
 218 Clazz.defineMethod (c$, "openPdbViewer",
 219 function (text) {
 220 var pdb =  new jalview.datamodel.PDBEntry ();
 221 pdb.setFile (text);
 222  new jalview.appletgui.AppletJmol (pdb,  Clazz.newArray (-1, [this.seq]), null, this.alignFrame.alignPanel, jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);
 223 }, "~S");
 224 Clazz.defineMethod (c$, "cancel",
 225 function () {
 226 this.textarea.setText ("");
 227 if (Clazz.instanceOf (this.getParent (), awt2swing.Frame)) {
 228 (this.getParent ()).setVisible (false);
 229 } else {
 230 (this.getParent ()).setVisible (false);
 231 }});
 232 Clazz.defineMethod (c$, "jbInit",
 233  function () {
 234 this.textarea.setFont ( new java.awt.Font ("Monospaced", 0, 10));
 235 this.textarea.setText (jalview.util.MessageManager.getString ("label.paste_your_alignment_file"));
 236 this.textarea.addMouseListener (this);
 237 this.setLayout (this.borderLayout1);
 238 this.accept.addActionListener (this);
 239 this.addSequences.addActionListener (this);
 240 this.$cancel.addActionListener (this);
 241 this.add (this.buttonPanel, "South");
 242 this.buttonPanel.add (this.accept, null);
 243 this.buttonPanel.add (this.addSequences);
 244 this.buttonPanel.add (this.$cancel, null);
 245 this.add (this.textarea, "Center");
 246 });
 247 Clazz.overrideMethod (c$, "mousePressed",
 248 function (evt) {
 249 if (this.textarea.getText ().startsWith (jalview.util.MessageManager.getString ("label.paste_your"))) {
 250 this.textarea.setText ("");
 251 }}, "java.awt.event.MouseEvent");
 252 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseReleased",
 253 function (evt) {
 254 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 255 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseClicked",
 256 function (evt) {
 257 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 258 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseEntered",
 259 function (evt) {
 260 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 261 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseExited",
 262 function (evt) {
 263 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 264 });