site/j2s/jalview/appletgui/PCAPanel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");
   2 Clazz.load (["jalview.appletgui.EmbmenuFrame", "java.awt.event.ActionListener", "$.ItemListener", "awt2swing.Button", "$.CheckboxMenuItem", "$.Choice", "$.Label", "$.Menu", "$.MenuBar", "$.MenuItem", "$.Panel", "java.awt.BorderLayout", "$.FlowLayout"], "jalview.appletgui.PCAPanel", ["awt2swing.Frame", "jalview.appletgui.AlignFrame", "$.CutAndPasteTransfer", "$.RotatableCanvas", "jalview.bin.JalviewLite", "jalview.datamodel.Alignment", "jalview.util.MessageManager", "jalview.viewmodel.PCAModel", "java.awt.Color", "$.Font", "java.lang.Thread"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.rc = null;
   5 this.av = null;
   6 this.pcaModel = null;
   7 this.top = 0;
   8 this.jPanel2 = null;
   9 this.jLabel1 = null;
  10 this.jLabel2 = null;
  11 this.jLabel3 = null;
  12 this.xCombobox = null;
  13 this.yCombobox = null;
  14 this.zCombobox = null;
  15 this.resetButton = null;
  16 this.flowLayout1 = null;
  17 this.borderLayout1 = null;
  18 this.menuBar1 = null;
  19 this.menu1 = null;
  20 this.menu2 = null;
  21 this.calcSettings = null;
  22 this.labels = null;
  23 this.protSetting = null;
  24 this.nuclSetting = null;
  25 this.values = null;
  26 this.inputData = null;
  27 Clazz.instantialize (this, arguments);
  28 }, jalview.appletgui, "PCAPanel", jalview.appletgui.EmbmenuFrame, [Runnable, java.awt.event.ActionListener, java.awt.event.ItemListener]);
  29 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  30 this.jPanel2 =  new awt2swing.Panel ();
  31 this.jLabel1 =  new awt2swing.Label ();
  32 this.jLabel2 =  new awt2swing.Label ();
  33 this.jLabel3 =  new awt2swing.Label ();
  34 this.xCombobox =  new awt2swing.Choice ();
  35 this.yCombobox =  new awt2swing.Choice ();
  36 this.zCombobox =  new awt2swing.Choice ();
  37 this.resetButton =  new awt2swing.Button ();
  38 this.flowLayout1 =  new java.awt.FlowLayout ();
  39 this.borderLayout1 =  new java.awt.BorderLayout ();
  40 this.menuBar1 =  new awt2swing.MenuBar ();
  41 this.menu1 =  new awt2swing.Menu ();
  42 this.menu2 =  new awt2swing.Menu ();
  43 this.calcSettings =  new awt2swing.Menu ();
  44 this.labels =  new awt2swing.CheckboxMenuItem ();
  45 this.protSetting =  new awt2swing.CheckboxMenuItem ();
  46 this.nuclSetting =  new awt2swing.CheckboxMenuItem ();
  47 this.values =  new awt2swing.MenuItem ();
  48 this.inputData =  new awt2swing.MenuItem ();
  49 });
  50 Clazz.makeConstructor (c$,
  51 function (av) {
  52 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.PCAPanel, []);
  53 try {
  54 this.jbInit ();
  55 } catch (e) {
  56 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
  57 e.printStackTrace ();
  58 } else {
  59 throw e;
  60 }
  61 }
  62 for (var i = 1; i < 8; i++) {
  63 this.xCombobox.addItem ("dim " + i);
  64 this.yCombobox.addItem ("dim " + i);
  65 this.zCombobox.addItem ("dim " + i);
  66 }
  67 this.av = av;
  68 var selected = av.getSelectionGroup () != null && av.getSelectionGroup ().getSize () > 0;
  69 var seqstrings = av.getAlignmentView (selected);
  70 var nucleotide = av.getAlignment ().isNucleotide ();
  71 var seqs;
  72 if (!selected) {
  73 seqs = av.getAlignment ().getSequencesArray ();
  74 } else {
  75 seqs = av.getSelectionGroup ().getSequencesInOrder (av.getAlignment ());
  76 }var sq = seqstrings.getSequences ();
  77 var length = sq[0].getWidth ();
  78 for (var i = 0; i < seqs.length; i++) {
  79 if (sq[i].getWidth () != length) {
  80 System.out.println ("Sequences must be equal length for PCA analysis");
  81 return;
  82 }}
  83 this.pcaModel =  new jalview.viewmodel.PCAModel (seqstrings, seqs, nucleotide);
  84 this.rc =  new jalview.appletgui.RotatableCanvas (av);
  85 this.embedMenuIfNeeded (this.rc);
  86 this.add (this.rc, "Center");
  87 jalview.bin.JalviewLite.addFrame (this, jalview.util.MessageManager.getString ("label.principal_component_analysis"), 475, 400);
  88 var worker =  new Thread (this);
  89 worker.start ();
  90 }, "jalview.appletgui.AlignViewport");
  91 Clazz.overrideMethod (c$, "run",
  92 function () {
  93 this.calcSettings.setEnabled (false);
  94 this.rc.setEnabled (false);
  95 try {
  96 this.nuclSetting.setState (this.pcaModel.isNucleotide ());
  97 this.protSetting.setState (!this.pcaModel.isNucleotide ());
  98 this.pcaModel.run ();
  99 this.xCombobox.select (new Integer (0));
 100 this.yCombobox.select (new Integer (1));
 101 this.zCombobox.select (new Integer (2));
 102 this.pcaModel.updateRc (this.rc);
 103 this.top = this.pcaModel.getTop ();
 104 } catch (x) {
 105 if (Clazz.exceptionOf (x, OutOfMemoryError)) {
 106 System.err.println ("Out of memory when calculating PCA.");
 107 return;
 108 } else {
 109 throw x;
 110 }
 111 }
 112 this.calcSettings.setEnabled (true);
 113 this.rc.setEnabled (true);
 114 this.rc.repaint ();
 115 this.repaint ();
 116 });
 117 Clazz.defineMethod (c$, "doDimensionChange",
 118 function () {
 119 if (this.top == 0) {
 120 return;
 121 }var dim1 = this.top - this.xCombobox.getSelectedIndex ();
 122 var dim2 = this.top - this.yCombobox.getSelectedIndex ();
 123 var dim3 = this.top - this.zCombobox.getSelectedIndex ();
 124 this.pcaModel.updateRcView (dim1, dim2, dim3);
 125 this.rc.img = null;
 126 this.rc.rotmat.setIdentity ();
 127 this.rc.initAxes ();
 128 this.rc.paint (this.rc.getGraphics ());
 129 });
 130 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed",
 131 function (evt) {
 132 if (evt.getSource () === this.inputData) {
 133 this.showOriginalData ();
 134 }if (evt.getSource () === this.resetButton) {
 135 this.xCombobox.select (new Integer (0));
 136 this.yCombobox.select (new Integer (1));
 137 this.zCombobox.select (new Integer (2));
 138 this.doDimensionChange ();
 139 }if (evt.getSource () === this.values) {
 140 this.values_actionPerformed ();
 141 }}, "java.awt.event.ActionEvent");
 142 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged",
 143 function (evt) {
 144 if (evt.getSource () === this.xCombobox) {
 145 this.xCombobox_actionPerformed ();
 146 } else if (evt.getSource () === this.yCombobox) {
 147 this.yCombobox_actionPerformed ();
 148 } else if (evt.getSource () === this.zCombobox) {
 149 this.zCombobox_actionPerformed ();
 150 } else if (evt.getSource () === this.labels) {
 151 this.labels_itemStateChanged (evt);
 152 } else if (evt.getSource () === this.nuclSetting) {
 153 if (!this.pcaModel.isNucleotide ()) {
 154 this.pcaModel.setNucleotide (true);
 155  new Thread (this).start ();
 156 }} else if (evt.getSource () === this.protSetting) {
 157 if (this.pcaModel.isNucleotide ()) {
 158 this.pcaModel.setNucleotide (false);
 159  new Thread (this).start ();
 160 }}}, "java.awt.event.ItemEvent");
 161 Clazz.defineMethod (c$, "xCombobox_actionPerformed",
 162 function () {
 163 this.doDimensionChange ();
 164 });
 165 Clazz.defineMethod (c$, "yCombobox_actionPerformed",
 166 function () {
 167 this.doDimensionChange ();
 168 });
 169 Clazz.defineMethod (c$, "zCombobox_actionPerformed",
 170 function () {
 171 this.doDimensionChange ();
 172 });
 173 Clazz.defineMethod (c$, "values_actionPerformed",
 174 function () {
 175 var cap =  new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer (false, null);
 176 var frame =  new awt2swing.Frame ();
 177 frame.add (cap);
 178 jalview.bin.JalviewLite.addFrame (frame, jalview.util.MessageManager.getString ("label.pca_details"), 500, 500);
 179 cap.setText (this.pcaModel.getDetails ());
 180 });
 181 Clazz.defineMethod (c$, "showOriginalData",
 182 function () {
 183 var gc = '-';
 184 try {
 185 gc = this.av.getGapCharacter ();
 186 } catch (ex) {
 187 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
 188 } else {
 189 throw ex;
 190 }
 191 }
 192 ;var alAndColsel = this.pcaModel.getSeqtrings ().getAlignmentAndColumnSelection (gc);
 193 if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null) {
 194 var al =  new jalview.datamodel.Alignment (alAndColsel[0]);
 195 var af =  new jalview.appletgui.AlignFrame (al, this.av.applet, "Original Data for PCA", false);
 196 af.viewport.setHiddenColumns (alAndColsel[1]);
 197 }});
 198 Clazz.defineMethod (c$, "labels_itemStateChanged",
 199 function (itemEvent) {
 200 this.rc.showLabels (this.labels.getState ());
 201 }, "java.awt.event.ItemEvent");
 202 Clazz.defineMethod (c$, "jbInit",
 203  function () {
 204 this.setLayout (this.borderLayout1);
 205 this.jPanel2.setLayout (this.flowLayout1);
 206 this.jLabel1.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 12));
 207 this.jLabel1.setText ("x=");
 208 this.jLabel2.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 12));
 209 this.jLabel2.setText ("y=");
 210 this.jLabel3.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 12));
 211 this.jLabel3.setText ("z=");
 212 this.jPanel2.setBackground (java.awt.Color.white);
 213 this.zCombobox.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 12));
 214 this.zCombobox.addItemListener (this);
 215 this.yCombobox.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 12));
 216 this.yCombobox.addItemListener (this);
 217 this.xCombobox.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 12));
 218 this.xCombobox.addItemListener (this);
 219 this.resetButton.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 12));
 220 this.resetButton.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.reset"));
 221 this.resetButton.addActionListener (this);
 222 this.setMenuBar (this.menuBar1);
 223 this.menu1.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.file"));
 224 this.menu2.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.view"));
 225 this.calcSettings.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.change_params"));
 226 this.labels.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.labels"));
 227 this.labels.addItemListener (this);
 228 this.values.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.output_values"));
 229 this.values.addActionListener (this);
 230 this.inputData.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.input_data"));
 231 this.nuclSetting.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.nucleotide_matrix"));
 232 this.nuclSetting.addItemListener (this);
 233 this.protSetting.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.protein_matrix"));
 234 this.protSetting.addItemListener (this);
 235 this.add (this.jPanel2, "South");
 236 this.jPanel2.add (this.jLabel1, null);
 237 this.jPanel2.add (this.xCombobox, null);
 238 this.jPanel2.add (this.jLabel2, null);
 239 this.jPanel2.add (this.yCombobox, null);
 240 this.jPanel2.add (this.jLabel3, null);
 241 this.jPanel2.add (this.zCombobox, null);
 242 this.jPanel2.add (this.resetButton, null);
 243 this.menuBar1.add (this.menu1);
 244 this.menuBar1.add (this.menu2);
 245 this.menuBar1.add (this.calcSettings);
 246 this.menu2.add (this.labels);
 247 this.menu1.add (this.values);
 248 this.menu1.add (this.inputData);
 249 this.calcSettings.add (this.nuclSetting);
 250 this.calcSettings.add (this.protSetting);
 251 this.inputData.addActionListener (this);
 252 });
 253 });