site/j2s/jalview/appletgui/PaintRefresher.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.appletgui.PaintRefresher", ["jalview.appletgui.AlignmentPanel", "java.util.Hashtable", "$.Vector"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.appletgui, "PaintRefresher");\r
   4 c$.Register = Clazz.defineMethod (c$, "Register", \r
   5 function (comp, seqSetId) {\r
   6 if (jalview.appletgui.PaintRefresher.components == null) {\r
   7 jalview.appletgui.PaintRefresher.components =  new java.util.Hashtable ();\r
   8 }if (jalview.appletgui.PaintRefresher.components.containsKey (seqSetId)) {\r
   9 var comps = jalview.appletgui.PaintRefresher.components.get (seqSetId);\r
  10 if (!comps.contains (comp)) {\r
  11 comps.addElement (comp);\r
  12 }} else {\r
  13 var vcoms =  new java.util.Vector ();\r
  14 vcoms.addElement (comp);\r
  15 jalview.appletgui.PaintRefresher.components.put (seqSetId, vcoms);\r
  16 }}, "java.awt.Component,~S");\r
  17 c$.RemoveComponent = Clazz.defineMethod (c$, "RemoveComponent", \r
  18 function (comp) {\r
  19 if (jalview.appletgui.PaintRefresher.components == null) {\r
  20 return;\r
  21 }var en = jalview.appletgui.PaintRefresher.components.keys ();\r
  22 while (en.hasMoreElements ()) {\r
  23 var id = en.nextElement ().toString ();\r
  24 var comps = jalview.appletgui.PaintRefresher.components.get (id);\r
  25 comps.removeElement (comp);\r
  26 if (comps.size () == 0) {\r
  27 jalview.appletgui.PaintRefresher.components.remove (id);\r
  28 }}\r
  29 }, "java.awt.Component");\r
  30 c$.Refresh = Clazz.defineMethod (c$, "Refresh", \r
  31 function (source, id) {\r
  32 jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (source, id, false, false);\r
  33 }, "java.awt.Component,~S");\r
  34 c$.Refresh = Clazz.defineMethod (c$, "Refresh", \r
  35 function (source, id, alignmentChanged, validateSequences) {\r
  36 if (jalview.appletgui.PaintRefresher.components == null) {\r
  37 return;\r
  38 }var comp;\r
  39 var comps = jalview.appletgui.PaintRefresher.components.get (id);\r
  40 if (comps == null) {\r
  41 return;\r
  42 }var e = comps.elements ();\r
  43 while (e.hasMoreElements ()) {\r
  44 comp = e.nextElement ();\r
  45 if (comp === source) {\r
  46 continue;\r
  47 }if (!comp.isValid ()) {\r
  48 comps.removeElement (comp);\r
  49 } else if (validateSequences && Clazz.instanceOf (comp, jalview.appletgui.AlignmentPanel) && Clazz.instanceOf (source, jalview.appletgui.AlignmentPanel)) {\r
  50 jalview.appletgui.PaintRefresher.validateSequences ((source).av.getAlignment (), (comp).av.getAlignment ());\r
  51 }if (Clazz.instanceOf (comp, jalview.appletgui.AlignmentPanel) && alignmentChanged) {\r
  52 (comp).alignmentChanged ();\r
  53 }comp.repaint ();\r
  54 }\r
  55 }, "java.awt.Component,~S,~B,~B");\r
  56 c$.validateSequences = Clazz.defineMethod (c$, "validateSequences", \r
  57 function (source, comp) {\r
  58 var a1;\r
  59 if (source.getHiddenSequences ().getSize () > 0) {\r
  60 a1 = source.getHiddenSequences ().getFullAlignment ().getSequencesArray ();\r
  61 } else {\r
  62 a1 = source.getSequencesArray ();\r
  63 }var a2;\r
  64 if (comp.getHiddenSequences ().getSize () > 0) {\r
  65 a2 = comp.getHiddenSequences ().getFullAlignment ().getSequencesArray ();\r
  66 } else {\r
  67 a2 = comp.getSequencesArray ();\r
  68 }var i;\r
  69 var iSize = a1.length;\r
  70 var j;\r
  71 var jSize = a2.length;\r
  72 if (iSize == jSize) {\r
  73 return;\r
  74 }var exists = false;\r
  75 for (i = 0; i < iSize; i++) {\r
  76 exists = false;\r
  77 for (j = 0; j < jSize; j++) {\r
  78 if (a2[j] === a1[i]) {\r
  79 exists = true;\r
  80 break;\r
  81 }}\r
  82 if (!exists) {\r
  83 if (i < comp.getHeight ()) {\r
  84 var alsq;\r
  85 {\r
  86 alsq.add (i, a1[i]);\r
  87 }} else {\r
  88 comp.addSequence (a1[i]);\r
  89 }if (comp.getHiddenSequences ().getSize () > 0) {\r
  90 a2 = comp.getHiddenSequences ().getFullAlignment ().getSequencesArray ();\r
  91 } else {\r
  92 a2 = comp.getSequencesArray ();\r
  93 }jSize = a2.length;\r
  94 }}\r
  95 iSize = a1.length;\r
  96 jSize = a2.length;\r
  97 for (j = 0; j < jSize; j++) {\r
  98 exists = false;\r
  99 for (i = 0; i < iSize; i++) {\r
 100 if (a2[j] === a1[i]) {\r
 101 exists = true;\r
 102 break;\r
 103 }}\r
 104 if (!exists) {\r
 105 comp.deleteSequence (a2[j]);\r
 106 }}\r
 107 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.AlignmentI");\r
 108 c$.getAssociatedPanels = Clazz.defineMethod (c$, "getAssociatedPanels", \r
 109 function (id) {\r
 110 var comps = jalview.appletgui.PaintRefresher.components.get (id);\r
 111 var tmp =  new java.util.Vector ();\r
 112 var i;\r
 113 var iSize = comps.size ();\r
 114 for (i = 0; i < iSize; i++) {\r
 115 if (Clazz.instanceOf (comps.elementAt (i), jalview.appletgui.AlignmentPanel)) {\r
 116 tmp.addElement (comps.elementAt (i));\r
 117 }}\r
 118 var result =  new Array (tmp.size ());\r
 119 for (var ix = 0; ix < result.length; ix++) {\r
 120 result[ix] = tmp.elementAt (ix);\r
 121 }\r
 122 return result;\r
 123 }, "~S");\r
 124 Clazz.defineStatics (c$,\r
 125 "components", null);\r
 126 });\r