site/j2s/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");\r
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "java.awt.event.ActionListener", "awt2swing.Button", "$.ScrollPane", "$.TextArea", "java.awt.BorderLayout", "java.util.Vector"], "jalview.appletgui.PairwiseAlignPanel", ["jalview.analysis.AlignSeq", "jalview.appletgui.AlignFrame", "jalview.datamodel.Alignment", "jalview.util.Format", "$.MessageManager", "java.awt.Font"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.sequences = null;\r
   5 this.ap = null;\r
   6 this.scrollPane = null;\r
   7 this.textarea = null;\r
   8 this.viewInEditorButton = null;\r
   9 this.jPanel1 = null;\r
  10 this.borderLayout1 = null;\r
  11 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  12 }, jalview.appletgui, "PairwiseAlignPanel", awt2swing.Panel, java.awt.event.ActionListener);\r
  13 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  14 this.sequences =  new java.util.Vector ();\r
  15 this.scrollPane =  new awt2swing.ScrollPane ();\r
  16 this.textarea =  new awt2swing.TextArea ();\r
  17 this.viewInEditorButton =  new awt2swing.Button ();\r
  18 this.jPanel1 =  new awt2swing.Panel ();\r
  19 this.borderLayout1 =  new java.awt.BorderLayout ();\r
  20 });\r
  21 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  22 function (ap) {\r
  23 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.PairwiseAlignPanel, []);\r
  24 try {\r
  25 this.jbInit ();\r
  26 } catch (e) {\r
  27 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
  28 e.printStackTrace ();\r
  29 } else {\r
  30 throw e;\r
  31 }\r
  32 }\r
  33 this.ap = ap;\r
  34 this.sequences =  new java.util.Vector ();\r
  35 var seqs;\r
  36 var seqStrings = ap.av.getViewAsString (true);\r
  37 if (ap.av.getSelectionGroup () == null) {\r
  38 seqs = ap.av.getAlignment ().getSequencesArray ();\r
  39 } else {\r
  40 seqs = ap.av.getSelectionGroup ().getSequencesInOrder (ap.av.getAlignment ());\r
  41 }var scores =  Clazz.newFloatArray (seqs.length, seqs.length, 0);\r
  42 var totscore = 0;\r
  43 var count = ap.av.getSelectionGroup ().getSize ();\r
  44 var type = (ap.av.getAlignment ().isNucleotide ()) ? "dna" : "pep";\r
  45 var seq;\r
  46 for (var i = 1; i < count; i++) {\r
  47 for (var j = 0; j < i; j++) {\r
  48 var as =  new jalview.analysis.AlignSeq (seqs[i], seqStrings[i], seqs[j], seqStrings[j], type);\r
  49 if (as.s1str.length == 0 || as.s2str.length == 0) {\r
  50 continue;\r
  51 }as.calcScoreMatrix ();\r
  52 as.traceAlignment ();\r
  53 as.printAlignment (System.out);\r
  54 scores[i][j] = as.getMaxScore () / as.getASeq1 ().length;\r
  55 totscore = totscore + scores[i][j];\r
  56 this.textarea.append (as.getOutput ());\r
  57 this.sequences.add (as.getAlignedSeq1 ());\r
  58 this.sequences.add (as.getAlignedSeq1 ());\r
  59 }\r
  60 }\r
  61 if (count > 2) {\r
  62 System.out.println ("Pairwise alignment scaled similarity score matrix\n");\r
  63 for (var i = 0; i < count; i++) {\r
  64 jalview.util.Format.print (System.out, "%s \n", ("" + i) + " " + seqs[i].getName ());\r
  65 }\r
  66 System.out.println ("\n");\r
  67 for (var i = 0; i < count; i++) {\r
  68 for (var j = 0; j < i; j++) {\r
  69 jalview.util.Format.printDouble (System.out, "%7.3f", scores[i][j] / totscore);\r
  70 }\r
  71 }\r
  72 System.out.println ("\n");\r
  73 }}, "jalview.appletgui.AlignmentPanel");\r
  74 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed", \r
  75 function (evt) {\r
  76 if (evt.getSource () === this.viewInEditorButton) {\r
  77 this.viewInEditorButton_actionPerformed ();\r
  78 }}, "java.awt.event.ActionEvent");\r
  79 Clazz.defineMethod (c$, "viewInEditorButton_actionPerformed", \r
  80 function () {\r
  81 var seq =  new Array (this.sequences.size ());\r
  82 for (var i = 0; i < this.sequences.size (); i++) {\r
  83 seq[i] = this.sequences.elementAt (i);\r
  84 }\r
  85  new jalview.appletgui.AlignFrame ( new jalview.datamodel.Alignment (seq), this.ap.av.applet, "Pairwise Aligned Sequences", false);\r
  86 });\r
  87 Clazz.defineMethod (c$, "jbInit", \r
  88  function () {\r
  89 this.setLayout (this.borderLayout1);\r
  90 this.textarea.setFont ( new java.awt.Font ("Monospaced", 0, 12));\r
  91 this.textarea.setText ("");\r
  92 this.viewInEditorButton.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 12));\r
  93 this.viewInEditorButton.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.view_alignment_editor"));\r
  94 this.viewInEditorButton.addActionListener (this);\r
  95 this.add (this.scrollPane, "Center");\r
  96 this.scrollPane.add (this.textarea);\r
  97 this.add (this.jPanel1, "South");\r
  98 this.jPanel1.add (this.viewInEditorButton, null);\r
  99 });\r
 100 });\r