site/j2s/jalview/appletgui/SeqCanvas.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel"], "jalview.appletgui.SeqCanvas", ["jalview.appletgui.AnnotationPanel", "$.FeatureRenderer", "$.PaintRefresher", "$.SequenceRenderer", "jalview.util.Comparison", "java.awt.Color"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.fr = null;
   5 this.sr = null;
   6 this.img = null;
   7 this.gg = null;
   8 this.imgWidth = 0;
   9 this.imgHeight = 0;
  10 this.av = null;
  11 this.searchResults = null;
  12 this.$fastPaint = false;
  13 this.cursorX = 0;
  14 this.cursorY = 0;
  15 this.avcharHeight = 0;
  16 this.avcharWidth = 0;
  17 this.lastsr = 0;
  18 this.LABEL_WEST = 0;
  19 this.LABEL_EAST = 0;
  20 this.annotations = null;
  21 Clazz.instantialize (this, arguments);
  22 }, jalview.appletgui, "SeqCanvas", awt2swing.Panel);
  23 Clazz.makeConstructor (c$,
  24 function (av) {
  25 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.SeqCanvas, []);
  26 this.av = av;
  27 this.fr =  new jalview.appletgui.FeatureRenderer (av);
  28 this.sr =  new jalview.appletgui.SequenceRenderer (av);
  29 jalview.appletgui.PaintRefresher.Register (this, av.getSequenceSetId ());
  30 this.updateViewport ();
  31 }, "jalview.appletgui.AlignViewport");
  32 Clazz.defineMethod (c$, "updateViewport",
  33  function () {
  34 this.avcharHeight = this.av.getCharHeight ();
  35 this.avcharWidth = this.av.getCharWidth ();
  36 });
  37 Clazz.defineMethod (c$, "getViewport",
  38 function () {
  39 return this.av;
  40 });
  41 Clazz.defineMethod (c$, "getFeatureRenderer",
  42 function () {
  43 return this.fr;
  44 });
  45 Clazz.defineMethod (c$, "getSequenceRenderer",
  46 function () {
  47 return this.sr;
  48 });
  49 Clazz.defineMethod (c$, "drawNorthScale",
  50  function (g, startx, endx, ypos) {
  51 var scalestartx = startx - startx % 10 + 10;
  52 g.setColor (java.awt.Color.black);
  53 for (var i = scalestartx; i < endx; i += 10) {
  54 var value = i;
  55 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {
  56 value = this.av.getColumnSelection ().adjustForHiddenColumns (value);
  57 }g.drawString (String.valueOf (value), (i - startx - 1) * this.avcharWidth, ypos - (Clazz.doubleToInt (this.avcharHeight / 2)));
  58 g.drawLine (((i - startx - 1) * this.avcharWidth) + (Clazz.doubleToInt (this.avcharWidth / 2)), (ypos + 2) - (Clazz.doubleToInt (this.avcharHeight / 2)), ((i - startx - 1) * this.avcharWidth) + (Clazz.doubleToInt (this.avcharWidth / 2)), ypos - 2);
  59 }
  60 }, "java.awt.Graphics,~N,~N,~N");
  61 Clazz.defineMethod (c$, "drawWestScale",
  62  function (g, startx, endx, ypos) {
  63 var fm = this.getFontMetrics (this.av.getFont ());
  64 ypos += this.avcharHeight;
  65 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {
  66 startx = this.av.getColumnSelection ().adjustForHiddenColumns (startx);
  67 endx = this.av.getColumnSelection ().adjustForHiddenColumns (endx);
  68 }var maxwidth = this.av.getAlignment ().getWidth ();
  69 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {
  70 maxwidth = this.av.getColumnSelection ().findColumnPosition (maxwidth) - 1;
  71 }for (var i = 0; i < this.av.getAlignment ().getHeight (); i++) {
  72 var seq = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (i);
  73 var index = startx;
  74 var value = -1;
  75 while (index < endx) {
  76 if (jalview.util.Comparison.isGap (seq.getCharAt (index))) {
  77 index++;
  78 continue;
  79 }value = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (i).findPosition (index);
  80 break;
  81 }
  82 if (value != -1) {
  83 var x = this.LABEL_WEST - fm.stringWidth (String.valueOf (value)) - Clazz.doubleToInt (this.avcharWidth / 2);
  84 g.drawString (value + "", x, (ypos + (i * this.avcharHeight)) - (Clazz.doubleToInt (this.avcharHeight / 5)));
  85 }}
  86 }, "java.awt.Graphics,~N,~N,~N");
  87 Clazz.defineMethod (c$, "drawEastScale",
  88  function (g, startx, endx, ypos) {
  89 ypos += this.avcharHeight;
  90 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {
  91 endx = this.av.getColumnSelection ().adjustForHiddenColumns (endx);
  92 }var seq;
  93 for (var i = 0; i < this.av.getAlignment ().getHeight (); i++) {
  94 seq = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (i);
  95 var index = endx;
  96 var value = -1;
  97 while (index > startx) {
  98 if (jalview.util.Comparison.isGap (seq.getCharAt (index))) {
  99 index--;
 100 continue;
 101 }value = seq.findPosition (index);
 102 break;
 103 }
 104 if (value != -1) {
 105 g.drawString (String.valueOf (value), 0, (ypos + (i * this.avcharHeight)) - (Clazz.doubleToInt (this.avcharHeight / 5)));
 106 }}
 107 }, "java.awt.Graphics,~N,~N,~N");
 108 Clazz.defineMethod (c$, "fastPaint",
 109 function (horizontal, vertical) {
 110 if (this.$fastPaint || this.gg == null) {
 111 return;
 112 }this.updateViewport ();
 113 if (this.lastsr + horizontal != this.av.startRes) {
 114 horizontal = this.av.startRes - this.lastsr;
 115 }this.lastsr = this.av.startRes;
 116 this.$fastPaint = true;
 117 this.gg.copyArea (horizontal * this.avcharWidth, vertical * this.avcharHeight, this.imgWidth - horizontal * this.avcharWidth, this.imgHeight - vertical * this.avcharHeight, -horizontal * this.avcharWidth, -vertical * this.avcharHeight);
 118 var sr = this.av.startRes;
 119 var er = this.av.endRes;
 120 var ss = this.av.startSeq;
 121 var es = this.av.endSeq;
 122 var transX = 0;
 123 var transY = 0;
 124 if (horizontal > 0) {
 125 transX = (er - sr - horizontal) * this.avcharWidth;
 126 sr = er - horizontal;
 127 } else if (horizontal < 0) {
 128 er = sr - horizontal;
 129 } else if (vertical > 0) {
 130 ss = es - vertical;
 131 if (ss < this.av.startSeq) {
 132 ss = this.av.startSeq;
 133 } else {
 134 transY = this.imgHeight - vertical * this.avcharHeight;
 135 }} else if (vertical < 0) {
 136 es = ss - vertical;
 137 if (es > this.av.endSeq) {
 138 es = this.av.endSeq;
 139 }}this.gg.translate (transX, transY);
 140 this.drawPanel (this.gg, sr, er, ss, es, 0);
 141 this.gg.translate (-transX, -transY);
 142 this.repaint ();
 143 }, "~N,~N");
 144 Clazz.overrideMethod (c$, "paintComponent",
 145 function (g) {
 146 if (this.img != null && (this.$fastPaint || (this.getSize ().width != g.getClipBounds ().width) || (this.getSize ().height != g.getClipBounds ().height))) {
 147 g.drawImage (this.img, 0, 0, this);
 148 this.$fastPaint = false;
 149 return;
 150 }if (this.$fastPaint) {
 151 g.drawImage (this.img, 0, 0, this);
 152 this.$fastPaint = false;
 153 return;
 154 }this.updateViewport ();
 155 this.imgWidth = this.getSize ().width;
 156 this.imgHeight = this.getSize ().height;
 157 this.imgWidth -= this.imgWidth % this.avcharWidth;
 158 this.imgHeight -= this.imgHeight % this.avcharHeight;
 159 if (this.imgWidth < 1 || this.imgHeight < 1) {
 160 return;
 161 }if (this.img == null || this.imgWidth != this.img.getWidth (this) || this.imgHeight != this.img.getHeight (this)) {
 162 this.img = this.createImage (this.imgWidth, this.imgHeight);
 163 this.gg = this.img.getGraphics ();
 164 this.gg.setFont (this.av.getFont ());
 165 }this.gg.setColor (java.awt.Color.white);
 166 this.gg.fillRect (0, 0, this.imgWidth, this.imgHeight);
 167 if (this.av.getWrapAlignment ()) {
 168 this.drawWrappedPanel (this.gg, this.imgWidth, this.imgHeight, this.av.startRes);
 169 } else {
 170 this.drawPanel (this.gg, this.av.startRes, this.av.endRes, this.av.startSeq, this.av.endSeq, 0);
 171 }g.drawImage (this.img, 0, 0, this);
 172 }, "java.awt.Graphics");
 173 Clazz.defineMethod (c$, "getWrappedCanvasWidth",
 174 function (cwidth) {
 175 cwidth -= cwidth % this.av.getCharWidth ();
 176 var fm = this.getFontMetrics (this.av.getFont ());
 177 this.LABEL_EAST = 0;
 178 this.LABEL_WEST = 0;
 179 if (this.av.getScaleRightWrapped ()) {
 180 this.LABEL_EAST = fm.stringWidth (this.getMask ());
 181 }if (this.av.getScaleLeftWrapped ()) {
 182 this.LABEL_WEST = fm.stringWidth (this.getMask ());
 183 }return Clazz.doubleToInt ((cwidth - this.LABEL_EAST - this.LABEL_WEST) / this.av.getCharWidth ());
 184 }, "~N");
 185 Clazz.defineMethod (c$, "getMask",
 186 function () {
 187 var mask = "0";
 188 var maxWidth = 0;
 189 var tmp;
 190 var alignment = this.av.getAlignment ();
 191 for (var i = 0; i < alignment.getHeight (); i++) {
 192 tmp = alignment.getSequenceAt (i).getEnd ();
 193 if (tmp > maxWidth) {
 194 maxWidth = tmp;
 195 }}
 196 for (var i = maxWidth; i > 0; i /= 10) {
 197 mask += "0";
 198 }
 199 return mask;
 200 });
 201 Clazz.defineMethod (c$, "drawWrappedPanel",
 202  function (g, canvasWidth, canvasHeight, startRes) {
 203 var al = this.av.getAlignment ();
 204 var fm = this.getFontMetrics (this.av.getFont ());
 205 if (this.av.getScaleRightWrapped ()) {
 206 this.LABEL_EAST = fm.stringWidth (this.getMask ());
 207 }if (this.av.getScaleLeftWrapped ()) {
 208 this.LABEL_WEST = fm.stringWidth (this.getMask ());
 209 }var hgap = this.avcharHeight;
 210 if (this.av.getScaleAboveWrapped ()) {
 211 hgap += this.avcharHeight;
 212 }var cWidth = Clazz.doubleToInt ((canvasWidth - this.LABEL_EAST - this.LABEL_WEST) / this.avcharWidth);
 213 var cHeight = this.av.getAlignment ().getHeight () * this.avcharHeight;
 214 this.av.setWrappedWidth (cWidth);
 215 this.av.endRes = this.av.startRes + cWidth;
 216 var endx;
 217 var ypos = hgap;
 218 var maxwidth = this.av.getAlignment ().getWidth () - 1;
 219 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {
 220 maxwidth = this.av.getColumnSelection ().findColumnPosition (maxwidth) - 1;
 221 }while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth)) {
 222 endx = startRes + cWidth - 1;
 223 if (endx > maxwidth) {
 224 endx = maxwidth;
 225 }g.setColor (java.awt.Color.black);
 226 if (this.av.getScaleLeftWrapped ()) {
 227 this.drawWestScale (g, startRes, endx, ypos);
 228 }if (this.av.getScaleRightWrapped ()) {
 229 g.translate (canvasWidth - this.LABEL_EAST, 0);
 230 this.drawEastScale (g, startRes, endx, ypos);
 231 g.translate (-(canvasWidth - this.LABEL_EAST), 0);
 232 }g.translate (this.LABEL_WEST, 0);
 233 if (this.av.getScaleAboveWrapped ()) {
 234 this.drawNorthScale (g, startRes, endx, ypos);
 235 }if (this.av.hasHiddenColumns () && this.av.getShowHiddenMarkers ()) {
 236 g.setColor (java.awt.Color.blue);
 237 var res;
 238 for (var i = 0; i < this.av.getColumnSelection ().getHiddenColumns ().size (); i++) {
 239 res = this.av.getColumnSelection ().findHiddenRegionPosition (i) - startRes;
 240 if (res < 0 || res > endx - startRes) {
 241 continue;
 242 }this.gg.fillPolygon ( Clazz.newIntArray (-1, [res * this.avcharWidth - Clazz.doubleToInt (this.avcharHeight / 4), res * this.avcharWidth + Clazz.doubleToInt (this.avcharHeight / 4), res * this.avcharWidth]),  Clazz.newIntArray (-1, [ypos - (Clazz.doubleToInt (this.avcharHeight / 2)), ypos - (Clazz.doubleToInt (this.avcharHeight / 2)), ypos - (Clazz.doubleToInt (this.avcharHeight / 2)) + 8]), 3);
 243 }
 244 }if (g.getClip () == null) {
 245 g.setClip (0, 0, cWidth * this.avcharWidth, canvasHeight);
 246 }this.drawPanel (g, startRes, endx, 0, al.getHeight (), ypos);
 247 g.setClip (null);
 248 if (this.av.isShowAnnotation ()) {
 249 g.translate (0, cHeight + ypos + 4);
 250 if (this.annotations == null) {
 251 this.annotations =  new jalview.appletgui.AnnotationPanel (this.av);
 252 }this.annotations.drawComponent (g, startRes, endx + 1);
 253 g.translate (0, -cHeight - ypos - 4);
 254 }g.translate (-this.LABEL_WEST, 0);
 255 ypos += cHeight + this.getAnnotationHeight () + hgap;
 256 startRes += cWidth;
 257 }
 258 }, "java.awt.Graphics,~N,~N,~N");
 259 Clazz.defineMethod (c$, "getAnnotationHeight",
 260 function () {
 261 if (!this.av.isShowAnnotation ()) {
 262 return 0;
 263 }if (this.annotations == null) {
 264 this.annotations =  new jalview.appletgui.AnnotationPanel (this.av);
 265 }return this.annotations.adjustPanelHeight ();
 266 });
 267 Clazz.defineMethod (c$, "drawPanel",
 268  function (g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset) {
 269 if (!this.av.hasHiddenColumns ()) {
 270 this.draw (g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 271 } else {
 272 var screenY = 0;
 273 var blockStart = startRes;
 274 var blockEnd = endRes;
 275 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {
 276 for (var region, $region = this.av.getColumnSelection ().getHiddenColumns ().iterator (); $region.hasNext () && ((region = $region.next ()) || true);) {
 277 var hideStart = region[0];
 278 var hideEnd = region[1];
 279 if (hideStart <= blockStart) {
 280 blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 281 continue;
 282 }blockEnd = hideStart - 1;
 283 g1.translate (screenY * this.avcharWidth, 0);
 284 this.draw (g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 285 if (this.av.getShowHiddenMarkers ()) {
 286 g1.setColor (java.awt.Color.blue);
 287 g1.drawLine ((blockEnd - blockStart + 1) * this.avcharWidth - 1, 0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * this.avcharWidth - 1, (endSeq - startSeq) * this.avcharHeight + offset);
 288 }g1.translate (-screenY * this.avcharWidth, 0);
 289 screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 290 blockStart = hideEnd + 1;
 291 }
 292 }if (screenY <= (endRes - startRes)) {
 293 blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 294 g1.translate (screenY * this.avcharWidth, 0);
 295 this.draw (g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 296 g1.translate (-screenY * this.avcharWidth, 0);
 297 }}}, "java.awt.Graphics,~N,~N,~N,~N,~N");
 298 Clazz.defineMethod (c$, "draw",
 299 function (g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset) {
 300 g.setFont (this.av.getFont ());
 301 this.sr.prepare (g, this.av.isRenderGaps ());
 302 this.updateViewport ();
 303 var nextSeq;
 304 for (var i = startSeq; i < endSeq; i++) {
 305 nextSeq = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (i);
 306 if (nextSeq == null) {
 307 continue;
 308 }this.sr.drawSequence (nextSeq, this.av.getAlignment ().findAllGroups (nextSeq), startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * this.avcharHeight));
 309 if (this.av.isShowSequenceFeatures ()) {
 310 this.fr.drawSequence (g, nextSeq, startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * this.avcharHeight));
 311 }if (this.searchResults != null) {
 312 var visibleResults = this.searchResults.getResults (nextSeq, startRes, endRes);
 313 if (visibleResults != null) {
 314 for (var r = 0; r < visibleResults.length; r += 2) {
 315 this.sr.drawHighlightedText (nextSeq, visibleResults[r], visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes) * this.avcharWidth, offset + ((i - startSeq) * this.avcharHeight));
 316 }
 317 }}if (this.av.cursorMode && this.cursorY == i && this.cursorX >= startRes && this.cursorX <= endRes) {
 318 this.sr.drawCursor (nextSeq, this.cursorX, (this.cursorX - startRes) * this.avcharWidth, offset + ((i - startSeq) * this.avcharHeight));
 319 }}
 320 if (this.av.getSelectionGroup () != null || this.av.getAlignment ().getGroups ().size () > 0) {
 321 this.drawGroupsBoundaries (g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 322 }}, "java.awt.Graphics,~N,~N,~N,~N,~N");
 323 Clazz.defineMethod (c$, "drawGroupsBoundaries",
 324  function (g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset) {
 325 var group = this.av.getSelectionGroup ();
 326 var sx = -1;
 327 var sy = -1;
 328 var ex = -1;
 329 var groupIndex = -1;
 330 if ((group == null) && (this.av.getAlignment ().getGroups ().size () > 0)) {
 331 group = this.av.getAlignment ().getGroups ().get (0);
 332 groupIndex = 0;
 333 }if (group != null) {
 334 do {
 335 var oldY = -1;
 336 var i = 0;
 337 var inGroup = false;
 338 var top = -1;
 339 var bottom = -1;
 340 var alHeight = this.av.getAlignment ().getHeight () - 1;
 341 for (i = startSeq; i < endSeq; i++) {
 342 sx = (group.getStartRes () - startRes) * this.avcharWidth;
 343 sy = offset + ((i - startSeq) * this.avcharHeight);
 344 ex = (((group.getEndRes () + 1) - group.getStartRes ()) * this.avcharWidth) - 1;
 345 if (sx + ex < 0 || sx > this.imgWidth) {
 346 continue;
 347 }if ((sx <= (endRes - startRes) * this.avcharWidth) && group.getSequences (null).contains (this.av.getAlignment ().getSequenceAt (i))) {
 348 if ((bottom == -1) && (i >= alHeight || !group.getSequences (null).contains (this.av.getAlignment ().getSequenceAt (i + 1)))) {
 349 bottom = sy + this.avcharHeight;
 350 }if (!inGroup) {
 351 if (((top == -1) && (i == 0)) || !group.getSequences (null).contains (this.av.getAlignment ().getSequenceAt (i - 1))) {
 352 top = sy;
 353 }oldY = sy;
 354 inGroup = true;
 355 if (group === this.av.getSelectionGroup ()) {
 356 g.setColor (java.awt.Color.red);
 357 } else {
 358 g.setColor (group.getOutlineColour ());
 359 }}} else {
 360 if (inGroup) {
 361 if (sx >= 0 && sx < this.imgWidth) {
 362 g.drawLine (sx, oldY, sx, sy);
 363 }if (sx + ex < this.imgWidth) {
 364 g.drawLine (sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 365 }if (sx < 0) {
 366 ex += sx;
 367 sx = 0;
 368 }if (sx + ex > this.imgWidth) {
 369 ex = this.imgWidth;
 370 } else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * this.avcharWidth) {
 371 ex = (endRes - startRes + 1) * this.avcharWidth;
 372 }if (top != -1) {
 373 g.drawLine (sx, top, sx + ex, top);
 374 top = -1;
 375 }if (bottom != -1) {
 376 g.drawLine (sx, bottom, sx + ex, bottom);
 377 bottom = -1;
 378 }inGroup = false;
 379 }}}
 380 if (inGroup) {
 381 sy = offset + ((i - startSeq) * this.avcharHeight);
 382 if (sx >= 0 && sx < this.imgWidth) {
 383 g.drawLine (sx, oldY, sx, sy);
 384 }if (sx + ex < this.imgWidth) {
 385 g.drawLine (sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 386 }if (sx < 0) {
 387 ex += sx;
 388 sx = 0;
 389 }if (sx + ex > this.imgWidth) {
 390 ex = this.imgWidth;
 391 } else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * this.avcharWidth) {
 392 ex = (endRes - startRes + 1) * this.avcharWidth;
 393 }if (top != -1) {
 394 g.drawLine (sx, top, sx + ex, top);
 395 top = -1;
 396 }if (bottom != -1) {
 397 g.drawLine (sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 398 bottom = -1;
 399 }inGroup = false;
 400 }groupIndex++;
 401 if (groupIndex >= this.av.getAlignment ().getGroups ().size ()) {
 402 break;
 403 }group = this.av.getAlignment ().getGroups ().get (groupIndex);
 404 } while (groupIndex < this.av.getAlignment ().getGroups ().size ());
 405 }}, "java.awt.Graphics,~N,~N,~N,~N,~N");
 406 Clazz.defineMethod (c$, "highlightSearchResults",
 407 function (results) {
 408 this.searchResults = results;
 409 this.repaint ();
 410 }, "jalview.datamodel.SearchResults");
 411 });