site/j2s/jalview/appletgui/SeqPanel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");\r
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "jalview.structure.SelectionListener", "$.SequenceListener", "java.awt.event.MouseListener", "$.MouseMotionListener", "java.lang.Thread"], "jalview.appletgui.SeqPanel", ["jalview.api.AlignViewportI", "jalview.appletgui.APopupMenu", "$.AlignViewport", "$.PaintRefresher", "$.SeqCanvas", "$.SliderPanel", "$.Tooltip", "jalview.commands.EditCommand", "jalview.datamodel.ColumnSelection", "$.SearchResults", "$.SequenceGroup", "jalview.schemes.ResidueProperties", "jalview.structure.StructureSelectionManager", "jalview.util.Comparison", "$.MappingUtils", "$.MessageManager", "java.awt.BorderLayout", "$.Font", "java.lang.StringBuffer", "$.StringBuilder", "java.util.Vector"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.seqCanvas = null;\r
   5 this.ap = null;\r
   6 this.lastres = 0;\r
   7 this.startseq = 0;\r
   8 this.av = null;\r
   9 this.seqEditOccurred = false;\r
  10 this.scrollThread = null;\r
  11 this.mouseDragging = false;\r
  12 this.editingSeqs = false;\r
  13 this.groupEditing = false;\r
  14 this.oldSeq = -1;\r
  15 this.changeEndSeq = false;\r
  16 this.changeStartSeq = false;\r
  17 this.changeEndRes = false;\r
  18 this.changeStartRes = false;\r
  19 this.stretchGroup = null;\r
  20 this.keyboardNo1 = null;\r
  21 this.keyboardNo2 = null;\r
  22 this.mouseWheelPressed = false;\r
  23 this.lastMousePress = null;\r
  24 this.editCommand = null;\r
  25 this.ssm = null;\r
  26 this.startWrapBlock = -1;\r
  27 this.wrappedBlock = -1;\r
  28 this.lastMessage = null;\r
  29 this.tooltip = null;\r
  30 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.SeqPanel.ScrollThread")) {\r
  31 jalview.appletgui.SeqPanel.$SeqPanel$ScrollThread$ ();\r
  32 }\r
  33 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  34 }, jalview.appletgui, "SeqPanel", awt2swing.Panel, [java.awt.event.MouseMotionListener, java.awt.event.MouseListener, jalview.structure.SequenceListener, jalview.structure.SelectionListener]);\r
  35 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  36 function (avp, p) {\r
  37 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.SeqPanel, []);\r
  38 this.av = avp;\r
  39 this.setName ("seqPanel");\r
  40 this.seqCanvas =  new jalview.appletgui.SeqCanvas (avp);\r
  41 this.setLayout ( new java.awt.BorderLayout ());\r
  42 this.add (this.seqCanvas);\r
  43 this.ap = p;\r
  44 this.seqCanvas.addMouseMotionListener (this);\r
  45 this.seqCanvas.addMouseListener (this);\r
  46 this.ssm = jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this.av.applet);\r
  47 this.ssm.addStructureViewerListener (this);\r
  48 this.ssm.addSelectionListener (this);\r
  49 this.seqCanvas.repaint ();\r
  50 }, "jalview.appletgui.AlignViewport,jalview.appletgui.AlignmentPanel");\r
  51 Clazz.defineMethod (c$, "endEditing", \r
  52 function () {\r
  53 if (this.editCommand != null && this.editCommand.getSize () > 0) {\r
  54 this.ap.alignFrame.addHistoryItem (this.editCommand);\r
  55 this.av.firePropertyChange ("alignment", null, this.av.getAlignment ().getSequences ());\r
  56 }this.startseq = -1;\r
  57 this.lastres = -1;\r
  58 this.editingSeqs = false;\r
  59 this.groupEditing = false;\r
  60 this.keyboardNo1 = null;\r
  61 this.keyboardNo2 = null;\r
  62 this.editCommand = null;\r
  63 });\r
  64 Clazz.defineMethod (c$, "setCursorRow", \r
  65 function () {\r
  66 this.seqCanvas.cursorY = this.getKeyboardNo1 () - 1;\r
  67 this.scrollToVisible ();\r
  68 });\r
  69 Clazz.defineMethod (c$, "setCursorColumn", \r
  70 function () {\r
  71 this.seqCanvas.cursorX = this.getKeyboardNo1 () - 1;\r
  72 this.scrollToVisible ();\r
  73 });\r
  74 Clazz.defineMethod (c$, "setCursorRowAndColumn", \r
  75 function () {\r
  76 if (this.keyboardNo2 == null) {\r
  77 this.keyboardNo2 =  new StringBuffer ();\r
  78 } else {\r
  79 this.seqCanvas.cursorX = this.getKeyboardNo1 () - 1;\r
  80 this.seqCanvas.cursorY = this.getKeyboardNo2 () - 1;\r
  81 this.scrollToVisible ();\r
  82 }});\r
  83 Clazz.defineMethod (c$, "setCursorPosition", \r
  84 function () {\r
  85 var sequence = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (this.seqCanvas.cursorY);\r
  86 this.seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex (this.getKeyboardNo1 ()) - 1;\r
  87 this.scrollToVisible ();\r
  88 });\r
  89 Clazz.defineMethod (c$, "moveCursor", \r
  90 function (dx, dy) {\r
  91 this.seqCanvas.cursorX += dx;\r
  92 this.seqCanvas.cursorY += dy;\r
  93 if (this.av.hasHiddenColumns () && !this.av.getColumnSelection ().isVisible (this.seqCanvas.cursorX)) {\r
  94 var original = this.seqCanvas.cursorX - dx;\r
  95 var maxWidth = this.av.getAlignment ().getWidth ();\r
  96 while (!this.av.getColumnSelection ().isVisible (this.seqCanvas.cursorX) && this.seqCanvas.cursorX < maxWidth && this.seqCanvas.cursorX > 0) {\r
  97 this.seqCanvas.cursorX += dx;\r
  98 }\r
  99 if (this.seqCanvas.cursorX >= maxWidth || !this.av.getColumnSelection ().isVisible (this.seqCanvas.cursorX)) {\r
 100 this.seqCanvas.cursorX = original;\r
 101 }}this.scrollToVisible ();\r
 102 }, "~N,~N");\r
 103 Clazz.defineMethod (c$, "scrollToVisible", \r
 104 function () {\r
 105 if (this.seqCanvas.cursorX < 0) {\r
 106 this.seqCanvas.cursorX = 0;\r
 107 } else if (this.seqCanvas.cursorX > this.av.getAlignment ().getWidth () - 1) {\r
 108 this.seqCanvas.cursorX = this.av.getAlignment ().getWidth () - 1;\r
 109 }if (this.seqCanvas.cursorY < 0) {\r
 110 this.seqCanvas.cursorY = 0;\r
 111 } else if (this.seqCanvas.cursorY > this.av.getAlignment ().getHeight () - 1) {\r
 112 this.seqCanvas.cursorY = this.av.getAlignment ().getHeight () - 1;\r
 113 }this.endEditing ();\r
 114 if (this.av.getWrapAlignment ()) {\r
 115 this.ap.scrollToWrappedVisible (this.seqCanvas.cursorX);\r
 116 } else {\r
 117 while (this.seqCanvas.cursorY < this.av.startSeq) {\r
 118 this.ap.scrollUp (true);\r
 119 }\r
 120 while (this.seqCanvas.cursorY + 1 > this.av.endSeq) {\r
 121 this.ap.scrollUp (false);\r
 122 }\r
 123 while (this.seqCanvas.cursorX < this.av.getColumnSelection ().adjustForHiddenColumns (this.av.startRes)) {\r
 124 if (!this.ap.scrollRight (false)) {\r
 125 break;\r
 126 }}\r
 127 while (this.seqCanvas.cursorX > this.av.getColumnSelection ().adjustForHiddenColumns (this.av.endRes)) {\r
 128 if (!this.ap.scrollRight (true)) {\r
 129 break;\r
 130 }}\r
 131 }this.setStatusMessage (this.av.getAlignment ().getSequenceAt (this.seqCanvas.cursorY), this.seqCanvas.cursorX, this.seqCanvas.cursorY);\r
 132 this.seqCanvas.repaint ();\r
 133 });\r
 134 Clazz.defineMethod (c$, "setSelectionAreaAtCursor", \r
 135 function (topLeft) {\r
 136 var sequence = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (this.seqCanvas.cursorY);\r
 137 if (this.av.getSelectionGroup () != null) {\r
 138 var sg = this.av.getSelectionGroup ();\r
 139 var min = this.av.getAlignment ().getHeight ();\r
 140 var max = 0;\r
 141 for (var i = 0; i < sg.getSize (); i++) {\r
 142 var index = this.av.getAlignment ().findIndex (sg.getSequenceAt (i));\r
 143 if (index > max) {\r
 144 max = index;\r
 145 }if (index < min) {\r
 146 min = index;\r
 147 }}\r
 148 max++;\r
 149 if (topLeft) {\r
 150 sg.setStartRes (this.seqCanvas.cursorX);\r
 151 if (sg.getEndRes () < this.seqCanvas.cursorX) {\r
 152 sg.setEndRes (this.seqCanvas.cursorX);\r
 153 }min = this.seqCanvas.cursorY;\r
 154 } else {\r
 155 sg.setEndRes (this.seqCanvas.cursorX);\r
 156 if (sg.getStartRes () > this.seqCanvas.cursorX) {\r
 157 sg.setStartRes (this.seqCanvas.cursorX);\r
 158 }max = this.seqCanvas.cursorY + 1;\r
 159 }if (min > max) {\r
 160 this.av.setSelectionGroup (null);\r
 161 } else {\r
 162 sg.clear ();\r
 163 for (var i = min; i < max; i++) {\r
 164 sg.addSequence (this.av.getAlignment ().getSequenceAt (i), false);\r
 165 }\r
 166 }}if (this.av.getSelectionGroup () == null) {\r
 167 var sg =  new jalview.datamodel.SequenceGroup ();\r
 168 sg.setStartRes (this.seqCanvas.cursorX);\r
 169 sg.setEndRes (this.seqCanvas.cursorX);\r
 170 sg.addSequence (sequence, false);\r
 171 this.av.setSelectionGroup (sg);\r
 172 }this.ap.paintAlignment (false);\r
 173 this.av.sendSelection ();\r
 174 }, "~B");\r
 175 Clazz.defineMethod (c$, "insertGapAtCursor", \r
 176 function (group) {\r
 177 this.groupEditing = group;\r
 178 this.startseq = this.seqCanvas.cursorY;\r
 179 this.lastres = this.seqCanvas.cursorX;\r
 180 this.editSequence (true, this.seqCanvas.cursorX + this.getKeyboardNo1 ());\r
 181 this.endEditing ();\r
 182 }, "~B");\r
 183 Clazz.defineMethod (c$, "deleteGapAtCursor", \r
 184 function (group) {\r
 185 this.groupEditing = group;\r
 186 this.startseq = this.seqCanvas.cursorY;\r
 187 this.lastres = this.seqCanvas.cursorX + this.getKeyboardNo1 ();\r
 188 this.editSequence (false, this.seqCanvas.cursorX);\r
 189 this.endEditing ();\r
 190 }, "~B");\r
 191 Clazz.defineMethod (c$, "numberPressed", \r
 192 function (value) {\r
 193 if (this.keyboardNo1 == null) {\r
 194 this.keyboardNo1 =  new StringBuffer ();\r
 195 }if (this.keyboardNo2 != null) {\r
 196 this.keyboardNo2.append (value);\r
 197 } else {\r
 198 this.keyboardNo1.append (value);\r
 199 }}, "~S");\r
 200 Clazz.defineMethod (c$, "getKeyboardNo1", \r
 201 function () {\r
 202 try {\r
 203 if (this.keyboardNo1 != null) {\r
 204 var value = Integer.parseInt (this.keyboardNo1.toString ());\r
 205 this.keyboardNo1 = null;\r
 206 return value;\r
 207 }} catch (x) {\r
 208 if (Clazz.exceptionOf (x, Exception)) {\r
 209 } else {\r
 210 throw x;\r
 211 }\r
 212 }\r
 213 this.keyboardNo1 = null;\r
 214 return 1;\r
 215 });\r
 216 Clazz.defineMethod (c$, "getKeyboardNo2", \r
 217 function () {\r
 218 try {\r
 219 if (this.keyboardNo2 != null) {\r
 220 var value = Integer.parseInt (this.keyboardNo2.toString ());\r
 221 this.keyboardNo2 = null;\r
 222 return value;\r
 223 }} catch (x) {\r
 224 if (Clazz.exceptionOf (x, Exception)) {\r
 225 } else {\r
 226 throw x;\r
 227 }\r
 228 }\r
 229 this.keyboardNo2 = null;\r
 230 return 1;\r
 231 });\r
 232 Clazz.defineMethod (c$, "setStatusMessage", \r
 233 function (sequence, res, seq) {\r
 234 var text =  new StringBuilder (32);\r
 235 var seqno = seq == -1 ? "" : " " + (seq + 1);\r
 236 text.append ("Sequence" + seqno + " ID: " + sequence.getName ());\r
 237 var residue = null;\r
 238 var displayChar = String.valueOf (sequence.getCharAt (res));\r
 239 if (this.av.getAlignment ().isNucleotide ()) {\r
 240 residue = jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotideName.get (displayChar);\r
 241 if (residue != null) {\r
 242 text.append (" Nucleotide: ").append (residue);\r
 243 }} else {\r
 244 residue = "X".equalsIgnoreCase (displayChar) ? "X" : jalview.schemes.ResidueProperties.aa2Triplet.get (displayChar);\r
 245 if (residue != null) {\r
 246 text.append (" Residue: ").append (residue);\r
 247 }}var pos = -1;\r
 248 if (residue != null) {\r
 249 pos = sequence.findPosition (res);\r
 250 text.append (" (").append (Integer.toString (pos)).append (")");\r
 251 }this.ap.alignFrame.setStatus (text.toString ());\r
 252 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,~N");\r
 253 Clazz.defineMethod (c$, "setStatusMessage", \r
 254  function (results) {\r
 255 var matches = results.getResults ();\r
 256 if (!matches.isEmpty ()) {\r
 257 var m = matches.get (0);\r
 258 var seq = m.getSequence ();\r
 259 var sequenceIndex = this.av.getAlignment ().findIndex (seq);\r
 260 var start = m.getStart () - 1;\r
 261 this.setStatusMessage (seq, start, sequenceIndex);\r
 262 }}, "jalview.datamodel.SearchResults");\r
 263 Clazz.overrideMethod (c$, "mousePressed", \r
 264 function (evt) {\r
 265 this.lastMousePress = evt.getPoint ();\r
 266 if ((evt.getModifiers () & 8) == 8 && !this.av.MAC) {\r
 267 this.mouseWheelPressed = true;\r
 268 return;\r
 269 }if (evt.isShiftDown () || evt.isControlDown () || evt.isAltDown ()) {\r
 270 if (evt.isControlDown () || evt.isAltDown ()) {\r
 271 this.groupEditing = true;\r
 272 }this.editingSeqs = true;\r
 273 } else {\r
 274 this.doMousePressedDefineMode (evt);\r
 275 return;\r
 276 }var seq = this.findSeq (evt);\r
 277 var res = this.findRes (evt);\r
 278 if (seq < 0 || res < 0) {\r
 279 return;\r
 280 }if ((seq < this.av.getAlignment ().getHeight ()) && (res < this.av.getAlignment ().getSequenceAt (seq).getLength ())) {\r
 281 this.startseq = seq;\r
 282 this.lastres = res;\r
 283 } else {\r
 284 this.startseq = -1;\r
 285 this.lastres = -1;\r
 286 }return;\r
 287 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 288 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseClicked", \r
 289 function (evt) {\r
 290 var sequence = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (this.findSeq (evt));\r
 291 if (evt.getClickCount () > 1) {\r
 292 if (this.av.getSelectionGroup () != null && this.av.getSelectionGroup ().getSize () == 1 && this.av.getSelectionGroup ().getEndRes () - this.av.getSelectionGroup ().getStartRes () < 2) {\r
 293 this.av.setSelectionGroup (null);\r
 294 }var features = this.findFeaturesAtRes (sequence, sequence.findPosition (this.findRes (evt)));\r
 295 if (features != null && features.length > 0) {\r
 296 var highlight =  new jalview.datamodel.SearchResults ();\r
 297 highlight.addResult (sequence, features[0].getBegin (), features[0].getEnd ());\r
 298 this.seqCanvas.highlightSearchResults (highlight);\r
 299 }if (features != null && features.length > 0) {\r
 300 this.seqCanvas.getFeatureRenderer ().amendFeatures ( Clazz.newArray (-1, [sequence]), features, false, this.ap);\r
 301 this.seqCanvas.highlightSearchResults (null);\r
 302 }}}, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 303 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseReleased", \r
 304 function (evt) {\r
 305 this.mouseDragging = false;\r
 306 this.mouseWheelPressed = false;\r
 307 this.ap.paintAlignment (true);\r
 308 if (!this.editingSeqs) {\r
 309 this.doMouseReleasedDefineMode (evt);\r
 310 return;\r
 311 }this.endEditing ();\r
 312 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 313 Clazz.defineMethod (c$, "findRes", \r
 314 function (evt) {\r
 315 var res = 0;\r
 316 var x = evt.getX ();\r
 317 if (this.av.getWrapAlignment ()) {\r
 318 var hgap = this.av.getCharHeight ();\r
 319 if (this.av.getScaleAboveWrapped ()) {\r
 320 hgap += this.av.getCharHeight ();\r
 321 }var cHeight = this.av.getAlignment ().getHeight () * this.av.getCharHeight () + hgap + this.seqCanvas.getAnnotationHeight ();\r
 322 var y = evt.getY ();\r
 323 y -= hgap;\r
 324 x -= this.seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 325 var cwidth = this.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth (this.getSize ().width);\r
 326 if (cwidth < 1) {\r
 327 return 0;\r
 328 }this.wrappedBlock = Clazz.doubleToInt (y / cHeight);\r
 329 this.wrappedBlock += Clazz.doubleToInt (this.av.getStartRes () / cwidth);\r
 330 res = this.wrappedBlock * cwidth + Clazz.doubleToInt (x / this.av.getCharWidth ());\r
 331 } else {\r
 332 res = (Clazz.doubleToInt (x / this.av.getCharWidth ())) + this.av.getStartRes ();\r
 333 }if (this.av.hasHiddenColumns ()) {\r
 334 res = this.av.getColumnSelection ().adjustForHiddenColumns (res);\r
 335 }return res;\r
 336 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 337 Clazz.defineMethod (c$, "findSeq", \r
 338 function (evt) {\r
 339 var sqnum = this.findAlRow (evt);\r
 340 return (sqnum < 0) ? 0 : sqnum;\r
 341 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 342 Clazz.defineMethod (c$, "findAlRow", \r
 343  function (evt) {\r
 344 var seq = 0;\r
 345 var y = evt.getY ();\r
 346 if (this.av.getWrapAlignment ()) {\r
 347 var hgap = this.av.getCharHeight ();\r
 348 if (this.av.getScaleAboveWrapped ()) {\r
 349 hgap += this.av.getCharHeight ();\r
 350 }var cHeight = this.av.getAlignment ().getHeight () * this.av.getCharHeight () + hgap + this.seqCanvas.getAnnotationHeight ();\r
 351 y -= hgap;\r
 352 seq = Math.min (Clazz.doubleToInt ((y % cHeight) / this.av.getCharHeight ()), this.av.getAlignment ().getHeight () - 1);\r
 353 if (seq < 0) {\r
 354 seq = -1;\r
 355 }} else {\r
 356 seq = Math.min ((Clazz.doubleToInt (y / this.av.getCharHeight ())) + this.av.getStartSeq (), this.av.getAlignment ().getHeight () - 1);\r
 357 if (seq < 0) {\r
 358 seq = -1;\r
 359 }}return seq;\r
 360 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 361 Clazz.defineMethod (c$, "doMousePressed", \r
 362 function (evt) {\r
 363 var seq = this.findSeq (evt);\r
 364 var res = this.findRes (evt);\r
 365 if (seq < this.av.getAlignment ().getHeight () && res < this.av.getAlignment ().getSequenceAt (seq).getLength ()) {\r
 366 this.startseq = seq;\r
 367 this.lastres = res;\r
 368 } else {\r
 369 this.startseq = -1;\r
 370 this.lastres = -1;\r
 371 }return;\r
 372 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 373 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseOverSequence", \r
 374 function (sequence, index, pos) {\r
 375 var tmp = sequence.hashCode () + index + "";\r
 376 if (this.lastMessage == null || !this.lastMessage.equals (tmp)) {\r
 377 this.ssm.mouseOverSequence (sequence, index, pos, this.av);\r
 378 }this.lastMessage = tmp;\r
 379 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,~N");\r
 380 Clazz.overrideMethod (c$, "highlightSequence", \r
 381 function (results) {\r
 382 if (this.av.isFollowHighlight ()) {\r
 383 if (this.ap.scrollToPosition (results, true)) {\r
 384 this.ap.alignFrame.repaint ();\r
 385 }}this.setStatusMessage (results);\r
 386 this.seqCanvas.highlightSearchResults (results);\r
 387 }, "jalview.datamodel.SearchResults");\r
 388 Clazz.overrideMethod (c$, "getVamsasSource", \r
 389 function () {\r
 390 return this.ap == null ? null : this.ap.av;\r
 391 });\r
 392 Clazz.overrideMethod (c$, "updateColours", \r
 393 function (seq, index) {\r
 394 System.out.println ("update the seqPanel colours");\r
 395 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N");\r
 396 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseMoved", \r
 397 function (evt) {\r
 398 var res = this.findRes (evt);\r
 399 var seq = this.findSeq (evt);\r
 400 if (seq >= this.av.getAlignment ().getHeight () || seq < 0 || res < 0) {\r
 401 if (this.tooltip != null) {\r
 402 this.tooltip.setTip ("");\r
 403 }return;\r
 404 }var sequence = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (seq);\r
 405 if (res > sequence.getLength ()) {\r
 406 if (this.tooltip != null) {\r
 407 this.tooltip.setTip ("");\r
 408 }return;\r
 409 }var respos = sequence.findPosition (res);\r
 410 if (this.ssm != null) {\r
 411 this.mouseOverSequence (sequence, res, respos);\r
 412 }var text =  new StringBuilder ();\r
 413 text.append ("Sequence ").append (Integer.toString (seq + 1)).append (" ID: ").append (sequence.getName ());\r
 414 var obj = null;\r
 415 var ch = String.valueOf (sequence.getCharAt (res));\r
 416 if (this.av.getAlignment ().isNucleotide ()) {\r
 417 obj = jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotideName.get (ch);\r
 418 if (obj != null) {\r
 419 text.append (" Nucleotide: ").append (obj);\r
 420 }} else {\r
 421 obj = "X".equalsIgnoreCase (ch) ? "X" : jalview.schemes.ResidueProperties.aa2Triplet.get (ch);\r
 422 if (obj != null) {\r
 423 text.append (" Residue: ").append (obj);\r
 424 }}if (obj != null) {\r
 425 text.append (" (").append (Integer.toString (respos)).append (")");\r
 426 }this.ap.alignFrame.setStatus (text.toString ());\r
 427 var tooltipText =  new StringBuilder ();\r
 428 var groups = this.av.getAlignment ().findAllGroups (sequence);\r
 429 if (groups != null) {\r
 430 for (var g = 0; g < groups.length; g++) {\r
 431 if (groups[g].getStartRes () <= res && groups[g].getEndRes () >= res) {\r
 432 if (!groups[g].getName ().startsWith ("JTreeGroup") && !groups[g].getName ().startsWith ("JGroup")) {\r
 433 tooltipText.append (groups[g].getName ()).append (" ");\r
 434 }if (groups[g].getDescription () != null) {\r
 435 tooltipText.append (groups[g].getDescription ());\r
 436 }tooltipText.append ("\n");\r
 437 }}\r
 438 }var allFeatures = this.findFeaturesAtRes (sequence, sequence.findPosition (res));\r
 439 var index = 0;\r
 440 while (index < allFeatures.length) {\r
 441 var sf = allFeatures[index];\r
 442 tooltipText.append (sf.getType () + " " + sf.begin + ":" + sf.end);\r
 443 if (sf.getDescription () != null) {\r
 444 tooltipText.append (" " + sf.getDescription ());\r
 445 }if (sf.getValue ("status") != null) {\r
 446 var status = sf.getValue ("status").toString ();\r
 447 if (status.length > 0) {\r
 448 tooltipText.append (" (" + sf.getValue ("status") + ")");\r
 449 }}tooltipText.append ("\n");\r
 450 index++;\r
 451 }\r
 452 if (this.tooltip == null) {\r
 453 this.tooltip =  new jalview.appletgui.Tooltip (tooltipText.toString (), this.seqCanvas);\r
 454 } else {\r
 455 this.tooltip.setTip (tooltipText.toString ());\r
 456 }}, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 457 Clazz.defineMethod (c$, "findFeaturesAtRes", \r
 458 function (sequence, res) {\r
 459 var tmp =  new java.util.Vector ();\r
 460 var features = sequence.getSequenceFeatures ();\r
 461 if (features != null) {\r
 462 for (var i = 0; i < features.length; i++) {\r
 463 if (this.av.getFeaturesDisplayed () == null || !this.av.getFeaturesDisplayed ().isVisible (features[i].getType ())) {\r
 464 continue;\r
 465 }if (features[i].featureGroup != null && !this.seqCanvas.fr.checkGroupVisibility (features[i].featureGroup, false)) {\r
 466 continue;\r
 467 }if ((features[i].getBegin () <= res) && (features[i].getEnd () >= res)) {\r
 468 tmp.addElement (features[i]);\r
 469 }}\r
 470 }features =  new Array (tmp.size ());\r
 471 tmp.copyInto (features);\r
 472 return features;\r
 473 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N");\r
 474 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseDragged", \r
 475 function (evt) {\r
 476 if (this.mouseWheelPressed) {\r
 477 var oldWidth = this.av.getCharWidth ();\r
 478 if (Math.abs (evt.getY () - this.lastMousePress.y) > Math.abs (evt.getX () - this.lastMousePress.x)) {\r
 479 var fontSize = this.av.font.getSize ();\r
 480 if (evt.getY () < this.lastMousePress.y && this.av.getCharHeight () > 1) {\r
 481 fontSize--;\r
 482 } else if (evt.getY () > this.lastMousePress.y) {\r
 483 fontSize++;\r
 484 }if (fontSize < 1) {\r
 485 fontSize = 1;\r
 486 }this.av.setFont ( new java.awt.Font (this.av.font.getName (), this.av.font.getStyle (), fontSize));\r
 487 this.av.setCharWidth (oldWidth);\r
 488 } else {\r
 489 if (evt.getX () < this.lastMousePress.x && this.av.getCharWidth () > 1) {\r
 490 this.av.setCharWidth (this.av.getCharWidth () - 1);\r
 491 } else if (evt.getX () > this.lastMousePress.x) {\r
 492 this.av.setCharWidth (this.av.getCharWidth () + 1);\r
 493 }if (this.av.getCharWidth () < 1) {\r
 494 this.av.setCharWidth (1);\r
 495 }}this.ap.fontChanged ();\r
 496 var fm = this.getFontMetrics (this.av.getFont ());\r
 497 this.av.validCharWidth = fm.charWidth ('M') <= this.av.getCharWidth ();\r
 498 this.lastMousePress = evt.getPoint ();\r
 499 this.ap.paintAlignment (false);\r
 500 this.ap.annotationPanel.image = null;\r
 501 return;\r
 502 }if (!this.editingSeqs) {\r
 503 this.doMouseDraggedDefineMode (evt);\r
 504 return;\r
 505 }var res = this.findRes (evt);\r
 506 if (res < 0) {\r
 507 res = 0;\r
 508 }if ((this.lastres == -1) || (this.lastres == res)) {\r
 509 return;\r
 510 }if ((res < this.av.getAlignment ().getWidth ()) && (res < this.lastres)) {\r
 511 this.editSequence (false, res);\r
 512 } else {\r
 513 this.editSequence (true, res);\r
 514 }this.mouseDragging = true;\r
 515 if (this.scrollThread != null) {\r
 516 this.scrollThread.setEvent (evt);\r
 517 }}, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 518 Clazz.defineMethod (c$, "editSequence", \r
 519 function (insertGap, startres) {\r
 520 var fixedLeft = -1;\r
 521 var fixedRight = -1;\r
 522 var fixedColumns = false;\r
 523 var sg = this.av.getSelectionGroup ();\r
 524 var seq = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (this.startseq);\r
 525 if (!this.groupEditing && this.av.hasHiddenRows ()) {\r
 526 if (this.av.isHiddenRepSequence (seq)) {\r
 527 sg = this.av.getRepresentedSequences (seq);\r
 528 this.groupEditing = true;\r
 529 }}var message =  new StringBuffer ();\r
 530 if (this.groupEditing) {\r
 531 message.append (jalview.util.MessageManager.getString ("action.edit_group")).append (":");\r
 532 if (this.editCommand == null) {\r
 533 this.editCommand =  new jalview.commands.EditCommand (jalview.util.MessageManager.getString ("action.edit_group"));\r
 534 }} else {\r
 535 message.append (jalview.util.MessageManager.getString ("label.edit_sequence")).append (" " + seq.getName ());\r
 536 var label = seq.getName ();\r
 537 if (label.length > 10) {\r
 538 label = label.substring (0, 10);\r
 539 }if (this.editCommand == null) {\r
 540 this.editCommand =  new jalview.commands.EditCommand (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.edit_params",  Clazz.newArray (-1, [label])));\r
 541 }}if (insertGap) {\r
 542 message.append (" insert ");\r
 543 } else {\r
 544 message.append (" delete ");\r
 545 }message.append (Math.abs (startres - this.lastres) + " gaps.");\r
 546 this.ap.alignFrame.setStatus (message.toString ());\r
 547 if (this.groupEditing || (sg != null && sg.getSequences (this.av.getHiddenRepSequences ()).contains (seq))) {\r
 548 fixedColumns = true;\r
 549 if (sg == null) {\r
 550 if (!this.av.isHiddenRepSequence (seq)) {\r
 551 this.endEditing ();\r
 552 return;\r
 553 }sg = this.av.getRepresentedSequences (seq);\r
 554 }fixedLeft = sg.getStartRes ();\r
 555 fixedRight = sg.getEndRes ();\r
 556 if ((startres < fixedLeft && this.lastres >= fixedLeft) || (startres >= fixedLeft && this.lastres < fixedLeft) || (startres > fixedRight && this.lastres <= fixedRight) || (startres <= fixedRight && this.lastres > fixedRight)) {\r
 557 this.endEditing ();\r
 558 return;\r
 559 }if (fixedLeft > startres) {\r
 560 fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 561 fixedLeft = 0;\r
 562 } else if (fixedRight < startres) {\r
 563 fixedLeft = fixedRight;\r
 564 fixedRight = -1;\r
 565 }}if (this.av.hasHiddenColumns ()) {\r
 566 fixedColumns = true;\r
 567 var y1 = this.av.getColumnSelection ().getHiddenBoundaryLeft (startres);\r
 568 var y2 = this.av.getColumnSelection ().getHiddenBoundaryRight (startres);\r
 569 if ((insertGap && startres > y1 && this.lastres < y1) || (!insertGap && startres < y2 && this.lastres > y2)) {\r
 570 this.endEditing ();\r
 571 return;\r
 572 }if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1)) {\r
 573 if (startres >= y2) {\r
 574 fixedLeft = y2;\r
 575 } else {\r
 576 fixedRight = y2 - 1;\r
 577 }}}if (this.groupEditing) {\r
 578 var groupSeqs = sg.getSequences (this.av.getHiddenRepSequences ()).toArray ( new Array (0));\r
 579 if (insertGap) {\r
 580 if (sg.getStartRes () == 0 && sg.getEndRes () == fixedRight && sg.getEndRes () == this.av.getAlignment ().getWidth () - 1) {\r
 581 sg.setEndRes (this.av.getAlignment ().getWidth () + startres - this.lastres);\r
 582 fixedRight = sg.getEndRes ();\r
 583 }var blank = false;\r
 584 for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > this.lastres; fixedRight--) {\r
 585 blank = true;\r
 586 for (var gs, $gs = 0, $$gs = groupSeqs; $gs < $$gs.length && ((gs = $$gs[$gs]) || true); $gs++) {\r
 587 for (var j = 0; j < startres - this.lastres; j++) {\r
 588 if (!jalview.util.Comparison.isGap (gs.getCharAt (fixedRight - j))) {\r
 589 blank = false;\r
 590 break;\r
 591 }}\r
 592 }\r
 593 if (blank) {\r
 594 break;\r
 595 }}\r
 596 if (!blank) {\r
 597 if (sg.getSize () == this.av.getAlignment ().getHeight ()) {\r
 598 if ((this.av.hasHiddenColumns () && startres < this.av.getColumnSelection ().getHiddenBoundaryRight (startres))) {\r
 599 this.endEditing ();\r
 600 return;\r
 601 }var alWidth = this.av.getAlignment ().getWidth ();\r
 602 if (this.av.hasHiddenRows ()) {\r
 603 var hwidth = this.av.getAlignment ().getHiddenSequences ().getWidth ();\r
 604 if (hwidth > alWidth) {\r
 605 alWidth = hwidth;\r
 606 }}sg.setEndRes (sg.getEndRes () + startres - this.lastres);\r
 607 fixedRight = alWidth + startres - this.lastres;\r
 608 } else {\r
 609 this.endEditing ();\r
 610 return;\r
 611 }}} else if (!insertGap) {\r
 612 for (var gs, $gs = 0, $$gs = groupSeqs; $gs < $$gs.length && ((gs = $$gs[$gs]) || true); $gs++) {\r
 613 for (var j = startres; j < this.lastres; j++) {\r
 614 if (gs.getLength () <= j) {\r
 615 continue;\r
 616 }if (!jalview.util.Comparison.isGap (gs.getCharAt (j))) {\r
 617 this.endEditing ();\r
 618 return;\r
 619 }}\r
 620 }\r
 621 }if (insertGap) {\r
 622 if (fixedColumns && fixedRight != -1) {\r
 623 for (var j = this.lastres; j < startres; j++) {\r
 624 this.insertChar (j, groupSeqs, fixedRight);\r
 625 }\r
 626 } else {\r
 627 this.editCommand.appendEdit (jalview.commands.EditCommand.Action.INSERT_GAP, groupSeqs, startres, startres - this.lastres, this.av.getAlignment (), true);\r
 628 }} else {\r
 629 if (fixedColumns && fixedRight != -1) {\r
 630 for (var j = this.lastres; j > startres; j--) {\r
 631 this.deleteChar (startres, groupSeqs, fixedRight);\r
 632 }\r
 633 } else {\r
 634 this.editCommand.appendEdit (jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP, groupSeqs, startres, this.lastres - startres, this.av.getAlignment (), true);\r
 635 }}} else {\r
 636 if (insertGap) {\r
 637 if (fixedColumns && fixedRight != -1) {\r
 638 for (var j = this.lastres; j < startres; j++) {\r
 639 this.insertChar (j,  Clazz.newArray (-1, [seq]), fixedRight);\r
 640 }\r
 641 } else {\r
 642 this.editCommand.appendEdit (jalview.commands.EditCommand.Action.INSERT_GAP,  Clazz.newArray (-1, [seq]), this.lastres, startres - this.lastres, this.av.getAlignment (), true);\r
 643 }} else {\r
 644 if (fixedColumns && fixedRight != -1) {\r
 645 for (var j = this.lastres; j > startres; j--) {\r
 646 if (!jalview.util.Comparison.isGap (seq.getCharAt (startres))) {\r
 647 this.endEditing ();\r
 648 break;\r
 649 }this.deleteChar (startres,  Clazz.newArray (-1, [seq]), fixedRight);\r
 650 }\r
 651 } else {\r
 652 var max = 0;\r
 653 for (var m = startres; m < this.lastres; m++) {\r
 654 if (!jalview.util.Comparison.isGap (seq.getCharAt (m))) {\r
 655 break;\r
 656 }max++;\r
 657 }\r
 658 if (max > 0) {\r
 659 this.editCommand.appendEdit (jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP,  Clazz.newArray (-1, [seq]), startres, max, this.av.getAlignment (), true);\r
 660 }}}}this.lastres = startres;\r
 661 this.seqCanvas.repaint ();\r
 662 }, "~B,~N");\r
 663 Clazz.defineMethod (c$, "insertChar", \r
 664 function (j, seq, fixedColumn) {\r
 665 var blankColumn = fixedColumn;\r
 666 for (var s = 0; s < seq.length; s++) {\r
 667 for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--) {\r
 668 if (jalview.util.Comparison.isGap (seq[s].getCharAt (blankColumn))) {\r
 669 break;\r
 670 }}\r
 671 if (blankColumn <= j) {\r
 672 blankColumn = fixedColumn;\r
 673 this.endEditing ();\r
 674 return;\r
 675 }}\r
 676 this.editCommand.appendEdit (jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1, this.av.getAlignment (), true);\r
 677 this.editCommand.appendEdit (jalview.commands.EditCommand.Action.INSERT_GAP, seq, j, 1, this.av.getAlignment (), true);\r
 678 }, "~N,~A,~N");\r
 679 Clazz.defineMethod (c$, "deleteChar", \r
 680 function (j, seq, fixedColumn) {\r
 681 this.editCommand.appendEdit (jalview.commands.EditCommand.Action.DELETE_GAP, seq, j, 1, this.av.getAlignment (), true);\r
 682 this.editCommand.appendEdit (jalview.commands.EditCommand.Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1, this.av.getAlignment (), true);\r
 683 }, "~N,~A,~N");\r
 684 Clazz.defineMethod (c$, "doMousePressedDefineMode", \r
 685 function (evt) {\r
 686 if (this.scrollThread != null) {\r
 687 this.scrollThread.running = false;\r
 688 this.scrollThread = null;\r
 689 }var res = this.findRes (evt);\r
 690 var seq = this.findSeq (evt);\r
 691 this.oldSeq = seq;\r
 692 this.startWrapBlock = this.wrappedBlock;\r
 693 if (seq == -1) {\r
 694 return;\r
 695 }var sequence = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (seq);\r
 696 if (sequence == null || res > sequence.getLength ()) {\r
 697 return;\r
 698 }this.stretchGroup = this.av.getSelectionGroup ();\r
 699 if (this.stretchGroup == null) {\r
 700 this.stretchGroup = this.av.getAlignment ().findGroup (sequence);\r
 701 if (this.stretchGroup != null && res > this.stretchGroup.getStartRes () && res < this.stretchGroup.getEndRes ()) {\r
 702 this.av.setSelectionGroup (this.stretchGroup);\r
 703 } else {\r
 704 this.stretchGroup = null;\r
 705 }} else if (!this.stretchGroup.getSequences (null).contains (sequence) || this.stretchGroup.getStartRes () > res || this.stretchGroup.getEndRes () < res) {\r
 706 this.stretchGroup = null;\r
 707 var allGroups = this.av.getAlignment ().findAllGroups (sequence);\r
 708 if (allGroups != null) {\r
 709 for (var i = 0; i < allGroups.length; i++) {\r
 710 if (allGroups[i].getStartRes () <= res && allGroups[i].getEndRes () >= res) {\r
 711 this.stretchGroup = allGroups[i];\r
 712 break;\r
 713 }}\r
 714 }this.av.setSelectionGroup (this.stretchGroup);\r
 715 }if ((evt.getModifiers () & 4) == 4) {\r
 716 var allFeatures = this.findFeaturesAtRes (sequence, sequence.findPosition (res));\r
 717 var links = null;\r
 718 if (allFeatures != null) {\r
 719 for (var i = 0; i < allFeatures.length; i++) {\r
 720 if (allFeatures[i].links != null) {\r
 721 if (links == null) {\r
 722 links =  new java.util.Vector ();\r
 723 }for (var j = 0; j < allFeatures[i].links.size (); j++) {\r
 724 links.addElement (allFeatures[i].links.elementAt (j));\r
 725 }\r
 726 }}\r
 727 }var popup =  new jalview.appletgui.APopupMenu (this.ap, null, links);\r
 728 this.add (popup);\r
 729 popup.show (this, evt.getX (), evt.getY ());\r
 730 return;\r
 731 }if (this.av.cursorMode) {\r
 732 this.seqCanvas.cursorX = this.findRes (evt);\r
 733 this.seqCanvas.cursorY = this.findSeq (evt);\r
 734 this.seqCanvas.repaint ();\r
 735 return;\r
 736 }if (this.stretchGroup == null) {\r
 737 var sg =  new jalview.datamodel.SequenceGroup ();\r
 738 sg.setStartRes (res);\r
 739 sg.setEndRes (res);\r
 740 sg.addSequence (sequence, false);\r
 741 this.av.setSelectionGroup (sg);\r
 742 this.stretchGroup = sg;\r
 743 if (this.av.getConservationSelected ()) {\r
 744 jalview.appletgui.SliderPanel.setConservationSlider (this.ap, this.av.getGlobalColourScheme (), "Background");\r
 745 }if (this.av.getAbovePIDThreshold ()) {\r
 746 jalview.appletgui.SliderPanel.setPIDSliderSource (this.ap, this.av.getGlobalColourScheme (), "Background");\r
 747 }}}, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 748 Clazz.defineMethod (c$, "doMouseReleasedDefineMode", \r
 749 function (evt) {\r
 750 if (this.stretchGroup == null) {\r
 751 return;\r
 752 }this.stretchGroup.recalcConservation ();\r
 753 if (this.stretchGroup.cs != null) {\r
 754 this.stretchGroup.cs.alignmentChanged (this.stretchGroup, this.av.getHiddenRepSequences ());\r
 755 if (this.stretchGroup.cs.conservationApplied ()) {\r
 756 jalview.appletgui.SliderPanel.setConservationSlider (this.ap, this.stretchGroup.cs, this.stretchGroup.getName ());\r
 757 } else {\r
 758 jalview.appletgui.SliderPanel.setPIDSliderSource (this.ap, this.stretchGroup.cs, this.stretchGroup.getName ());\r
 759 }}this.changeEndRes = false;\r
 760 this.changeStartRes = false;\r
 761 this.stretchGroup = null;\r
 762 jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (this.ap, this.av.getSequenceSetId ());\r
 763 this.ap.paintAlignment (true);\r
 764 this.av.sendSelection ();\r
 765 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 766 Clazz.defineMethod (c$, "doMouseDraggedDefineMode", \r
 767 function (evt) {\r
 768 var res = this.findRes (evt);\r
 769 var y = this.findSeq (evt);\r
 770 if (this.wrappedBlock != this.startWrapBlock) {\r
 771 return;\r
 772 }if (this.stretchGroup == null) {\r
 773 return;\r
 774 }this.mouseDragging = true;\r
 775 if (y > this.av.getAlignment ().getHeight ()) {\r
 776 y = this.av.getAlignment ().getHeight () - 1;\r
 777 }if (res >= this.av.getAlignment ().getWidth ()) {\r
 778 res = this.av.getAlignment ().getWidth () - 1;\r
 779 }if (this.stretchGroup.getEndRes () == res) {\r
 780 this.changeEndRes = true;\r
 781 } else if (this.stretchGroup.getStartRes () == res) {\r
 782 this.changeStartRes = true;\r
 783 }if (res < 0) {\r
 784 res = 0;\r
 785 }if (this.changeEndRes) {\r
 786 if (res > (this.stretchGroup.getStartRes () - 1)) {\r
 787 this.stretchGroup.setEndRes (res);\r
 788 }} else if (this.changeStartRes) {\r
 789 if (res < (this.stretchGroup.getEndRes () + 1)) {\r
 790 this.stretchGroup.setStartRes (res);\r
 791 }}var dragDirection = 0;\r
 792 if (y > this.oldSeq) {\r
 793 dragDirection = 1;\r
 794 } else if (y < this.oldSeq) {\r
 795 dragDirection = -1;\r
 796 }while ((y != this.oldSeq) && (this.oldSeq > -1) && (y < this.av.getAlignment ().getHeight ())) {\r
 797 var seq = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (this.oldSeq);\r
 798 this.oldSeq += dragDirection;\r
 799 if (this.oldSeq < 0) {\r
 800 break;\r
 801 }var nextSeq = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (this.oldSeq);\r
 802 if (this.stretchGroup.getSequences (null).contains (nextSeq)) {\r
 803 this.stretchGroup.deleteSequence (seq, false);\r
 804 } else {\r
 805 if (seq != null) {\r
 806 this.stretchGroup.addSequence (seq, false);\r
 807 }this.stretchGroup.addSequence (nextSeq, false);\r
 808 }}\r
 809 if (this.oldSeq < 0) {\r
 810 this.oldSeq = -1;\r
 811 }if (res > this.av.endRes || res < this.av.startRes || y < this.av.startSeq || y > this.av.endSeq) {\r
 812 this.mouseExited (evt);\r
 813 }if (this.scrollThread != null) {\r
 814 this.scrollThread.setEvent (evt);\r
 815 }this.seqCanvas.repaint ();\r
 816 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 817 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseEntered", \r
 818 function (e) {\r
 819 if (this.oldSeq < 0) {\r
 820 this.oldSeq = 0;\r
 821 }if (this.scrollThread != null) {\r
 822 this.scrollThread.running = false;\r
 823 this.scrollThread = null;\r
 824 }}, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 825 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseExited", \r
 826 function (e) {\r
 827 if (this.av.getWrapAlignment ()) {\r
 828 return;\r
 829 }if (this.mouseDragging && this.scrollThread == null) {\r
 830 this.scrollThread = Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.SeqPanel.ScrollThread, this, null);\r
 831 }}, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 832 Clazz.defineMethod (c$, "scrollCanvas", \r
 833 function (evt) {\r
 834 if (evt == null) {\r
 835 if (this.scrollThread != null) {\r
 836 this.scrollThread.running = false;\r
 837 this.scrollThread = null;\r
 838 }this.mouseDragging = false;\r
 839 } else {\r
 840 if (this.scrollThread == null) {\r
 841 this.scrollThread = Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.SeqPanel.ScrollThread, this, null);\r
 842 }this.mouseDragging = true;\r
 843 this.scrollThread.setEvent (evt);\r
 844 }}, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 845 Clazz.overrideMethod (c$, "selection", \r
 846 function (seqsel, colsel, source) {\r
 847 if (this.av != null && (this.av === source || !this.av.followSelection || (Clazz.instanceOf (source, jalview.appletgui.AlignViewport) && (source).getSequenceSetId ().equals (this.av.getSequenceSetId ())))) {\r
 848 return;\r
 849 }if (this.selectionFromTranslation (seqsel, colsel, source)) {\r
 850 return;\r
 851 }var repaint = false;\r
 852 var copycolsel = true;\r
 853 if (this.av.getSelectionGroup () == null || !this.av.isSelectionGroupChanged (true)) {\r
 854 var sgroup = null;\r
 855 if (seqsel != null && seqsel.getSize () > 0) {\r
 856 if (this.av.getAlignment () == null) {\r
 857 System.out.println ("Selection message: alignviewport av SeqSetId=" + this.av.getSequenceSetId () + " ViewId=" + this.av.getViewId () + " 's alignment is NULL! returning immediatly.");\r
 858 return;\r
 859 }sgroup = seqsel.intersect (this.av.getAlignment (), (this.av.hasHiddenRows ()) ? this.av.getHiddenRepSequences () : null);\r
 860 if ((sgroup == null || sgroup.getSize () == 0) && (colsel == null || colsel.size () == 0)) {\r
 861 copycolsel = false;\r
 862 }}if (sgroup != null && sgroup.getSize () > 0) {\r
 863 this.av.setSelectionGroup (sgroup);\r
 864 } else {\r
 865 this.av.setSelectionGroup (null);\r
 866 }repaint = this.av.isSelectionGroupChanged (true);\r
 867 }if (copycolsel && (this.av.getColumnSelection () == null || !this.av.isColSelChanged (true))) {\r
 868 if (colsel == null || colsel.size () == 0) {\r
 869 if (this.av.getColumnSelection () != null) {\r
 870 this.av.getColumnSelection ().clear ();\r
 871 }} else {\r
 872 if (this.av.getColumnSelection () == null) {\r
 873 this.av.setColumnSelection ( new jalview.datamodel.ColumnSelection (colsel));\r
 874 } else {\r
 875 this.av.getColumnSelection ().setElementsFrom (colsel);\r
 876 }}repaint = new Boolean (repaint | this.av.isColSelChanged (true)).valueOf ();\r
 877 }if (copycolsel && this.av.hasHiddenColumns () && (this.av.getColumnSelection () == null || this.av.getColumnSelection ().getHiddenColumns () == null)) {\r
 878 System.err.println ("Bad things");\r
 879 }if (repaint) {\r
 880 this.ap.scalePanelHolder.repaint ();\r
 881 this.ap.repaint ();\r
 882 }}, "jalview.datamodel.SequenceGroup,jalview.datamodel.ColumnSelection,jalview.structure.SelectionSource");\r
 883 Clazz.defineMethod (c$, "scrollTo", \r
 884 function (row, column) {\r
 885 row = row < 0 ? this.ap.av.startSeq : row;\r
 886 column = column < 0 ? this.ap.av.startRes : column;\r
 887 this.ap.scrollTo (column, column, row, true, true);\r
 888 }, "~N,~N");\r
 889 Clazz.defineMethod (c$, "scrollToRow", \r
 890 function (row) {\r
 891 row = row < 0 ? this.ap.av.startSeq : row;\r
 892 this.ap.scrollTo (this.ap.av.startRes, this.ap.av.startRes, row, true, true);\r
 893 }, "~N");\r
 894 Clazz.defineMethod (c$, "scrollToColumn", \r
 895 function (column) {\r
 896 column = column < 0 ? this.ap.av.startRes : column;\r
 897 this.ap.scrollTo (column, column, this.ap.av.startSeq, true, true);\r
 898 }, "~N");\r
 899 Clazz.defineMethod (c$, "selectionFromTranslation", \r
 900 function (seqsel, colsel, source) {\r
 901 if (!(Clazz.instanceOf (source, jalview.api.AlignViewportI))) {\r
 902 return false;\r
 903 }var sourceAv = source;\r
 904 if (sourceAv.getCodingComplement () !== this.av && this.av.getCodingComplement () !== sourceAv) {\r
 905 return false;\r
 906 }var sg = jalview.util.MappingUtils.mapSequenceGroup (seqsel, sourceAv, this.av);\r
 907 this.av.setSelectionGroup (sg);\r
 908 this.av.isSelectionGroupChanged (true);\r
 909 var cs = jalview.util.MappingUtils.mapColumnSelection (colsel, sourceAv, this.av);\r
 910 this.av.setColumnSelection (cs);\r
 911 this.av.isColSelChanged (true);\r
 912 this.ap.scalePanelHolder.repaint ();\r
 913 this.ap.repaint ();\r
 914 return true;\r
 915 }, "jalview.datamodel.SequenceGroup,jalview.datamodel.ColumnSelection,jalview.structure.SelectionSource");\r
 916 c$.$SeqPanel$ScrollThread$ = function () {\r
 917 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 918 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
 919 Clazz.prepareCallback (this, arguments);\r
 920 this.evt = null;\r
 921 this.running = false;\r
 922 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
 923 }, jalview.appletgui.SeqPanel, "ScrollThread", Thread);\r
 924 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 925 function () {\r
 926 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.SeqPanel.ScrollThread, []);\r
 927 this.start ();\r
 928 });\r
 929 Clazz.defineMethod (c$, "setEvent", \r
 930 function (a) {\r
 931 this.evt = a;\r
 932 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 933 Clazz.defineMethod (c$, "stopScrolling", \r
 934 function () {\r
 935 this.running = false;\r
 936 });\r
 937 Clazz.overrideMethod (c$, "run", \r
 938 function () {\r
 939 this.running = true;\r
 940 while (this.running) {\r
 941 if (this.evt != null) {\r
 942 if (this.b$["jalview.appletgui.SeqPanel"].mouseDragging && this.evt.getY () < 0 && this.b$["jalview.appletgui.SeqPanel"].av.getStartSeq () > 0) {\r
 943 this.running = this.b$["jalview.appletgui.SeqPanel"].ap.scrollUp (true);\r
 944 }if (this.b$["jalview.appletgui.SeqPanel"].mouseDragging && this.evt.getY () >= this.b$["jalview.appletgui.SeqPanel"].getSize ().height && this.b$["jalview.appletgui.SeqPanel"].av.getAlignment ().getHeight () > this.b$["jalview.appletgui.SeqPanel"].av.getEndSeq ()) {\r
 945 this.running = this.b$["jalview.appletgui.SeqPanel"].ap.scrollUp (false);\r
 946 }if (this.b$["jalview.appletgui.SeqPanel"].mouseDragging && this.evt.getX () < 0) {\r
 947 this.running = this.b$["jalview.appletgui.SeqPanel"].ap.scrollRight (false);\r
 948 } else if (this.b$["jalview.appletgui.SeqPanel"].mouseDragging && this.evt.getX () >= this.b$["jalview.appletgui.SeqPanel"].getSize ().width) {\r
 949 this.running = this.b$["jalview.appletgui.SeqPanel"].ap.scrollRight (true);\r
 950 }}try {\r
 951 Thread.sleep (75);\r
 952 } catch (ex) {\r
 953 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
 954 } else {\r
 955 throw ex;\r
 956 }\r
 957 }\r
 958 }\r
 959 });\r
 960 c$ = Clazz.p0p ();\r
 961 };\r
 962 });\r